| Gene: 9930104L06Rik | ID: uc008url.1_intron_1_0_chr4_124615962_f.5p | SPECIES: mm9 | 
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| 
  (10)  OTHER.mut  | 
  
  
  (1)  OVARY  | 
  
  
  (8)  PIWI.ip  | 
  
  
  (3)  PIWI.mut  | 
  
  
  (1)  TDRD1.ip  | 
  
  
  (39)  TESTES  | 
  
  
| AAGCAGCTGGAGGCTGGTGACGTTGTTCTGGACAAGCTAGCTGAGCGGCTGTAAGAGGCTCTGTTGTCCCCCTTTGTTGATGGACAGATCTTAATGCCGCATGGCATCCCAGCCTCAGTCAGGGGGTCCTACAGAAATCGACAAAAGCAAGTCAGGAGTAATCATGCTGGAGCTAAGTTGAATGTCTGTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGACTACATTGTAAGACCATGCATGTCTTTAAAACAAAACAAAA ............................................................................................................................((...((((((..(((((...(((.((.((.((....)).))))...)))..)))))...))))))...))....................................................... ............................................................................................................................125........................................................................200................................................  | 
    Size | Perfect hit | Total Norm | Perfect Norm | SRR034118(GSM466728) Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)  | mjTestesWT2() Testes Data. (testes)  | SRR248523(GSM733811) cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)  | SRR034119(GSM466729) Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)  | SRR248524(GSM733812) cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)  | mjTestesWT1() Testes Data. (testes)  | SRR248527(GSM733815) cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)  | mjTestesWT3() Testes Data. (testes)  | mjTestesWT4() Testes Data. (testes)  | SRR014231(GSM319955) 16.5 dpc total. (testes)  | mjTestesKO7() Testes Data. (Zcchc11 testes)  | SRR034121(GSM466731) Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)  | SRR034120(GSM466730) Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)  | SRR028732(GSM400969) Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)  | SRR069809(GSM610965) small RNA sequencing; sample 1. (testes)  | SRR029042(GSM433294) 18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)  | SRR248526(GSM733814) cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)  | SRR029037(GSM433289) 18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)  | SRR029043(GSM433295) 18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)  | GSM475281(GSM475281) total RNA. (testes)  | SRR029036(GSM433288) 18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)  | mjTestesKO8() Testes Data. (Zcchc11 testes)  | mjTestesKO6() Testes Data. (Zcchc11 testes)  | SRR014235(GSM319959) 2 dpp total. (testes)  | SRR014234(GSM319958) Ovary total. (ovary)  | SRR363957(GSM822759) P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)  | SRR014230(GSM319954) 10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)  | SRR014236(GSM319960) 10 dpp total. (testes)  | SRR029038(GSM433290) 25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)  | SRR014229(GSM319953) 10 dpp MILI. (mili testes)  | SRR069811(GSM610967) small RNA sequencing; sample 3. (testes)  | SRR029040(GSM433292) 6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)  | SRR248525(GSM733813) cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)  | SRR028730(GSM400967) Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)  | SRR014233(GSM319957) 16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)  | SRR363960(GSM822762) Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes)  | GSM509278(GSM509278) small RNA cloning by length. (piwi testes)  | GSM475280(GSM475280) Mili-IP. (mili testes)  | GSM475279(GSM475279) Miwi-IP. (miwi testes)  | mjTestesKO5() Testes Data. (Zcchc11 testes)  | 
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| ............................TGGACAAGCTAGCTGAGCGGCTGTAAG................................................................................................................................................................................................... | 27 | 1 | 19.00 | 19.00 | 3.00 | 1.00 | - | 3.00 | - | - | - | - | 10.00 | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .................TGACGTTGTTCTGGACAAGCTAGCTG............................................................................................................................................................................................................... | 26 | 1 | 14.00 | 14.00 | - | 1.00 | - | 1.00 | - | 8.00 | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .............................................................................................................................................................................TAAGTTGAATGTCTGTGAGTTCGAGGC.................................................. | 27 | 1 | 12.00 | 12.00 | - | 4.00 | 1.00 | - | 2.00 | - | 4.00 | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ............................TGGACAAGCTAGCTGAGCGGCTGTAAGA.................................................................................................................................................................................................. | 28 | 1 | 12.00 | 12.00 | 1.00 | - | - | 2.00 | - | 6.00 | - | - | 2.00 | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ............................................................................................................................................................................................TGAGTTCGAGGCCAGCCgctc......................................... | 21 | gctc | 11.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 4.00 | - | 1.00 | 5.00 | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ..............TGGTGACGTTGTTCTGGACAAGCTAGCT................................................................................................................................................................................................................ | 28 | 1 | 9.00 | 9.00 | 2.00 | 1.00 | 2.00 | - | - | - | - | - | - | 2.00 | - | - | - | - | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .................................................................................................................................TACAGAAATCGACAAAAGCAAGTCAGG.............................................................................................. | 27 | 1 | 9.00 | 9.00 | - | - | 2.00 | - | - | - | 1.00 | - | - | 1.00 | 3.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | 1.00 | - | - | 
| .......................TGTTCTGGACAAGCTAGCTGAGCGGCTa....................................................................................................................................................................................................... | 28 | a | 8.00 | 6.00 | 3.00 | - | - | 3.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .................................................................................................................................TACAGAAATCGACAAAAGCAAGTCAG............................................................................................... | 26 | 1 | 7.00 | 7.00 | - | - | - | - | - | 5.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .................TGACGTTGTTCTGGACAAGCTAGCTGA.............................................................................................................................................................................................................. | 27 | 1 | 7.00 | 7.00 | 1.00 | - | 1.00 | 1.00 | - | - | - | 4.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ............................TGGACAAGCTAGCTGAGCGGCTGgga.................................................................................................................................................................................................... | 26 | gga | 6.00 | 0.00 | 1.00 | - | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | 2.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ..............TGGTGACGTTGTTCTGGACAAGCTA................................................................................................................................................................................................................... | 25 | 1 | 6.00 | 6.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | 3.00 | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .......................TGTTCTGGACAAGCTAGCTGAGCGGCT........................................................................................................................................................................................................ | 27 | 1 | 6.00 | 6.00 | 3.00 | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | 
