(1)
OTHER.ip
(5)
OTHER.mut
(1)
OVARY
(5)
PIWI.ip
(1)
PIWI.mut
(1)
TDRD1.ip
(36)
TESTES

Sense strand
ATTAATAATAGGTTTAGGGATAGCATTACACAATGAACTTTTCCTCTTACCACATTATCCCAACTGGTTCAAAGCCTTAAGGATTGTAAGTACTTTAGTGGCTTTTATCTCATTTGTAGTCACTTTAATACTTGAAAATATTTATCCAGAAAAAGGGCCCAAGAGACCCGATTAAATAGAAATATAAAAATACTTTCTTGGTATTATTTACAGTGTCTGTGGAGGCCAGAAGACTGTTGAATCCCCTGAA
.........................................................................(((((..((((..((((((....(((((((..............)))))))....)))))).........))))......))))).................(((....))).................................................................
........................................................................73......................................................................................................................193.......................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes)
SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
SRR051940(GSM545784)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l+/-). (testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
................................................................................................................................................................................................................TACAGTGTCTGTGGAGGCCAGAAGA................. 25 3 7.00 7.00 - 1.67 0.67 - 1.00 - - 0.33 - - - - 1.00 - - - 0.67 0.33 0.33 - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - 0.33 0.33
................................................................................................................................................................................................................TACAGTGTCTGTGGAGGCCAGAAGAC................ 26 1 6.00 6.00 - 6.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........TAGGTTTAGGGATAGCATTACACAATGAAC.................................................................................................................................................................................................................... 30 1 4.00 4.00 3.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................TAAGGATTGTAAGTACTTTAGTGGC.................................................................................................................................................... 25 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
.............................................................................TAAGGATTGTAAGTACTTTAGTGGCTTT................................................................................................................................................. 28 1 3.00 3.00 - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................GAGGCCAGAAGACTGTTGAATCCCCTG.. 27 1 3.00 3.00 - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....TAATAGGTTTAGGGATAGCATTACACAATG....................................................................................................................................................................................................................... 30 1 3.00 3.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................TAAGGATTGTAAGTACTTTAGTGGCTT.................................................................................................................................................. 27 1 3.00 3.00 - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
....................................................................................................................TAGTCACTTTAATACTTGAAAATATTTATC........................................................................................................ 30 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..TAATAATAGGTTTAGGGATAGCATTACACA.......................................................................................................................................................................................................................... 30 1 2.00 2.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................TTACAGTGTCTGTGGAGGCCAGAAGA................. 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................TTTACAGTGTCTGTGGAGGCCAGAAG.................. 26 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..TAATAATAGGTTTAGGGATAGCATTACACAA......................................................................................................................................................................................................................... 31 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................TGGTATTATTTACAGTGTCTGTGGAG.......................... 26 1 2.00 2.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................TAAGGATTGTAAGTACTTTAGTGGCTTTTt............................................................................................................................................... 30 t 2.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
.............................................................................TAAGGATTGTAAGTACTTTAGTGGCT................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
.............TTAGGGATAGCATTACACAATGAACT................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................TACAGTGTCTGTGGAGGCCAGAAGACTG.............. 28 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................TTACAGTGTCTGTGGAGGCCAGAAG.................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
............................................................CAACTGGTTCAAAGCCTTAAGGATTGTAAGT............................................................................................................................................................... 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....ATAATAGGTTTAGGGATAGCATTACACA.......................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................TTCAAAGCCTTAAGGATTGTAAGTAC............................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................TTACACAATGAACTTTTCCTCTTACCA...................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................ACACAATGAACTTTTCCTCTTACCACAT................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................TACAGTGTCTGTGGAGGCCcgaa................... 23 cgaa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................AGTGTCTGTGGAGGCCAGAAGACTGT............. 26 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..TAATAATAGGTTTAGGGATAGCAT................................................................................................................................................................................................................................ 24 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..TAATAATAGGTTTAGGGATAGCATTAC............................................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
.............................................................................TAAGGATTGTAAGTACTTTAGTGGCTTTT................................................................................................................................................ 29 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................TTATCCCAACTGGTTCAAAGCCTTAAG......................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....TAATAGGTTTAGGGATAGCATTACACAATGt...................................................................................................................................................................................................................... 31 t 1.00 3.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................GCCAGAAGACTGTTGAATCCCCTGAAga 28 ga 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................TCCTCTTACCACATTATCCCAACTGGT...................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................AGGATTGTAAGTACTTTAGTGGCTT.................................................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................AGCCTTAAGGATTGTAAGTACTTTAGT....................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................GCCTTAAGGATTGTAAGTACTTTAGT....................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
.....................................................................................................CTTTTATCTCATTTGTcca.................................................................................................................................. 19 cca 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................TATTTACAGTGTCTGTGGAGGCCAGA.................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................TATTATTTACAGTGTCTGTGGAGGC........................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................AGACTGTTGAATCCCCTG.. 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
..............................................................................AAGGATTGTAAGTACTTTAGTGGCTTTTAT.............................................................................................................................................. 30 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..TAATAATAGGTTTAGGGATAGCATTACAC........................................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................AGGATTGTAAGTACTTTAGTGGCTTTTA............................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..TAATAATAGGTTTAGGGATAGC.................................................................................................................................................................................................................................. 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................CCAAGAGACCCGATTAAATAGAAATATAAAA............................................................. 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................TGGTATTATTTACAGTGTCTGTGGAGG......................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................TTACAGTGTCTGTGGAGagac...................... 21 agac 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................ATTATTTACAGTGTCTGTGGAt.......................... 22 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................CCTTAAGGATTGTAAGTACTTTAGTGGC.................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................TACCACATTATCCCAACTGGTTCAAAGCCTT............................................................................................................................................................................ 31 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....TAATAGGTTTAGGGATAGCATTACACA.......................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................TTAAGGATTGTAAGTACTTTAGTGGCT................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
....................TAGCATTACACAATGAACTTTTCCTCTTAC........................................................................................................................................................................................................ 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................ATTATTTACAGTGTCTGTGGAGGCCAGAA................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
....................TAGCATTACACAATGAACTTTTCCTCTTA......................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................TTCAAAGCCTTAAGGATTGTAAGTACTTT.......................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................TACAGTGTCTGTGGAGGCCAGAAGACTt.............. 28 t 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................TTATTTACAGTGTCTGTGGAGGCCAGAA................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................AGGATTGTAAGTACTTTAGTGGCTTTT................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....TAATAGGTTTAGGGATAGCATTACACAAT........................................................................................................................................................................................................................ 29 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................AGACTGTTGAATCCC..... 15 6 0.17 0.17 - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
ATTAATAATAGGTTTAGGGATAGCATTACACAATGAACTTTTCCTCTTACCACATTATCCCAACTGGTTCAAAGCCTTAAGGATTGTAAGTACTTTAGTGGCTTTTATCTCATTTGTAGTCACTTTAATACTTGAAAATATTTATCCAGAAAAAGGGCCCAAGAGACCCGATTAAATAGAAATATAAAAATACTTTCTTGGTATTATTTACAGTGTCTGTGGAGGCCAGAAGACTGTTGAATCCCCTGAA
.........................................................................(((((..((((..((((((....(((((((..............)))))))....)))))).........))))......))))).................(((....))).................................................................
........................................................................73......................................................................................................................193.......................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes)
SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
SRR051940(GSM545784)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l+/-). (testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
....................................................CATTATCCCAACTGGTTCAAAGCCTTA........................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................ACATTATCCCAACTGGTTCAAAGCCTTA........................................................................................................................................................................... 28 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................ACTTTTCCTCTTACCACATTATCCCA............................................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................AAATATTTATCCAGAAAAAGGGCCCAA........................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................ATTGTAAGTACTTTAGTGGCTTTTATCTCA.......................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................ATTATCCCAACTGGTTCAAAGCCTTAA.......................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................GGTATTATTTACAGTGTCTGTGGAGGCCA...................... 29 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................GGCTTTTATCTCATTTGTAGTCACTTTAA.......................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GCTTTTATCTCATTTGTAGTCACTTTAA.......................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -