(8)
OTHER.mut
(6)
PIWI.ip
(1)
PIWI.mut
(1)
TDRD1.ip
(27)
TESTES

Sense strand
TAAACTCGGCTCGTTATTTCTGTACCCCACCTCTCACTCCCGCCCCCGAAGTAAGTGACACCACCTACAATTTACGTGCATTTTCTTTGGAAGGTTTTGTTTTTCTTCAAACTATTTGAAATACATGAATCTCTCTGGCCCCGTCACGCCTTAGTTGAAGAGCCACCGTGTTGGAGTGGGAAGAAAACAAGGAAGTTTTCCTGG
........................................................................................((((((((((((.((((............)))).))).)))))).)))....................................................................
............................................................61..........................................................................137.................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR363963(GSM822765)
AdultGlobal 5'-RACEread_length: 105. (testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes)
SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
.................................................................................................................................................ACGCCTTAGTTGAAGAGCCACCGTGTTGGAGTGGGAAGAAAACAAGGAAGTT....... 52 1 39.00 39.00 39.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................TACAATTTACGTGCATTTTCTTTGGA................................................................................................................. 26 1 11.00 11.00 - 9.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - -
........................................................................TACGTGCATTTTCTTTGGAAGGTTTT.......................................................................................................... 26 1 6.00 6.00 - 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
.......................................................................................................................................................TAGTTGAAGAGCCACCGTGTTGGAGTG.......................... 27 1 5.00 5.00 - 1.00 1.00 - - 2.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................TAGTTGAAGAGCCACCGTGTTGGAGT........................... 26 1 4.00 4.00 - 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00
........................................................................TACGTGCATTTTCTTTGGAAGGTTT........................................................................................................... 25 1 4.00 4.00 - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................TACAATTTACGTGCATTTTCTTTGGAAGG.............................................................................................................. 29 1 3.00 3.00 - 1.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................TTCAAACTATTTGAAATACATGAATCTC....................................................................... 28 1 2.00 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TTTCTGTACCCCACCTCTCACTCCCGCCC............................................................................................................................................................... 29 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
.......................................................................TTACGTGCATTTTCTTTGGAAGGTTTT.......................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
.................................................................TACAATTTACGTGCATTTTCTTTGGAA................................................................................................................ 27 1 2.00 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................TACAATTTACGTGCATTTTCTTTGG.................................................................................................................. 25 1 2.00 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................TGGAAGGTTTTGTTTTTCTTCAAACTATT........................................................................................ 29 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................TACGTGCATTTTCTTTGGAAGGTTTTGTTT...................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
.................................................................................................................ATTTGAAATACATGAATCTCTC..................................................................... 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................TGGCCCCGTCACGCCTTAGTTGAAGAGC......................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................TTGAAATACATGAATCTCTCTGGC................................................................. 24 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................TATTTGAAATACATGAATCTCTCTGG.................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................TTACGTGCATTTTCTTTGGAAGGTTTTGT........................................................................................................ 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
.........................................................................................................TTCAAACTATTTGAAATACATGAATCT........................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................AAGGTTTTGTTTTTCTTCAAA............................................................................................. 21 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................TGAAATACATGAATCTCTCTGGCCCC.............................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................TAAGTGACACCACCTACAATTTACGTGCATTT......................................................................................................................... 32 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................TTTGAAATACATGAATCTCTCTGGCCC............................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................GTACCCCACCTCTCAtgt..................................................................................................................................................................... 18 tgt 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................TACAATTTACGTGCATTTTCTTTGGAAGGT............................................................................................................. 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
........................................................................TACGTGCATTTTCTTTGGAAGGTTTTGTT....................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................TTGAAGAGCCACCGTGTTGGAGTGGGt....................... 27 t 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................TATTTGAAATACATGAATCTCTCTGGC................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................GTGCATTTTCTTTGGAAGG.............................................................................................................. 19 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................TACATGAATCTCTCTGGCCCCGTCA.......................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................CCCGAAGTAAGTGACACCA............................................................................................................................................. 19 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................TTAGTTGAAGAGCCACCGTGTTGGAGTG.......................... 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................TGGAAGGTTTTGTTTTTCTTCAAA............................................................................................. 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
..................................................................................................................TTTGAAATACATGAATCTCTCTGGCCCC.............................................................. 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....TCGGCTCGTTATTTCTGTACCCCACC............................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................GTTGAAGAGCCACCGTGTTGGAGT........................... 24 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................TGAAGAGCCACCGTGTTGGAGTGGGt....................... 26 t 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................TTAGTTGAAGAGCCACCGTGTTGGAGa........................... 27 a 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................TGTTGGAGTGGGAAGAAAACAAGGAA.......... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................TGGAAGGTTTTGTTTTTCTTCAAACT........................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................TTAGTTGAAGAGCCACCGTGTTGGAGT........................... 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................TAAGTGACACCACCTACAATTTACGTGtatt.......................................................................................................................... 31 tatt 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................TACAATTTACGTGCATTTTCTTTGGAAG............................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................TAGTTGAAGAGCCACCGTGTTGGAGTGGG........................ 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
..................................................................................................................TTTGAAATACATGAATCTCTCTGGCC................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................AATTTACGTGCATTTTCTTTGGAAGGTTT........................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
.......GGCTCGTTATTTCTGTACCCCACCTC........................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................GTTGGAGTGGGAAaggt.................. 17 aggt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
...................................................TAAGTGACACCACCTACAATTTACGTGCAT........................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................AGAGCCACCGTGTTGGAGTGGGAAGAA................... 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................TGAAGAGCCACCGTGTTGGAGTGGta....................... 26 ta 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
...................................................................CAATTTACGTGCATTTTCTTTGGAAGGTT............................................................................................................ 29 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................TGAATCTCTCTGGCCCCGTCACGCtt..................................................... 26 tt 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................TAGTTGAAGAGCCACCGTGTTGGAG............................ 25 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................TACAATTTACGTGCATTTTCTT..................................................................................................................... 22 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
TAAACTCGGCTCGTTATTTCTGTACCCCACCTCTCACTCCCGCCCCCGAAGTAAGTGACACCACCTACAATTTACGTGCATTTTCTTTGGAAGGTTTTGTTTTTCTTCAAACTATTTGAAATACATGAATCTCTCTGGCCCCGTCACGCCTTAGTTGAAGAGCCACCGTGTTGGAGTGGGAAGAAAACAAGGAAGTTTTCCTGG
........................................................................................((((((((((((.((((............)))).))).)))))).)))....................................................................
............................................................61..........................................................................137.................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR363963(GSM822765)
AdultGlobal 5'-RACEread_length: 105. (testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes)
SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)