(7)
OTHER.mut
(1)
OVARY
(6)
PIWI.ip
(28)
TESTES

Sense strand
CAACATACTCACTTTGAAAAAAATGTCTAAGCCTTTTATTACTTGTTTTGCTTGCTGTGTGTCTGTATGAACAGAGGGTGGCTTTTGGGGAGTAGGCCTTTCCTCCAGGCTTACTCAGGCTTGGCAGAAAGGGCCTTCATGGGTCAAGCCCTCTTGCCTGCCTTTAAAACATTTCTTTTCTTTGCATTTATATTCTACAGAGAGAATTCTGTGATCACTCTCTTCAGAAAATATTAACAATGCAGCCTCT
.....................................................(((.....(((((....)))))....)))....((..((.....))..))...................................................................................................................................................
..................................................51....................................................105...............................................................................................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
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Ovary total. (ovary)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR042485(GSM539877)
mouse testicular tissue [09-002]. (testes)
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.........................................................TGTGTCTGTATGAACAGAGGGTGGCT....................................................................................................................................................................... 26 1 17.00 17.00 - 1.00 3.00 9.00 - 1.00 1.00 - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................TGTGTCTGTATGAACAGAGGGTGG......................................................................................................................................................................... 24 1 14.00 14.00 12.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................TGTCTGTATGAACAGAGGGTGGCTTTT.................................................................................................................................................................... 27 1 5.00 5.00 - 1.00 - - - - - - 3.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
......................................TTACTTGTTTTGCTTGCTGTGTGTCT.......................................................................................................................................................................................... 26 1 4.00 4.00 - - - - - - - 1.00 - 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................TGCTTGCTGTGTGTCTGTATGAACAG................................................................................................................................................................................ 26 1 4.00 4.00 - 1.00 - - - - - 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................TGAACAGAGGGTGGCTTTTGGGGA............................................................................................................................................................... 24 1 4.00 4.00 - 2.00 - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................TGTGTCTGTATGAACAGAGGGTGGCTT...................................................................................................................................................................... 27 1 3.00 3.00 - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
....................................................TGCTGTGTGTCTGTATGAACAGAGGGTG.......................................................................................................................................................................... 28 1 3.00 3.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - -
...............................................................TGTATGAACAGAGGGTGGCTTTTGGGG................................................................................................................................................................ 27 1 3.00 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................TTGCTGTGTGTCTGTATGAACAGAGG............................................................................................................................................................................. 26 1 3.00 3.00 - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................TGTGTGTCTGTATGAACAGAGGGTGG......................................................................................................................................................................... 26 1 3.00 3.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - -
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....................................................TGCTGTGTGTCTGTATGAACAGAGGGT........................................................................................................................................................................... 27 1 3.00 3.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - -
....................................................TGCTGTGTGTCTGTATGAACAGAGGG............................................................................................................................................................................ 26 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
.........................................................TGTGTCTGTATGAACAGAGGGTGGCTat..................................................................................................................................................................... 28 at 2.00 17.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................TGTGTCTGTATGAACAGAGGGTG.......................................................................................................................................................................... 23 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
............................................................GTCTGTATGAACAGAGGGTGGCTTTTGG.................................................................................................................................................................. 28 1 2.00 2.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................TGGGGAGTAGGCCTTTCCTCCAGGC............................................................................................................................................ 25 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
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...................................................TTGCTGTGTGTCTGTATGAACAGAGGGT........................................................................................................................................................................... 28 1 2.00 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................TGAACAGAGGGTGGCTTTTGGGGAGT............................................................................................................................................................. 26 1 2.00 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................TGTATGAACAGAGGGTGGCTTTTGGG................................................................................................................................................................. 26 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................TGAACAGAGGGTGGCTTTTGGGGAGTA............................................................................................................................................................ 27 1 2.00 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
............................................................GTCTGTATGAACAGAGGGTGGCTTTTG................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................TGCTGTGTGTCTGTATGAACAGAGG............................................................................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................TGTGTCTGTATGAACAGAGGGggg......................................................................................................................................................................... 24 ggg 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................TTGCTTGCTGTGTGTCTGTATGAACAG................................................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
.......................................................TGTGTGTCTGTATGAACAGAGGGTG.......................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
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..........................................................................................................................................................................................TTTATATTCTACAGAGAGAATTCTGT...................................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................TTACTTGTTTTGCTTGCTGTGTGTC........................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................TATGAACAGAGGGTGGCTTTTGGGGA............................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
.......................................................TGTGTGTCTGTATGAACAGAGGGTa.......................................................................................................................................................................... 25 a 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................TATTACTTGTTTTGCTTGCTGTGT.............................................................................................................................................................................................. 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
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................................................TGCTTGCTGTGTGTCTGTATGAACcg................................................................................................................................................................................ 26 cg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
..........................................................GTGTCTGTATGAACAGAGGGTGGCTT...................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00
..............................................TTTGCTTGCTGTGTGTCTGTATGAACAG................................................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................TGTATGAACAGAGGGTGGCTTTTGG.................................................................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................GAGAATTCTGTGATCACTCTCTTCAGAA..................... 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................TATTACTTGTTTTGCTTGCTGTGTGTCT.......................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
...................................................................TGAACAGAGGGTGGCTTTTGGGGAGTAGGC......................................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................GTGTGTCTGTATGAACAGAGGGTGG......................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................TTTTCTTTGCATTTAagga........................................................ 19 agga 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
...........................................................TGTCTGTATGAACAGAGGGTGGCTTT..................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................TGTGTCTGTATGAACAGAGGGTGGCTTTT.................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
...................................................TTGCTGTGTGTCTGTATGAACAGAGGa............................................................................................................................................................................ 27 a 1.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................TTGGCAGAAAGGGCCTTCATGGGTCAAGC..................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................TTGCTGTGTGTCTGTATGAACAGAGGG............................................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................TATTACTTGTTTTGCTTGCTGTGTGTC........................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................TACTTGTTTTGCTTGCTGTGTGTCTG......................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................TGTGTCTGTATGAACAGAGGGTGGCaaa..................................................................................................................................................................... 28 aaa 1.00 20.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
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......................................................CTGTGTGTCTGTATGAACAGAGGGTG.......................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................ATTCTGTGATCACTatgc........................... 18 atgc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
.......................................................TGTGTGTCTGTATGAACAGAGGGT........................................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
CAACATACTCACTTTGAAAAAAATGTCTAAGCCTTTTATTACTTGTTTTGCTTGCTGTGTGTCTGTATGAACAGAGGGTGGCTTTTGGGGAGTAGGCCTTTCCTCCAGGCTTACTCAGGCTTGGCAGAAAGGGCCTTCATGGGTCAAGCCCTCTTGCCTGCCTTTAAAACATTTCTTTTCTTTGCATTTATATTCTACAGAGAGAATTCTGTGATCACTCTCTTCAGAAAATATTAACAATGCAGCCTCT
.....................................................(((.....(((((....)))))....)))....((..((.....))..))...................................................................................................................................................
..................................................51....................................................105...............................................................................................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
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SRR014234(GSM319958)
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SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
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mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
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SRR069810(GSM610966)
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mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR042485(GSM539877)
mouse testicular tissue [09-002]. (testes)
...CTCACTTTGAAAAAActgg.................................................................................................................................................................................................................................... 19 ctgg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................ATTCTACAGAGAGAATTCTGTGATCACT............................... 28 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................TCTTTGCATTTATATTCTACAGAGAGAA............................................ 28 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........ACTTTGAAAAAAATGTCTAAGCCTTTTA.................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -