(5)
OTHER.mut
(6)
PIWI.ip
(2)
PIWI.mut
(1)
TDRD1.ip
(30)
TESTES

Sense strand
TCTCGGAAGCAGACAGTGAGTCGTGTCCTGTGCAGGACAGGGGCCAGGAGGTAGGGAATCCTAAGTTTCAAGCGTGTGACCTACTATCTCAGTCCTTTCCCTCTACCCAAACATCACTCTCAGGTCGTTCTTTTATGTTGTCATAGTTAGGGTTTCTGTTGCTGTGACTAAACGCCATGACCAAAAACCAATCTGAGGAGGAAAGAGTTTATCTGGTTTACGCGTGCATGTTTCTGTTCATCATCAAAGG
..........................................................((((.((..(((.((((..(((((.......................................))))).............((((((((..((....))...))))))))...))))..)))............)).))))...................................................
........................................................57.............................................................................................................................................200................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR051940(GSM545784)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l+/-). (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR037903(GSM510439)
testes_rep4. (testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
..............................................................................................................................................................................CCATGACCAAAAACCAATCTGAGGAGG................................................. 27 1 16.00 16.00 4.00 7.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - -
.............................................................................................................................................................................GCCATGACCAAAAACCAATCTGAGGAGG................................................. 28 1 12.00 12.00 4.00 4.00 - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................TCTGAGGAGGAAAGAGTTTATCTGGTT................................ 27 1 10.00 10.00 3.00 2.00 - 1.00 - 1.00 - 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................GCCATGACCAAAAACCAATCTGAGGAG.................................................. 27 1 5.00 5.00 3.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................TTTTATGTTGTCATAGTTAGGGTTTCTG............................................................................................ 28 1 5.00 5.00 - - - - - - 5.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..TCGGAAGCAGACAGTGAGTCGTGTCC.............................................................................................................................................................................................................................. 26 1 5.00 5.00 2.00 1.00 - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................TCTGGTTTACGCGTGCATGTTTCTGT............. 26 1 3.00 3.00 - 1.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................TGACCAAAAACCAATCTGAGGAGGAAAG............................................. 28 1 3.00 3.00 - - - 1.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................CATGACCAAAAACCAATCTGAGGAGGAA............................................... 28 1 3.00 3.00 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................TCTGAGGAGGAAAGAGTTTATCTGGT................................. 26 1 3.00 3.00 - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..TCGGAAGCAGACAGTGAG...................................................................................................................................................................................................................................... 18 1 2.00 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................TAAGTTTCAAGCGTGTGACCTACTATC.................................................................................................................................................................. 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................TTACGCGTGCATGTTTCTGTTCATC........ 25 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................GCCATGACCAAAAACCAATCTGAGGAGGA................................................ 29 1 2.00 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................TTCAAGCGTGTGACCTACTATCTCAGT............................................................................................................................................................. 27 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................TCAAGCGTGTGACCTACTATCTCAGTC............................................................................................................................................................ 27 1 2.00 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................TTATCTGGTTTACGCGTGCATGTTTCT............... 27 1 2.00 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................CCATGACCAAAAACCAATCTGAGGAGGA................................................ 28 1 2.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00
.................................................................TTTCAAGCGTGTGACCTACTATCTCAGT............................................................................................................................................................. 28 1 2.00 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................TCTGGTTTACGCGTGCATGTTTCTGTT............ 27 1 2.00 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................TACCCAAACATCACTCTCAGGTCGTTCT....................................................................................................................... 28 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................TCTCAGGTCGTTCTTTTATGTTGTCATA......................................................................................................... 28 1 2.00 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................TCTGAGGAGGAAAGAGTTTATCTGG.................................. 25 1 2.00 2.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................TCTGGTTTACGCGTGCATGTTTCTG.............. 25 1 2.00 2.00 - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................TGGTTTACGCGTGCATGTTTCTGTTC........... 26 1 2.00 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
..TCGGAAGCAGACAGTGAGTCGTGTCCTG............................................................................................................................................................................................................................ 28 1 2.00 2.00 - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................TATCTGGTTTACGCGTGCATGTTTCT............... 26 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................TAGTTAGGGTTTCTGTTGCTGTGAC.................................................................................. 25 6 1.33 1.33 - - - - - - - - - - - 1.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................GCCATGACCAAAAACCAATCTGAGGAGGAA............................................... 30 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................AAGAGTTTATCTGGTTTACGCGTGCA...................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................TCTGGTTTACGCGTGCATGTTTCTGaaa........... 28 aaa 1.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................TTCTGTTGCTGTGACTAAACGCCATGAC..................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................GCCATGACCAAAAACCAATCTGAGGA................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
....................................................................................................................................................AGGGTTTCTGTTGCTGTGACTAAACGC........................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................TATCTGGTTTACGCGTGCATGTTTC................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
..............................................................AAGTTTCAAGCGTGTGACCTACTATC.................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................TCCTGTGCAGGACAGGGGCCAGGAG........................................................................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................TTTATGTTGTCATAGTTAGGGTTTCTGTT.......................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................CTCTCAGGTCGTTCTTTTATGTTGTC............................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................CTGGTTTACGCGTGCATGTTTCTGTT............ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
.CTCGGAAGCAGACAGTGAGTCGTGTC............................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................CTGGTTTACGCGTGCATGTTTCTGTTCA.......... 28 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................TCAGGTCGTTCTTTTATGTTGTCATAG........................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................TACGCGTGCATGTTTCTGTTCATCATCAA... 29 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................TTCAAGCGTGTGACCTACTATCTCAG.............................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................GTTGCTGTGACTAAACGCCATGACCA................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................GCCATGACCAAAAACCAATCTGAGGAGt................................................. 28 t 1.00 5.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..TCGGAAGCAGACAGTGAGTCGTGTCCT............................................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......AGCAGACAGTGAGTCGTGTCCTGTGC......................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................TATGTTGTCATAGTTAGGGTTTCTGTT.......................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................TTCAAGCGTGTGACCTACTATCTCAGTC............................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................TCTGGTTTACGCGTGCA...................... 17 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................TGCTGTGACTAAACGCCATGACCAAAAACC............................................................. 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................TGTTGCTGTGACTAAACGCCATGACC.................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................AGTTTCAAGCGTGTGACCTACTATCT................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................GCAGGACAGGGGCCAGGAGGTA..................................................................................................................................................................................................... 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................TAAACGCCATGACCAAAAACCAATCTG....................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................TTCAAGCGTGTGACCTACTATCTCAGc............................................................................................................................................................. 27 c 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TGAGTCGTGTCCTGTGCAGGACAGGGGC.............................................................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................TTATCTGGTTTACGCGTGCATGTTTC................ 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................ATCTGGTTTACGCGTGCATGTTTCTG.............. 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................TGGTTTACGCGTGCATGTTTCTGTT............ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................TCTGTTGCTGTGACTAAACGCCATGACC.................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................CGCGTGCATGTTTCTGTTC........... 19 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................GTTGCTGTGACTAAACGCCATG....................................................................... 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
............................................................................................................................................................................CGCCATGACCAAAAACCAATCTGAGGAGGA................................................ 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................AGGAAAGAGTTTATCTGGTTTACGCGT......................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................TTCAAGCGTGTGACCTACTATCTCAGTCCT.......................................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
..TCGGAAGCAGACAGTGAGTCGTGTC............................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................AAAGAGTTTATCTGGTTTACGCGcg........................ 25 cg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................TGTTGTCATAGTTAGGGTTTCTGTTG......................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
TCTCGGAAGCAGACAGTGAGTCGTGTCCTGTGCAGGACAGGGGCCAGGAGGTAGGGAATCCTAAGTTTCAAGCGTGTGACCTACTATCTCAGTCCTTTCCCTCTACCCAAACATCACTCTCAGGTCGTTCTTTTATGTTGTCATAGTTAGGGTTTCTGTTGCTGTGACTAAACGCCATGACCAAAAACCAATCTGAGGAGGAAAGAGTTTATCTGGTTTACGCGTGCATGTTTCTGTTCATCATCAAAGG
..........................................................((((.((..(((.((((..(((((.......................................))))).............((((((((..((....))...))))))))...))))..)))............)).))))...................................................
........................................................57.............................................................................................................................................200................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR051940(GSM545784)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l+/-). (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR037903(GSM510439)
testes_rep4. (testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
....................................................................................................................CTCTCAGGTCGTTCTTTTATGTTGTCA........................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................CCTTTCCCTCTACCCAAACATCACT.................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................CCTACTATCTCAGTCCTTTCCCTC................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
...........................................................................GTGACCTACTATCTCAGTCCTTTCCC..................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................GCGTGCATGTTTCTGTTCATCATCAA... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -