chr3:88627264 88627513 +
(1)
OTHER.ip 		(5)
OTHER.mut 		(7)
PIWI.ip 		(3)
PIWI.mut 		(1)
TDRD1.ip 		(39)
TESTES

Sense strand
TAAAAAGCCTGCCCATGTCTAATCCCTCTGCTAATGGTTGTAGCCATTTTTATTCAACCAGTATCTTTAAATTAAGGAACAAGGTTTGCACAACAAAAGATGGCATGCAGGAGAAATCACTCATAAGTAGACCTTCTGGTACACATTTTATCATTCCATGCATAGCAGCAGACAAAACCTCAACAAAATGGTGCTTTTAGGAAACAATGGAGAAACTGACTTGGCTGGCATCTGAAAGGAGGATGAGTCA
...................................................................................((((((....((.....))((((((((((((......))....((..(((....)))..))..........))).))))).)).))))))...(((..........)))..........................................................
.....................................................................70..........................................................................................................................194......................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes) 		SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
.....................................................................................................................................................................................................TAGGAAACAATGGAGAAACTGACTTGGCT........................ 29 2 25.00 25.00 3.50 4.00 0.50 2.50 0.50 2.50 0.50 1.50 3.50 - 1.00 - 2.00 0.50 - - - - 0.50 1.00 - - - - - - - 0.50 - - - - 0.50 - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................TAGGAAACAATGGAGAAACTGACTTGGC......................... 28 2 22.00 22.00 3.00 4.50 3.00 2.50 3.00 0.50 0.50 - - 3.00 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - 0.50 - - - - -
..................................................................................................................................................................TAGCAGCAGACAAAACCTCAACAAAATG............................................................ 28 1 15.00 15.00 5.00 7.00 - 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................TGGAGAAACTGACTTGGCTGGCATCTG................ 27 2 9.00 9.00 2.50 2.00 1.00 2.00 - 1.00 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................TGGAGAAACTGACTTGGCTGGCATC.................. 25 2 8.50 8.50 2.50 0.50 0.50 0.50 0.50 1.00 - 0.50 - - 1.00 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - 0.50 - - -
...............................................................................................................................................................................................................TGGAGAAACTGACTTGGCTGGCATCT................. 26 2 8.00 8.00 2.50 2.00 0.50 0.50 0.50 0.50 - - - 0.50 - 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................TGACTTGGCTGGCATCTGAAAGGAGGA....... 27 2 3.50 3.50 0.50 0.50 - - 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................TAGCAGCAGACAAAACCTCAACAAAAT............................................................. 27 1 3.00 3.00 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................TAGGAAACAATGGAGAAACTGACTTG........................... 26 2 3.00 3.00 - - 1.50 - 1.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................TAGGAAACAATGGAGAAACTGACTTGG.......................... 27 2 3.00 3.00 - - 0.50 - 0.50 - 1.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................GGAAACAATGGAGAAACTGACTTGGCT........................ 27 2 2.00 2.00 0.50 0.50 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................TAGCAGCAGACAAAACCTCAACAAAATGG........................................................... 29 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................GAAACAATGGAGAAACTGACTTGGCT........................ 26 2 2.00 2.00 - 0.50 - 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................ATGGAGAAACTGACTTGGCTGGCATC.................. 26 2 2.00 2.00 - - 0.50 - 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................AAACAATGGAGAAACTGACTTGGCTGGC..................... 28 2 1.50 1.50 - - 0.50 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................TGGAGAAACTGACTTGGCTGGCATCTGA............... 28 2 1.50 1.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................GGAAACAATGGAGAAACTGACTTGGC......................... 26 2 1.50 1.50 0.50 - - - - 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................ACAATGGAGAAACTGACTTGGCTGGCATC.................. 29 2 1.50 1.50 0.50 - 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................TAGGAAACAATGGAGAAACTGACTTGGCTGG...................... 31 2 1.50 1.50 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................GAAACAATGGAGAAACTGACTTGGCTGG...................... 28 2 1.50 1.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................AGGAAACAATGGAGAAACTGACTTGGC......................... 27 2 1.50 1.50 0.50 - - - 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................TAGGAAACAATGGAGAAACTGACTTGGCTt....................... 30 t 1.50 25.00 - - - - - - - - 0.50 - - - - 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................TAGGAAACAATGGAGAAACTGACTTGGCTG....................... 30 2 1.50 1.50 - - - - - - - - 1.00 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................ATTCCATGCATAGCAGCAGACAAAACC....................................................................... 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................GAAATCACTCATAAGTAGACCTTCTG................................................................................................................ 26 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................TGGTACACATTTTATCATTCCATGCATAGC.................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................GACTTGGCTGGCATCTGAAAGGAGGATGA.... 29 2 1.00 1.00 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................TTCCATGCATAGCAGCAGACAAAACCTC..................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................TTTGCACAACAAAAGATGGCATGCAGGAGt........................................................................................................................................ 30 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................ACAATGGAGAAACTGACTTGGCTGGC..................... 26 2 1.00 1.00 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................TAAGGAACAAGGTTTGCACAACAAAAGATt.................................................................................................................................................... 30 t 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................TTGGCTGGCATCTGAAAGGAGGATGAt... 27 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................GAAACTGACTTGGCTGGCATCTGAAAGG........... 28 2 1.00 1.00 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................AGGAACAAGGTTTGCACAACAAAAGATGGt.................................................................................................................................................. 30 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................TAAGGAACAAGGTTTGCACAACAAAAtatg.................................................................................................................................................... 30 tatg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................TGGAGAAACTGACTTGGCTGGCATCTGAA.............. 29 2 1.00 1.00 - 0.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................TGCAGGAGAAATCACTCATAAGTAGACCTTt.................................................................................................................. 31 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................TAAGGAACAAGGTTTGCACAACAAAAGA...................................................................................................................................................... 28 2 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................TAGCAGCAGACAAAACCTCAACAAAATt............................................................ 28 t 1.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................AGAAACTGACTTGGCTGGCATCTGgaa............. 27 gaa 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................GGAGAAACTGACTTGGCTGGCAT................... 23 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................GGAGAAACTGACTTGGCTGGCATCTt................ 26 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................ACTTGGCTGGCATCTGAAAGGAGGAT...... 26 2 1.00 1.00 - 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................TAAGTAGACCTTCTGGTACACATTTTATC.................................................................................................. 29 2 1.00 1.00 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................AACAATGGAGAAACTGACTTGGCTGGCAT................... 29 2 1.00 1.00 - - - - - - - 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................AGGAACAAGGTTTGCACAACAAAAGATGGCAat............................................................................................................................................... 33 at 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................TGCATAGCAGCAGACAAAACCTCAACAAAAT............................................................. 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................TGCATAGCAGCAGACAAAACCTCAACAAA............................................................... 29 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................TAGACCTTCTGGTACACATTTTATCATT............................................................................................... 28 2 0.50 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................AACTGACTTGGCTGGCATCT................. 20 2 0.50 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................TGGTGCTTTTAGGAAACAATGGAGA..................................... 25 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................ATGGAGAAACTGACTTGGCTGGCATCT................. 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................TGGTGCTTTTAGGAAACAATGGAGAA.................................... 26 2 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................TAGGAAACAATGGAGAAACTG................................ 21 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................AAGATGGCATGCAGGAGAAATCACTCA............................................................................................................................... 27 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................ATCTGAAAGGAGGATGAG... 18 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................TATTCAACCAGTATCTTTAAATTAAGGA............................................................................................................................................................................ 28 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50
..........................................................................................................................................................................................................................ACTTGGCTGGCATCTGAAAGGAGGATat.... 28 at 0.50 1.00 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................AAACAATGGAGAAACTGACTTGGCTGG...................... 27 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................TGGAGAAACTGACTTGGCTGGCATCTat............... 28 at 0.50 8.00 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................TGGCATCTGAAAGGAGGATGAGTCA 25 2 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................TGACTTGGCTGGCATCTGAAAGGAGG........ 26 2 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................TAGGAAACAATGGAGAAACTGACTTGGCTGt...................... 31 t 0.50 1.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................GAAACTGACTTGGCTGGCATCTGAAAG............ 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................TGGAGAAACTGACTTGGCTGGCAT................... 24 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................TTTTAGGAAACAATGGAGAAACTGACT............................. 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................CAATGGAGAAACTGACTTGGCTGGC..................... 25 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................TCAACAAAATGGTGCTTTTAGGAAACAAT.......................................... 29 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................TGGAGAAACTGACTTGGCTGGCA.................... 23 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................AACAATGGAGAAACTGACTTGGCTGGCATC.................. 30 2 0.50 0.50 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................TGGAGAAACTGACTTGGCTGGCATCTGAAt............. 30 t 0.50 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 -
............................................................................................................................................................................................................CAATGGAGAAACTGACTTGGCTGGCATC.................. 28 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................GAGAAACTGACTTGGCTGGCATCTG................ 25 2 0.50 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................TAAGTAGACCTTCTGGTACACATTTTATCA................................................................................................. 30 2 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................ACTTGGCTGGCATCTGAAAGGAGGATGA.... 28 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................ACTGACTTGGCTGGCATCTGAAAGGAG......... 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................TGGAGAAACTGACTTGGCTGGCATa.................. 25 a 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................TGCTTTTAGGAAACAATGGAGAAACTG................................ 27 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................ACTGACTTGGCTGGCATCTGA............... 21 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................ACTTGGCTGGCATCTGAAAGGAGGATG..... 27 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................TTTTAGGAAACAATGGAGAAACTGACTT............................ 28 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - -
....................................................................................................................................................................................................TTAGGAAACAATGGAGAAACTGACTTGGC......................... 29 2 0.50 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................TGGCATGCAGGAGAAATCACTCATAAGT.......................................................................................................................... 28 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................TGACTTGGCTGGCATCTGAAAGGAG......... 25 2 0.50 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................TAGGAAACAATGGAGAAACTGACTTGGCTtt...................... 31 tt 0.50 25.00 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................TGGAGAAACTGACTTGGCTGGCATCTa................ 27 a 0.50 8.00 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................TGCTTTTAGGAAACAATGGAGAAACTGA............................... 28 2 0.50 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................TGGAGAAACTGACTTGGCTGG...................... 21 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................GAAACAATGGAGAAACTGACTTGGCTG....................... 27 2 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................TGGCTGGCATCTGAAAGGAGGATGAGTC. 28 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................TGGAGAAACTGACTTGGCTGGCATt.................. 25 t 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................AACAATGGAGAAACTGACTTGGCTGG...................... 26 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................GGAAACAATGGAGAAACTGACTTGGCTG....................... 28 2 0.50 0.50 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................ACTTGGCTGGCATCTGAAAGGAGGA....... 25 2 0.50 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................TAAGGAACAAGGTTTGCACAACAAAAGATGG................................................................................................................................................... 31 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................AGGAAACAATGGAGAAACTGACTTGGCT........................ 28 2 0.50 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................GAAATCACTCATAAGTAGACCTTCTGGTACA........................................................................................................... 31 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................AGACAAAACCTCAACAAAATGGT.......................................................... 23 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................TGGCATCTGAAAGGAGGATGAGTC. 24 2 0.50 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................CTAATCCCTCTGCTAATGGTTGTAGCC............................................................................................................................................................................................................. 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................TGACTTGGCTGGCATCTGAAAGGAGGAT...... 28 2 0.50 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................TTTAGGAAACAATGGAGAAACTGACTTGG.......................... 29 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - -
................................................................................................................................................................................................................GGAGAAACTGACTTGGCTGGCATCTG................ 26 2 0.50 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................TGGTGCTTTTAGGAAACAATGGAGAAACTG................................ 30 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................TGGAGAAACTGACTTGGCTGGCATCTGt............... 28 t 0.50 9.00 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................TAGGAAACAATGGAGAAACTGACTTGGt......................... 28 t 0.50 3.00 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................GAGAAACTGACTTGGCTGGCATCTGAA.............. 27 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................GACTTGGCTGGCATCTGAAAGGAGGA....... 26 2 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................CTTTTAGGAAACAATGGAGAAACTGACTTG........................... 30 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................AGGAAACAATGGAGAAACTGACTTGGCTGGC..................... 31 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................TGACTTGGCTGGCATCTGAAAGGAGGATt..... 29 t 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................TCTGAAAGGAGGATGAGTCA 20 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - -
.....................................................................AATTAAGGAACAAGGTTTGCACAACAAAAG....................................................................................................................................................... 30 17 0.06 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.06 - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
TAAAAAGCCTGCCCATGTCTAATCCCTCTGCTAATGGTTGTAGCCATTTTTATTCAACCAGTATCTTTAAATTAAGGAACAAGGTTTGCACAACAAAAGATGGCATGCAGGAGAAATCACTCATAAGTAGACCTTCTGGTACACATTTTATCATTCCATGCATAGCAGCAGACAAAACCTCAACAAAATGGTGCTTTTAGGAAACAATGGAGAAACTGACTTGGCTGGCATCTGAAAGGAGGATGAGTCA
...................................................................................((((((....((.....))((((((((((((......))....((..(((....)))..))..........))).))))).)).))))))...(((..........)))..........................................................
.....................................................................70..........................................................................................................................194......................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes) 		SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
....................................................................................................................................CTTCTGGTACACATTTTATCATTCCA............................................................................................ 26 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................GACCTTCTGGTACACATTTTATCATTCCA............................................................................................ 29 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........TGCCCATGTCTAATCCCTCTGCTAt......................................................................................................................................................................................................................... 25 t 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........CTGCCCATGTCTAATCCCTCTGCTA......................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......CCTGCCCATGTCTAATCCCTCTGCTA......................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................TAGGAAACAATGGAGccct...................................... 19 ccct 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
.............CATGTCTAATCCCTCTGCTAATGGTTGTA................................................................................................................................................................................................................ 29 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................AGCCATTTTTATTCAACCAGTATCTTTA..................................................................................................................................................................................... 28 2 1.00 1.00 - 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........CTGCCCATGTCTAATCCCTCTGCTAA........................................................................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................GCCATTTTTATTCAACCAGTATCTTTA..................................................................................................................................................................................... 27 2 1.00 1.00 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................GCCATTTTTATTCAACCAGTATCTTTAAATTA................................................................................................................................................................................ 32 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................GTTGTAGCCATTTTTATTCAACCAGTA........................................................................................................................................................................................... 27 2 0.50 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................AAGATGGCATGCAGGAGAAATCACTCA............................................................................................................................... 27 2 0.50 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................AAAACCTCAACAAAATGGTGCTTTTA................................................... 26 2 0.50 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................GCCATTTTTATTCAACCAGTATCTT....................................................................................................................................................................................... 25 2 0.50 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -