chr3:88579147 88579396 +
(1)
OTHER.ip 		(9)
OTHER.mut 		(6)
PIWI.ip 		(3)
PIWI.mut 		(36)
TESTES

Sense strand
CCGCTGGTGCAGGAGCTGAGTTTCCGCGGGATCAGAGCGGGCCTCTGAGGGTATTTGGTAGTGTGTGGTGGGGCGGGAAGCAGCACGTTAGACGTGGGGCTCCCGGGCGGAGGGTGCCCAGGATGAGGGGCGTCTGCTCCGAGGCTGGGTGCCCGGTGCGGGAGGGTAATCGGGTAGCAGGGGTGTGCGTGCTGGTGCGGACCTGGGCTAACGTTGAGCGCTGAGGTGTCGAGAGCGGAGCTAGGAGTCC
............................................................((.((..(((..((.....))..)))..)).))...((((.(((.......))).))))...................................................................................................................................
..................................................51..................................................................119.................................................................................................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR363964(GSM822766)
AdultGlobal 5'-RACEread_length: 105. (testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		SRR014237(GSM319961)
10 dpp MILI-KO total. (mili testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		SRR051941(GSM545785)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l-/-). (mov10L testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
.............................................................................................................................................................................GTAGCAGGGGTGTGCGTGCTGGTGCGGACCTGGGCTAACGTTGAGCGCTGAG......................... 52 2 61.00 61.00 61.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TAGACGTGGGGCTCCCGGGCGGAGG......................................................................................................................................... 25 2 7.00 7.00 - 1.00 4.50 - - - - 0.50 - - 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TAGACGTGGGGCTCCCGGGCGGAGGGT....................................................................................................................................... 27 2 5.50 5.50 - 1.00 - 1.00 0.50 1.50 - 0.50 - - 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................TGGGCTAACGTTGAGCGCTGAGGTGTC.................... 27 2 5.50 5.50 - 0.50 - 1.00 0.50 0.50 - 1.00 - 0.50 - - - 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - 0.50 - -
.......................................................................................TTAGACGTGGGGCTCCCGGGCGGAaa......................................................................................................................................... 26 aa 4.00 0.00 - 1.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TAGACGTGGGGCTCCCGGGCGGAGGG........................................................................................................................................ 26 2 4.00 4.00 - 2.50 - - - - 0.50 - - - 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................AGGGTATTTGGTAGTGTG......................................................................................................................................................................................... 18 2 2.50 2.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - 0.50 - 0.50 - - 0.50 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................TAACGTTGAGCGCTGAGGTGTCGAGA................ 26 2 2.50 2.50 - 0.50 - - 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - -
........................................................................................TAGACGTGGGGCTCCCGGGCGGAG.......................................................................................................................................... 24 2 1.50 1.50 - - - - - - - - 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................GTGGGGCGGGAAGCAGCA..................................................................................................................................................................... 18 2 1.50 1.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................TGAGCGCTGAGGTGTCGAGAGCGGA........... 25 2 1.50 1.50 - - - - - 1.00 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................GCCTCTGAGGGTATTTGG................................................................................................................................................................................................ 18 2 1.50 1.50 - - - - - - - 0.50 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TAGACGTGGGGCTCCCGGGCGGAGGGTGt..................................................................................................................................... 29 t 1.50 1.00 - 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................GTTAGACGTGGGGCTCCCGGGCGGA........................................................................................................................................... 25 2 1.50 1.50 - - - - - - 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................TGGGGCGGGAAGCAGCtc.................................................................................................................................................................... 18 tc 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................GTGGTGGGGCGGGAAGCAGCACGT.................................................................................................................................................................. 24 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................CTAACGTTGAGCGCTGAGGTGTCtag................. 26 tag 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................AGGATGAGGGGCGTCTGCTCCGAGtt......................................................................................................... 26 tt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............GCTGAGTTTCCGCGGGATCAta...................................................................................................................................................................................................................... 22 ta 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................TGCGTGCTGGTGCGGACCTGGGCTA........................................ 25 2 1.00 1.00 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - -
..................................................................................................................................................................................................GTGCGGACCTGGGgaat....................................... 17 gaat 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................ATTTGGTAGTGTGTGGTGGGGCGGGt............................................................................................................................................................................ 26 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TAGACGTGGGGCTCCCGGGCGGAGGGTt...................................................................................................................................... 28 t 1.00 5.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................TGAGGTGTCGAGAGCGGAGCTAGGAG... 26 2 1.00 1.00 - - - 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................AGCGGGCCTCTGAGGGTATTTGGTA.............................................................................................................................................................................................. 25 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................TGGGCTAACGTTGAGCGCTGAGGTGT..................... 26 2 1.00 1.00 - 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................CCGGTGCGGGAGGaaca................................................................................. 17 aaca 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................TTAGACGTGGGGCTCCCGGGCGGAGGGTt...................................................................................................................................... 29 t 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................TAGCAGGGGTGTGCGTGCTGGTtat................................................... 25 tat 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TAGACGTGGGGCTCCCGGGCGGAGGGTG...................................................................................................................................... 28 2 1.00 1.00 - - - - 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................GCTGGTGCGGACCTGGGCTAACGTTGAGCGt............................. 31 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................TAACGTTGAGCGCTGAGGTGTCGAGt................ 26 t 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................TTGGTAGTGTGTGGTGGGGCGGGt............................................................................................................................................................................ 24 t 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................TGGGCTAACGTTGAGCGCTGAGGTG...................... 25 2 1.00 1.00 - - - - 0.50 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................GTGGTGGGGCGGGAAGCAG....................................................................................................................................................................... 19 2 1.00 1.00 - - - - - - 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................GTGGGGCGGGAAGCAGCACGTTAGACG............................................................................................................................................................ 27 2 1.00 1.00 - - - - - - - 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TAGACGTGGGGCTCCCGGGCGGAGGt........................................................................................................................................ 26 t 1.00 7.00 - 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................TAACGTTGAGCGCTGAGGTGTCGAGAGCGt............ 30 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................TGCGGACCTGGGCTAACGTTGAGCGC............................. 26 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TAGACGTGGGGCTCCCGGGCGGgttt........................................................................................................................................ 26 gttt 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................CTAACGTTGAGCGCTGAGGTGTCGAGAGC.............. 29 2 0.50 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................AGACGTGGGGCTCCCGGGCGGA........................................................................................................................................... 22 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................TTGGTAGTGTGTGGTGGGGCGGGA............................................................................................................................................................................ 24 2 0.50 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................ACGTGGGGCTCCCGGGCG............................................................................................................................................. 18 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................CTAACGTTGAGCGCTGAGGTGTCG................... 24 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................AGCACGTTAGACGTGGGGCTCCCGGGCGG............................................................................................................................................ 29 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................ATTTGGTAGTGTGTGGTGGGGCGGGA............................................................................................................................................................................ 26 2 0.50 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TAGACGTGGGGCTCCCGGGCGGAGGa........................................................................................................................................ 26 a 0.50 7.00 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................CTAACGTTGAGCGCTGAGGTGTCGAGAG............... 28 2 0.50 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........CAGGAGCTGAGTTTCCGC............................................................................................................................................................................................................................... 18 2 0.50 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................GTTGAGCGCTGAGGTGTCGAGAGC.............. 24 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................TTTGGTAGTGTGTGGTGGGGCGGGA............................................................................................................................................................................ 25 2 0.50 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TAGACGTGGGGCTCCCGGG............................................................................................................................................... 19 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................TGTGGTGGGGCGGGAAGCAG....................................................................................................................................................................... 20 2 0.50 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................TGGGCTAACGTTGAGCGCTGAGGTGgaga.................. 29 gaga 0.50 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 -
.............................................................................................................................................................................................................................TGAGGTGTCGAGAGCGGAGCTAGGAGa.. 27 a 0.50 1.00 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................CTAACGTTGAGCGCTGAGGTGTCGAG................. 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TAGACGTGGGGCTCCCGGGCGGAGGtt....................................................................................................................................... 27 tt 0.50 7.00 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TAGACGTGGGGCTCCCGGGCGGAGGGTGC..................................................................................................................................... 29 2 0.50 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................AGCGGGCCTCTGAGGGTATTTG................................................................................................................................................................................................. 22 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................TGGTGGGGCGGGAAGCAG....................................................................................................................................................................... 18 2 0.50 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................CGCGGGATCAGAGCGGGCCTCTGAGG........................................................................................................................................................................................................ 26 2 0.50 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................GGGTATTTGGTAGTGTGT........................................................................................................................................................................................ 18 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - -
................................................................................................................................................................................................TGGTGCGGACCTGGGCTAACGTTGAG................................ 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................GGTGTCGAGAGCGGAGCTAGGAG... 23 2 0.50 0.50 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................AGGTGTCGAGAGCGGAGCTAGGAGT.. 25 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................AACGTTGAGCGCTGAGGTGTCGAGAGC.............. 27 2 0.50 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TAGACGTGGGGCTCCCGGGCGGAGGGTc...................................................................................................................................... 28 c 0.50 5.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................AGTGTGTGGTGGGGCGGGAAGC......................................................................................................................................................................... 22 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..GCTGGTGCAGGAGCTGAGTT.................................................................................................................................................................................................................................... 20 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................TGGTAGTGTGTGGTGGGGCGGGAAGC......................................................................................................................................................................... 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TAGACGTGGGGCTCCCGGGCGGAGGGggc..................................................................................................................................... 29 ggc 0.50 4.00 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................CGCTGAGGTGTCGAGAGCGGAGCTAGGAGTCC 32 2 0.50 0.50 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................TGAGCGCTGAGGTGTCGAGAGCGGAGC......... 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................TAACGTTGAGCGCTGAGGTGTCGAGAG............... 27 2 0.50 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................TAACGTTGAGCGCTGAGGTGTCGAGAGCGGA........... 31 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TAGACGTGGGGCTCCCGGGCGGA........................................................................................................................................... 23 2 0.50 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TAGACGTGGGGCTCCCGGGCGGAGa......................................................................................................................................... 25 a 0.50 1.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..GCTGGTGCAGGAGCTGAGTTT................................................................................................................................................................................................................................... 21 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................AGAGCGGGCCTCTGAGGG....................................................................................................................................................................................................... 18 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................TGGGCTAACGTTGAGCGCTGAGGTGgag................... 28 gag 0.50 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - -
.......................................................................................................................AGGATGAGGGGCGTCTGC................................................................................................................. 18 2 0.50 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................GTCGAGAGCGGAGCTAGGA.... 19 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50
.......................................................................................TTAGACGTGGGGCTCCCGGGCGGAGG......................................................................................................................................... 26 2 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................TGCCCAGGATGAGGGGCGTC.................................................................................................................... 20 2 0.50 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................TAACGTTGAGCGCTGAGGTGTCGAGAt............... 27 t 0.50 2.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................TGGTGCGGACCTGGGCTAACGTTGAGC............................... 27 2 0.50 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................GTGGGGCTCCCGGGCGGAG.......................................................................................................................................... 19 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................AGACGTGGGGCTCCCGGGCGGAGGGT....................................................................................................................................... 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..GCTGGTGCAGGAGCTGAGTTTCCGCGG............................................................................................................................................................................................................................. 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................GAGGGTATTTGGTAGTGTGTG....................................................................................................................................................................................... 21 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................GAAGCAGCACGTTAGACGTGG......................................................................................................................................................... 21 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - -
.........................................................................................AGACGTGGGGCTCCCGGG............................................................................................................................................... 18 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.CGCTGGTGCAGGAGCTGAGTTTC.................................................................................................................................................................................................................................. 23 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................GGCTAACGTTGAGCGCTGAGGTGTC.................... 25 2 0.50 0.50 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................TGGTGGGGCGGGAAGCAGCAC.................................................................................................................................................................... 21 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - -
........................................................................GCGGGAAGCAGCACGTTAGA.............................................................................................................................................................. 20 2 0.50 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................TGCGTGCTGGTGCGGACCTGGGC.......................................... 23 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................CTAACGTTGAGCGCTGAGGTGTCGAGAGt.............. 29 t 0.50 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................GTGGTGGGGCGGGAAGCAGCACG................................................................................................................................................................... 23 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................GCGGGCCTCTGAGGGTATTTGGT............................................................................................................................................................................................... 23 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................GTTGAGCGCTGAGGT....................... 15 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................TATTTGGTAGTGTGTGGT..................................................................................................................................................................................... 18 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
CCGCTGGTGCAGGAGCTGAGTTTCCGCGGGATCAGAGCGGGCCTCTGAGGGTATTTGGTAGTGTGTGGTGGGGCGGGAAGCAGCACGTTAGACGTGGGGCTCCCGGGCGGAGGGTGCCCAGGATGAGGGGCGTCTGCTCCGAGGCTGGGTGCCCGGTGCGGGAGGGTAATCGGGTAGCAGGGGTGTGCGTGCTGGTGCGGACCTGGGCTAACGTTGAGCGCTGAGGTGTCGAGAGCGGAGCTAGGAGTCC
............................................................((.((..(((..((.....))..)))..)).))...((((.(((.......))).))))...................................................................................................................................
..................................................51..................................................................119.................................................................................................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR363964(GSM822766)
AdultGlobal 5'-RACEread_length: 105. (testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		SRR014237(GSM319961)
10 dpp MILI-KO total. (mili testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		SRR051941(GSM545785)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l-/-). (mov10L testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
........GCAGGAGCTGAGTTTCCGCGGGATCAGA...................................................................................................................................................................................................................... 28 2 0.50 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -