chr5:14981184 14981433 +
(1)
OTHER.ip 		(6)
OTHER.mut 		(1)
OVARY 		(9)
PIWI.ip 		(3)
PIWI.mut 		(40)
TESTES

Sense strand
GAAATGGGCACTGACCAGGCTGAGAAACACTGCTGAGGCCCATATTCCAGGTAACAAGCACATTCTCTGCCCTCCTTCCAAAGAACTCCTGTTGAGGCCATGGACCTTGTCTACACATGGGAACATCATGCAGACATCTTTCCTAATGATACAAAGTTCTCTCTGGTAAGGCTTGCCCCTTACCATATCTGTAGCAAATTTGTTACAAGGCAGCTGTCTATATCATGCTGTTGCTGTAATATGCTTCCCA
.........................................................................(((((((.((((((..(((.........(((...(((((.((.(((....)))..)).)))))....))).......))).))))))...))).))))...............................................................................
...................................................................68.....................................................................................................171.............................................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes) 		SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes)
........................................................................TCCTTCCAAAGAACTCCTGTTGAGGCCA...................................................................................................................................................... 28 6 3.50 3.50 1.67 1.00 - - - - 0.33 - - 0.33 - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................TCCAAAGAACTCCTGTTGAGGCCATGG................................................................................................................................................... 27 6 3.50 3.50 1.50 0.67 0.50 - - - - - - 0.17 - - 0.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................TTCCAAAGAACTCCTGTTGAGGCCATG.................................................................................................................................................... 27 6 2.83 2.83 1.17 0.67 - - - - 0.67 - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................TATCATGCTGTTGCTGTAATATGCTTC... 27 4 2.75 2.75 0.25 0.50 0.75 - - - - 0.25 - - 0.25 - - - - - - - 0.75 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................TCCTTCCAAAGAACTCCTGTTGAGGCC....................................................................................................................................................... 27 6 2.00 2.00 0.83 0.83 - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................TGAGAAACACTGCTGAGGCCCATATT............................................................................................................................................................................................................ 26 4 2.00 2.00 0.25 0.25 - - - 0.25 0.50 - - - - - 0.25 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................TATTCCAGGTAACAAGCACATTCTCTG..................................................................................................................................................................................... 27 4 1.75 1.75 - - 0.25 0.75 0.25 0.25 - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................TCCAAAGAACTCCTGTTGAGGCCATG.................................................................................................................................................... 26 6 1.50 1.50 0.83 0.17 0.17 - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................TATCTGTAGCAAATTTGTTACAAGGCAGC.................................... 29 6 1.33 1.33 0.33 - - - - - - - - - - - - 0.17 - 0.17 - - - - - 0.17 - 0.33 - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - -
............................................................................................................................................................................................................................TATCATGCTGTTGCTGTAATATGCTTCC.. 28 4 1.25 1.25 - - - - 0.25 - - - - 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................TTCCAGGTAACAAGCACATTCTCTGCCC.................................................................................................................................................................................. 28 5 1.20 1.20 - - 0.20 0.60 - - 0.20 - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................TTCCAAAGAACTCCTGTTGAGGCCATGG................................................................................................................................................... 28 6 1.17 1.17 0.50 0.33 0.17 - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................TGGGAACATCATGCAGACATCTTTCC........................................................................................................... 26 6 1.17 1.17 0.17 0.33 - - 0.17 - - - - 0.17 - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................TGGACCTTGTCTACACATGGGAACATCc.......................................................................................................................... 28 c 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................GCAGACATCTTTCCTAATGATACAttgt............................................................................................. 28 ttgt 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................TATCTGTAGCAAATTTGTTACAAGGCA...................................... 27 6 1.00 1.00 0.17 0.33 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................TCCTAATGATACAAAGTTCTCTCTGtt................................................................................... 27 tt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................TGCAGACATCTTTCCTAATGATACcaag.............................................................................................. 28 caag 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................TCCAAAGAACTCCTGTTGAGGCCATc.................................................................................................................................................... 26 c 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................CAGGTAACAAGCACATTCTCTGCCatc................................................................................................................................................................................ 27 atc 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................GAGAAACACTGCTGAGGCa.................................................................................................................................................................................................................. 19 a 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................TATATCATGCTGTTGCTGTAATATGCTT.... 28 4 1.00 1.00 - - - - 0.75 - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................TTCCTAATGATACAAAGTTCTCTCTGtt................................................................................... 28 tt 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................TCCTTCCAAAGAACTCCTGTTGAGGCCAT..................................................................................................................................................... 29 6 1.00 1.00 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................CCTAATGATACAAAGTTCTCTCTGGTc.................................................................................. 27 c 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................ACACTGCTGAGGCCCATATTCCAGGTA..................................................................................................................................................................................................... 27 3 1.00 1.00 0.33 0.33 - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................TCCAAAGAACTCCTGTTGAGGCCATGGA.................................................................................................................................................. 28 6 1.00 1.00 0.33 - - - - - - - - 0.17 - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - -
...........................................................................TTCCAAAGAACTCCTGTTGAGGCCAT..................................................................................................................................................... 26 6 1.00 1.00 0.33 0.17 0.17 - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................TGAGAAACACTGCTGAGGCCCATATTCC.......................................................................................................................................................................................................... 28 4 0.75 0.75 - 0.25 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................TGAGAAACACTGCTGAGGCCCATATTC........................................................................................................................................................................................................... 27 4 0.75 0.75 0.25 0.25 - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................TATTCCAGGTAACAAGCACATTCTCTGC.................................................................................................................................................................................... 28 4 0.75 0.75 - - - - - 0.25 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................TGCTGAGGCCCATATTCCAGGTAACAAGC............................................................................................................................................................................................... 29 3 0.67 0.67 - - - 0.33 - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........TGACCAGGCTGAGAAACACTGCTGAGGCCC................................................................................................................................................................................................................. 30 6 0.67 0.67 0.17 - - - 0.33 - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................TGTTACAAGGCAGCTGTCTATATCATG....................... 27 6 0.67 0.67 - - - 0.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................TGATACAAAGTTCTCTCTGGTAAGGCT............................................................................. 27 5 0.60 0.60 - - 0.20 - - - 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................TACAAAGTTCTCTCTGGTAAGGCTTGCC......................................................................... 28 5 0.60 0.60 - - - - 0.40 - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................GCTTGCCCCTTACCATAT.............................................................. 18 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................TATCATGCTGTTGCTGTAATATGCTT.... 26 4 0.50 0.50 - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................TGTCTATATCATGCTGTTGCTGTAATA......... 27 4 0.50 0.50 - - - 0.25 - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....TGGGCACTGACCAGGCTGAGAAACACT........................................................................................................................................................................................................................... 27 6 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................TCTATATCATGCTGTTGCTGTAATATGCTT.... 30 4 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - 0.25 - - - - - - - - -
...........TGACCAGGCTGAGAAACACTGCTGAGGC................................................................................................................................................................................................................... 28 7 0.43 0.43 0.14 - - - - - - - - 0.14 - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................TACAAAGTTCTCTCTGGTAAGGCTTGC.......................................................................... 27 5 0.40 0.40 - - - 0.20 - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................TTCCAGGTAACAAGCACATTCTCTGCCCTC................................................................................................................................................................................ 30 5 0.40 0.40 - - - 0.20 - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................TGATACAAAGTTCTCTCTGGTAAGGC.............................................................................. 26 5 0.40 0.40 - - - - - - - - - - - - - 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................CCTTCCAAAGAACTCCTGTTGAGGCCAT..................................................................................................................................................... 28 6 0.33 0.33 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................TGGGAACATCATGCAGACATCTTTC............................................................................................................ 25 6 0.33 0.33 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................TCTGTAGCAAATTTGTTACAAGGCAGCT................................... 28 6 0.33 0.33 - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - -
...................................................TAACAAGCACATTCTCTGCCCTCCTTCC........................................................................................................................................................................... 28 6 0.33 0.33 - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................CATATTCCAGGTAACAAGCACATTCTC....................................................................................................................................................................................... 27 3 0.33 0.33 - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................CCAAAGAACTCCTGTTGAGGCCATGG................................................................................................................................................... 26 6 0.33 0.33 0.17 - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................CCCATATTCCAGGTAACAAGCACATTC......................................................................................................................................................................................... 27 3 0.33 0.33 - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................TTACCATATCTGTAGCAAATTTGTTACAAGGC....................................... 32 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................TACCATATCTGTAGCAAATTTGTTACA........................................... 27 7 0.29 0.29 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................TATATCATGCTGTTGCTGTAATATGC...... 26 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................AAAGAACTCCTGTTGAG.......................................................................................................................................................... 17 8 0.25 0.25 - - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.12 -
..........................................TATTCCAGGTAACAAGCACATTCTCTGCCC.................................................................................................................................................................................. 30 4 0.25 0.25 - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................TACAAGGCAGCTGTCTATATCATGCTG.................... 27 4 0.25 0.25 - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................TCTATATCATGCTGTTGCTGTAATATG....... 27 4 0.25 0.25 - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................TATTCCAGGTAACAAGCACATTCTCTGCCCT................................................................................................................................................................................. 31 4 0.25 0.25 - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................TATTCCAGGTAACAAGCACATTCTCT...................................................................................................................................................................................... 26 4 0.25 0.25 - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................GAAACACTGCTGAGGCCCATATTCCA......................................................................................................................................................................................................... 26 4 0.25 0.25 - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................TATATCATGCTGTTGCTGTAATATGCTTC... 29 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................ATTCCAGGTAACAAGCACATTCTCTGCC................................................................................................................................................................................... 28 4 0.25 0.25 - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................CTGTCTATATCATGCTGT................... 18 4 0.25 0.25 - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................TGAGAAACACTGCTGAGGCCCATATTa........................................................................................................................................................................................................... 27 a 0.25 2.00 - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................CCATATCTGTAGCAAATTTG................................................ 20 9 0.22 0.22 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.22 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............ACCAGGCTGAGAAACACTGCTGAGGCCCA................................................................................................................................................................................................................ 29 5 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................CCATATCTGTAGCAAATTTGTTACAAGGCA...................................... 30 5 0.20 0.20 - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................TTCCAGGTAACAAGCACATTCTCTG..................................................................................................................................................................................... 25 5 0.20 0.20 - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................TTCCAGGTAACAAGCACATTCTCTGCCCc................................................................................................................................................................................. 29 c 0.20 1.20 - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................TGATACAAAGTTCTCTCTGGTAAGGCTT............................................................................ 28 5 0.20 0.20 - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................TAATGATACAAAGTTCTCTCTGGTAAGGCT............................................................................. 30 5 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................TTCCAGGTAACAAGCACATTCTCTGC.................................................................................................................................................................................... 26 5 0.20 0.20 - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................TAATGATACAAAGTTCTCTCTGGTAAGG............................................................................... 28 5 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................TTCCAGGTAACAAGCACATTCTCTGCC................................................................................................................................................................................... 27 5 0.20 0.20 - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................TTCCAGGTAACAAGCACATTCTCTGt.................................................................................................................................................................................... 26 t 0.20 0.20 - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................CAAAGAACTCCTGTTGAGGCCATGGA.................................................................................................................................................. 26 6 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................GAACTCCTGTTGAGGCCATGGACCTTGTC........................................................................................................................................... 29 6 0.17 0.17 - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................TATCTGTAGCAAATTTGTTACAAGGCAGCTG.................................. 31 6 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................CCTTCCAAAGAACTCCTGTTGAGGCCA...................................................................................................................................................... 27 6 0.17 0.17 - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................TGCAGACATCTTTCCTAATGATACAAAGTTC........................................................................................... 31 6 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - -
.....GGGCACTGACCAGGCTGAGAAACACTGC......................................................................................................................................................................................................................... 28 6 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................TGGGAACATCATGCAGACATCTTTCCT.......................................................................................................... 27 6 0.17 0.17 - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................CAAAGAACTCCTGTTGAGGCCATGG................................................................................................................................................... 25 6 0.17 0.17 - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................TCCAAAGAACTCCTGTTGAGGCCATGGAC................................................................................................................................................. 29 6 0.17 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................TGTCTACACATGGGAACATCATGCAGAC................................................................................................................... 28 6 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - -
..........................................................................CTTCCAAAGAACTCCTGTTGAGGCCA...................................................................................................................................................... 26 6 0.17 0.17 - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................TAACAAGCACATTCTCTGCCCTCCTTC............................................................................................................................................................................ 27 6 0.17 0.17 - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................TTCCAAAGAACTCCTGTTGAGGCCA...................................................................................................................................................... 25 6 0.17 0.17 - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................CCTCCTTCCAAAGAACTCCTGTTGAGGCCA...................................................................................................................................................... 30 6 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - -
...................................................................................................................CATGGGAACATCATGCAGACATCTTTC............................................................................................................ 27 6 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................TTCTCTGCCCTCCTTCCAAAGAACTCCTG............................................................................................................................................................... 29 6 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...ATGGGCACTGACCAGGCTGAGAAACAC............................................................................................................................................................................................................................ 27 6 0.17 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................CTCCTTCCAAAGAACTCCTGTTGAGGCC....................................................................................................................................................... 28 6 0.17 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................CATCATGCAGACATCTTTCCTAATGATA................................................................................................... 28 6 0.17 0.17 - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................TGTTGAGGCCATGGACCTTGTCTAC........................................................................................................................................ 25 6 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................CCTCCTTCCAAAGAACTCCTGTTGAGGCC....................................................................................................................................................... 29 6 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................TACACATGGGAACATCATGCAGACAT................................................................................................................. 26 6 0.17 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................TCCAAAGAACTCCTGTTGAGGCCATGGACC................................................................................................................................................ 30 6 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - -
...............................................................TCTCTGCCCTCCTTCCAAAGAACTCCTG............................................................................................................................................................... 28 6 0.17 0.17 - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................AAAGAACTCCTGTTGAGGCCATGGACCT............................................................................................................................................... 28 6 0.17 0.17 - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................TTGTCTACACATGGGAACATCATGCAGAC................................................................................................................... 29 6 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................TACAAGGCAGCTGTCTATATCA......................... 22 6 0.17 0.17 - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................CTTCCAAAGAACTCCTGTTGAGGCCAT..................................................................................................................................................... 27 6 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....TGGGCACTGACCAGGCTGAGAAACAC............................................................................................................................................................................................................................ 26 6 0.17 0.17 - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....TGGGCACTGACCAGGCTGAGAAACACTGC......................................................................................................................................................................................................................... 29 6 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................CAAAGAACTCCTGTTGAGGCCATGGAa................................................................................................................................................. 27 a 0.17 0.17 - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................AAAGAACTCCTGTTGAGGCCATGGAC................................................................................................................................................. 26 6 0.17 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................AACTCCTGTTGAGGCCATGGACCTTGTC........................................................................................................................................... 28 6 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................TGCAGACATCTTTCCTAATGATACAAAG.............................................................................................. 28 6 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................GAACTCCTGTTGAGGCCATGGACCTT.............................................................................................................................................. 26 6 0.17 0.17 - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................ATCTGTAGCAAATTTGTTACAAGGCAGCT................................... 29 6 0.17 0.17 - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................AGAACTCCTGTTGAGGCCATGGACCTT.............................................................................................................................................. 27 6 0.17 0.17 - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................TAGCAAATTTGTTACAAGGCAGCTGTC................................ 27 6 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................CCTTGTCTACACATGGGAACATCATGC....................................................................................................................... 27 6 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......GGCACTGACCAGGCTGAGAAACACTGC......................................................................................................................................................................................................................... 27 6 0.17 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................CCCTCCTTCCAAAGAACTCCTGTTGAGGCC....................................................................................................................................................... 30 6 0.17 0.17 - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................AAAGAACTCCTGTTGAGGCCATGGACC................................................................................................................................................ 27 6 0.17 0.17 - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................AAGAACTCCTGTTGAGGCCATGGACCT............................................................................................................................................... 27 6 0.17 0.17 - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................TAACAAGCACATTCTCTGCCCTCCTTCCAA......................................................................................................................................................................... 30 6 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................TATCTGTAGCAAATTTGTTACAAGGCAGCTGT................................. 32 6 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................TTCCTAATGATACAAAGTT............................................................................................ 19 7 0.14 0.14 - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............ACCAGGCTGAGAAACACTGCTGAGGC................................................................................................................................................................................................................... 26 7 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............ACCAGGCTGAGAAACACTGCTGAGGCat................................................................................................................................................................................................................. 28 at 0.14 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........TGACCAGGCTGAGAAACACT........................................................................................................................................................................................................................... 20 7 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................TGGGAACATCATGCAGAC................................................................................................................... 18 7 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............GACCAGGCTGAGAAACACTGCTGAGGC................................................................................................................................................................................................................... 27 7 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................TTCCTAATGATACAAAGTTCTCTCTGGT................................................................................... 28 7 0.14 0.14 - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................TACCATATCTGTAGCAAATTTGTTACAAG......................................... 29 7 0.14 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................TCCTAATGATACAAAGTTCTCTCTGGT................................................................................... 27 7 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
GAAATGGGCACTGACCAGGCTGAGAAACACTGCTGAGGCCCATATTCCAGGTAACAAGCACATTCTCTGCCCTCCTTCCAAAGAACTCCTGTTGAGGCCATGGACCTTGTCTACACATGGGAACATCATGCAGACATCTTTCCTAATGATACAAAGTTCTCTCTGGTAAGGCTTGCCCCTTACCATATCTGTAGCAAATTTGTTACAAGGCAGCTGTCTATATCATGCTGTTGCTGTAATATGCTTCCCA
.........................................................................(((((((.((((((..(((.........(((...(((((.((.(((....)))..)).)))))....))).......))).))))))...))).))))...............................................................................
...................................................................68.....................................................................................................171.............................................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes) 		SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes)
........................................................................................................................................................................................................TACAAGGCAGCTGTCTATATCAcca......................... 25 cca 1.00 0.17 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................CTTTCCTAATGATACAAAGTTCTCTC....................................................................................... 26 7 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................TGCAGACATCTTTCCTAATGATACAAAGa.............................................................................................. 29 a 1.00 0.17 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................ATGGACCTTGTCTACACATGGGAACATC........................................................................................................................... 28 6 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................AGGCCCATATTCCAGGTAACAAGCACA............................................................................................................................................................................................ 27 3 0.33 0.33 - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................TGGGAACATCATGCAGACATCTTTCCTAA........................................................................................................ 29 6 0.33 0.33 - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................GCAGACATCTTTCCTAATGATACAAAG.............................................................................................. 27 6 0.33 0.33 - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................CTGCTGAGGCCCATATTCCAGGTA..................................................................................................................................................................................................... 24 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................CTACACATGGGAACATCATGCAGACATC................................................................................................................ 28 6 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................AATTTGTTACAAGGCAGCTGTCTATATCA......................... 29 6 0.17 0.17 - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................ATCATGCAGACATCTTTCCTAATGATACA................................................................................................. 29 6 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................GGGAACATCATGCAGACATCTTTCCTA......................................................................................................... 27 6 0.17 0.17 - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................CAGACATCTTTCCTAATGATACAAAG.............................................................................................. 26 6 0.17 0.17 - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................ATCATGCAGACATCTTTCCTAATGATACAt................................................................................................. 30 t 0.17 0.00 - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................ACAAGCACATTCTCTGCCCTCCTTCCA.......................................................................................................................................................................... 27 6 0.17 0.17 - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................TCTCTGCCCTCCTTCCAAAGAACTCC................................................................................................................................................................. 26 6 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................ACATCTTTCCTAATGATACAAAGTTCTCT........................................................................................ 29 6 0.17 0.17 - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................CTCTGCCCTCCTTCCAAAGAACTCC................................................................................................................................................................. 25 6 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................CTTCCAAAGAACTCCTGTTGAGGCCA...................................................................................................................................................... 26 6 0.17 0.17 - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................AACATCATGCAGACATCTTTCCTAATG...................................................................................................... 27 7 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................ATCATGCAGACATCTTTCCTAATGA..................................................................................................... 25 7 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 - -
....................................................................................................................................................................................TACCATATCTGTAGCAAATTTGTTACA........................................... 27 7 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................ACATCATGCAGACATCTTTCCTAATGA..................................................................................................... 27 7 0.14 0.14 - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................CATGCTGTTGCTGTAATA......... 18 8 0.12 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.12
..................................................................................................................................................................................................................CAGCTGTCTATATCA......................... 15 9 0.11 0.11 - - - - - - - - - - - 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -