(8)
OTHER.mut
(7)
PIWI.ip
(1)
PIWI.mut
(1)
TDRD1.ip
(34)
TESTES

Sense strand
AGATGGAGGAGCTAAGAATGTTACCTGCCTTAACACTGAGTAAAGGATTCTATGTAAATTAGGCCACTTAAAATACTTCATAGCCTTTATTTACTTTGCCCACTGTGCTCAGCTTCGCAATGAACAATCTTCATGAACCAAAGGAGGTAATCACGTGGTAAATGCCAGTTCAACAACCTGCGACTCATTTATTCCTCTAGATGTTAAAGGAAAACCCTGTGAGGACCACTGTATACTCCAGCACTCCAAC
...................................................................................................................((((.(((((.((((((..........)))))).......((((....)))))))))......))))....................................................................
...................................................................................................................116.................................................................................200................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR037900(GSM510436)
testes_rep1. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
........................................................................................................................TGAACAATCTTCATGAACCAAAGGAGG....................................................................................................... 27 1 10.00 10.00 1.00 1.00 2.00 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................AACAATCTTCATGAACCAAAGGAGGTAA.................................................................................................... 28 1 8.00 8.00 6.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................AACAATCTTCATGAACCAAAGGAGGTA..................................................................................................... 27 1 8.00 8.00 4.00 - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
........................................................................................................................TGAACAATCTTCATGAACCAAAGGAGGT...................................................................................................... 28 1 7.00 7.00 2.00 - - - 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - 1.00
..........................................................................................................................AACAATCTTCATGAACCAAAGGAGGTAATC.................................................................................................. 30 1 6.00 6.00 - 1.00 - - - 2.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................TCAACAACCTGCGACTCATTTATTCCT...................................................... 27 1 4.00 4.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................TAGATGTTAAAGGAAAACCCTGTGAGGAC........................ 29 1 4.00 4.00 - - - - 1.00 - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................TGAACAATCTTCATGAACCAAAGGAGGTA..................................................................................................... 29 1 4.00 4.00 1.00 - 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................TAGATGTTAAAGGAAAACCCTGTGA............................ 25 1 4.00 4.00 - - - 2.00 - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................AGGAAAACCCTGTGAGGACCACTGTA................. 26 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................AACCAAAGGAGGTAATCACGTGGT........................................................................................... 24 1 3.00 3.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................TCAACAACCTGCGACTCATTTATTCCTC..................................................... 28 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................CTTCATGAACCAAAGGAGGTAATCACGTG............................................................................................. 29 1 3.00 3.00 - - - - - - - - 1.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................TGTGAGGACCACTGTATACTCCAGCACTC.... 29 1 3.00 3.00 2.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................TGAGGACCACTGTATACTCCAGCACTC.... 27 1 2.00 2.00 - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................AACAATCTTCATGAACCAAAGGAGGT...................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................TAGATGTTAAAGGAAAACCCTGTGAGG.......................... 27 1 2.00 2.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................TAGATGTTAAAGGAAAACCCTGTGAGGACC....................... 30 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................ACAATCTTCATGAACCAAAGGAGGTAAT................................................................................................... 28 1 2.00 2.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................TGCGACTCATTTATTCCTCTAGATGT.............................................. 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................TAAAGGAAAACCCTGTGAGGACCACTGT.................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
.........................................................................................................................................................................................................TGTTAAAGGAAAACCCTGTGAGGACC....................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................TGCCCACTGTGCTCAGCTTCGCAATGAAC............................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................AACAATCTTCATGAACCAAAGGAa........................................................................................................ 24 a 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................ACCAAAGGAGGTAATCACGTGGTAAATGCC.................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................TAATCACGTGGTAAATGCCAGTTCAAC............................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................AACAATCTTCATGAACCAAAGGAGGTAt.................................................................................................... 28 t 1.00 8.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................TCATGAACCAAAGGAGGTAATCACGTG............................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................TGTGAGGACCACTGTATACTCCAGCAC...... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................TGAACCAAAGGAGGTAATCACGTGGTAA......................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................AACAATCTTCATGAACCAAAGGAGGTAATCACG............................................................................................... 33 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................TGAGTAAAGGATTCTATGTAAATTAGGC.......................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
..........................................................................................................................AACAATCTTCATGAACCAAAGGAGGTt..................................................................................................... 27 t 1.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................CTTCATGAACCAAAGGAGGTAATCACGT.............................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................TCTAGATGTTAAAGGAAAACCCTGTG............................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................TCAACAACCTGCGACTCATTTA........................................................... 22 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................TTCCTCTAGATGTTAAAGGAAAACCCTGTGt............................ 31 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................TCTTCATGAACCAAAGGAGGTAATCACt............................................................................................... 28 t 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................TGAGGACCACTGTATACTCCAGCACTCC... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................TGCCAGTTCAACAACCTGCGACTCATT............................................................. 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................TCTAGATGTTAAAGGAAAACCCTGTGAGGAC........................ 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................TGTTAAAGGAAAACCCTGTG............................. 20 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................AACAACCTGCGACTCATTTATTCCTC..................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................TAGATGTTAAAGGAAAACCCTGTGAG........................... 26 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................GGAAAACCCTGTGAGGACCACTGTATACTC............ 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................AACCAAAGGAGGTAATCACGTGGTAAATGC..................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................TGAACAATCTTCATGAACCAAAGGAGGTAA.................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................CCTGCGACTCATTTATTCCTCTAGAT................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................CATGAACCAAAGGAGGTAATCACGTG............................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................TGCGACTCATTTATTCCTCTAGATGTT............................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
...............................AACACTGAGTAAAGGATTCTATGTAAA................................................................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................CATAGCCTTTATTTAtgt.......................................................................................................................................................... 18 tgt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
................................................................................................................................CTTCATGAACCAAAGGAGGTAAT................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................TGTGAGGACCACTGTATACTCCAGCA....... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................AAGGAGGTAATCACGTGGTAAATGCCAG.................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................TGTTAAAGGAAAACCCTGTGAGGACCAC..................... 28 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................TGTTAAAGGAAAACCCTGTGAGGACCA...................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................AACAATCTTCATGAACCAAAGGAGGTAAT................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................AACCAAAGGAGGTAATCACGTGGTAt......................................................................................... 26 t 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................GATGTTAAAGGAAAACCCTGT.............................. 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................TCTTCATGAACCAAAGGAGGTAATCACGTG............................................................................................. 30 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................TCTAGATGTTAAAGGAAAACCCTGTGA............................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
......................................................................AAATACTTCATAGCCTTTATTTACTTTGt....................................................................................................................................................... 29 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................AACCAAAGGAGGTAATCACGTGGTAAATG...................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
AGATGGAGGAGCTAAGAATGTTACCTGCCTTAACACTGAGTAAAGGATTCTATGTAAATTAGGCCACTTAAAATACTTCATAGCCTTTATTTACTTTGCCCACTGTGCTCAGCTTCGCAATGAACAATCTTCATGAACCAAAGGAGGTAATCACGTGGTAAATGCCAGTTCAACAACCTGCGACTCATTTATTCCTCTAGATGTTAAAGGAAAACCCTGTGAGGACCACTGTATACTCCAGCACTCCAAC
...................................................................................................................((((.(((((.((((((..........)))))).......((((....)))))))))......))))....................................................................
...................................................................................................................116.................................................................................200................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR037900(GSM510436)
testes_rep1. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
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