(6)
OTHER.mut
(1)
OVARY
(6)
PIWI.ip
(3)
PIWI.mut
(27)
TESTES

Sense strand
CTAAGAGGCAGGAGAATTTCATTTAAACACAGCTGTAGGAACAGCAAACGGTAAAGCAGTTTTGAAACCGGTTAATGTTAATAAGCCTACAGAGGGAAATGAAATGCTAATTGACAGCAGGAGGGCAGGTCCAGAAGCCGGGTGTTTTCTTGAGAACCTGAGCTGTCTGTGGTGTTAGAGTGGGGAGTGATCTATGTACATAAAGGGTGCTTAGGGCTTCGGTGTCCGTGCCCGCTTTGGAATCGCGGGG


Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
..............................AGCTGTAGGAACAGCAAACGGTAAAGCAGTa............................................................................................................................................................................................. 31 a 4.00 0.00 - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................CACAGCTGTAGGAACAGCAAACGGTA..................................................................................................................................................................................................... 26 2 4.00 4.00 0.50 - - 0.50 - - - 2.50 - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - -
.....................................................................................................................................................TTGAGAACCTGAGCTGTCTGTGGTG............................................................................ 25 2 3.50 3.50 - 2.50 0.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................TGAAATGCTAATTGACAGCAGGAGGG............................................................................................................................. 26 2 2.00 2.00 1.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................TTGAGAACCTGAGCTGTCTGTGGTGT........................................................................... 26 2 1.50 1.50 - - - - - 0.50 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................TGAAATGCTAATTGACAGCAGGAGGGCA........................................................................................................................... 28 2 1.50 1.50 - 1.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................TGAAATGCTAATTGACAGCAGGAGGGC............................................................................................................................ 27 2 1.50 1.50 0.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - -
........................................................................................................TGCTAATTGACAGCAGGAGGGCAGGT........................................................................................................................ 26 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
.............................................AAACGGTAAAGCAGgggg........................................................................................................................................................................................... 18 gggg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................TAAACACAGCTGTAGGAACAGCAAACGG....................................................................................................................................................................................................... 28 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - 0.50 - - - - -
...................................................................................................................................................TCTTGAGAACCTGAGCTGTCTGTGG.............................................................................. 25 2 1.00 1.00 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................TTGAGAACCTGAGCTGTCTGTGGcg............................................................................ 25 cg 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................AGCTGTAGGAACAGCAAACGGTAAAGCA................................................................................................................................................................................................ 28 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - -
.....................TTTAAACACAGCTGTAGGAACAGCAAAC......................................................................................................................................................................................................... 28 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - -
.................................................................................TAAGCCTACAGAGGGAAATGAAATGCTAA............................................................................................................................................ 29 2 1.00 1.00 - - - - 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................CAAACGGTAAAGCAGgtg............................................................................................................................................................................................ 18 gtg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
...............................................................................AATAAGCCTACAGAGGGAAATGAAATGC............................................................................................................................................... 28 2 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................AAACGGTAAAGCAGgtga........................................................................................................................................................................................... 18 gtga 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................TAAAGGGTGCTTAGGGCTTCGGTGTtt....................... 27 tt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
...................................................................................................TGAAATGCTAATTGACAGCAGGAGGcaa........................................................................................................................... 28 caa 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................AGCTGTAGGAACAGCAAACGGTAAAGC................................................................................................................................................................................................. 27 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - 0.50 -
..............................AGCTGTAGGAACAGCAAACGGTAAA................................................................................................................................................................................................... 25 2 1.00 1.00 - - - - - 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.TAAGAGGCAGGAGAATTTCATTTAAgcac............................................................................................................................................................................................................................ 29 gcac 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................TAATAAGCCTACAGAGGGAAATGAAATG................................................................................................................................................ 28 2 0.50 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................TCTTGAGAACCTGAGCTGTCTGTGGTGT........................................................................... 28 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50
..........................ACACAGCTGTAGGAACAGCAAACG........................................................................................................................................................................................................ 24 2 0.50 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TTTCATTTAAACACAGCTGTAGGAACAGCA............................................................................................................................................................................................................ 30 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................TTGAGAACCTGAGCTGTCTGTGGTGTT.......................................................................... 27 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................AAACACAGCTGTAGGAACAGCAAACGG....................................................................................................................................................................................................... 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................TGCTAATTGACAGCAGGAGGGCAGG......................................................................................................................... 25 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.TAAGAGGCAGGAGAATTTCATTTAAAC.............................................................................................................................................................................................................................. 27 2 0.50 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.TAAGAGGCAGGAGAATTTCATTTAAACA............................................................................................................................................................................................................................. 28 2 0.50 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................TTTAAACACAGCTGTAGGAACAGCAAACGGT...................................................................................................................................................................................................... 31 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.TAAGAGGCAGGAGAATTTCATTTAAACAC............................................................................................................................................................................................................................ 29 2 0.50 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................AATAAGCCTACAGAGGGAAATGAAATG................................................................................................................................................ 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - -
..............................................................................TAATAAGCCTACAGAGGGAAATGAAATGC............................................................................................................................................... 29 2 0.50 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................ATGTACATAAAGGGTGCTTAGGGCTTC.............................. 27 2 0.50 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................TAAAGGGTGCTTAGGGCTTCGGTGTC........................ 26 2 0.50 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................TGTAGGAACAGCAAACGGTAAAGCAGT.............................................................................................................................................................................................. 27 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................TGAGAACCTGAGCTGTCTGTGGTG............................................................................ 24 2 0.50 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................TGTTTTCTTGAGAACCTGAGCTGTCTGT................................................................................ 28 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................TAATAAGCCTACAGAGGGAAATGAAAT................................................................................................................................................. 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................AGGGTGCTTAGGGCTTCGGTGTCC....................... 24 2 0.50 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...AGAGGCAGGAGAATTTCATTTAAACAC............................................................................................................................................................................................................................ 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................TGGTGTTAGAGTGGGGAGTGATCTA........................................................ 25 2 0.50 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................GCAAACGGTAAAGCAGTTTTGAAACCGGT.................................................................................................................................................................................. 29 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................TCTTGAGAACCTGAGCTGTCTGTG............................................................................... 24 2 0.50 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.TAAGAGGCAGGAGAATTTCATTTAAACACA........................................................................................................................................................................................................................... 30 2 0.50 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TTTCATTTAAACACAGCTGTAGGAAC................................................................................................................................................................................................................ 26 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................TTTAAACACAGCTGTAGGAACAGCAAACGGTA..................................................................................................................................................................................................... 32 2 0.50 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................TACATAAAGGGTGCTTAGGGCTTC.............................. 24 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................GAGTGATCTATGTACATAAAGGGTGCT....................................... 27 2 0.50 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................ACAGCAAACGGTAAAGCAGTTTTGAAA....................................................................................................................................................................................... 27 2 0.50 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................TAATGTTAATAAGCCTACAGAGGGAAA....................................................................................................................................................... 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................AATGTTAATAAGCCTACAGAGGGAAATG..................................................................................................................................................... 28 2 0.50 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................CACAGCTGTAGGAACAGCAAACGGTAAAGC................................................................................................................................................................................................. 30 2 0.50 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................CACAGCTGTAGGAACAGCAAACGGTAA.................................................................................................................................................................................................... 27 2 0.50 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................TGGTGTTAGAGTGGGGAGTGATCTATG...................................................... 27 2 0.50 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................GAACCTGAGCTGTCTGTGGTGTTAG........................................................................ 25 2 0.50 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................TATGTACATAAAGGGTGCTTAGGGCTTCG............................. 29 2 0.50 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................TGAGAACCTGAGCTGTCTGTGGTGTT.......................................................................... 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - -

Antisense strand
CTAAGAGGCAGGAGAATTTCATTTAAACACAGCTGTAGGAACAGCAAACGGTAAAGCAGTTTTGAAACCGGTTAATGTTAATAAGCCTACAGAGGGAAATGAAATGCTAATTGACAGCAGGAGGGCAGGTCCAGAAGCCGGGTGTTTTCTTGAGAACCTGAGCTGTCTGTGGTGTTAGAGTGGGGAGTGATCTATGTACATAAAGGGTGCTTAGGGCTTCGGTGTCCGTGCCCGCTTTGGAATCGCGGGG


Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
................................................................AAACCGGTTAATGTTAATAAGCCTACA............................................................................................................................................................... 27 2 2.00 2.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........AGGAGAATTTCATTTAAACACAGCTGTA..................................................................................................................................................................................................................... 28 2 2.00 2.00 - - 1.00 - - - 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................GTTTTCTTGAGAACCTGAGCTGTCTG................................................................................. 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................ACACAGCTGTAGGAACAGCAAACGGTAAA................................................................................................................................................................................................... 29 2 0.50 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................GTTAGAGTGGGGAGTGATCTATGTACATA................................................ 29 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................AAGCCTACAGAGGGAAATGAAATGCTA............................................................................................................................................. 27 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................GAGAACCTGAGCTGTCTGTGGTGTTA......................................................................... 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................TTCGGTGTCCGTGCCCGCTTTGGA......... 24 2 0.50 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................TGAGAACCTGAGCTGTCTGTGGTGTTA......................................................................... 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................CTGAGCTGTCTGTGGTGTTAGAGTGGG.................................................................. 27 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................ACACAGCTGTAGGAACAGCAAACGGTA..................................................................................................................................................................................................... 27 2 0.50 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................AAGCCGGGTGTTTTCTTGAGAACCTGA......................................................................................... 27 2 0.50 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................AGCCTACAGAGGGAAATGAAATGCTA............................................................................................................................................. 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................ACAGCTGTAGGAACAGCAAACGGTAAA................................................................................................................................................................................................... 27 2 0.50 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................TAATGTTAATAAGCCTACAGAGGGAAA....................................................................................................................................................... 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - -
............................ACAGCTGTAGGAACAGCAAACGGTAAAGCA................................................................................................................................................................................................ 30 2 0.50 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................GCTGTCTGTGGTGTTAGAGTG.................................................................... 21 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................GGTCCAGAAGCCGGGTGTTTTCTTGAGA............................................................................................... 28 2 0.50 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................TGAGAACCTGAGCTGTCTGTGGTGTTAGA....................................................................... 29 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - -
......................................................................GTTAATGTTAATAAGCCTACAGAGGGA......................................................................................................................................................... 27 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -