chr3:108002584 108003092 -
(9)
OTHER.mut 		(6)
PIWI.ip 		(4)
PIWI.mut 		(36)
TESTES

Sense strand
ATTCTTACTTAGGTCTTTTCTCCTGGCACCCTGTGTTCATGGCCTTGGCGGTGAGTTCGGATATTCTTAGATTAACTCTTGGGGAGACATTCAGTTTTTCAGCCTAAGGGTCAGAGAGATGGGTTTAAAGAGGGCTTCATCTTTCCCTAAAACCTATAGGATTGGGGAAAGTGGAGTAAAGTGTCAGGTGGCTGAGAAGGTCAGGGAAAGGGGGAACAGAAGATATTTCTCCTCTAGTGCCTAAAAGGAAGACGCAAGAAGGATGTTTATCAAGGCTTTGTCCTCAGAACTCAGTAGAAAGTTCTCAGTAGAATGTTTGCTGTTCTGTGGTCCAGAAAGGATGTGTGTGAGGCTGCAAGTCCTTAGCTTCCCCGTGTCCTTCTGAATGTGTGAGAAGACCTCCTTTTCCTTGCGCTCCATGTAGACTAGAGGCTCACTGGCCTTTCCTTATGATTACAGTTCTGTCTCTGCATGGCTGAAGCTATTCTACTCTTCTCACCTGAGCACTC
..........................................((((.....((((..((....(((((.((....(((((((((((((.....)))))....)))))))))).))))).))..))))..))))((((((.((((((((((..((....)).))))))))))))))))............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
........................................41........................................................................................................................................179........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) 		SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTCTCTGCATGGCTGAAGCTATTCTAC................... 28 1 12.00 12.00 - 5.00 - - 4.00 - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGATTACAGTTCTGTCTCTGCATGGC................................. 26 1 8.00 8.00 2.00 - 2.00 - 1.00 - - - 1.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TATGATTACAGTTCTGTCTCTGCATGGC................................. 28 1 8.00 8.00 1.00 - 2.00 - - - 3.00 - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTCTCTGCATGGCTGAAGCTATTCTA.................... 27 1 6.00 6.00 - - - 2.00 2.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCTGCATGGCTGAAGCTATTCTACTCTTC.............. 29 1 5.00 5.00 - 1.00 - 1.00 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGATTACAGTTCTGTCTCTGCATGGCT................................ 27 1 5.00 5.00 - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTCTCTGCATGGCTGAAGCTATTCTACT.................. 29 1 5.00 5.00 - 1.00 - 1.00 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCTGCATGGCTGAAGCTATTCTACTCTT............... 28 1 4.00 4.00 - 1.00 - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCATGGCTGAAGCTATTCTACTCTTCTC............ 29 1 4.00 4.00 - 1.00 - - 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCTGTCTCTGCATGGCTGAAGCTATT....................... 26 1 3.00 3.00 - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................TGGCGGTGAGTTCGGATATTCTTAGA...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 3.00 3.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................TAAAACCTATAGGATTGGGGAAAGTGGA.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 28 1 3.00 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTGCGCTCCATGTAGACTAGAGG............................................................................. 23 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCTGCATGGCTGAAGCTATTCTACTCTTCT............. 30 1 3.00 3.00 - 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................TAGTGCCTAAAAGGAAGACGCAAGA.......................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 3.00 3.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
...................................................................TAGATTAACTCTTGGGGAGACATTC................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 25 1 3.00 3.00 - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
....................................TCATGGCCTTGGCGGTGAGTTCGGAT............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 3.00 3.00 - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTCTGTCTCTGCATGGCTGAAGCTATT....................... 27 1 3.00 3.00 - 1.00 - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTAGACTAGAGGCTCACTGGCCTTT................................................................ 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................GAAGGTCAGGGAAAGGGGGAACAGA................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 25 1 2.00 2.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCTGCATGGCTGAAGCTATTCTACTCT................ 27 1 2.00 2.00 - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCCTTGCGCTCCATGTAGACTAGAGGC............................................................................ 27 1 2.00 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGCTTCCCCGTGTCCTTCTGAATGT........................................................................................................................ 26 1 2.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCTGTCTCTGCATGGCTGAAGCTATTC...................... 27 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................AACCTATAGGATTGGGGAAAGTGGA.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 25 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCTGAATGTGTGAGAAGACCTCCTT........................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................AGAGAGATGGGTTTAAAGAGGGCTTC................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTCTCTGCATGGCTGAAGCTATTCTAa................... 28 a 1.00 6.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCGCTCCATGTAGACTAGAGGCTCACT....................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCGCTCCATGTAGACTAGAGGCTC.......................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................................AGGCTTTGTCCTCActc............................................................................................................................................................................................................................ 17 ctc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
...................................................................................................................................................TAAAACCTATAGGATTGGGGAAAGT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCTGAATGTGTGAGAAGACCTCCTTTT...................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTCTGAATGTGTGAGAAGACCTCCTT........................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGCTTCCCCGTGTCCTTCTGAATGTG....................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................TGAGAAGGTCAGGGAAAGGGGGAAC.................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................TAGGATTGGGGAAAGTGGAGTAAAGT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................AAAACCTATAGGATTGGGGAAAGTGGA.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTAGACTAGAGGCTCACTGGCCTT................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................GAAGGTCAGGGAAAGGGGGAACAGAtt............................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 tt 1.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................TTAGATTAACTCTTGGGGAGACATTCA................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................TAAAAGGAAGACGCAAGAAGGATGTTTA................................................................................................................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTGCGCTCCATGTAGACTAGAGGC............................................................................ 24 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................TGTTCATGGCCTTGGCGGTGAGTTCGG................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCATGGCTGAAGCTATTCTACTCTTC.............. 27 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................TAGATTAACTCTTGGGGAGACATTCAG............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................TAGTGCCTAAAAGGAAGACGCAAGAAGG....................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................TAGTGCCTAAAAGGAAGACGCAAGAA......................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTTTGCTGTTCTGTGGTCCAGAAAGGA........................................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTAGAAAGTTCTCAGTAGAATGTTTGCT............................................................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........TAGGTCTTTTCTCCTGGCACCCTGTGT......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................AAGGAAGACGCAAGAAGGATGTTTATCAA............................................................................................................................................................................................................................................ 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGCCTTTCCTTATGATTACAGTTCTGTC........................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGAATGTGTGAGAAGACCTCCTTTTCC.................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCTGCATGGCTGAAGCTATTCTACTC................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTCCTTCTGAATGTGTGAGAAGACCT............................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................TAAAAGGAAGACGCAAGAAGGATGTT.................................................................................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCCATGTAGACTAGAGGCTCACTGGCCTTT................................................................ 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGAATGTGTGAGAAGACCTCCTTTTC..................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................TAAGGGTCAGAGAGATGGGTTTAAAGAG......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGATTACAGTTCTGTCTCTGCATGGCTGA.............................. 29 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................CTCAGAACTCAGTAGAAAG................................................................................................................................................................................................................ 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGCTTCCCCGTGTCCTTCTGAATGTGT...................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTCCTTCTGAATGTGTGAGAAGACC............................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGAATGTTTGCTGTTCTGTGGTCCAGAA............................................................................................................................................................................ 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................TAGATTAACTCTTGGGGAGACATTCAGT.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAAAGGATGTGTGTGAGGCTGCAAGTC.................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCATGGCTGAAGCTATTCTACTCTTCT............. 28 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGAATGTGTGAGAAGACCTtttc........................................................................................................ 23 tttc 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................CAGCCTAAGGGTCAGAGAGATGGGTTT............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGAATGTGTGAGAAGACCTCCTTTTCCTT.................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AAGGATGTGTGTGAGGCTGCAAG...................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTATGATTACAGTTCTGTCTCTGCATGGC................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTCTCTGCATGGCTGAAGCTATTCTACTC................. 30 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................TAAAACCTATAGGATTGGGGAAAGTGGAG............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTGCGCTCCATGTAGACTAGAGGCTCA......................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTCTCTGCATGGCTGAAGCTATTgt..................... 26 gt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTATGATTACAGTTCTGTCTCTGCATGa.................................. 28 a 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................................................ACTCAGTAGAAAGTTttc........................................................................................................................................................................................................... 18 ttc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
...................................................................TAGATTAACTCTTGGGGAGACATTCA................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCATGGCTGAAGCTATTCTACTC................. 24 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................TCTAGTGCCTAAAAGGAAGACGCAAG........................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTGCGCTCCATGTAGACTAGAGGCTCACTGG..................................................................... 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTGCATGGCTGAAGCcagg....................... 19 cagg 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................TTAGATTAACTCTTGGGGAGACATTC................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TACAGTTCTGTCTCTGCATGGCTGA.............................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CATGGCTGAAGCTATTCTACTCTTCTCA........... 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ACAGTTCTGTCTCTGCATGGCTGAAG............................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTTTGCTGTTCTGTGGTCCAGAAA........................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................TGGCACCCTGTGTTCATGGCCTTGGC............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TATTCTACTCTTCTCACCTGAGCACTC 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................AGGGTCAGAGAGATGGGTTTAAAGA.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCATGGCTGAAGCTATTCTACTCTTC.............. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTGCGCTCCATGTAGACTAGAGGCTC.......................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCTGTTCTGTGGTCCAGAAAGGATG...................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTATGATTACAGTTCTGTCTCTGCATG................................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTATGATTACAGTTCTGTCTCTGCAT.................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................AAAGTTCTCAGTAGAATGTTTGCTGTT......................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................TGGCTGAGAAGGTCAGGGAAAGGGt........................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 25 t 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................TGGCACCCTGTGTTCATGGCCTTGGCGtt......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 tt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................GAACTCAGTAGAAAG................................................................................................................................................................................................................ 15 14 0.14 0.14 - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
ATTCTTACTTAGGTCTTTTCTCCTGGCACCCTGTGTTCATGGCCTTGGCGGTGAGTTCGGATATTCTTAGATTAACTCTTGGGGAGACATTCAGTTTTTCAGCCTAAGGGTCAGAGAGATGGGTTTAAAGAGGGCTTCATCTTTCCCTAAAACCTATAGGATTGGGGAAAGTGGAGTAAAGTGTCAGGTGGCTGAGAAGGTCAGGGAAAGGGGGAACAGAAGATATTTCTCCTCTAGTGCCTAAAAGGAAGACGCAAGAAGGATGTTTATCAAGGCTTTGTCCTCAGAACTCAGTAGAAAGTTCTCAGTAGAATGTTTGCTGTTCTGTGGTCCAGAAAGGATGTGTGTGAGGCTGCAAGTCCTTAGCTTCCCCGTGTCCTTCTGAATGTGTGAGAAGACCTCCTTTTCCTTGCGCTCCATGTAGACTAGAGGCTCACTGGCCTTTCCTTATGATTACAGTTCTGTCTCTGCATGGCTGAAGCTATTCTACTCTTCTCACCTGAGCACTC
..........................................((((.....((((..((....(((((.((....(((((((((((((.....)))))....)))))))))).))))).))..))))..))))((((((.((((((((((..((....)).))))))))))))))))............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
........................................41........................................................................................................................................179........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) 		SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTCTGCATGGCTGAAGCTATTCTACTC................. 27 1 5.00 5.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCTCTGCATGGCTGAAGCTATTCTACTC................. 28 1 5.00 5.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTCCTTCTGAATGTGTtggt...................................................................................................................... 20 tggt 3.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.00 - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................TCCTCTAGTGCCTAAAAGGAAGACGCA............................................................................................................................................................................................................................................................. 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............CTTTTCTCCTGGCACCCTGTGTTCA...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 2.00 2.00 - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CCTCCTTTTCCTTGCGCTCCATGTA...................................................................................... 25 1 2.00 2.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................ATCAAGGCTTTGTCCTCAGAACTCA........................................................................................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCTGCATGGCTGAAGCTATTCTACTC................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............GTCTTTTCTCCTGGCACCCTGTGTTCA...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................CCTTGGCGGTGAGTTCGGATATTCTTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CCTTTTCCTTGCGCTCCATGTAGACTA................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ACTGGCCTTTCCTTATGATTACAGTTCT.............................................. 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CCCCGTGTCCTTCTgctc.............................................................................................................................. 18 gctc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGTCCTTAGCTTCCCCGTGTCCTTC............................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCTGAATGTGTGAGAAGACCTCCTTT....................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................TAAAGTGTCAGGTGGCTGAGAAGGTCA.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCATGGCTGAAGCTATTCTACTCTTCTC............ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGAAGACCTCCTTTTCCTTGCGCTCCA.......................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTCCCCGTGTCCTTCTGAATGTGTGAaa.................................................................................................................... 28 aa 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTCTCTGCATGGCTGAAGCTATTCTACTC................. 29 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................GCTTCATCTTTCCCTAAAACCTATA............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CAGTAGAATGTTTGCTGTTCTGTGGTCCA............................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................AGGAAGACGCAAGAAGGATGTTTATCA............................................................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCAAGTCCTTAGCTTCCCCGTGTCCTT................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................AAAGTTCTCAGTAGAATGTTTGCTGT.......................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -