chr3:107697097 107697556 -
(9)
OTHER.mut 		(1)
OVARY 		(7)
PIWI.ip 		(2)
PIWI.mut 		(1)
TDRD1.ip 		(36)
TESTES

Sense strand
CTTGAGTTCCAGTCCTGACTTCTTTCAGTGATGAACAGCAATGTGGAAATGTAAGCTGAATAAACCCTTTCCTCCCCAACTGCTTCTTGGTCATGATGTTTGTGCAGGAATAGAAATCCTGACTAAGACACCAGGCCTCCCGGAGCCCCAAGTCTGGGTGTGGGAAATTATGTCTCCCCGTTAGTTTAACTGACTCAAACTTCAGACTTTGTAAAAGGACATTTTTCTAAAATAAAGAAGAAATGGTACAGAGACATGTGACTGTATAATGCCTGGGTTGATTCCTCCCAAGAAAACAAAAGCCAGCAACAAATTAACTTGAGCCACGAGTCTAAAACTTCTAGAGTAGTCTAAGTATTCTACTTGTTTCATGATATATCCCAATTCAGGCTAAATAACTTTGTGATTAGGTGTTCTGCCCAGTTTATAGAACAAGGAATTGAAGCTTGGAGAAGATTGA


 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR051941(GSM545785)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l-/-). (mov10L testes) 		SRR014237(GSM319961)
10 dpp MILI-KO total. (mili testes) 		SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes) 		SRR051940(GSM545784)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l+/-). (testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGAACAAGGAATTGAAGCTTGGAGA....... 26 1 28.00 28.00 - - 1.00 10.00 6.00 - - 1.00 - - 3.00 - - 2.00 - - 1.00 2.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
......................................................................................TTGGTCATGATGTTTGTGCAGGAATAGAAtt....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 31 tt 7.00 0.00 - 1.00 6.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................TTGGTCATGATGTTTGTGCAGGAATAGAtt........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 30 tt 5.00 0.00 - 1.00 3.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TATAGAACAAGGAATTGAAGCTTGGA......... 26 1 5.00 5.00 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGAACAAGGAATTGAAGCTTGGAGAAGATT.. 31 1 4.00 4.00 - 2.00 - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................TTGGTCATGATGTTTGTGCAGGAAaaa........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 aaa 3.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................TGACTAAGACACCAGGCCTCCCGGAGC.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 3.00 3.00 - - - 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................TAGAAATCCTGACTAAGACACCAGGC.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 3.00 3.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGAACAAGGAATTGAAGCTTGGAGAA...... 27 1 3.00 3.00 - - - 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................TTGGTCATGATGTTTGTGCAGGAATAtt.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 tt 2.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................GTACAGAGACATGTGACTGTATAATGCCTGGG....................................................................................................................................................................................... 32 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGAACAAGGAATTGAAGCTTGGAGAAGA.... 29 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
.......................................................................................................................TGACTAAGACACCAGGCCTCCCGGAG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................TGGTACAGAGACATGTGACTGTATA................................................................................................................................................................................................ 25 1 2.00 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................TGATGTTTGTGCAGGAATAGAAttgt..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 ttgt 2.00 0.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................TATAATGCCTGGGTTGATTCCTCCC........................................................................................................................................................................... 25 1 2.00 2.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGAACAAGGAATTGAAGCTTGGAG........ 25 1 2.00 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................TGTGGAAATGTAAGCTGAATAcca........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 24 cca 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - -
.................................................TGTAAGCTGAATAAACCCTTTCCTata................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 27 ata 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................TGTCTCCCCGTTAGTTTAACTGACTCAAACT................................................................................................................................................................................................................................................................... 31 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................TTGGTCATGATGTTTGTGCAGGAAagc........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 agc 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................CAATGTGGAAATGTAAGCTGAATAAACCCTa....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 31 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................TGCTTCTTGGTCATGATGTTTGTGCgtg................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 28 gtg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................TCATGATGTTTGTGCAGGAATAGAtt........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 26 tt 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................TGACTAAGACACCAGGCCTCCCGGAGa.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 a 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................TGTGCAGGAATAGAAATCCTGACTAAGgtt.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 30 gtt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................GATGTTTGTGCAGGAATAGAAAgaa..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 gaa 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................TGTGGAAATGTAAGCTGAATAAACCCTTTCta................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 32 ta 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................TGAACAGCAATGTGGAAATaagc...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 23 aagc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CAAGGAATTGAAGCTTGGAGAAGATTGt 28 t 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................TGTTTGTGCAGGAATAGAAATCCTGAagaa.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 30 agaa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
.......................................................................................TGGTCATGATGTTTGTGCAGGAATAGAAttt...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 31 ttt 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TATAGAACAAGGAATTGAAGCTTGGAGA....... 28 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGAACAAGGAATTGAAGCTTGGAca....... 26 ca 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGAACAAGGAATTGAAGCTTGGAGAAtat... 30 tat 1.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
......................................................................................................TGCAGGAATAGAAATCCTGACTAAGACAaaa....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 31 aaa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
......................................................................................TTGGTCATGATGTTTGTGCAGGAAaaat.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 aaat 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................TTGGTCATGATGTTTGTGCAGGAAaagc.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 aagc 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................TGATGTTTGTGCAGGAATAGAAAgaaa.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 gaaa 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTATAGAACAAGGAATTGAAGCTTGGAGA....... 29 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................TGTAAGCTGAATAAACCCTTTCCTaaa................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 27 aaa 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.TTGAGTTCCAGTCCTGACTTCTctaa................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 26 ctaa 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................TGGTCATGATGTTTGTGCAGGAttt............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 25 ttt 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................TGTGGAAATGTAAGCTGAATAAACCCTcta..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 30 cta 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTATAGAACAAGGAATTGAAGC.............. 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................TTGGTCATGATGTTTGTGtcg................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 21 tcg 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................ATGTGGAAATGTAAGCTGAATAAAaaa......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 aaa 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................TGATTCCTCCCAAGAAAACAAAAGCCAGC......................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAACAAGGAATTGAAGCTTGGAGAAGATT.. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................TTGGTCATGATGTTTGTGCAGGAAaagg.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 aagg 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................CAATGTGGAAATGTAAGCTGAATAAAaca......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 aca 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................TTTAACTGACTCAAACTTCAGACTTTGT........................................................................................................................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................TAAAATAAAGAAGAAATGGTACAGAG............................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGGAATTGAAGCTTGGAGAAGATTGA 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTATAGAACAAGGAATTGAAGCTTGG.......... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTAAGCTGAATAAACCCTTTCCTCCCCcaca........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 31 caca 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................TGCTTCTTGGTCATGATGTTTGTGCggta............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 ggta 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................TGGTCATGATGTTTGTGCAGGAAacg........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 acg 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................TGCTTCTTGGTCATGATGTTTGTGCccga............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 ccga 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................TGGAAATGTAAGCTGAATAAAaaa......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 24 aaa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................TCAGACTTTGTAAAAGGACATTTTTCT........................................................................................................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................TGCTTCTTGGTCATGATGTTTGTGCAtt................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 28 tt 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTATAGAACAAGGAATTGAAGCTTGGAG........ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................TGATGTTTGTGCAGGAATAGcag........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 23 cag 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................TGATGTTTGTGCAGGAATAGAAAgt...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 gt 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTAACTTGAGCCACGAGTCTAAAACTTC....................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................TTGGTCATGATGTTTGTGCAGGAtttg........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 tttg 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................TTGGTCATGATGTTTGTGCAGGAATAtta......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 tta 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................TTGGTCATGATGTTTGTGCAGGAAaat........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 aat 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................TGATGTTTGTGCAGGAATAGAAATCCccc.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 29 ccc 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................TTGGTCATGATGTTTGTGCAGGAATAGAttta...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 32 ttta 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................TGCTTCTTGGTCATGATGTTTGTtttg................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 27 tttg 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................TGCTTCTTGGTCATGATGTTTGTcccg................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 27 cccg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................TGATGAACAGCAATGTGGAAATGTgtt..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 gtt 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTCAGGCTAAATAACTTTGTGATTAGGTG............................................... 29 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................TGCTTCTTGGTCATGATGTTTGTGCtgt................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 28 tgt 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TATAGAACAAGGAATTGAAGCTTGGAG........ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................TGTGGAAATGTAAGCTGAATAAgaa.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 gaa 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTGAGCCACGAGTCTAAAACTTCTAG.................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTAGGTGTTCTGCCCAGTTTATAGAACAA......................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGATTAGGTGTTCTGCCCAGTTTATAGA............................. 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................TGTAAGCTGAATAAACCCTTTCCTCCCCAAaga.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 33 aga 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................ATGAACAGCAATGTGGAAATGTAAtcta.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 28 tcta 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................ATGATGTTTGTGCAGGAATAGAAgca...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 gca 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................TGGTCATGATGTTTGTGCAGGAATAGAtt........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 29 tt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................CAATGTGGAAATGTAAaaa................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 19 aaa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................TTGGTCATGATGTTTGTGCAGGAATAGAttt....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 31 ttt 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................TGCTTCTTGGTCATGATGTTTGTccc.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 26 ccc 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TGCAGGAATAGAAATCCTGACTAAGACAggc....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 31 ggc 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................CAATGTGGAAATGTAAGCTGAATAAAgcc......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 gcc 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................TTGGTCATGATGTTTGTGCAGGAATAGAAtttt..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 33 tttt 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................TAAAATAAAGAAGAAATGGTACAGAGAC............................................................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................TGGTCATGATGTTTGTGCAGGAATcgac......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 cgac 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................AGGAATAGAAATCCTGACTAAGACACCA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 9 0.11 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.11

Antisense strand
CTTGAGTTCCAGTCCTGACTTCTTTCAGTGATGAACAGCAATGTGGAAATGTAAGCTGAATAAACCCTTTCCTCCCCAACTGCTTCTTGGTCATGATGTTTGTGCAGGAATAGAAATCCTGACTAAGACACCAGGCCTCCCGGAGCCCCAAGTCTGGGTGTGGGAAATTATGTCTCCCCGTTAGTTTAACTGACTCAAACTTCAGACTTTGTAAAAGGACATTTTTCTAAAATAAAGAAGAAATGGTACAGAGACATGTGACTGTATAATGCCTGGGTTGATTCCTCCCAAGAAAACAAAAGCCAGCAACAAATTAACTTGAGCCACGAGTCTAAAACTTCTAGAGTAGTCTAAGTATTCTACTTGTTTCATGATATATCCCAATTCAGGCTAAATAACTTTGTGATTAGGTGTTCTGCCCAGTTTATAGAACAAGGAATTGAAGCTTGGAGAAGATTGA


 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR051941(GSM545785)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l-/-). (mov10L testes) 		SRR014237(GSM319961)
10 dpp MILI-KO total. (mili testes) 		SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes) 		SRR051940(GSM545784)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l+/-). (testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
...........................................................................CTGCTTCTTGGTCATGATGTTTGTctgt..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 ctgt 12.00 0.00 - 2.00 4.00 1.00 - 1.00 2.00 - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................CTGCTTCTTGGTCATGATGTTTGTctga..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 ctga 6.00 0.00 2.00 - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
TTGAGTTCCAGTCCTGACTTCTTaa.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 aa 6.00 0.00 2.00 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
TGAGTTCCAGTCCTGACTTCTTggaa.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 ggaa 5.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - 5.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
TTGAGTTCCAGTCCTGACTTCTTTCAaa................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 28 aa 5.00 0.00 1.00 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................CTGCTTCTTGGTCATGActga............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 21 ctga 4.00 0.00 - 2.00 - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
TTGAGTTCCAGTCCTGACTTCTaaa..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 aaa 3.00 0.00 - - - - - - - - 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................TCCTCCCCAACTGCTTCTTGGTCATGAtt............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 29 tt 3.00 0.00 - - - - 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
TTGAGTTCCAGTCCTGACTTCTTTacaa................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 acaa 2.00 0.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................CTGCTTCTTGGTCATGActa............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 20 cta 2.00 0.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................CTGCTTCTTGGTCATGActgt............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 21 ctgt 2.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
TTGAGTTCCAGTCCTGACTTCTTaaa.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 aaa 2.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
TTGAGTTCCAGTCCTGACTTCTTTCAact................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 29 act 2.00 0.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
TTGAGTTCCAGTCCTGACTTCTTag.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 ag 2.00 0.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
TGAGTTCCAGTCCTGACTTCTggta..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 ggta 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - -
TTGAGTTCCAGTCCTGACTTCTaa..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 24 aa 2.00 0.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................CTGCTTCTTGGTCATGATGTTctga........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 25 ctga 2.00 0.00 - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................CAACTGCTTCTTGGTCATGATGTTTGTGCAca.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 32 ca 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................TCCCCAACTGCTTCTTGGTtt................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 21 tt 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - -
......................................................................CCCAACTGCTTCTTGGTCATGAcagg............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 26 cagg 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..TTCCAGTCCTGACTTCTTaaca.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 22 aaca 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................TTCCTCCCCAACTGCTTCTTGGTCAc............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 c 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................CTGCTTCTTGGTCATGATGTTTGTctgc..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 ctgc 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................ACTGCTTCTTGGTCATGAggaa............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 22 ggaa 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
TTGAGTTCCAGTCCTGACTTCTTTCAag................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 28 ag 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
TTGAGTTCCAGTCCTGACTTCTaata..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 aata 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................TGCTTCTTGGTCATGATGTTTGTcgtc..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 cgtc 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................CCCCAACTGCTTCTTGGTCATGAta............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 25 ta 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................TCCCCAACTGCTTCTTGGTCATGAcca............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 27 cca 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............GACTTCTTTCAGTGATGAACAGCAAcg................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 cg 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................CTGCTTCTTGGTCATGATGTTTGTcttt..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 cttt 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................GCTTCTTGGTCATGATGTTTGTGCAttt.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 28 ttt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
.....TCCAGTCCTGACTTCTTTCAGTGATGAACta........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 31 ta 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
TTGAGTTCCAGTCCTGACTTCTTTCAat................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 28 at 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........GTCCTGACTTCTTTCAGTGATGAAgg......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 gg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
GAGTTCCAGTCCTGACTTCTTTgggc................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 gggc 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........CCTGACTTCTTTCAGTGATGAACAGCAAta................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 30 ta 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
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