chr4:148527942 148528408 -
(1)
OTHER.ip 		(9)
OTHER.mut 		(1)
OVARY 		(8)
PIWI.ip 		(1)
PIWI.mut 		(1)
TDRD1.ip 		(39)
TESTES

Sense strand
CAGGAGAAGCTGTCTTTGCTCGGTGCTTGTCCTCTCTGAAGGAGGAGCGGGTTCAGGCCAGCCAAAAGCTGAAGGGTCCTAAGGTGGTCCAGCTGGAAGGCAGTAAGAAGTCATTCCTGGAGGACATCCGTAAGGTGACTGCCCCTCACCTCGTCGCCTGTGGTGGGGTCTGTAGAGGTCCTCCAATTCCAGCCTTTCCCGTTCTGTCACCCTCTCTCACGTCTCTGAGGTGCGAATGAAACTGGGACATGGGTGTGGCTACTCCACCAACCACAGCTCTGAAGTCCTGTGTCACTTTCCAGGCCCTCTATGCTTCCAAGATCATCTCCTACGCCCAAGGCTTTATGCTGCTCAGACAGGCAGCCACTGAGTTTGGCTGGACCCTCAATTATGGCGGCATTGCCCTGATGTGGAGAGGGGGCTGCATCATCCGAAGGTAGGTAAGAGGCGAACCCGGGACTGCAGTA
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(((((.(((..((.(((...(((((((.((...(((((((((.......))))))...)))......))))))))).))).)).))))))))...................................................
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................318................................................................................................417................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		GSM509276(GSM509276)
small RNA cloning by length. (testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGAGTTTGGCTGGACCCTCAATTATGGC........................................................................ 28 1 26.00 26.00 1.00 6.00 5.00 1.00 - - 1.00 - 1.00 - 1.00 1.00 - - - - 3.00 1.00 - 1.00 - - - - - 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGAGTTTGGCTGGACCCTCAATTATGGCG....................................................................... 29 1 13.00 13.00 - 1.00 - 2.00 - - - - - 8.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................TCTGAAGGAGGAGCGGGTTCAGGC......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 24 1 9.00 9.00 - - - - - - 2.00 - - - - 2.00 5.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCTTCCAAGATCATCTCCTACGCCC................................................................................................................................... 26 1 4.00 4.00 - - - - 2.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............TTTGCTCGGTGCTTGTCCTCTCTGA............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 25 1 4.00 4.00 - - - 1.00 - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCTTCCAAGATCATCTCCTACGCCCA.................................................................................................................................. 27 1 3.00 3.00 - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CCAAGATCATCTCCTACGCCCAAGGCTT............................................................................................................................ 28 1 3.00 3.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
...............................................................................TAAGGTGGTCCAGCTGGAAGGCAGTA.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 3.00 3.00 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................TAAGAAGTCATTCCTGGAGGACATCCGT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 28 1 3.00 3.00 - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................CTAAGGTGGTCCAGCTGGAAGGCAGTA.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 3.00 3.00 - - - - - - - - 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CCAAGATCATCTCCTACGCCCAAGGCTTT........................................................................................................................... 29 1 2.00 2.00 - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................AAAGCTGAAGGGTCCTAAGGTGGT........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 24 1 2.00 2.00 - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................TCTGAAGGAGGAGCGGGTTCAGGCCA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TGCTCGGTGCTTGTCCTCTCTGAAGGAG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 2.00 2.00 - - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................AGCTGAAGGGTCCTAAGGTGGTCCA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 25 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCTTCCAAGATCATCTCCTACGCCCAA................................................................................................................................. 28 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGAGAGGGGGCTGCAT........................................ 17 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....GAAGCTGTCTTTGCTCGGTGCTTGT..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TGCTCGGTGCTTGTCCTCTCTGAAGG......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
.........................................................................................................AGAAGTCATTCCTGGAGGACATCCGTA............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CACTGAGTTTGGCTGGACCCTCAATTATGGC........................................................................ 31 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...GAGAAGCTGTCTTTGCTCGGTGCTTG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TATGGCGGCATTGCCCTGATGTGGAGAG.................................................. 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......AAGCTGTCTTTGCTCGGTGCTTGTCat.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 27 at 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................AGTCATTCCTGGAGGACATC................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 20 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................GCTGGAAGGCAGTAAGAAGTCA.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 22 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CGCCCAAGGCTTTATGCTGCTCAGAC.............................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTGGAGAGGGGGCTGCATCATCC................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................CCAGCTGGAAGGCAGTAAGAAGTCATTCC.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ATGTGGAGAGGGGGCTGCATCA...................................... 22 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGAGTTTGGCTGGACCCTCAATTATGG......................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...GAGAAGCTGTCTTTGCTCGGTGCTTa...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 a 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................GTCCTCTCTGAAGGAGGAGCGGGTTC............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................AGGGTCCTAAGGTGGTCCAG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 20 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................TGAAGGGTCCTAAGGTGGTCCAGCTGG................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CCAAGATCATCTCCTACGCCCAAGGCTTTA.......................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTGGCTGGACCCTCAATTATGGC........................................................................ 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................AGCTGAAGGGTCCTAAGGTGGTCCAG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CAAGGCTTTATGCTGCTCAGACAGtc.......................................................................................................... 26 tc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCTTCCAAGATCATCTCCT......................................................................................................................................... 20 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCATCTCCTACGCCCAAG................................................................................................................................ 18 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................AAGGTGGTCCAGCTGGAAGGCA............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 22 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGAGAGGGGGCTGCATCATCCGAA................................ 24 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................TGAAGGGTCCTAAGGTGGTCCAGCT..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....AGAAGCTGTCTTTGCTCGGTGCTTGTCCTC................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 30 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ACGCCCAAGGCTTTATGCTGCTCAGA............................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................TCGGTGCTTGTCCTCTCTGAAGGAGGAGt................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................TAAGGTGGTCCAGCTGGAAGGCAGTAA......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................GAGGACATCCGTAAGGcc.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 18 cc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................TCAGGCCAGCCAAAAGCTGAAGGGTC..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................AGAAGTCATTCCTGGAtttg...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 20 tttg 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............TTGCTCGGTGCTTGTCCTCTCTGAAGG......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................AGTAAGAAGTCATTCCTGGAGGACATC................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGAGTTTGGCTGGACCCTCAATTATGGCt....................................................................... 29 t 1.00 26.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ATGTGGAGAGGGGGCTGCATCATCC................................... 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................GAAGGCAGTAAGAAGTCATTCCTGGAGac....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 ac 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................GTGCGAATGAAACTGGGACATGGGTGT................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTATGCTTCCAAGATCATCTCCTACGCC.................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGGCGAACCCGGGga....... 16 ga 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........TGTCTTTGCTCGGTGCTTGTCCTCT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................TAAGGTGGTCCAGCTGGAAGGCA............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 23 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTATGCTTCCAAGATCATCTCCTACGC..................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TGCTCGGTGCTTGTCCTCTCTGAAGGAGt...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 t 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGTTTGGCTGGACCCTCAAT.............................................................................. 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
.......................................................................................................TAAGAAGTCATTCCTGGAGGACATCC.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTCCAAGATCATCTCCTACGCCCAAGGCT............................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................AAAGCTGAAGGGTCCTAAGGTGGTCCAaa...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 aa 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCCAAGATCATCTCCTACGCCCAAGGCTTT........................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........TGTCTTTGCTCGGTGCTTGTCCTCTC............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............TTGCTCGGTGCTTGTCCTCTCTGtcgg......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 tcgg 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................AAAAGCTGAAGGGTCCTAAGGTGGTCC......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................TAAGAAGTCATTCCTGGAGGACAT.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00
.......................................................................................TCCAGCTGGAAGGCAGTAAGAAGTCATT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGCGGCATTGCCCTGATGTGGAGAGt................................................. 27 t 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TGCTCGGTGCTTGTCCTCTCTGAAGGt........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 27 t 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................GAAGGCAGTAAGAAGTCATTCCTGGAG......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................AAGCTGAAGGGTCCTAAGGTGGTCCAGt...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 t 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................CAGTAAGAAGTCATTCCTGGAGGACATCC.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................AAAAGCTGAAGGGTCCTAAGGTGGTC.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTGGCTGGACCCTCAATTATGGCGGgat................................................................... 28 gat 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................TCCTAAGGTGGTCCAGCTGGAAGGCAGT........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................TCGGTGCTTGTCCTCTCTGAAGGAGGA..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................TCGGTGCTTGTCCTCTCTGAAGGAGGAGC................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................CGGGTTCAGGCCAGCCAAAAGCTGAAGGG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................CCAGCTGGAAGGCAGTAAGAAGTCATT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................CCAGCCAAAAGCTGAAGGGTCCTAAGGT.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................GCCAAAAGCTGAAGGGTCCTAAGGTGG............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................TAAGGTGGTCCAGCTGGAAGGCAGTAAG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTGGAGAGGGGGCTGCATCATCCGA................................. 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................TGAAGGGTCCTAAGGTGGTCCAGCTG.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
..GGAGAAGCTGTCTTTGCTCGGTGC......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................TCTGAAGGAGGAGCGGGTTCAGG.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCCAAGATCATCTCCTACGCCCAAGG............................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....AGAAGCTGTCTTTGCTCGGTGCTTG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTTTGGCTGGACCCTC................................................................................. 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................CTCTGAAGGAGGAGCGGGTTCAGGC......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
...GAGAAGCTGTCTTTGCTCGGTGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................AAAGCTGAAGGGTCCTAAGGTGGTCCAGC...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................TAAGAAGTCATTCCTGGAGGACATCCGTA............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
........................................................................AGGGTCCTAAGGTagcg.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 17 agcg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............TTTGCTCGGTGCTTGTCCTCTC............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCTCCTACGCCCAAGGCTTTATGCTGC.................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................TCCTAAGGTGGTCCAGCTGGAAGGg.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 25 g 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
............................................................................TCCTAAGGTGGTCCAGCTGGAAGGCA............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................CTCTGAAGGAGGAGCGGGTTCAG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CAAGATCATCTCCTACGCCCAAGGCTT............................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTATGCTTCCAAGATCATCTCCTACGCCC................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................GAAGGAGGAGCGGGTTCA............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 18 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................TCTGAAGGAGGAGCGGGTTCAGGCCAG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCTTCCAAGATCATCTCCTACGCCCAAGGCTT............................................................................................................................ 33 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGCTGGACCCTCAATTATGGCGGCAT................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................TCTCTCACGTCTCTGAG.............................................................................................................................................................................................................................................. 17 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
CAGGAGAAGCTGTCTTTGCTCGGTGCTTGTCCTCTCTGAAGGAGGAGCGGGTTCAGGCCAGCCAAAAGCTGAAGGGTCCTAAGGTGGTCCAGCTGGAAGGCAGTAAGAAGTCATTCCTGGAGGACATCCGTAAGGTGACTGCCCCTCACCTCGTCGCCTGTGGTGGGGTCTGTAGAGGTCCTCCAATTCCAGCCTTTCCCGTTCTGTCACCCTCTCTCACGTCTCTGAGGTGCGAATGAAACTGGGACATGGGTGTGGCTACTCCACCAACCACAGCTCTGAAGTCCTGTGTCACTTTCCAGGCCCTCTATGCTTCCAAGATCATCTCCTACGCCCAAGGCTTTATGCTGCTCAGACAGGCAGCCACTGAGTTTGGCTGGACCCTCAATTATGGCGGCATTGCCCTGATGTGGAGAGGGGGCTGCATCATCCGAAGGTAGGTAAGAGGCGAACCCGGGACTGCAGTA
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(((((.(((..((.(((...(((((((.((...(((((((((.......))))))...)))......))))))))).))).)).))))))))...................................................
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................318................................................................................................417................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		GSM509276(GSM509276)
small RNA cloning by length. (testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................ACTTTCCAGGCCCTCTATGCTTCCA..................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................GCCTTTCCCGTTCTGTggt.................................................................................................................................................................................................................................................................... 19 ggt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -