chr3:88228568 88228817 -
(1)
OTHER.ip 		(10)
OTHER.mut 		(1)
OVARY 		(9)
PIWI.ip 		(4)
PIWI.mut 		(1)
TDRD1.ip 		(51)
TESTES

Sense strand
GCGGGGCTGCATCGCCATGGGAAGCCGCTCTGCAGTTTTGGCAACGAAAGGCAAGTCCCCCGAGGCATCTCGTCCTGGCCGAGGAGCATGAGAGACTGACAGCTAGAGAAGCCTGACGAGGGGTATGCCCGGGGACTCTGAATTGGCCGTGCAAGAGCCTGACAGAAGGTGCATAAAGGAGGGTGTCACGTGGAGTGTGTGGAGGGGATTGTCATGTGGTGTGTGTGATGGAGGATCACGTGGAAATCTA
.....................................................................................(((((...........((((((((..(((.....(((.....))).)))..)))...))))))))))....((((......))))................................................................................
...................................................................................84.............................................................................................179.....................................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR042485(GSM539877)
mouse testicular tissue [09-002]. (testes) 		SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
........................................................................................TGAGAGACTGACAGCTAGAGAAGCCTG....................................................................................................................................... 27 1 895.00 895.00 287.00 278.00 108.00 70.00 55.00 14.00 8.00 10.00 8.00 9.00 3.00 7.00 4.00 10.00 3.00 6.00 - 3.00 - 1.00 3.00 2.00 - 2.00 - - - 1.00 - 1.00 - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TGAGAGACTGACAGCTAGAGAAGCCT........................................................................................................................................ 26 1 269.00 269.00 67.00 69.00 15.00 30.00 5.00 13.00 10.00 10.00 16.00 6.00 - 2.00 4.00 3.00 1.00 2.00 1.00 - - - - 2.00 - 5.00 1.00 - - - 1.00 - - - 1.00 - 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - 1.00
........................................................................................TGAGAGACTGACAGCTAGAGAAGCCTGA...................................................................................................................................... 28 1 105.00 105.00 23.00 16.00 16.00 8.00 13.00 8.00 2.00 5.00 - 1.00 - 4.00 2.00 - - - - - - - - 2.00 - 1.00 1.00 - 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................TGGGAAGCCGCTCTGCAGTTTTGGCA............................................................................................................................................................................................................... 26 1 45.00 45.00 20.00 9.00 - 2.00 1.00 - - 1.00 - 4.00 2.00 - - - - - 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
.................TGGGAAGCCGCTCTGCAGTTTTGGCAA.............................................................................................................................................................................................................. 27 1 34.00 34.00 5.00 9.00 2.00 2.00 2.00 - 6.00 - - 2.00 - - - - - - 3.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................TGGGAAGCCGCTCTGCAGTTTTGGCAAC............................................................................................................................................................................................................. 28 1 32.00 32.00 9.00 9.00 2.00 5.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TGAGAGACTGACAGCTAGAGAAGCC......................................................................................................................................... 25 1 30.00 30.00 8.00 6.00 3.00 1.00 1.00 - 2.00 2.00 2.00 2.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
........................................................................................TGAGAGACTGACAGCTAGAGAAGCCTGAC..................................................................................................................................... 29 1 30.00 30.00 6.00 6.00 3.00 2.00 6.00 1.00 - 1.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
........................................................................................TGAGAGACTGACAGCTAGAGAAGCCTGt...................................................................................................................................... 28 t 24.00 895.00 8.00 5.00 3.00 - 2.00 - - 1.00 - - - 2.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................TGGCCGAGGAGCATGAGAGACTGACAGC................................................................................................................................................... 28 1 22.00 22.00 4.00 6.00 1.00 - 2.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - 2.00 6.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................TGACAGCTAGAGAAGCCTGACGAGGGG............................................................................................................................... 27 1 16.00 16.00 4.00 5.00 3.00 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................TGCAAGAGCCTGACAGAAGGTGCATA........................................................................... 26 1 16.00 16.00 3.00 - - 2.00 - 2.00 1.00 1.00 - 2.00 - - - - - - - 2.00 - - - 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TGAGAGACTGACAGCTAGAGAAGCCTa....................................................................................................................................... 27 a 11.00 269.00 1.00 3.00 - - - - 2.00 - 3.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TGAGAGACTGACAGCTAGAGAAGCCTt....................................................................................................................................... 27 t 9.00 269.00 2.00 1.00 - - 1.00 - 1.00 - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
.................TGGGAAGCCGCTCTGCAGTTTTGGC................................................................................................................................................................................................................ 25 1 8.00 8.00 1.00 - - 1.00 1.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
........................................................................................TGAGAGACTGACAGCTAGAGAAGC.......................................................................................................................................... 24 1 7.00 7.00 1.00 1.00 1.00 1.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................TGCAAGAGCCTGACAGAAGGTGCATAA.......................................................................... 27 1 6.00 6.00 1.00 - - - - 2.00 - 1.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................TGGCCGAGGAGCATGAGAGACTGACAG.................................................................................................................................................... 27 1 6.00 6.00 - 4.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................TGCCCGGGGACTCTGAATTGGCCGTGC.................................................................................................. 27 1 5.00 5.00 - 1.00 1.00 1.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................GAGGAGCATGAGAGACTGACAGCTAG................................................................................................................................................ 26 1 5.00 5.00 - 1.00 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................TGGCCGTGCAAGAGCCTGACAGAAGGTGC.............................................................................. 29 1 5.00 5.00 2.00 - - 1.00 - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................TGTGATGGAGGATCACGTGGAAATCT. 26 1 5.00 5.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - 2.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................TGACAGCTAGAGAAGCCTGACGAGGGGT.............................................................................................................................. 28 1 5.00 5.00 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................AGAGACTGACAGCTAGAGAAGCCTGA...................................................................................................................................... 26 1 5.00 5.00 - - 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................TGACAGCTAGAGAAGCCTGACGAGG................................................................................................................................. 25 1 4.00 4.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................AGAGACTGACAGCTAGAGAAGCCTGAC..................................................................................................................................... 27 1 4.00 4.00 - - - - - - 2.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TGAGAGACTGACAGCTAGAGAAGCCTGACGt................................................................................................................................... 31 t 4.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................TAAAGGAGGGTGTCACGTGGAGTGT.................................................... 25 1 4.00 4.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................TGGGAAGCCGCTCTGCAGTTTTGG................................................................................................................................................................................................................. 24 1 4.00 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................TGGCCGAGGAGCATGAGAGACTGACA..................................................................................................................................................... 26 1 4.00 4.00 1.00 1.00 - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................TGCCCGGGGACTCTGAATTGGCCGTG................................................................................................... 26 1 4.00 4.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................GGAGCATGAGAGACTGACAGCTAGAG.............................................................................................................................................. 26 1 4.00 4.00 - 1.00 - - 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................TGGCCGAGGAGCATGAGAGACTGAa...................................................................................................................................................... 25 a 3.00 1.00 - - 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TGAGAGACTGACAGCTAGAGAAGCCTGAa..................................................................................................................................... 29 a 3.00 105.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................GGAGCATGAGAGACTGACAGCTAGAGA............................................................................................................................................. 27 1 3.00 3.00 - - 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TGAGAGACTGACAGCTAGAGAAGCCTGACt.................................................................................................................................... 30 t 3.00 30.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
...............................................................................................................................................................TGACAGAAGGTGCATAAAGGAGGGT.................................................................. 25 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................TGGGAAGCCGCTCTGCAGTTTTGGCAt.............................................................................................................................................................................................................. 27 t 3.00 45.00 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................TGTCATGTGGTGTGTGTGATGGAGG................ 25 1 3.00 3.00 - - - 1.00 - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................TGCCCGGGGACTCTGAATTGGCCGggca................................................................................................. 28 ggca 3.00 0.00 1.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................TGGGAAGCCGCTCTGCAGTTTTGGCAAt............................................................................................................................................................................................................. 28 t 3.00 34.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................TGTCATGTGGTGTGTGTGATGGAGGA............... 26 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................TGGGAAGCCGCTCTGCAGTTTTGGCAtt............................................................................................................................................................................................................. 28 tt 2.00 45.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TGAGAGACTGACAGCTAGAGAAGCCcg....................................................................................................................................... 27 cg 2.00 30.00 - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TGAGAGACTGACAGCTAGAGAA............................................................................................................................................ 22 1 2.00 2.00 - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................GGCCGTGCAAGAGCCTGACAGAAGGTGC.............................................................................. 28 1 2.00 2.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TGAGAGACTGACAGCTAGAGAAGactg....................................................................................................................................... 27 actg 2.00 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................TAGAGAAGCCTGACGAGGGGTATGCCC........................................................................................................................ 27 1 2.00 2.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................TAAAGGAGGGTGTCACGTGGAGTGTG................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................TGAATTGGCCGTGCAAGAGCCTGACA...................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................TGACAGCTAGAGAAGCCTGACG.................................................................................................................................... 22 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................CAGAAGGTGCATAAAGGAGGGTGTC............................................................... 25 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TGAGAGACTGACAGCTAGAGAAGCCg........................................................................................................................................ 26 g 2.00 30.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................TGCCCGGGGACTCTGAATTGGCCGTGCA................................................................................................. 28 1 2.00 2.00 - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TGAGAGACTGACAGCTAGAGAAGt.......................................................................................................................................... 24 t 2.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................GAGAAGCCTGACGAGGGGTATGCCCGG...................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................TGTGGAGGGGATTGTCATGTGG............................... 22 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................TGCCCGGGGACTCTGAATTGGCCGggga................................................................................................. 28 ggga 2.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TGAGAGACTGACAGCTAGAGAAGCCa........................................................................................................................................ 26 a 2.00 30.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TGAGAGACTGACAGCTAGAGAAGCCTGACGA................................................................................................................................... 31 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................TCTCGTCCTGGCCGAGGAGCATGAG.............................................................................................................................................................. 25 1 2.00 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................TGTCATGTGGTGTGTGTGATGGAGGt............... 26 t 2.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................TGGGAAGCCGCTCTGCAGTTTTtgca............................................................................................................................................................................................................... 26 tgca 2.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TGAGAGACTGACAGCTAGAGAAGCCTGACtt................................................................................................................................... 31 tt 2.00 30.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................TGACAGCTAGAGAAGCCTGACGAGGG................................................................................................................................ 26 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TGAGAGACTGACAGCTAGAGAAGact........................................................................................................................................ 26 act 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................ACGAAAGGCAAGTCCCCCGAGGCATCTCGTC................................................................................................................................................................................ 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................CCCGGGGACTCTGAATTGGCCGTGCAt................................................................................................ 27 t 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................TGCAGTTTTGGCAACGAAAGGCAAGTC................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................TGAATTGGCCGTGCAAGAGCCTGAC....................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................GGCATCTCGTCCTGGCCGAGGAGCATG................................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................GATTGTCATGTGGTGTGTGTGATGGA.................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................CTGACAGCTAGAGAAGCCTGACGAGGGG............................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................TGCAAGAGCCTGACAGAAGGTGCATAAt......................................................................... 28 t 1.00 6.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................CGAGGGGTATGCCCGGGGACTCTcaat........................................................................................................... 27 caat 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................TCTGCAGTTTTGGCAACGAAAGGC...................................................................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................TGGAGTGTGTGGAGGGGATTGTCATGTtt............................... 29 tt 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TGAGAGACTGACAGCTAGAGAAGCCTGACG.................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................GAGAGACTGACAGCTAGAGAAGCCTGACGAGGGGT.............................................................................................................................. 35 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................TAGAGAAGCCTGACGAGGGGTATGCCCGt...................................................................................................................... 29 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................ACAGCTAGAGAAGCCTGACGAGGGGTA............................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................TGCAAGAGCCTGACAGAAGGTGCATAg.......................................................................... 27 g 1.00 16.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................TAGAGAAGCCTGACGAGGGGTATGCCCGG...................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TGAGAGACTGACAGCTAGAGAAGCatt....................................................................................................................................... 27 att 1.00 7.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................GCATGAGAGACTGACAGCTAGAGAAGC.......................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................TGTGGTGTGTGTGATGGAGGATCACGTG........ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................GGGGACTCTGAATTGGCCGTGCAAG............................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TGAGAGACTGACAGCTAGAGAAGCCTat...................................................................................................................................... 28 at 1.00 269.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................TAAAGGAGGGTGTCACGTGGAGTa..................................................... 24 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................TGAATTGGCCGTGCAAGAGCCTGACAGAAag................................................................................. 31 ag 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................TGGCCGTGCAAGAGCCTGACAGAAGGTctcc............................................................................ 31 ctcc 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................ATGTGGTGTGTGTGATGGAGGA............... 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................TGACAGCTAGAGAAGactg....................................................................................................................................... 19 actg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................TGACAGCTAGAGAAGCCTGACGAGt................................................................................................................................. 25 t 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................ACTGACAGCTAGAGAAGCCTGACGAGG................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
..............................................................................................................................................TTGGCCGTGCAAGAGCCTGACAGAAGGggg.............................................................................. 30 ggg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TGAGAGACTGACAGCTAGAGAAGCCTta...................................................................................................................................... 28 ta 1.00 269.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................GAGGCATCTCGTCCTGGCCGAGGAGCgtg................................................................................................................................................................ 29 gtg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................TGCATAAAGGAGGGTGTCACGTGGA........................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................GCATGAGAGACTGACAGCTAGAGAAGCCTG....................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................GACTGACAGCTAGAGAAGCCTGACG.................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................GAGACTGACAGCTAGAGAAGCCTGACG.................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................TGGGAAGCCGCTCTGCAGTTTTGGCca.............................................................................................................................................................................................................. 27 ca 1.00 8.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TGAGAGACTGACAGCTAGAGAAGCCTtt...................................................................................................................................... 28 tt 1.00 269.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................TATGCCCGGGGACTCTGAATTGGCCG..................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................GAGGCATCTCGTCCTGGCCGAGGAGCA.................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
................................................................................................TGACAGCTAGAGAAGCCTGACGAGGGt............................................................................................................................... 27 t 1.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................CAGCTAGAGAAGCCTGACGAGGGGTAT............................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................TGGGAAGCCGCTCTGCAGTTTTGtc................................................................................................................................................................................................................ 25 tc 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TGAGAGACTGACAGCTAGAGAAGtct........................................................................................................................................ 26 tct 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................AAGGTGCATAAAGGAGGGTGTCACG............................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................TGGGAAGCCGCTCTGCAGTTTTGGCAACGAA.......................................................................................................................................................................................................... 31 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................TGTGATGGAGGATCACGTGGAAATC.. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................AGGTGCATAAAGGAGGGTGTCACGTGt......................................................... 27 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................TATGCCCGGGGACTCTGAATTGGCCGTGC.................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................TCTCGTCCTGGCCGAGGAGCATGAGA............................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................CGGGGACTCTGAATTGGCCGTGCAA................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................TCTGCAGTTTTGGCAACGAAAGGCAAGT.................................................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TGAGAGACTGACAGCTAGAGAAGCa......................................................................................................................................... 25 a 1.00 7.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................TGTGGAGGGGATTGTCATGTGGTGTt........................... 26 t 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................GAGCATGAGAGACTGACAGCTAGAGAA............................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................TCTGCAGTTTTGGCAACGAAAGGCAAGTC................................................................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................ATGAGAGACTGACAGCTAGAGAAGCCTG....................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................TGGCAACGAAAGGCAAGTCCCCCGAGGC........................................................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TGAGAGACTGACAGCTAGAGA............................................................................................................................................. 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TGAGAGACTGACAGCTAGAGAAGCCTGACttt.................................................................................................................................. 32 ttt 1.00 30.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................GACAGCTAGAGAAGCCTGACGAGGGGT.............................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................TGAATTGGCCGTGCAAGAGCCTGACAGA.................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................TGCAAGAGCCTGACAGAAGGTGCA............................................................................. 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................TGCCCGGGGACTCTGAATTGGCCGgg................................................................................................... 26 gg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................CCGGGGACTCTGAATTGGCCGTGgaag............................................................................................... 27 gaag 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................TGGCAACGAAAGGCAAGTCCCCCGAGG......................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................TGACAGAAGGTGCATAAAGGAGG.................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................GGAGCATGAGAGACTGACAGCTAGAag............................................................................................................................................. 27 ag 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................CAGAAGGTGCATAAAGGAGGGTGTCA.............................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
........................................................................................TGAGAGACTGACAGCTAGAGAAGCCTGACGAG.................................................................................................................................. 32 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................TGGCCGAGGAGCATGAGAGACTGACAGt................................................................................................................................................... 28 t 1.00 6.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................GAGAGACTGACAGCTAGAGAAGCCTGAC..................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................GCCCGGGGACTCTGAATTGGC....................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................TAAAGGAGGGTGTCACGTGGAGTG..................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................TGGCCGTGCAAGAGCCTGACAGAAGGggc.............................................................................. 29 ggc 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................TGCCCGGGGACTCTGAATTGGCCGTGa.................................................................................................. 27 a 1.00 4.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................CATGAGAGACTGACAGCTAGAGAAGCCT........................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................TGGCCGAGGAGCATGAGAGACTGA....................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................CATGAGAGACTGACAGCTAGAGAAGCC......................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................AGGAGCATGAGAGACTGACAGCTAGt............................................................................................................................................... 26 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................TGCCCGGGGACTCTGAATTGGCCGgtca................................................................................................. 28 gtca 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................CCGTGCAAGAGCCTGACAGAAGGTGCA............................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TGAGAGACTGACAGCTAGAGAAGCCTGACa.................................................................................................................................... 30 a 1.00 30.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................TGACAGCTAGAGAAGCCTGACGAGGcg............................................................................................................................... 27 cg 1.00 4.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................TGGGAAGCCGCTCTGCAGTTTTGGCAACG............................................................................................................................................................................................................ 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................ACTGACAGCTAGAGAAGCCTGACGAGGG................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................TAAAGGAGGGTGTCACGTGGAGTGTGT.................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
...............................................................................................CTGACAGCTAGAGAAGCCTG....................................................................................................................................... 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................TGGCAACGAAAGGCAAGTCCCCCGA........................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................TGCCCGGGGACTCTGAATTGGCCGggg.................................................................................................. 27 ggg 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................TGGGAAGCCGCTCTGCAGTTTTGGCAACGAt.......................................................................................................................................................................................................... 31 t 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................TGGCCGTGCAAGAGCCTGACAGAAGGT................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................TGTGATGGAGGATCACGTGGAAA.... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................CCTGGCCGAGGAGCATGAGAGACTG........................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................AGAAGCCTGACGAGGGGTATGCCCGGG..................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................TGGCCGAGGAGCATGAGAGACTGACAGa................................................................................................................................................... 28 a 1.00 6.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........TCGCCATGGGAAGCCGCTCTGCAGT...................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................AGCTAGAGAAGCCTGACGAGGGGTA............................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................TCTGAATTGGCCGTGCAAGAGCCTGA........................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................GAGCCTGACAGAAGGTGCATAAAGGAGGG................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TGAGAGACTGACAGCTAGAGAAGCCTGtt..................................................................................................................................... 29 tt 1.00 895.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TGAGAGACTGACAGCTAGAGAt............................................................................................................................................ 22 t 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
.................................AGTTTTGGCAACGAAAGGCAAGTCCCCCG............................................................................................................................................................................................ 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
...........................................................................TGGCCGAGGAGCATGAGAGACTGAC...................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................TGGCCGAGGAGCATGAGAGACTGACAGCT.................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................ACTGACAGCTAGAGAAGCCTGACGAGGGG............................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................TGTCATGTGGTGTGTGTGATGGtgga............... 26 tgga 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................CATGTGGTGTGTGTGATGGAGGATCAC........... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................TTGGCAACGAAAGGCAAGTCCCCCGA........................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................CGGGGACTCTGAATTGGCCGTGCAAGA.............................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................TGGCCGTGCAAGAGCCTGACAGAAGGTG............................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TGAGAGACTGACAGCTAGAGAAGCCTGAtt.................................................................................................................................... 30 tt 1.00 105.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TGAGAGACTGACAGCTAGAGAAGCCTGAaa.................................................................................................................................... 30 aa 1.00 105.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................TCTGAATTGGCCGTGCAAGAGCCTGACAG..................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................TGCAAGAGCCTGACAGAAGGTGC.............................................................................. 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................TGCATAAAGGAGGGTGTCACGTGG......................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................TGGGAAGCCGCTCTGCAGTTTTGGCAcc............................................................................................................................................................................................................. 28 cc 1.00 45.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................TGCAAGAGCCTGACAGAAGGTc............................................................................... 22 c 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................GGGAAGCCGCTCTGCAGTTTTGGCAAC............................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................TGGGAAGCCGCTCTGCAGTTTTGGCAAa............................................................................................................................................................................................................. 28 a 1.00 34.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TGAGAGACTGACAGCTAGAGAAGg.......................................................................................................................................... 24 g 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TGAGAGACTGACAGCTAGAGAAG........................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
........................................................................................TGAGAGACTGACAGCTAGAGAAa........................................................................................................................................... 23 a 1.00 2.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............CGCCATGGGAAGCCGCTCTGCAGTTTT................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................TGCCCGGGGACTCTGAATTGGCCGTGCAt................................................................................................ 29 t 1.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................TGCAAGAGCCTGACAGAAGGTGCAT............................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................CTGGCCGAGGAGCATGAGAGACTGACA..................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................TTGGCCGTGCAAGAGCCTGACAGAAGGTGC.............................................................................. 30 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................GTGCAAGAGCCTGACAGAAGGTGCAT............................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................TCCTGGCCGAGGAGCATGAGAGACTGt....................................................................................................................................................... 27 t 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................TGGGAAGCCGCTCTGCAGTTTTG.................................................................................................................................................................................................................. 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................CCTGACGAGGGGTATGCCCGGGGACTC................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
GCGGGGCTGCATCGCCATGGGAAGCCGCTCTGCAGTTTTGGCAACGAAAGGCAAGTCCCCCGAGGCATCTCGTCCTGGCCGAGGAGCATGAGAGACTGACAGCTAGAGAAGCCTGACGAGGGGTATGCCCGGGGACTCTGAATTGGCCGTGCAAGAGCCTGACAGAAGGTGCATAAAGGAGGGTGTCACGTGGAGTGTGTGGAGGGGATTGTCATGTGGTGTGTGTGATGGAGGATCACGTGGAAATCTA
.....................................................................................(((((...........((((((((..(((.....(((.....))).)))..)))...))))))))))....((((......))))................................................................................
...................................................................................84.............................................................................................179.....................................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR042485(GSM539877)
mouse testicular tissue [09-002]. (testes) 		SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
............................................................................GGCCGAGGAGCATGAGAGACTGACAGCTA................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................AGCCTGACAGAAGGTGCAT............................................................................ 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................GAGGCATCTCGTCCTGGC........................................................................................................................................................................... 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................GGCCGAGGAGCATGAGAGACTGACAGCT.................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................CCGAGGAGCATGAGAGACTGACAGCTA................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................CGTGCAAGAGCCTGACAtc...................................................................................... 19 tc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -