chr4:133141932 133142181 +
(1)
OTHER.ip 		(5)
OTHER.mut 		(6)
PIWI.ip 		(2)
PIWI.mut 		(1)
TDRD1.ip 		(39)
TESTES

Sense strand
CATCAACCTCCTCTCCAAGATGGACCTTATTGAACACTATGGGAAGCTGGGTAAGAGACTGCCTGCAGCGCGAAGGGAGCTACCTCGCTGCCTTCCTGACTTTTGGCCATTATTTTGTGCGCTGTGCTAGATGCCACAGTTGATTTAGAGATGAGAGCTACAGATGGGGCTTTAAAGGATTTAAAACAGGTGGTAGTACAGTGGCTGGCTGAAGGGAGTGGATCACAGCTCACTGCTCTGAGCCATGGCA
........................................................................................................................................((.(((.((((((....((((((........))))))......)))))).))).))..........................................................
.......................................................................................................................................136.............................................................200................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes) 		SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR037900(GSM510436)
testes_rep1. (testes) 		SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
...........................TATTGAACACTATGGGAAGCTGGGTA..................................................................................................................................................................................................... 26 1 48.00 48.00 23.00 13.00 1.00 3.00 1.00 - 2.00 1.00 - - - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................TGGACCTTATTGAACACTATGGGAAGC........................................................................................................................................................................................................... 27 1 29.00 29.00 9.00 5.00 3.00 4.00 3.00 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
...........................TATTGAACACTATGGGAAGCTGGcctt.................................................................................................................................................................................................... 27 cctt 28.00 0.00 5.00 11.00 - 3.00 - 6.00 1.00 - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................TTATTGAACACTATGGGAAGCTGGcctt.................................................................................................................................................................................................... 28 cctt 16.00 0.00 3.00 5.00 - 3.00 - 1.00 2.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
...........................TATTGAACACTATGGGAAGCTGGGT...................................................................................................................................................................................................... 25 1 14.00 14.00 2.00 2.00 1.00 3.00 - - - 5.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................TAAAGGATTTAAAACAGGTGGTAGTAC................................................... 27 1 14.00 14.00 5.00 4.00 3.00 - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................TTATTGAACACTATGGGAAGCTGGGTA..................................................................................................................................................................................................... 27 1 12.00 12.00 2.00 2.00 - - - - 1.00 - - 7.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................TTATTGAACACTATGGGAAGCTGGcct..................................................................................................................................................................................................... 27 cct 12.00 0.00 2.00 5.00 - 2.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00
............................................................................................................................................TGATTTAGAGATGAGAGCTACAGATGG................................................................................... 27 1 12.00 12.00 8.00 3.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................TGGACCTTATTGAACACTATGGGAAGCT.......................................................................................................................................................................................................... 28 1 11.00 11.00 2.00 2.00 - 1.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
..........................TTATTGAACACTATGGGAAGCTGGGT...................................................................................................................................................................................................... 26 1 11.00 11.00 4.00 5.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TATTGAACACTATGGGAAGCTGGcct..................................................................................................................................................................................................... 26 cct 10.00 0.00 1.00 5.00 - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................TAAAGGATTTAAAACAGGTGGTAGTACA.................................................. 28 1 9.00 9.00 2.00 2.00 - 1.00 1.00 - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................TAGAGATGAGAGCTACAGATGGGGCTT.............................................................................. 27 1 9.00 9.00 - 2.00 2.00 - 2.00 - - - 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................TTAAAGGATTTAAAACAGGTGGTAGTA.................................................... 27 1 8.00 8.00 1.00 - 4.00 - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
....................TGGACCTTATTGAACACTATGGGAAGCTG......................................................................................................................................................................................................... 29 1 8.00 8.00 2.00 2.00 - 2.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TATTGAACACTATGGGAAGCTGGGTAA.................................................................................................................................................................................................... 27 1 8.00 8.00 5.00 1.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTAAGAGACTGCCTGCAGCGCGAAGG.............................................................................................................................................................................. 26 1 8.00 8.00 2.00 - 2.00 - - 1.00 - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TTAGAGATGAGAGCTACAGATGGGGCTT.............................................................................. 28 1 6.00 6.00 - 1.00 2.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................TTTAAAACAGGTGGTAGTACAGTGGC............................................. 26 1 6.00 6.00 2.00 1.00 - - - 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................AGCGCGAAGGGAGCcaaa...................................................................................................................................................................... 18 caaa 6.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 4.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................TAAAACAGGTGGTAGTACAGTGGCTGG.......................................... 27 1 6.00 6.00 3.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................TGATTTAGAGATGAGAGCTACAGATG.................................................................................... 26 1 6.00 6.00 2.00 2.00 - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................TTGAACACTATGGGAAGCTGGGTAAG................................................................................................................................................................................................... 26 1 5.00 5.00 2.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................TAAAGGATTTAAAACAGGTGGTAGTA.................................................... 26 1 5.00 5.00 - 1.00 - 1.00 - - - 1.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TTAGAGATGAGAGCTACAGATGGGGCT............................................................................... 27 1 5.00 5.00 - - 4.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................TGAACACTATGGGAAGCTGGGTAAG................................................................................................................................................................................................... 25 1 5.00 5.00 4.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................TTATTGAACACTATGGGAAGCTGGcc...................................................................................................................................................................................................... 26 cc 5.00 0.00 4.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................TTGAACACTATGGGAAGCTGGGTAA.................................................................................................................................................................................................... 25 1 5.00 5.00 - 4.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................TATGGGAAGCTGGGTAAGAGACTGCCT.......................................................................................................................................................................................... 27 1 5.00 5.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................TGAACACTATGGGAAGCTGGGTAAGA.................................................................................................................................................................................................. 26 1 5.00 5.00 3.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................TAGAGATGAGAGCTACAGATGGGGC................................................................................ 25 1 5.00 5.00 - - 1.00 - - - - - - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TATTGAACACTATGGGAAGCTGGG....................................................................................................................................................................................................... 24 1 4.00 4.00 1.00 - 1.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................TTAAAACAGGTGGTAGTACAGTGGCT............................................ 26 1 4.00 4.00 1.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................TTAAAGGATTTAAAACAGGTGGTAGTACA.................................................. 29 1 4.00 4.00 - 1.00 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TATTGAACACTATGGGAAGCTGGGTAAG................................................................................................................................................................................................... 28 1 4.00 4.00 - - - - - - - - - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................GATGGACCTTATTGAACACTATGGGAAGC........................................................................................................................................................................................................... 29 1 4.00 4.00 - 1.00 1.00 - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................TAAGAGACTGCCTGCAGCGCGAAGG.............................................................................................................................................................................. 25 1 3.00 3.00 - 1.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................TGGGGCTTTAAAGGATTTAAAACAGGT........................................................... 27 1 3.00 3.00 - - 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................TTAAAGGATTTAAAACAGGTGGTAGT..................................................... 26 1 3.00 3.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTAAGAGACTGCCTGCAGCGCGAAGGG............................................................................................................................................................................. 27 1 3.00 3.00 - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................TTAAAACAGGTGGTAGTACAGTGGC............................................. 25 1 3.00 3.00 - 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................TAGAGATGAGAGCTACAGATGGGGCT............................................................................... 26 1 3.00 3.00 - - 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................ATGGACCTTATTGAACACTATGGGAAGC........................................................................................................................................................................................................... 28 1 3.00 3.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........TCCTCTCCAAGATGGACCTTATTGAACAC..................................................................................................................................................................................................................... 29 1 3.00 3.00 - 1.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................AGATGGACCTTATTGAACACTATGGGAAGC........................................................................................................................................................................................................... 30 1 3.00 3.00 - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................TGCCACAGTTGATTTAGAGATGAGAGC............................................................................................ 27 1 2.00 2.00 - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................TTAAAGGATTTAAAACAGGTGGTAGTAC................................................... 28 1 2.00 2.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................AGATGGACCTTATTGAACACTATGGGAAG............................................................................................................................................................................................................ 29 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................TAAAACAGGTGGTAGTACAGTGGCT............................................ 25 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................TTTAAAACAGGTGGTAGTACAGTGGCT............................................ 27 1 2.00 2.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........TCTCCAAGATGGACCTTATTGAACACTA................................................................................................................................................................................................................... 28 1 2.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
.......................ACCTTATTGAACACTATGGGAAGCTGGc....................................................................................................................................................................................................... 28 c 2.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
.............................TTGAACACTATGGGAAGCTGGGTAAGA.................................................................................................................................................................................................. 27 1 2.00 2.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................TGGGGCTTTAAAGGATTTAAAACAGGTG.......................................................... 28 1 2.00 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
...........................TATTGAACACTATGGGAAGCTGGcc...................................................................................................................................................................................................... 25 cc 2.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................AGATGGACCTTATTGAACACTATGGGA.............................................................................................................................................................................................................. 27 1 2.00 2.00 - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TATTGAACACTATGGGAAGCTGGGac..................................................................................................................................................................................................... 26 ac 2.00 4.00 - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................TGAACACTATGGGAAGCTGGGTAAGAGA................................................................................................................................................................................................ 28 1 2.00 2.00 - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................CAGTTGATTTAGAGATGAGAGCTACA........................................................................................ 26 1 2.00 2.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................AAAGGATTTAAAACAGGTGGTAGTACA.................................................. 27 1 2.00 2.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................AAACAGGTGGTAGTACAGTGGCTGGC......................................... 26 1 2.00 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................AAGATGGACCTTATTGAACACTA................................................................................................................................................................................................................... 23 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................TAAGAGACTGCCTGCAGCGCGAAGGGA............................................................................................................................................................................ 27 1 2.00 2.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTAAGAGACTGCCTGCAGCGCGAAGGGAGC.......................................................................................................................................................................... 30 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................TTTAAAGGATTTAAAACAGGTGGTAGTAC................................................... 29 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........TCTCCAAGATGGACCTTATTGAACACT.................................................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................TAAGAGACTGCCTGCAGCGCGAAGGGAGC.......................................................................................................................................................................... 29 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................ACCTTATTGAACACTATGGGAAGCTGG........................................................................................................................................................................................................ 27 1 2.00 2.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................TGAAGGGAGTGGATCACAGCTCACTGC.............. 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
..................GATGGACCTTATTGAACACTATGGGAAG............................................................................................................................................................................................................ 28 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................TAAAGGATTTAAAACAGGTGGTAGTACAG................................................. 29 1 2.00 2.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................TAAGAGACTGCCTGCAGCGCGAAGGG............................................................................................................................................................................. 26 1 2.00 2.00 - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................GAGATGAGAGCTACAGATGGGGCTTT............................................................................. 26 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................CCTTATTGAACACTATGGGAAGCTGG........................................................................................................................................................................................................ 26 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................TAGTACAGTGGCTGGCTGAAGGGggt............................... 26 ggt 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................CTTATTGAACACTATGGGAAGCTGGcct..................................................................................................................................................................................................... 28 cct 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................GAGATGAGAGCTACAGATGGGGCTTa............................................................................. 26 a 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................TGGGAAGCTGGGTAAGAGACTGCCT.......................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........TCCTCTCCAAGATGGACCTTATTGAAC....................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................TTATTGAACACTATGGGAAGCTGGct...................................................................................................................................................................................................... 26 ct 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................AGCGCGAAGGGAGCcaac...................................................................................................................................................................... 18 caac 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............CCAAGATGGACCTTATTGAACACTATGG................................................................................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................ATTTAAAACAGGTGGTAGTACAGTGGC............................................. 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................TGCCACAGTTGATTTAGAGATGAGAGCT........................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................TTATTGAACACTATGGGAAGCTGGGac..................................................................................................................................................................................................... 27 ac 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................AAGATGGACCTTATTGAACACTATGGGAAGC........................................................................................................................................................................................................... 31 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................TTGAACACTATGGGAAGCTGGGTAAGAG................................................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................TAGTACAGTGGCTGGCTGAAGGG.................................. 23 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................AGATGGACCTTATTGAACACTATGGG............................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................TGGACCTTATTGAACACTATGGGAAGCTGGcc...................................................................................................................................................................................................... 32 cc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................TAGTACAGTGGCTGGCTGAAGGGAG................................ 25 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................GAGATGAGAGCTACAGATGGGGCTT.............................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................ATGGGAAGCTGGGTAAGAGACTGCCT.......................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................AGGATTTAAAACAGGTGGTAGTACAGT................................................ 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................TTTGTGCGCTGTGCatgg....................................................................................................................... 18 atgg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................TAGTACAGTGGCTGGCTGAAGGGAGa............................... 26 a 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................TAAAGGATTTAAAACAGGTGGTAGTACAGa................................................ 30 a 1.00 2.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................TGACTTTTGGCCATTATTTTGTGCGC................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................AGAGCTACAGATGGGGCTTTAAAGG........................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
.................AGATGGACCTTATTGAACACTATG................................................................................................................................................................................................................. 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
...............................................................................................................................TAGATGCCACAGTTGATTTAGAGATG................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................ACCTTATTGAACACTATGGGAAGCTGGcct..................................................................................................................................................................................................... 30 cct 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................CCTTATTGAACACTATGGGAAGCTGGcc...................................................................................................................................................................................................... 28 cc 1.00 2.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................TGGGAAGCTGGGTAAGAGACTGCCTG......................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................TTGATTTAGAGATGAGAGCTACAGATGG................................................................................... 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................CTATGGGAAGCTGGGTAAGAGACTGCCT.......................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................TTATTGAACACTATGGGAAGC........................................................................................................................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................AGCGCGAAGGGAGCcatg...................................................................................................................................................................... 18 catg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................TTTAAAGGATTTAAAACAGGTGGTA....................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................TGGACCTTATTGAACACTATGGGAAGCTGGc....................................................................................................................................................................................................... 31 c 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
........................CCTTATTGAACACTATGGGAAGCTGGc....................................................................................................................................................................................................... 27 c 1.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................TTTAAAGGATTTAAAACAGGTGGTAGTACAGT................................................ 32 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
..............................................................................................................................................ATTTAGAGATGAGAGCTACAGATGGGGCT............................................................................... 29 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................TGGACCTTATTGAACACTATGGGAAG............................................................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......CTCCTCTCCAAGATGGACCTT.............................................................................................................................................................................................................................. 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................TGATTTAGAGATGAGAGCTACAGATa.................................................................................... 26 a 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................AAGGATTTAAAACAGGTGGTAGTACAG................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................TTTAAAACAGGTGGTAGTACAGTGGa............................................. 26 a 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................TTAAAGGATTTAAAACAGGTGG......................................................... 22 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............CAAGATGGACCTTATTGAACACTATGG................................................................................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................TTATTGAACACTATGGGAAGCTGGG....................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................TAAAGGATTTAAAACAGGTGGTAGTACAGgg............................................... 31 gg 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................CACAGCTCACTGCTCTGAGCCATGGC. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................ACCTTATTGAACACTATGGGAAGCTGGt....................................................................................................................................................................................................... 28 t 1.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................AAGGATTTAAAACAGGTGGTAGTACA.................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................GATGAGAGCTACAGATGGGGCTTTAAAGGt....................................................................... 30 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................CAGTGGCTGGCTGAAGGGAGTGGATa.......................... 26 a 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................TAAGAGACTGCCTGCAGCGCGAAGGGAGt.......................................................................................................................................................................... 29 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................TTGAACACTATGGGAAGCTGGGTAAGt.................................................................................................................................................................................................. 27 t 1.00 5.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................GATTTAGAGATGAGAGCTACAGATGG................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................TGGGTAAGAGACTGCCTGCAGCGCGA................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TATTGAACACTATGGGAAGCTGGGaggg................................................................................................................................................................................................... 28 aggg 1.00 4.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................AGATGGACCTTATTGAACACTATGG................................................................................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................AACACTATGGGAAGCTGGGTAAG................................................................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................GACCTTATTGAACACTATGGGAAGCTGGcctt.................................................................................................................................................................................................... 32 cctt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................CTTATTGAACACTATGGGAAGCTGGcc...................................................................................................................................................................................................... 27 cc 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................TAGAGATGAGAGCTACAGATGGGGCTc.............................................................................. 27 c 1.00 3.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............CAAGATGGACCTTATTGAACACTATGGGA.............................................................................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................TAGAGATGAGAGCTACAGATGG................................................................................... 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................ATGGGGCTTTAAAGGATTTAAAACAGG............................................................ 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................TGAACACTATGGGAAGCTGGGTAAGAGAC............................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................TTTAAAACAGGTGGTAGTACAGTGGg............................................. 26 g 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................TTGAACACTATGGGAAGCTGGGTAAGc.................................................................................................................................................................................................. 27 c 1.00 5.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................TGATTTAGAGATGAGAGCTACAGATGt................................................................................... 27 t 1.00 6.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TTAGAGATGAGAGCTACAGATGGGGCTa.............................................................................. 28 a 1.00 5.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................TGGTAGTACAGTGGCTGGCTGAAGG................................... 25 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................TAGAGATGAGAGCTACAGcaca................................................................................... 22 caca 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................TATTTTGTGCGCTGTGCTAGATGCCACA................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TATTGAACACTATGGGAAGCTGGcttt.................................................................................................................................................................................................... 27 cttt 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................AGAGACTGCCTGCAGCGCGAAGGGAGCaa........................................................................................................................................................................ 29 aa 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................TAAGAGACTGCCTGCAGCGCG.................................................................................................................................................................................. 21 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................GATTTAGAGATGAGAGCTACAGATGGGGCT............................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................ATTGAACACTATGGGAAGCTGGGTA..................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TATTGAACACTATGGGAAGCTGGGTAt.................................................................................................................................................................................................... 27 t 1.00 48.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................TGAAGGGAGTGGATCACAGCTCACT................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................GATGGACCTTATTGAACACTATGGGAAGCT.......................................................................................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................TAGTACAGTGGCTGGCTGAAGGGAGTGGATCACAGC..................... 36 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................TTTAAAGGATTTAAAACAGGTGGTAG...................................................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................GGACCTTATTGAACACTATGGGAAGC........................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................TCACAGCTCACTGCTCTGAGCCATGGCA 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................TGGGGCTTTAAAGGATTTAAAACAGG............................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................TACAGTGGCTGGCTGAAGGGAGTGG............................. 25 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................AAGGATTTAAAACAGGTGGTAGTAC................................................... 25 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................AAGGATTTAAAACAGGTGGTAGTAaag................................................. 27 aag 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................ATTGAACACTATGGGAAGCTGGcctt.................................................................................................................................................................................................... 26 cctt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................ATTGAACACTATGGGAAGCTGGGcttc................................................................................................................................................................................................... 27 cttc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................TGGGGCTTTAAAGGATTTAAAACAGGTGG......................................................... 29 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................ATTTAGAGATGAGAGCTACAGATGGGG................................................................................. 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................ACTATGGGAAGCTGGGTAAGAGACTGCC........................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................TAGAGATGAGAGCTACAGATGGGGCTTT............................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................TAAAACAGGTGGTAGTACAGTGGCTGGg......................................... 28 g 1.00 6.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................CCTTATTGAACACTATGGGAAGCTGGGT...................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................ATGGACCTTATTGAACACTATGGGAAa............................................................................................................................................................................................................ 27 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................TTTAAAACAGGTGGTAGTACAGTGG.............................................. 25 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................TTTAGAGATGAGAGCTACAGATGGGGC................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................TTTTGTGCGCTGTGCTAGATGCCACA................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TATTGAACACTATGGGAAGCTGGccc..................................................................................................................................................................................................... 26 ccc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
...........................TATTGAACACTATGGGAAGCTGGGatt.................................................................................................................................................................................................... 27 att 1.00 4.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................TGATTTAGAGATGAGAGCTACAGATGGG.................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................TGGGTAAGAGACTGCC........................................................................................................................................................................................... 16 9 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
CATCAACCTCCTCTCCAAGATGGACCTTATTGAACACTATGGGAAGCTGGGTAAGAGACTGCCTGCAGCGCGAAGGGAGCTACCTCGCTGCCTTCCTGACTTTTGGCCATTATTTTGTGCGCTGTGCTAGATGCCACAGTTGATTTAGAGATGAGAGCTACAGATGGGGCTTTAAAGGATTTAAAACAGGTGGTAGTACAGTGGCTGGCTGAAGGGAGTGGATCACAGCTCACTGCTCTGAGCCATGGCA
........................................................................................................................................((.(((.((((((....((((((........))))))......)))))).))).))..........................................................
.......................................................................................................................................136.............................................................200................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes) 		SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR037900(GSM510436)
testes_rep1. (testes) 		SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)