| ..........................................................................TGTTGATGGACAGATCTTAATGCCGCA..................................................................................................................................................... | 27 | 1 | 6.00 | 6.00 | - | 1.00 | 1.00 | 3.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ....................................................................................................................................................................TGCTGGAGCTAAGTTGAATGTCTGTG............................................................ | 26 | 1 | 5.00 | 5.00 | - | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ..............TGGTGACGTTGTTCTGGACAAGCTAG.................................................................................................................................................................................................................. | 26 | 1 | 4.00 | 4.00 | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .......................TGTTCTGGACAAGCTAGCTGAGCGGC......................................................................................................................................................................................................... | 26 | 1 | 4.00 | 4.00 | 2.00 | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .................................................................................................................................TACAGAAATCGACAAAAGCAAGTCAGGAG............................................................................................ | 29 | 1 | 4.00 | 4.00 | - | - | - | - | 1.00 | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ......................TTGTTCTGGACAAGCTAGCTGAGCGGC......................................................................................................................................................................................................... | 27 | 1 | 4.00 | 4.00 | 1.00 | 1.00 | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ......................TTGTTCTGGACAAGCTAGCTGAGCGG.......................................................................................................................................................................................................... | 26 | 1 | 4.00 | 4.00 | 1.00 | - | - | 1.00 | - | - | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ............................TGGACAAGCTAGCTGAGCGGCTGgaag................................................................................................................................................................................................... | 27 | gaag | 4.00 | 0.00 | 1.00 | - | 1.00 | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ..............TGGTGACGTTGTTCTGGACAAGCTAGaaa............................................................................................................................................................................................................... | 29 | aaa | 3.00 | 4.00 | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .........................TTCTGGACAAGCTAGCTGAGCGGCTGT...................................................................................................................................................................................................... | 27 | 1 | 3.00 | 3.00 | 1.00 | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ....................CGTTGTTCTGGACAAGCTAGCTGAGCGGC......................................................................................................................................................................................................... | 29 | 1 | 3.00 | 3.00 | 3.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ............................TGGACAAGCTAGCTGAGCGGCTGTAA.................................................................................................................................................................................................... | 26 | 1 | 3.00 | 3.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .................................................................................................................................TACAGAAATCGACAAAAGCAAGTCAGGAGT........................................................................................... | 30 | 1 | 3.00 | 3.00 | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | 1.00 | - | 
| ..........................................................................TGTTGATGGACAGATCTTAATGCCGCAT.................................................................................................................................................... | 28 | 1 | 2.00 | 2.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ..........................................................................TGTTGATGGACAGATCTTAATGCCGC...................................................................................................................................................... | 26 | 1 | 2.00 | 2.00 | - | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .......TGGAGGCTGGTGACGTTGTTCTGG........................................................................................................................................................................................................................... | 24 | 1 | 2.00 | 2.00 | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ............................................................................................................................................................................................TGAGTTCGAGGCCAGCCTGGACTACcg................................... | 27 | cg | 2.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .......................TGTTCTGGACAAGCTAGCTGAGCGGCTGg...................................................................................................................................................................................................... | 29 | g | 2.00 | 1.00 | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ..............................................................................................................................................................TAATCATGCTGGAGCTAAGTTGAATG.................................................................. | 26 | 1 | 2.00 | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .....................GTTGTTCTGGACAAGCTAGCTGAGCGG.......................................................................................................................................................................................................... | 27 | 1 | 2.00 | 2.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .....................GTTGTTCTGGACAAGCTAGCTGAGCGGC......................................................................................................................................................................................................... | 28 | 1 | 2.00 | 2.00 | 1.00 | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ...............................................................................................................................................................................AGTTGAATGTCTGTGAGTTCGAGGCC................................................. | 26 | 1 | 2.00 | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ............................TGGACAAGCTAGCTGAGCGGCTGgaa.................................................................................................................................................................................................... | 26 | gaa | 2.00 | 0.00 | 1.00 | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ..............TGGTGACGTTGTTCTGGACAAGCTAGa................................................................................................................................................................................................................. | 27 | a | 2.00 | 4.00 | 1.00 | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .................TGACGTTGTTCTGGACAAGCTAGCTGAG............................................................................................................................................................................................................. | 28 | 1 | 2.00 | 2.00 | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | 
| .......TGGAGGCTGGTGACGTTGTTCTGGACAAG...................................................................................................................................................................................................................... | 29 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .....................GTTGTTCTGGACAAGatc................................................................................................................................................................................................................... | 18 | atc | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .................................................................................................................................TACAGAAATCGACAAAAGCAAGTCAGGA............................................................................................. | 28 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ........................GTTCTGGACAAGCTAGCTGAGCGGCTGT...................................................................................................................................................................................................... | 28 | 1 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ........................................................................................................................................ATCGACAAAAGCAAGTCAGGAGTAATCATG.................................................................................... | 30 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .........................TTCTGGACAAGCTAGCTGAGCGGCTGTA..................................................................................................................................................................................................... | 28 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .........................TTCTGGACAAGCTAGCTGAGCGGCTGggt.................................................................................................................................................................................................... | 29 | ggt | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ............................................................................................................................................................................................TGAGTTCGAGGCCAGCCTGGcatt...................................... | 24 | catt | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .........................................................................................................................................................................................CTGTGAGTTCGAGGCCAGCCTGctta....................................... | 26 | ctta | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .......................TGTTCTGGACAAGCTAGCTGAGCGGCa........................................................................................................................................................................................................ | 27 | a | 1.00 | 4.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ............................................................................................................................................................................................TGAGTTCGAGGCCAGCCTGGACTACt.................................... | 26 | t | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ............................................................................................................................................................................................TGAGTTCGAGGCCAGCCTGGAtaaa..................................... | 25 | taaa | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .................TGACGTTGTTCTGGACAAGCTAGCTGAGC............................................................................................................................................................................................................ | 29 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ............................TGGACAAGCTAGCTGAGCGGCTGgta.................................................................................................................................................................................................... | 26 | gta | 1.00 | 0.00 | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ........................GTTCTGGACAAGCTAGCTGAGCGGCTGggag................................................................................................................................................................................................... | 31 | ggag | 1.00 | 0.00 | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ............................................................................................................................................................................................TGAGTTCGAGGCCAGCCTGGctaa...................................... | 24 | ctaa | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .............................................................................................................................................................................TAAGTTGAATGTCTGTGAGTTCGAGGCC................................................. | 28 | 1 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ..............................GACAAGCTAGCTGAGCGGCTGTAAGAG................................................................................................................................................................................................. | 27 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .................TGACGTTGTTCTGGACAAGCTAGC................................................................................................................................................................................................................. | 24 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ........................................................................................................................................................................................TCTGTGAGTTCGAGGCCAGCCTGcta........................................ | 26 | cta | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .........................TTCTGGACAAGCTAGCTGAGCGGCTGg...................................................................................................................................................................................................... | 27 | g | 1.00 | 1.00 | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .............................................................................................................................................................................TAAGTTGAATGTCTGTGAGTTCGAGGg.................................................. | 27 | g | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ............................................................................................................................................................................................................CTGGACTACATTGTAAGACCATGCATGTC................. | 29 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ...................ACGTTGTTCTGGACAAGCTAGCTGAG............................................................................................................................................................................................................. | 26 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .......................TGTTCTGGACAAGCTAGCTGAGCGGCTG....................................................................................................................................................................................................... | 28 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ............................TGGACAAGCTAGCTGAGCGGCTGTA..................................................................................................................................................................................................... | 25 | 1 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .............................................................................................................................................................................................................TGGACTACATTGTAAGACCATGCATGTCTTTt............. | 32 | t | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ............................................................................................................................................................................................TGAGTTCGAGGCCAGCCTGGAtc....................................... | 23 | tc | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ..................................................................................................................................................................................TGAATGTCTGTGAGTTCGAGGCCAGC.............................................. | 26 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .........................TTCTGGACAAGCTAGCTGAGCGGCTG....................................................................................................................................................................................................... | 26 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .......................TGTTCTGGACAAGCTAGCTGAGCGGCTat...................................................................................................................................................................................................... | 29 | at | 1.00 | 6.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ............................TGGACAAGCTAGCTGAGCGGCTGTga.................................................................................................................................................................................................... | 26 | ga | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | 
| ..............TGGTGACGTTGTTCTGGACAAGCTAGCTG............................................................................................................................................................................................................... | 29 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .........................TTCTGGACAAGCTAGCTGAGCGGCTGgaa.................................................................................................................................................................................................... | 29 | gaa | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ...............................................................................ATGGACAGATCTTAATGCCGCATGGCATCCC............................................................................................................................................ | 31 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .........................TTCTGGACAAGCTAGCTGA.............................................................................................................................................................................................................. | 19 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ........................................................................TTTGTTGATGGACAGATCTTAATGCC........................................................................................................................................................ | 26 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ................................................................................TGGACAGATCTTAATGCCGCATGGCATCC............................................................................................................................................. | 29 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ..............TGGTGACGTTGTTCTGGACAAGCTAGCa................................................................................................................................................................................................................ | 28 | a | 1.00 | 82.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .........................TTCTGGACAAGCTAGCTGAGCGGCTag...................................................................................................................................................................................................... | 27 | ag | 1.00 | 0.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .................................................................................................................................TACAGAAATCGACAAAAGCAAGTCA................................................................................................ | 25 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .........................TTCTGGACAAGCTAGCTGAGCGGCTa....................................................................................................................................................................................................... | 26 | a | 1.00 | 0.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ................GTGACGTTGTTCTGGACAAGCTAGC................................................................................................................................................................................................................. | 25 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .............................................................................TGATGGACAGATCTTAATGCCGC...................................................................................................................................................... | 23 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .................TGACGTTGTTCTGGACAAGCTAGCTGAGCGGC......................................................................................................................................................................................................... | 32 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ..............................................................................................................................................................................................AGTTCGAGGCCAGCCTGGACTACAcat................................. | 27 | cat | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ............................TGGACAAGCTAGCTGAGCGGCTGgag.................................................................................................................................................................................................... | 26 | gag | 1.00 | 0.00 | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .................................................................................................................................................AGCAAGTCAGGAGTAATCATGCTGGA............................................................................... | 26 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ..................................................................................................................................................................................TGAATGTCTGTGAGTTCGAGGCCAG............................................... | 25 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .................TGACGTTGTTCTGGACAAGCTAGCTGAa............................................................................................................................................................................................................. | 28 | a | 1.00 | 7.00 | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ............................................................................................................................................................................................................CTGGACTACATTGTAAGACCATGCATGTCTTT.............. | 32 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ..................................................................................................................................................................................TGAATGTCTGTGAGTTCGAGGCCAGCCT............................................ | 28 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ..............TGGTGACGTTGTTCTGGACAAGCT.................................................................................................................................................................................................................... | 24 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ...............................................................................................................................................................................AGTTGAATGTCTGTGAGTT........................................................ | 19 | 2 | 0.50 | 0.50 | - | - | - | - | - | - | 0.50 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ......................................................................................................................................................................................TGTCTGTGAGTTCGAGGCCAGCCTG........................................... | 25 | 16 | 0.06 | 0.06 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 0.06 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| AAGCAGCTGGAGGCTGGTGACGTTGTTCTGGACAAGCTAGCTGAGCGGCTGTAAGAGGCTCTGTTGTCCCCCTTTGTTGATGGACAGATCTTAATGCCGCATGGCATCCCAGCCTCAGTCAGGGGGTCCTACAGAAATCGACAAAAGCAAGTCAGGAGTAATCATGCTGGAGCTAAGTTGAATGTCTGTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGACTACATTGTAAGACCATGCATGTCTTTAAAACAAAACAAAA ............................................................................................................................((...((((((..(((((...(((.((.((.((....)).))))...)))..)))))...))))))...))....................................................... ............................................................................................................................125........................................................................200................................................  | 
    Size | Perfect hit | Total Norm | Perfect Norm | SRR034118(GSM466728) Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)  | mjTestesWT2() Testes Data. (testes)  | SRR248523(GSM733811) cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)  | SRR034119(GSM466729) Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)  | SRR248524(GSM733812) cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)  | mjTestesWT1() Testes Data. (testes)  | SRR248527(GSM733815) cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)  | mjTestesWT3() Testes Data. (testes)  | mjTestesWT4() Testes Data. (testes)  | SRR014231(GSM319955) 16.5 dpc total. (testes)  | mjTestesKO7() Testes Data. (Zcchc11 testes)  | SRR034121(GSM466731) Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)  | SRR034120(GSM466730) Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)  | SRR028732(GSM400969) Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)  | SRR069809(GSM610965) small RNA sequencing; sample 1. (testes)  | SRR029042(GSM433294) 18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)  | SRR248526(GSM733814) cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)  | SRR029037(GSM433289) 18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)  | SRR029043(GSM433295) 18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)  | GSM475281(GSM475281) total RNA. (testes)  | SRR029036(GSM433288) 18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)  | mjTestesKO8() Testes Data. (Zcchc11 testes)  | mjTestesKO6() Testes Data. (Zcchc11 testes)  | SRR014235(GSM319959) 2 dpp total. (testes)  | SRR014234(GSM319958) Ovary total. (ovary)  | SRR363957(GSM822759) P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)  | SRR014230(GSM319954) 10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)  | SRR014236(GSM319960) 10 dpp total. (testes)  | SRR029038(GSM433290) 25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)  | SRR014229(GSM319953) 10 dpp MILI. (mili testes)  | SRR069811(GSM610967) small RNA sequencing; sample 3. (testes)  | SRR029040(GSM433292) 6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)  | SRR248525(GSM733813) cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)  | SRR028730(GSM400967) Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)  | SRR014233(GSM319957) 16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)  | SRR363960(GSM822762) Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes)  | GSM509278(GSM509278) small RNA cloning by length. (piwi testes)  | GSM475280(GSM475280) Mili-IP. (mili testes)  | GSM475279(GSM475279) Miwi-IP. (miwi testes)  | mjTestesKO5() Testes Data. (Zcchc11 testes)  | 
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| .............................................................................................................................................................................................TCGAGGCCAGCCTGGACTACAttaa.................................... | 25 | ttaa | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |