(5)
OTHER.mut
(1)
OVARY
(6)
PIWI.ip
(3)
PIWI.mut
(30)
TESTES

Sense strand
GGTATACAATCTTAGATCTTAAAGACGCTTTCTTTTGCCTGAAACTACACCCCAACAGCCAGCCCTTGTTTGCCTTTGAATGGCAAGACCTAGAGAACAGAAGATCCGGGCAGCTCACATGGATGAGACTGCCTCAGGGATTTAAGAATTCACCCACCTTGTTTGATGAAGCTCTACATCGAGATCTTGCCTCCTTTCAGGCCAACAATCCCCAGGTGACTTTCTTACAATATGTAGATGACCTTTTGGT
.................................................................................(((((((......(((....((((((((((((((((......)))).))))))...)))))).....)))..........(((((((........))))))).)))))))...........................................................
...........................................................................76...................................................................................................................193.......................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes)
SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
................................................................................TGGCAAGACCTAGAGAACAGAAGATCCGG............................................................................................................................................. 29 1 67.00 67.00 11.00 17.00 5.00 10.00 10.00 1.00 - - - 7.00 - 2.00 - 1.00 - 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
............................................................................TGAATGGCAAGACCTAGAGAACAGAAG................................................................................................................................................... 27 1 43.00 43.00 14.00 10.00 4.00 7.00 3.00 1.00 - 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
................................................................................TGGCAAGACCTAGAGAACAGAAGATCCG.............................................................................................................................................. 28 1 33.00 33.00 8.00 7.00 1.00 5.00 3.00 3.00 - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - 1.00 -
............................................................................TGAATGGCAAGACCTAGAGAACAGAAGA.................................................................................................................................................. 28 1 22.00 22.00 3.00 3.00 9.00 4.00 2.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................TGGCAAGACCTAGAGAACAGAAGATCC............................................................................................................................................... 27 1 9.00 9.00 1.00 - - 1.00 - - - 1.00 - 4.00 - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................TCCCCAGGTGACTTTCTTACAATATGTA.............. 28 1 8.00 8.00 - - - 1.00 - - 2.00 - 5.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................TTGAATGGCAAGACCTAGAGAACAGAAG................................................................................................................................................... 28 1 7.00 7.00 - - 2.00 - 1.00 - 1.00 2.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................TAGAGAACAGAAGATCCGGGCAGCTC...................................................................................................................................... 26 1 7.00 7.00 2.00 - - 3.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
............................................................................TGAATGGCAAGACCTAGAGAACAGAA.................................................................................................................................................... 26 1 5.00 5.00 2.00 - - - 1.00 - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....TACAATCTTAGATCTTAAAGACGCTT............................................................................................................................................................................................................................ 26 1 5.00 5.00 - 3.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................TGCCTGAAACTACACCCCAACAGCCAGC........................................................................................................................................................................................... 28 1 5.00 5.00 - - - - - - - - 1.00 - - 3.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................GAGAACAGAAGATCCGGGCAGCTCAC.................................................................................................................................... 26 1 5.00 5.00 - 1.00 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
................................................................................TGGCAAGACCTAGAGAACAGAAGATCCGGG............................................................................................................................................ 30 1 5.00 5.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - -
....TACAATCTTAGATCTTAAAGACGCTTT........................................................................................................................................................................................................................... 27 1 4.00 4.00 - - - 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
..........................................................................TTTGAATGGCAAGACCTAGAGAACAGAA.................................................................................................................................................... 28 1 4.00 4.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................TCCCCAGGTGACTTTCTTACAATATGT............... 27 1 4.00 4.00 1.00 - - - - - 1.00 - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................TTGAATGGCAAGACCTAGAGAACAGAAGATC................................................................................................................................................ 31 1 3.00 3.00 - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................GAGAACAGAAGATCCGGGCAGCTCACA................................................................................................................................... 27 1 3.00 3.00 1.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................GGCAAGACCTAGAGAACAGAAGATCCGG............................................................................................................................................. 28 1 3.00 3.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................TCTTACAATATGTAGATGACCTTTTG.. 26 2 3.00 3.00 - 0.50 1.00 - 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - -
....TACAATCTTAGATCTTAAAGACGCTTTCTT........................................................................................................................................................................................................................ 30 1 3.00 3.00 - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................ATGAAGCTCTACATCGAGATCTTGCCTCCT....................................................... 30 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................TGGCAAGACCTAGAGAACAGAAGATCCGt............................................................................................................................................. 29 t 2.00 33.00 - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................TAAAGACGCTTTCTTTTGCCTGAAACT............................................................................................................................................................................................................ 27 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................TTGCCTTTGAATGGCAAGACCTAGAGA.......................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
.................................................................................GGCAAGACCTAGAGAACAGAAGATCC............................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................TTTGAATGGCAAGACCTAGAGAACAG...................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..TATACAATCTTAGATCTTAAAGACGCTT............................................................................................................................................................................................................................ 28 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................TCCCCAGGTGACTTTCTTACAATATGTAGA............ 30 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................TCCCCAGGTGACTTTCTTACAATATGTAG............. 29 1 2.00 2.00 - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................TTTGAATGGCAAGACCTAGAGAACAGA..................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................TTTGAATGGCAAGACCTAGAGAACAGAAG................................................................................................................................................... 29 1 2.00 2.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................AACAGAAGATCCGGGCAGCTCACATG................................................................................................................................. 26 1 2.00 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................TTTGATGAAGCTCTACATCGAGATCTTG............................................................. 28 3 1.67 1.67 - - - - - - - - 0.33 - - - - - 0.67 - - 0.33 - - - - - - - - - - - - 0.33
............................................................................................................................................................................TCTACATCGAGATCTTGCCTCCTTTCAGG................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................TGAGACTGCCTCAGGGATTTAAGA....................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................TGGATGAGACTGCCTCAGGGATTTcaga....................................................................................................... 28 caga 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................TGAATGGCAAGACCTAGAGAACAGA..................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................GATGAGACTGCCTCAGGGATTTAAGAA...................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................CTTGTTTGCCTTTGAATGGCAAGACCTAG............................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................TTGCCTTTGAATGGCAAGACCTAGAG........................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................TGAAGCTCTACATCGAGATCTTGCCTCCT....................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................TCCCCAGGTGACTTTCTTACAAT................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................TCTTACAATATGTAGATGACCTTTTGGT 28 2 1.00 1.00 - 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....TACAATCTTAGATCTTAAAGACGCTTTCTTT....................................................................................................................................................................................................................... 31 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................CAAGACCTAGAGAACAGAAGATCCG.............................................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................AATGGCAAGACCTAGAGAACAGAAGATC................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................CAATCCCCAGGTGACTTTCTTACAATATG................ 29 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................CTACATCGAGATCTTGCCTCCTTTCA................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................TGAATGGCAAGACCTAGAGAACAGAAGATC................................................................................................................................................ 30 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................CAGGTGACTTTCTTACAATATGTAG............. 25 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................TTTGCCTGAAACTACACCCCAACAGCCAGC........................................................................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................TGGATGAGACTGCCTCAGGGATTTAAGA....................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
............................................................................TGAATGGCAAGACCTAGAGta......................................................................................................................................................... 21 ta 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................TGAATGGCAAGACCTAGAGAACAGAAGAT................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................TTGAATGGCAAGACCTAGAGAACAGAA.................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................TGCCTTTGAATGGCAAGACCTAGAGAACAGA..................................................................................................................................................... 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................CAATATGTAGATGACCTTTTGGTggca 27 ggca 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................CCTTTGAATGGCAAGACCTAGAGAAC........................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
....TACAATCTTAGATCTTAAAGACGCTTTCT......................................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................TTTGATGAAGCTCTACATCGAGATCTT.............................................................. 27 3 1.00 1.00 - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - -
....TACAATCTTAGATCTTAAAGACG............................................................................................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................CATGGATGAGACTGCCTCAGGGATTT........................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
................................................................................TGGCAAGACCTAGAGAACAGAAGATCCGGt............................................................................................................................................ 30 t 1.00 67.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................TGGCAAGACCTAGAGAACAGAAGA.................................................................................................................................................. 24 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................TTTTGCCTGAAACTACACCCCAACAGC............................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................ACCTAGAGAACAGAAGATCCGGGCAGt........................................................................................................................................ 27 t 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................ATCGAGATCTTGCCTCCTTTCAGGCCAAC............................................ 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
................................TTTTGCCTGAAACTACACCCCAACAG................................................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................TGGCAAGACCTAGAGAACAGAAGATacgg............................................................................................................................................. 29 acgg 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................CAGAAGATCCGGGCAGCTCACATGG................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................TCGAGATCTTGCCTCCTTTCAGGCCAccca.......................................... 30 ccca 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
.........................................................................................CTAGAGAACAGAAGATCCGGGCAGCTC...................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................TGAATGGCAAGACCTAGAGAACAGAAGATCC............................................................................................................................................... 31 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................TTTGAATGGCAAGACCTAGAGAACAGAAGA.................................................................................................................................................. 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................TGGATGAGACTGCCTCAGGGATTTAAGAAT..................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................TGGCAAGACCTAGAGAACAGAAGATCCGGGC........................................................................................................................................... 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
..............................TCTTTTGCCTGAAACTACACCCCAAC.................................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................TAGAGAACAGAAGATCCGGGCAGCTCACA................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................TGAATGGCAAGACCTAGAGAACAGAAGt.................................................................................................................................................. 28 t 1.00 43.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................CATGGATGAGACTGCCTCAGGGATTTAA......................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................GATGAGACTGCCTCAGGGATTTAAGAAT..................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
................................TTTTGCCTGAAACTACACCCCAACAGCC.............................................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................TTAAAGACGCTTTCTTTTGCCTGAAACT............................................................................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................GGCAAGACCTAGAGAACAGAAGATCCG.............................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................AACAGAAGATCCGGGCAGCTCACATGG................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................TGCCTCAGGGATTTAAGAATTCACCCAtctt.......................................................................................... 31 tctt 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................CAGAAGATCCGGGCAGCTCACATGGAaa............................................................................................................................. 28 aa 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................TGAGACTGCCTCAGGGATTTAAGAAT..................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................TTGCCTTTGAATGGCAAGACCTAGA............................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................TTTGCCTGAAACTACACCCCAACAGCCAGt........................................................................................................................................................................................... 30 t 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................GAATGGCAAGACCTAGAGAACAGAAGA.................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................TTGAATGGCAAGACCTAGAGAACAGAAGA.................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........ATCTTAGATCTTAAAGACGCTTTCTTTTG..................................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................TGAAACTACACCCCAACAGCCAGCCCTT....................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................TCGAGATCTTGCCTCCTTTCAGGCCAACAA.......................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................TACATCGAGATCTTGCCTCCTTTCAGGC................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..TATACAATCTTAGATCTTAAAGACGCT............................................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........TTAGATCTTAAAGACGCTTTCTTTTGCC................................................................................................................................................................................................................... 28 3 0.67 0.67 0.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........TCTTAGATCTTAAAGACGCTTTCTTTT...................................................................................................................................................................................................................... 27 3 0.67 0.67 - 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................TGTTTGATGAAGCTCTACATCGAGA.................................................................. 25 3 0.67 0.67 - - - - - - - - - - - 0.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................TTTGATGAAGCTCTACATCGAGATCTTGC............................................................ 29 3 0.67 0.67 - - - - - - - 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................TTACAATATGTAGATGACCTTTTGGTgtc 29 gtc 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50
................................................................................................................................................................................................................................TTACAATATGTAGATGACCTTTTGGT 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................TACAATATGTAGATGACCTTTTGG. 24 2 0.50 0.50 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TTCACCCACCTTGTTTGATGAAGCTCTA.......................................................................... 28 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................TCTTACAATATGTAGATGACCTTTTGGTgt 30 gt 0.50 1.00 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TGATGAAGCTCTACATCGAGATCTTGCC........................................................... 28 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................TTTGATGAAGCTCTACATCGAGATCT............................................................... 26 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................TGTTTGATGAAGCTCTACATCGAGATCTTGC............................................................ 31 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TGATGAAGCTCTACATCGAGATCTTGCCTC......................................................... 30 3 0.33 0.33 - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................GACTGCCTCAGGGATTTAAGAATTC................................................................................................... 25 3 0.33 0.33 - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................CAGGGATTTAAGAATTCACCCAC............................................................................................. 23 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - -
...........TTAGATCTTAAAGACGCTT............................................................................................................................................................................................................................ 19 3 0.33 0.33 - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................TTTGATGAAGCTCTACATCGAGATCTTGg............................................................ 29 g 0.33 1.67 - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................TTGCCTTTGAATGGCAAGA.................................................................................................................................................................. 19 14 0.07 0.07 - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
GGTATACAATCTTAGATCTTAAAGACGCTTTCTTTTGCCTGAAACTACACCCCAACAGCCAGCCCTTGTTTGCCTTTGAATGGCAAGACCTAGAGAACAGAAGATCCGGGCAGCTCACATGGATGAGACTGCCTCAGGGATTTAAGAATTCACCCACCTTGTTTGATGAAGCTCTACATCGAGATCTTGCCTCCTTTCAGGCCAACAATCCCCAGGTGACTTTCTTACAATATGTAGATGACCTTTTGGT
.................................................................................(((((((......(((....((((((((((((((((......)))).))))))...)))))).....)))..........(((((((........))))))).)))))))...........................................................
...........................................................................76...................................................................................................................193.......................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes)
SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
.......................................................................................................................................................ACCCACCTTGTTTGATGAAGCTCTACATCGA.................................................................... 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
........................................................................................................................................................................AAGCTCTACATCGAGATCTTGCCTCCTTT..................................................... 29 2 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................AAGCTCTACATCGAGATCTTGCCTCC........................................................ 26 2 1.00 1.00 - - - - - 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................ACACCCCAACAGCCAGCCCTTGTgac..................................................................................................................................................................................... 26 gac 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................AAGCTCTACATCGAGATCTTGCCTCCTT...................................................... 28 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - -
.....................................................................................................................................................TCACCCACCTTGTTTGAT................................................................................... 18 4 0.50 0.50 - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................AACAGCCAGCCCTTGTTTGCCTTTGA........................................................................................................................................................................... 26 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................AACAGCCAGCCCTTGTTTGCCTTTGAA.......................................................................................................................................................................... 27 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - -