(9)
OTHER.mut
(1)
OVARY
(6)
PIWI.ip
(5)
PIWI.mut
(39)
TESTES

Sense strand
CTGAACTCACCCGCCCCTTCCTTTTCCTCTTCCGGGGACGGTGCTCAGAGGTATGGTGGCCTTCTTCTGCTCTGTGTTTTTTTACCGTTTACGATCCGTAGCCATCCGAGGCGTCAGGCGGGCGGGACGCCCTTGGGGTCGGGACTGTCGCTGGGGTCGGTGGTGAGGGACGAGGAGAGGTGCGTACCGGCCGAGGCCTCGGCTCGTAGACTCGGGAAGCCCGAGATCAAACCCGGCTTCCGAAGCGGTG
...........................................................................................((((((.(((((((((..(((.((((..(((((...))))))))).))).))).))..))))))))))...........................................................................................
........................................................................73......................................................................................161.......................................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR014237(GSM319961)
10 dpp MILI-KO total. (mili testes)
GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
SRR042486(GSM539878)
mouse ovaries [09-002]. (ovary)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
.................................GGGGACGGTGCTCAGAGGTATGGTGG............................................................................................................................................................................................... 26 1 8.00 8.00 8.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TCTTCCGGGGACGGTGCTCAGAGGTATGGTGGC.............................................................................................................................................................................................. 33 1 6.00 6.00 6.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................TTCCGGGGACGGTGCTCAGAGGTATGGTGGC.............................................................................................................................................................................................. 31 1 6.00 6.00 6.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................TCGGCTCGTAGACTCGGGAAGCCCG........................... 25 1 6.00 6.00 - - - - - - - 6.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................TTGGGGTCGGGACTGTCGCTGGGGT............................................................................................. 25 1 6.00 6.00 - 2.00 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................TTGGGGTCGGGACTGTCGCTGG................................................................................................ 22 1 5.00 5.00 - - - - - - - - - - - - - 2.00 - 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................TGTCGCTGGGGTCGGTGGTGAGG.................................................................................. 23 1 5.00 5.00 5.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................TTTTTTACCGTTTACGATCCGTAGC.................................................................................................................................................... 25 1 4.00 4.00 - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................TGGGGTCGGGACTGTCGCTGGGG.............................................................................................. 23 1 4.00 4.00 - - - 1.00 - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
..................................................................................TACCGTTTACGATCCGTAGCCATCCG.............................................................................................................................................. 26 1 4.00 4.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................TGGGGTCGGGACTGTCGCTGGG............................................................................................... 22 1 3.00 3.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................CGGGACTGTCGCTGGGGTCGGTGGT...................................................................................... 25 1 3.00 3.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................TGGGGTCGGGACTGTCGCTGGGGTa............................................................................................ 25 a 3.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................TCGGCTCGTAGACTCGGGAAGCCCGAGATC...................... 30 1 3.00 3.00 - - - - 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................TAGCCATCCGAGGCGTCAGGCGGGCGG............................................................................................................................. 27 1 3.00 3.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
.................TTCCTTTTCCTCTTCCGGGGACGGTGC.............................................................................................................................................................................................................. 27 1 3.00 3.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................TCCTTTTCCTCTTCCGGGGACGGTGC.............................................................................................................................................................................................................. 26 1 2.00 2.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................TGGGGTCGGGACTGTCGCTGG................................................................................................ 21 1 2.00 2.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................GACTGTCGCTGGGGTCGGTGGTGAGGG................................................................................. 27 1 2.00 2.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................TGTGTTTTTTTACCGTTTACGATCCG........................................................................................................................................................ 26 1 2.00 2.00 - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................TTCTGCTCTGTGTTTTTTTACCGTT................................................................................................................................................................. 25 1 2.00 2.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................TCGTAGACTCGGGAAGCCCGAGATC...................... 25 1 2.00 2.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................TGCTCAGAGGTATGGTGG............................................................................................................................................................................................... 18 1 2.00 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................CTCTTCCGGGGACGGTGCTCAGAGGTA..................................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................GATCAAACCCGGCTTCCGAAGCGGcac 27 cac 2.00 0.00 - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TCTTCCGGGGACGGTGCTCAGAGGTATGGTGG............................................................................................................................................................................................... 32 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................TTCCTTTTCCTCTTCCGGGGACGGTGCT............................................................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................GGGGACGGTGCTCAGAGGTATGGTG................................................................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................TGGGGTCGGGACTGTCGCTGGGGTCG........................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................TGTCGCTGGGGTCGGTGGTGAGGGA................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................TGTCGCTGGGGTCGGTGGTGAGGt................................................................................. 24 t 1.00 5.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................GATCAAACCCGGCTTCCGAAGCGGgac 27 gac 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
................................................................TTCTGCTCTGTGTTTTTTTACCGTTT................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................TTGGGGTCGGGACTGTCGCTGGG............................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................CGATCCGTAGCCATCCGAGGCGTCAGG.................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................TTCCTCTTCCGGGGACGGTGCTCAGAGG....................................................................................................................................................................................................... 28 2 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................TCCGAGGCGTCAGGCGGGCGGGACGC........................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................TCGGGACTGTCGCTGGGG.............................................................................................. 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................TGGGGTCGGGACTGTCGCTGGGGTCGGT......................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................TTCCTTTTCCTCTTCCGGGGACGGTG............................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................TACGATCCGTAGCCATCCGAGGCGTCAG..................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................GGAGAGGTGCGTACCGGCCGAGGCCTC.................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................TCCGAGGCGTCAGGCGGGCGGGAta......................................................................................................................... 25 ta 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................CTGCTCTGTGTTTTTTTAC..................................................................................................................................................................... 19 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................TTTTCCTCTTCCGGGGACGGTtctc............................................................................................................................................................................................................ 25 tctc 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................GCTCAGAGGTATGGTGGCCTTCTTCTGCTC.................................................................................................................................................................................. 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................TGGGGTCGGTGGTGAGGGACGAGGA.......................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
..................................GGGACGGTGCTCAGAGGTAT.................................................................................................................................................................................................... 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................GGCCGAGGCCTCGGCTCGTAGACTCGGG.................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................TCCTCTTCCGGGGACGGTGCTCAGA......................................................................................................................................................................................................... 25 2 1.00 1.00 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................GACTGTCGCTGGGGTCGGTGGTGt.................................................................................... 24 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................ACGGTGCTCAGAGGTATG................................................................................................................................................................................................... 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................CTCGGCTCGTAGACTCGGGAAGCCCGt.......................... 27 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................TCCTTTTCCTCTTCCGGGGACGGTGCTC............................................................................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................TTGGGGTCGGGACTGTCGCTGGGGTCa........................................................................................... 27 a 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................TTCCTCTTCCGGGGACGGTGCTCAGA......................................................................................................................................................................................................... 26 2 1.00 1.00 - - - - - 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................CCATCCGAGGCGTCAGGCGGG................................................................................................................................ 21 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................CTCTTCCGGGGACGGTGCTCAGAGGTATGGTG................................................................................................................................................................................................ 32 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................TTTTTTTACCGTTTACGATCCGTAGC.................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................TGGGGTCGGTGGTGAGGGACGAGGAGt........................................................................ 27 t 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................TCTTCTGCTCTGTGTTTTTTTACCGTT................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................TGGGGTCGGGACTGTCGCT.................................................................................................. 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................TCGGCTCGTAGACTCGGGAAGCCCGAGA........................ 28 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................GACTGTCGCTGGGGTCGGTGGTGAGt.................................................................................. 26 t 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................TCCGAGGCGTCAGGCGGG................................................................................................................................ 18 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................GCCCTTGGGGTCGGGACTGTCGCTGGG............................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................TTGGGGTCGGGACTGTCGCTGGGG.............................................................................................. 24 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................TTGGGGTCGGGACTGTCGCTGGGGTC............................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................GTGAGGGACGAGGAGAGGTGCGT................................................................. 23 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................TACGATCCGTAGCCATCCGAGGCGTCAGG.................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................TAGACTCGGGAAGCCCGAGATCAAAC.................. 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................TCGGGACTGTCGCTGGGGT............................................................................................. 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................GGCCTCGGCTCGTAGACTCGGGAAGCC............................. 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................ACCGTTTACGATCCGTAGCCATCCGA............................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................ACGATCCGTAGCCATCCGAGGCGTCAGGg................................................................................................................................... 29 g 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
........................TCCTCTTCCGGGGACGGTGCTCAGAGt....................................................................................................................................................................................................... 27 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................TGGGGTCGGTGGTGAGGGACGAGGAG......................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................TGTCGCTGGGGTCGGTGGTGAG................................................................................... 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
.................................................................................................................................................TGTCGCTGGGGTCGGTGGTGAGGG................................................................................. 24 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TTACGATCCGTAGCCATCCGAGGCGTC....................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................TGGGGTCGGGACTGTCGCTGGGGTC............................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................GCTCTGTGTTTTTTactc.................................................................................................................................................................... 18 actc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
................................................................................................................................GCCCTTGGGGTCGGGACTGTC..................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
........................................................................................................................................................................................TACCGGCCGAGGCCTCGGCTCGTAGA........................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................TACGATCCGTAGCCATCCGAGGCGTCA...................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................TTGGGGTCGGGACTGTCGCTGGGGTCGG.......................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................AGATCAAACCCGGCTTCCGAAGCGGcact 29 cact 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................TTGGGGTCGGGACTGTCGCTGGtgtc............................................................................................ 26 tgtc 1.00 5.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................GCGGGCGGGACGCCCTTGGGGTCGGGACTGT...................................................................................................... 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................TTCCGGGGACGGTGCTCAGAGG....................................................................................................................................................................................................... 22 4 0.75 0.75 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.75 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TCTTCCGGGGACGGTGCTCAGAGG....................................................................................................................................................................................................... 24 4 0.75 0.75 0.75 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................CTCTTCCGGGGACGGTGC.............................................................................................................................................................................................................. 18 3 0.67 0.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.67 - -
..........................CTCTTCCGGGGACGGTGCTCA........................................................................................................................................................................................................... 21 3 0.67 0.67 - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - -
.....................TTTTCCTCTTCCGGGGACGGTGCTCA........................................................................................................................................................................................................... 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................CGGGGACGGTGCTCAGAG........................................................................................................................................................................................................ 18 4 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.TGAACTCACCCGCCCCTTCCTTTTCCTC............................................................................................................................................................................................................................. 28 2 0.50 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................TTCCTCTTCCGGGGACGGTGC.............................................................................................................................................................................................................. 21 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 -
........................TCCTCTTCCGGGGACGGTGCTCAG.......................................................................................................................................................................................................... 24 2 0.50 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................CCTCTTCCGGGGACGGTGCTCAG.......................................................................................................................................................................................................... 23 2 0.50 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................CCTCTTCCGGGGACGGTGCTCAGAG........................................................................................................................................................................................................ 25 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - -
..........................CTCTTCCGGGGACGGTGCTCAGAGG....................................................................................................................................................................................................... 25 3 0.33 0.33 - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................CTCTTCCGGGGACGGTGCTCAGAGt....................................................................................................................................................................................................... 25 t 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................CTCTTCCGGGGACGGTGCTCAGAGGa...................................................................................................................................................................................................... 26 a 0.33 0.33 - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................CTCTTCCGGGGACGGTGCTCAGAGGcatt................................................................................................................................................................................................... 29 catt 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - -
..........................CTCTTCCGGGGACGGTGCTCAGAG........................................................................................................................................................................................................ 24 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 -
..........................CTCTTCCGGGGACGGTGCTCAGA......................................................................................................................................................................................................... 23 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33
.............................TTCCGGGGACGGTGCTCAGAGGgact................................................................................................................................................................................................... 26 gact 0.25 0.75 - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................TCCGGGGACGGTGCTCA........................................................................................................................................................................................................... 17 4 0.25 0.25 - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................TCCGGGGACGGTGCTCAGAGa....................................................................................................................................................................................................... 21 a 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................TCCGGGGACGGTGCTCAGAG........................................................................................................................................................................................................ 20 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - -
.....................................................................................................................................................................AGGGACGAGGAGAGG...................................................................... 15 8 0.12 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
CTGAACTCACCCGCCCCTTCCTTTTCCTCTTCCGGGGACGGTGCTCAGAGGTATGGTGGCCTTCTTCTGCTCTGTGTTTTTTTACCGTTTACGATCCGTAGCCATCCGAGGCGTCAGGCGGGCGGGACGCCCTTGGGGTCGGGACTGTCGCTGGGGTCGGTGGTGAGGGACGAGGAGAGGTGCGTACCGGCCGAGGCCTCGGCTCGTAGACTCGGGAAGCCCGAGATCAAACCCGGCTTCCGAAGCGGTG
...........................................................................................((((((.(((((((((..(((.((((..(((((...))))))))).))).))).))..))))))))))...........................................................................................
........................................................................73......................................................................................161.......................................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR014237(GSM319961)
10 dpp MILI-KO total. (mili testes)
GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
SRR042486(GSM539878)
mouse ovaries [09-002]. (ovary)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
.........................................................................GTGTTTTTTTACCGTTTACGATCCGTA...................................................................................................................................................... 27 1 3.00 3.00 - 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................TCTGCTCTGTGTTTTTTTACCGTTTACGA............................................................................................................................................................ 29 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................CTTCCGGGGACGGTGCTCAGAGGT...................................................................................................................................................................................................... 24 1 2.00 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................TGTGTTTTTTTACCGTTTACGATCCGT....................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................TTTACGATCCGactc........................................................................................................................................................ 15 actc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................ACGATCCGTAGCCATCCGAGGCGTCA...................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................CTGCTCTGTGTTTTTTTACCGTTTACGA............................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
.........................................................................GTGTTTTTTTACCGTTTACGATCCGT....................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................TTACCGTTTACGATCCGTAGCCATCCGA............................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................CTCTGTGTTTTTTTACCGTTTACGATCa.......................................................................................................................................................... 28 a 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................TTTTTTACCGTTTACGATCCGTAGCCA.................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................CCGTAGCCATCCGAGGCGTCA...................................................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................GTACCGGCCGAGGCCTCGGCTCGTA.......................................... 25 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................CCGTTTACGATCCGTAGCCATCCGA............................................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................ACGATCCGTAGCCATCCGAGGCGcaa......................................................................................................................................... 26 caa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................CTTCCGAAGCGGTaggc. 17 aggc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................CTCTTCCGGGGACGGTGCTCAGAGGTAt..................................................................................................................................................................................................... 28 t 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
..................................................................................TACCGTTTACGATCCGTAGCCA.................................................................................................................................................. 22 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................TTTTACCGTTTACGATCCGTAGCCA.................................................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................TGTGTTTTTTTACCGTTTACGATCCGTA...................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................TCTTCTGCTCTGTGTTTTTTTACCGTTTA............................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................TTCTGCTCTGTGTTTTTTTACCGTTTAC.............................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................TTTTCCTCTTCCGGGGACGGTGCTCA........................................................................................................................................................................................................... 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -