(1)
OTHER.ip
(7)
OTHER.mut
(5)
PIWI.ip
(1)
PIWI.mut
(1)
TDRD1.ip
(33)
TESTES

Sense strand
GTAATAACTGAATTTCATACCCCAGTCATTCTTCATAGTTTCCTAACTTCCTTTTGTTACTAGTTTTAGATCCTAGGAAATTGACCCAGACTTGTAAGCAACAGGAAACATGGCTGGGGCCTCCCCTGTTCGGTATGAAGAGGCCAGTGTTGTAGCTTGAGATCCAGCCTAAGCCACACTTACTGTTGCCTCTTCCTCAGGCACAACGGGAACATCCTTCTGGACGCAGAAGGTCACATCATCCACATCG
....................................................................................................(((((......(((....)))...))))).......(((((((((((((.(((.((((.((.......)))))).)))..)))))..)))))))).......................................................
....................................................................................................101................................................................................................200................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR051941(GSM545785)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l-/-). (mov10L testes)
SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes)
SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
.........................................................................................................................................AAGAGGCCAGTGTTGTAGCT............................................................................................. 20 1 5.00 5.00 - - - - - - 1.00 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................TATGAAGAGGCCAGTGTTGTAG............................................................................................... 22 1 4.00 4.00 - - - - - - 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................TGGACGCAGAAGGTCACATCATCCAC.... 26 1 3.00 3.00 - 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................TGAAGAGGCCAGTGTTGTAG............................................................................................... 20 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - 1.00 - 1.00 - - - -
..........................................................................................................................................................................................................ACAACGGGAACATCCTTCTGGACGCAGAA................... 29 1 3.00 3.00 1.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................TTCTGGACGCAGAAGGTCACATCATCC...... 27 1 3.00 3.00 1.00 - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................TGGACGCAGAAGGTCACATCATCCACATC. 29 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................AAGAGGCCAGTGTTGTAG............................................................................................... 18 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................TGGACGCAGAAGGTCACATCATCCA..... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................CCACACTTACTGTTGCCTCTTC....................................................... 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................TGAAGAGGCCAGTGTTGTAGgt............................................................................................. 22 gt 1.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................CTGTTCGGTATGAAGga............................................................................................................ 17 ga 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................TGAAGAGGCCAGTGTTGTAGCT............................................................................................. 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................TGGACGCAGAAGGTCACATCATCCACA... 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................CAACGGGAACATCCTTCTGGACGCAGAc................... 28 c 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................TTCTGGACGCAGAAGGTCACATCATCCAC.... 29 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................AGAAGGTCACATCATCCAtta.. 21 tta 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................TGAAGAGGCCAGTGTTGTAGCTTtt.......................................................................................... 25 tt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................TATGAAGAGGCCAGTGTTGTA................................................................................................ 21 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................ATGAAGAGGCCAGTGTTGTAG............................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................AAGAGGCCAGTGTTGTAGCTT............................................................................................ 21 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................TATGAAGAGGCCAGTGTTGTAGC.............................................................................................. 23 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................TTCTGGACGCAGAAGGTCACATCATCCACAT.. 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................AGGCACAACGGGAACATCCTTC.............................. 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................TATGAAGAGGCCAGTGTTGTAGCT............................................................................................. 24 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................TGAAGAGGCCAGTGTTGTA................................................................................................ 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................AACGGGAACATCCTTCTGGACGCAGAA................... 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................GGACGCAGAAGGTCACATCATCCACATC. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................AAGAGGCCAGTGTTGTAGCTTtt.......................................................................................... 23 tt 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................AAGAGGCCAGTGTTGTAGCTTGt.......................................................................................... 23 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
............................................................................................................................................AGGCCAGTGTTGTAG............................................................................................... 15 10 0.80 0.80 - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - 0.60
..............................................................................................................................................GCCAGTGTTGTAGCTT............................................................................................ 16 5 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................CCAGTGTTGTAGCTT............................................................................................ 15 6 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
GTAATAACTGAATTTCATACCCCAGTCATTCTTCATAGTTTCCTAACTTCCTTTTGTTACTAGTTTTAGATCCTAGGAAATTGACCCAGACTTGTAAGCAACAGGAAACATGGCTGGGGCCTCCCCTGTTCGGTATGAAGAGGCCAGTGTTGTAGCTTGAGATCCAGCCTAAGCCACACTTACTGTTGCCTCTTCCTCAGGCACAACGGGAACATCCTTCTGGACGCAGAAGGTCACATCATCCACATCG
....................................................................................................(((((......(((....)))...))))).......(((((((((((((.(((.((((.((.......)))))).)))..)))))..)))))))).......................................................
....................................................................................................101................................................................................................200................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR051941(GSM545785)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l-/-). (mov10L testes)
SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes)
SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
...........................................................................................................................................GAGGCCAGTGTTGTAGCTTGAGATCCA.................................................................................... 27 1 33.00 33.00 9.00 8.00 7.00 2.00 - 5.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........GAATTTCATACCCCAGTCATTCTTCA....................................................................................................................................................................................................................... 26 1 8.00 8.00 1.00 3.00 - 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................AGAGGCCAGTGTTGTAGCTTGAGATCCA.................................................................................... 28 1 7.00 7.00 2.00 2.00 1.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................GAAGAGGCCAGTGTTGTAGCTTGAGATCCA.................................................................................... 30 1 6.00 6.00 4.00 - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................CTTCCTTTTGTTACTAGTTTTAGATCCTA............................................................................................................................................................................... 29 1 4.00 4.00 - 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................AAGAGGCCAGTGTTGTAGCTTGAGATCCA.................................................................................... 29 1 3.00 3.00 - 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................CTTCATAGTTTCCTAACTTCCTTTTGTTA............................................................................................................................................................................................... 29 1 3.00 3.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
........TGAATTTCATACCCCAGTCATTCTTCA....................................................................................................................................................................................................................... 27 1 3.00 3.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................CCCAGACTTGTAAGCAACAGGAAACA............................................................................................................................................ 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................TCATAGTTTCCTAACTTCCTTTTGTTA............................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................TTCATAGTTTCCTAACTTCCTTTTGTTA............................................................................................................................................................................................... 28 1 2.00 2.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................TACCCCAGTCATTCTTCATAGTTTCCTA............................................................................................................................................................................................................. 28 1 2.00 2.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................TTCTTCATAGTTTCCgc............................................................................................................................................................................................................... 17 gc 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................TTCTGGACGCAGAAGGTCACATCATCCA..... 28 1 2.00 2.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........GAATTTCATACCCCAGTCATTCTTCAt....................................................................................................................................................................................................................... 27 t 2.00 0.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................TTCCTTTTGTTACTAGTTTTAGATCCTA............................................................................................................................................................................... 28 1 2.00 2.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........ATTTCATACCCCAGTCATTCTTCATA..................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................CACACTTACTGTTGCCTCTTCCTCA................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
...........................................................................................................................................GAGGCCAGTGTTGTAGCTTGAGATCCAG................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......CTGAATTTCATACCCCAGTCATTCTTCA....................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................CTTCTGGACGCAGAAGGTCACATCATCCA..... 29 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................AGGCCAGTGTTGTAGCTTGAGATCCA.................................................................................... 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...ATAACTGAATTTCATACCCCAGTCAT............................................................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................CAGACTTGTAAGCAACAGGAAACAtgt............................................................................................................................................ 27 tgt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................CCTCTTCCTCAGGCACAACGGGAACA.................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................ACTGTTGCCTCTTCCTCAGGCACAACGGG........................................ 29 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................CATAGTTTCCTAACTTCCTTTTGTTA............................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................GCCAGTGTTGTAGCTTGAGATCCAGCCTA............................................................................... 29 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................ACCCCAGTCATTCTTCATAGTTTCCTA............................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................CCCCAGTCATTCTTCATAGTTTCCTA............................................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
.............................................................................................................................................GGCCAGTGTTGTAGCTTGAGATCCA.................................................................................... 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................CCTAACTTCCTTTTGTTACTAGTTTTA...................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................TTGCCTCTTCCTCAGGCACAACGGGAA...................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
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