chr4:155089665 155089914 +
(1)
OTHER.ip 		(13)
OTHER.mut 		(1)
OVARY 		(9)
PIWI.ip 		(3)
PIWI.mut 		(1)
TDRD1.ip 		(53)
TESTES

Sense strand
ACCACATATGACCAGATGTACAATGACCTCCTCAGGAAAGACAAAGAACTGTATCCCATGGCTGACCCTTAGAGAAGCAGAGAGGTCATCTGGTGGGTGTGATGTGTGACTGGTGTCACTCTGATCCCCCACCCTGCAGGCTGTGTTTTAGGAGAAACAGGACCTGCAAATGTGTTCTGGCGTATAGGCCAGTGGTGCCTACGTCAGTCCTTTTTTATTTATAAGAAGTCAGTTTTTCAGTTTCCTCCTT
...............................................................(((((((.........))).))))....((((((...(((..(((((....)))))....))).)))))).((((((((.((((((....)))))))).))))))..................................................................................
...............................................................64.................................................................................................................179.....................................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes) 		SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR037900(GSM510436)
testes_rep1. (testes) 		SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR051941(GSM545785)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l-/-). (mov10L testes) 		SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
........TGACCAGATGTACAATGACCTCCTCAGG...................................................................................................................................................................................................................... 28 1 78.00 78.00 - 28.00 23.00 7.00 - 1.00 5.00 4.00 - - 6.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - -
......TATGACCAGATGTACAATGACCTCCTC......................................................................................................................................................................................................................... 27 1 71.00 71.00 - 17.00 23.00 13.00 1.00 - 4.00 4.00 1.00 - 4.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
..........................................................TGGCTGACCCTTAGAGAAGCAGAGAGG..................................................................................................................................................................... 27 1 40.00 40.00 32.00 - - - 4.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................TGTCACTCTGATCCCCCACCCTGCAGGC............................................................................................................. 28 1 26.00 26.00 6.00 - 1.00 - 4.00 - 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - 8.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........TGACCAGATGTACAATGACCTCCTCAG....................................................................................................................................................................................................................... 27 1 21.00 21.00 - 8.00 6.00 1.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TAGGAGAAACAGGACCTGCAAATGTGT........................................................................... 27 1 20.00 20.00 - - - - 3.00 2.00 - 1.00 - - - 4.00 1.00 - 2.00 - 1.00 3.00 - - - - 1.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........TGACCAGATGTACAATGACCTCCTCAGGA..................................................................................................................................................................................................................... 29 1 19.00 19.00 - 1.00 - 2.00 - - 2.00 - - 3.00 1.00 - - 3.00 - - - - 4.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................TGGCTGACCCTTAGAGAAGCAGAGA....................................................................................................................................................................... 25 1 19.00 19.00 16.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........TGACCAGATGTACAATGACCTCCTCAGGAA.................................................................................................................................................................................................................... 30 1 18.00 18.00 - 1.00 - 2.00 - - - - - 6.00 - - - 4.00 - - - - 3.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................TTAGAGAAGCAGAGAGGTCATCTGGTG........................................................................................................................................................... 27 1 15.00 15.00 - 1.00 2.00 - - 1.00 3.00 1.00 1.00 - - 1.00 - - 2.00 - - - - - 1.00 - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......TATGACCAGATGTACAATGACCTCCTCAGG...................................................................................................................................................................................................................... 30 1 11.00 11.00 - - - 3.00 - - 1.00 - - 1.00 - - - 2.00 - - - - - 3.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................TGGCTGACCCTTAGAGAAGCAGAGAGGTC................................................................................................................................................................... 29 1 11.00 11.00 6.00 - - - 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TAGGAGAAACAGGACCTGCAAATGT............................................................................. 25 1 11.00 11.00 - - - - 2.00 2.00 - - - - - 1.00 - - 2.00 - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................TGGCTGACCCTTAGAGAAGCAGAGAG...................................................................................................................................................................... 26 1 10.00 10.00 6.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
..................................GGAAAGACAAAGAACTGTATCCCATGGC............................................................................................................................................................................................ 28 1 9.00 9.00 - 2.00 2.00 1.00 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................AAGACAAAGAACTGTATCCCATGGCT........................................................................................................................................................................................... 26 1 9.00 9.00 5.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................TGTCACTCTGATCCCCCACCCTGCAGGCT............................................................................................................ 29 1 8.00 8.00 - 3.00 1.00 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................CAGGAAAGACAAAGAACTGTATCCCATGGC............................................................................................................................................................................................ 30 1 8.00 8.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - 2.00 - - 3.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TAGGAGAAACAGGACCTGCAAATGTGTT.......................................................................... 28 1 8.00 8.00 - - - - 2.00 2.00 - - - - - 1.00 - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......TATGACCAGATGTACAATGACCTCCTCA........................................................................................................................................................................................................................ 28 1 7.00 7.00 - - 1.00 3.00 - - - 1.00 - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................GAAAGACAAAGAACTGTATCCCATGGC............................................................................................................................................................................................ 27 1 6.00 6.00 - 2.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......TATGACCAGATGTACAATGACCTCCTCAG....................................................................................................................................................................................................................... 29 1 6.00 6.00 - - - 3.00 - - - - - 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................TGGCTGACCCTTAGAGAAGCAGAGAGGT.................................................................................................................................................................... 28 1 6.00 6.00 - - - - 2.00 1.00 - - - - - - 1.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................TAGAGAAGCAGAGAGGTCATCTGGTG........................................................................................................................................................... 26 1 6.00 6.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TAGGAGAAACAGGACCTGCAAATGTG............................................................................ 26 1 5.00 5.00 - - - - - - - - 2.00 - - 1.00 - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......TATGACCAGATGTACAATGACCTCCTCAGt...................................................................................................................................................................................................................... 30 t 5.00 6.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................TGACCTCCTCAGGAAAGACAAAGAACTGT...................................................................................................................................................................................................... 29 1 5.00 5.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - -
........TGACCAGATGTACAATGACCTCCTCA........................................................................................................................................................................................................................ 26 1 5.00 5.00 - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00
..................................................................................................................................................TTTAGGAGAAACAGGACCTGCAAATG.............................................................................. 26 1 5.00 5.00 5.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................AAGACAAAGAACTGTATCCCATGGCTG.......................................................................................................................................................................................... 27 1 4.00 4.00 - - - - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............GATGTACAATGACCTCCTCAGGAAAGAC................................................................................................................................................................................................................ 28 1 4.00 4.00 - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................GGAAAGACAAAGAACTGTATCCCATGGCTGA......................................................................................................................................................................................... 31 1 4.00 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 1.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................TACAATGACCTCCTCAGGAAAGACAAAGA........................................................................................................................................................................................................... 29 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
...................................GAAAGACAAAGAACTGTATCCCATG.............................................................................................................................................................................................. 25 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................TGTGTTTTAGGAGAAACAGGACCTGC................................................................................... 26 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................TGACCTCCTCAGGAAAGACAAAGAACTG....................................................................................................................................................................................................... 28 1 3.00 3.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
........TGACCAGATGTACAATGACCTCCTCAGGAAA................................................................................................................................................................................................................... 31 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......TATGACCAGATGTACAATGACCTCC........................................................................................................................................................................................................................... 25 1 3.00 3.00 - - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................TAAGAAGTCAGTTTTTCAGTTTCCTCCTT 29 1 3.00 3.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................TACAATGACCTCCTCAGGAAAGACAAAGAACTc....................................................................................................................................................................................................... 33 c 3.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
.....................................AAGACAAAGAACTGTATCCCATGGCTGACC....................................................................................................................................................................................... 30 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....CATATGACCAGATGTACAATGACCTCCTC......................................................................................................................................................................................................................... 29 1 3.00 3.00 - - - 1.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................TTAGAGAAGCAGAGAGGTCATCTGGT............................................................................................................................................................ 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................TGACCTCCTCAGGAAAGACAAAGAACTc....................................................................................................................................................................................................... 28 c 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........ACCAGATGTACAATGACCTCCTCAGG...................................................................................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................GGAAAGACAAAGAACTGTATCCCATGGCT........................................................................................................................................................................................... 29 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................TCTGATCCCCCACCCTGCAGGCTGTGTTT...................................................................................................... 29 1 2.00 2.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................TGACCTCCTCAGGAAAGACAAAGAACTGa...................................................................................................................................................................................................... 29 a 2.00 3.00 - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................TGTCACTCTGATCCCCCACCCTGCAGGCa............................................................................................................ 29 a 2.00 26.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................TACAATGACCTCCTCAGGAAAGACAA.............................................................................................................................................................................................................. 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
.....................................AAGACAAAGAACTGTATCCCATGGC............................................................................................................................................................................................ 25 1 2.00 2.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................TGGCTGACCCTTAGAGAAGCAGAGAGt..................................................................................................................................................................... 27 t 2.00 10.00 - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................AGGAGAAACAGGACCTGCAAATGTGT........................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................TGGCTGACCCTTAGAGAAGCAGA......................................................................................................................................................................... 23 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
..................................................................................................................GTCACTCTGATCCCCCACCCTGCAGGC............................................................................................................. 27 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................TGACCTCCTCAGGAAAGACAAAGAACTGTA..................................................................................................................................................................................................... 30 1 2.00 2.00 - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TGTACAATGACCTCCTCAGGAAAGACAAAG............................................................................................................................................................................................................ 30 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................TTAGGAGAAACAGGACCTGCAAATGTGT........................................................................... 28 1 2.00 2.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................TGTCACTCTGATCCCCCACCCTGCAGt.............................................................................................................. 27 t 2.00 0.00 - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................AAAGACAAAGAACTGTATCCCATGGC............................................................................................................................................................................................ 26 1 2.00 2.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................AAGCAGAGAGGTCATCTGGTG........................................................................................................................................................... 21 1 2.00 2.00 - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................TCCCATGGCTGACCCTTAGAGAAGCAG.......................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TAGGAGAAACAGGACCTGCAAATGTGTTC......................................................................... 29 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
....................................................................................................................CACTCTGATCCCCCACCCTGCAGGCTG........................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................ATGACCTCCTCAGGAAAGACAAAGAACTc....................................................................................................................................................................................................... 29 c 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................TACAATGACCTCCTCAGGAAAG.................................................................................................................................................................................................................. 22 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
........................................................................................................................................CAGGCTGTGTTTTAGGAGAAACAGGAC....................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................TACAATGACCTCCTCAGGAAAGACAAAG............................................................................................................................................................................................................ 28 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................TACGTCAGTCCTTTTTTATTTATAAGAA....................... 28 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TGTACAATGACCTCCTCAGGAAAGACAA.............................................................................................................................................................................................................. 28 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................CAAAGAACTGTATCCCATGGCTGACCC...................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................GGCTGACCCTTAGAGAAGCAGAGAGGTC................................................................................................................................................................... 28 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................TCCCATGGCTGACCCTTAGAGAAGCAGA......................................................................................................................................................................... 28 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................TGTGTTTTAGGAGAAACAGGACCTGCA.................................................................................. 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TAGGAGAAACAGGACCTGCAAATGTa............................................................................ 26 a 2.00 11.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
......TATGACCAGATGTACAATGACCTCata......................................................................................................................................................................................................................... 27 ata 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......TATGACCAGATGTACAATGACCTCatc......................................................................................................................................................................................................................... 27 atc 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................TAGAGAAGCAGAGAGGTCATCTGGTGt.......................................................................................................................................................... 27 t 1.00 6.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................CCATGGCTGACCCTTAGAGAAGCAGAGA....................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................GTGTTTTAGGAGAAACAGGACCTGC................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......TATGACCAGATGTACAATGACCTCCTCAGGt..................................................................................................................................................................................................................... 31 t 1.00 11.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TCTGGTGGGTGTGATGTGTGACTGGTG....................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................GGCTGACCCTTAGAGAAGCAGAGAGGT.................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................TGTCACTCTGATCCCCCACCCTGCAGGCTa........................................................................................................... 30 a 1.00 8.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................TGCCTACGTCAGTCCTTTTTTATTTAT............................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................TCCTCAGGAAAGACAAAGAACTGTATCCCA................................................................................................................................................................................................ 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................TGTGATGTGTGACTGGTGTCACTCTGA.............................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
...............ATGTACAATGACCTCCTCAGGAAAGAC................................................................................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................TACAATGACCTCCTCAGGAAAGACAAAGAAC......................................................................................................................................................................................................... 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................GTGTTTTAGGAGAAACAGGACCTGCA.................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................TTAGGAGAAACAGGACCTGCAAATGcg............................................................................ 27 cg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................TGACCCTTAGAGAAGCAGAGAGGTCATC................................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................AGGTCATCTGGTGGGTGTGATGTGT............................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................TATAAGAAGTCAGTTTTTCAGTTTCCTCCTT 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........TGACCAGATGTACAATGACCTCCTCAcga..................................................................................................................................................................................................................... 29 cga 1.00 5.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................TCTGATCCCCCACCCTGCAGGC............................................................................................................. 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TGTACAATGACCTCCTCAGGAAAGAC................................................................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................GGAAAGACAAAGAACTGTATCCCATGGCa........................................................................................................................................................................................... 29 a 1.00 9.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................AGAGAAGCAGAGAGGTCATCTGGcg........................................................................................................................................................... 25 cg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................TGTCACTCTGATCCCCCACCCTGCAGta............................................................................................................. 28 ta 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................CATGGCTGACCCTTAGAGAAGCAGAGA....................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................TGGCTGACCCTTAGAGAAGCAGAGcggt.................................................................................................................................................................... 28 cggt 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................TGTTTTAGGAGAAACAGGACCTGCAAAa............................................................................... 28 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
........TGACCAGATGTACAATGAC............................................................................................................................................................................................................................... 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................CAAAGAACTGTATCCCATGGCTGACCCT..................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....ATATGACCAGATGTACAATGACCTCCT.......................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....CATATGACCAGATGTACAATGACCTCC........................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................TACAATGACCTCCTCAGGAAAGACAAAGAACTt....................................................................................................................................................................................................... 33 t 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................CCCATGGCTGACCCTTAGAGAAGCAGA......................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................GCAAATGTGTTCTGGCGTATAGGCt............................................................ 25 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................AGGAAAGACAAAGAACTGTATCCCATGGC............................................................................................................................................................................................ 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........ACCAGATGTACAATGACCTCCTCAGGA..................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
..............................................................................AGAGAGGTCATCTGGTGGGTGTGATa.................................................................................................................................................. 26 a 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................TACAATGACCTCCTCAGGAAAGACAAAGAACT........................................................................................................................................................................................................ 32 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
........TGACCAGATGTACAATGACCTCCT.......................................................................................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................AAAGACAAAGAACTGTATCCCATGGCTG.......................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................GTACAATGACCTCCTCAGGAAAGACAAA............................................................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
.....................................................................................TCATCTGGTGGGTGTGATGTGTGACT........................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................TCTGATCCCCCACCCTGCAGGCTGTGT........................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TAGGAGAAACAGGACCTGCAActgt............................................................................. 25 ctgt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................TGTATCCCATGGCTGACCCTTAGAGA............................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................TGGCTGACCCTTAGAGAAGCAGAGAGGTt................................................................................................................................................................... 29 t 1.00 6.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................AGGAGAAACAGGACCTGCAAATGTGTT.......................................................................... 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................TGCCTACGTCAGTCCTTTTTTATT............................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................ATGACCTCCTCAGGAAAGACAAA............................................................................................................................................................................................................. 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
..........................CCTCCTCAGGAAAGACAAAGA........................................................................................................................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................TGGCTGACCCTTAGAGAAGCAGAGAtgt.................................................................................................................................................................... 28 tgt 1.00 19.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................TCTGATCCCCCACCCTGCAGGCTGTG......................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................AGACAAAGAACTGTATCCCATGGCTGACC....................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........CCAGATGTACAATGACCTCCTCAGGAAAGA................................................................................................................................................................................................................. 30 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................TAGAGAAGCAGAGAGGTCATCTGGT............................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................TGCAGGCTGTGTTTTAGGAGAAACAG.......................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................ATGACCTCCTCAGGAAAGACAAAGAAC......................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
....CATATGACCAGATGTACAATGACCTCat.......................................................................................................................................................................................................................... 28 at 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....ATATGACCAGATGTACAATGACCTCCTC......................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................TGACCCTTAGAGAAGCAGAGAGGTCATCTGt............................................................................................................................................................. 31 t 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TAGGAGAAACAGGACCTGCAAATag............................................................................. 25 ag 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
.......................TGACCTCCTCAGGAAAGACA............................................................................................................................................................................................................... 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................GAAGCAGAGAGGTCATCTGGTGGGT........................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................GACCTCCTCAGGAAAGACt............................................................................................................................................................................................................... 19 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................TTTAGGAGAAACAGGACCTGCAAATGTGT........................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................ACTGTATCCCATGGCTGACCCTTAGA................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................TCTGATCCCCCACCCTGCAGGCTGT.......................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................TTAGGAGAAACAGGACCTGCAAATGT............................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................GTACAATGACCTCCTCAGGAAAGACAAAG............................................................................................................................................................................................................ 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...ACATATGACCAGATGTACAATGACCTC............................................................................................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................TGTGATGTGTGACTGGTGTCACTCTG............................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................CAGGAAAGACAAAGAACTGTATCCCATGGa............................................................................................................................................................................................ 30 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................TGACCTCCTCAGGAAAGACAAAGAACTctat.................................................................................................................................................................................................... 31 ctat 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................AAGACAAAGAACTGTATCCCATGG............................................................................................................................................................................................. 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......TATGACCAGATGTACAATGAC............................................................................................................................................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................GGAAAGACAAAGAACTGTATCCCATGGCTGg......................................................................................................................................................................................... 31 g 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TAGGAGAAACAGGACCTGCAAATGTt............................................................................ 26 t 1.00 11.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................TTAGAGAAGCAGAGAGGTCATCTGG............................................................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......TATGACCAGATGTACAATGACCTCCTCAGa...................................................................................................................................................................................................................... 30 a 1.00 6.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............GATGTACAATGACCTCCTCAGGAAAGACA............................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................AAAGACAAAGAACTGTATCCCATGGCT........................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................GGAGAAACAGGACCTGCAAATGTGT........................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................TGACCTCCTCAGGAAAGACAAAGAAC......................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................TGATGTGTGACTGGTGTCACTCTGATC............................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................GGACCTGCAAATGTGTTCTGGCGTATAGGC............................................................. 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............GATGTACAATGACCTCCTCAGGAAA................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................TAAGAAGTCAGTTTTTCAGTTTCCTCCT. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TGTGTGACTGGTGTCACTCTGATCCCC......................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................TGGCTGACCCTTAGAGAAGCAGAG........................................................................................................................................................................ 24 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................GGAAAGACAAAGAACTGTATCCCATGGCTa.......................................................................................................................................................................................... 30 a 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................AAAGACAAAGAACTGTATCCCATGGCTGA......................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................TGTCACTCTGATCCCCCACCCTGCAGG.............................................................................................................. 27 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................TGTGTTCTGGCGTATAGGCCAGTGG....................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................TCACTCTGATCCCCCACCCTGCAGGCTa........................................................................................................... 28 a 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TGTACAATGACCTCCTCAGGAAAGACAAAGA........................................................................................................................................................................................................... 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................ACCTGCAAATGTGTTCTGGCGTATA................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................GACAAAGAACTGTATCCCATGGCTGACC....................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................TGTCACTCTGATCCCCCACCCTG.................................................................................................................. 23 2 0.50 0.50 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................CAGGAAAGACAAAGAACTGTA..................................................................................................................................................................................................... 21 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - -
.................................................................................................................TGTCACTCTGATCCCCCACCCTGCAGGat............................................................................................................ 29 at 0.50 1.00 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................GTTTTTCAGTTTCCTCCT. 18 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................TCCTCAGGAAAGACAAAGAACTGTATCCC................................................................................................................................................................................................. 29 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
ACCACATATGACCAGATGTACAATGACCTCCTCAGGAAAGACAAAGAACTGTATCCCATGGCTGACCCTTAGAGAAGCAGAGAGGTCATCTGGTGGGTGTGATGTGTGACTGGTGTCACTCTGATCCCCCACCCTGCAGGCTGTGTTTTAGGAGAAACAGGACCTGCAAATGTGTTCTGGCGTATAGGCCAGTGGTGCCTACGTCAGTCCTTTTTTATTTATAAGAAGTCAGTTTTTCAGTTTCCTCCTT
...............................................................(((((((.........))).))))....((((((...(((..(((((....)))))....))).)))))).((((((((.((((((....)))))))).))))))..................................................................................
...............................................................64.................................................................................................................179.....................................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes) 		SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR037900(GSM510436)
testes_rep1. (testes) 		SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR051941(GSM545785)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l-/-). (mov10L testes) 		SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)