chr2:156831178 156831633 -
(11)
OTHER.mut 		(5)
OVARY 		(10)
PIWI.ip 		(3)
PIWI.mut 		(1)
TDRD1.ip 		(54)
TESTES

Sense strand
TTCCTGTTTTCCTCCTTCATCCAGGATGACGTCAGTGACCAGATCAGAAGGTGAGTTTTACAGTGAAATTCAATGCCTCTTGCTTTGGGAATCAGGCTCCTGAACTATCCCAGAATCCTCCTTGGCTCCTGGTGCCTTTGGAATCACACGTGTGTGGGTTTACAAAAAGGCCTTCTCTAGGTTTCCATCACCAGGGAAATAGGTTTCCCTCCGTCCTCCTTCCCTTCTGCCTAGGCTCCTAGGAAGCTGGTCCTTCAACTGTATACCATCTTATATATTAAAGTTGCTGCAGTTAAAAAGTGGGCGTGTGCATTTTCTGTTGTCACCCTTGGCTTGGATACTTACTGAGGTTTGTATCTGAGGTAGCTTTGATTTTATATTTTGACTTTTCTATAACAAATGCTAGACCAGGAACCCACGATGTCCGAGACTCAGGATCGTCCATTGCAGCCAAGT
............................................................................................................................................................((.........((((((.....))))))........(((((((....)))))))))..((..(((.((..((.(((((....))))).))..))......(((((((...((.(((........))).)).)))))))...)))..))........................................................................................................................................................
............................................................................................................................................................157................................................................................................................................................304......................................................................................................................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		GSM509276(GSM509276)
small RNA cloning by length. (testes) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) 		SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes) 		SRR051941(GSM545785)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l-/-). (mov10L testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes) 		SRR037897(GSM510433)
ovary_rep2. (ovary) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		SRR037898(GSM510434)
ovary_rep3. (ovary) 		SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR037903(GSM510439)
testes_rep4. (testes) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		SRR037900(GSM510436)
testes_rep1. (testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR037899(GSM510435)
ovary_rep4. (ovary) 		SRR042486(GSM539878)
mouse ovaries [09-002]. (ovary) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes) 		SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes) 		SRR042485(GSM539877)
mouse testicular tissue [09-002]. (testes)
...................................................................................................................................................................................................................................................................................TATTAAAGTTGCTGCAG.................................................................................................................................................................... 17 5 42.80 42.80 24.40 2.00 0.20 10.00 - 1.20 - 1.80 - - 3.00 - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................ATTAAAGTTGCTGCAGTT.................................................................................................................................................................. 18 5 40.60 40.60 20.60 9.60 0.20 2.80 - 3.00 - 1.00 - - 1.00 - - - 0.20 - 1.60 - - - - - - - - - - 0.20 - - - 0.20 - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................TAAAGTTGCTGCAGTTAA................................................................................................................................................................ 18 5 38.60 38.60 37.00 - - 0.60 - - - - - 0.40 - 0.20 - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................TATATTAAAGTTGCTGCAG.................................................................................................................................................................... 19 5 37.20 37.20 29.20 0.60 - 3.60 0.40 0.80 0.20 0.80 - - 0.40 - - - 0.20 - - 0.80 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................TATTAAAGTTGCTGCAGT................................................................................................................................................................... 18 5 32.80 32.80 18.80 0.20 0.20 4.60 - 4.80 0.20 1.20 - - 1.20 - - - 0.40 - - 0.60 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - 0.20 - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................TAAAGTTGCTGCAGTTAAAA.............................................................................................................................................................. 20 5 32.20 32.20 8.20 - 8.40 - 5.60 - 2.60 - - 0.20 - 4.20 - - 1.40 - - - 0.20 0.40 0.20 - 0.20 0.20 0.20 - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................ATATTAAAGTTGCTGCAGTTAAAAAG............................................................................................................................................................ 26 5 31.60 31.60 0.20 - 0.20 - 0.20 - - - 10.80 1.00 - 0.20 5.40 2.40 - 3.40 - - 0.20 - 0.20 1.00 0.20 0.20 0.40 1.40 0.60 - 0.20 - 0.20 0.20 - - 0.60 - 0.40 - 1.00 0.20 - - - 0.20 - - - 0.20 - - - 0.20 - - - - - - 0.20
...................................................................................................................................................................................................................................................................................TATTAAAGTTGCTGCAGTT.................................................................................................................................................................. 19 5 30.80 30.80 17.60 8.20 - 1.20 0.20 2.80 - 0.20 - - 0.20 - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................ATATTAAAGTTGCTGCAG.................................................................................................................................................................... 18 5 28.60 28.60 23.60 0.20 - 2.00 - 0.60 0.40 0.20 - - 0.80 - - - 0.20 - - - - 0.60 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................TATATTAAAGTTGCTGCAGTT.................................................................................................................................................................. 21 5 26.60 26.60 16.80 5.20 - 1.20 0.40 0.80 - 1.00 - - - - - - - - - 0.20 0.20 - 0.20 - 0.20 - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................ATTAAAGTTGCTGCAGT................................................................................................................................................................... 17 5 26.20 26.20 16.20 0.40 - - - 5.00 - 1.20 - - 0.80 - - - 0.20 - 2.00 0.40 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................TATATTAAAGTTGCTGCAGT................................................................................................................................................................... 20 5 25.00 25.00 16.60 0.40 - - - 3.20 0.20 - - - 1.40 0.20 - - - - 2.00 - 0.20 - 0.20 - 0.20 0.20 - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................TTAAAGTTGCTGCAGTTAA................................................................................................................................................................ 19 5 24.40 24.40 22.00 - - - - - - - - 0.40 0.40 0.20 - - - - - - - - - - - - 0.20 - 0.20 - - - - 0.20 - - - 0.40 - - - - - 0.40 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................ATATTAAAGTTGCTGCAGTTAAAAAGT........................................................................................................................................................... 27 1 23.00 23.00 - - - - - - - - 6.00 3.00 - - 2.00 3.00 - 2.00 - - - - - 2.00 - - - 2.00 - - - 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................AAGTTGCTGCAGTTAAAA.............................................................................................................................................................. 18 5 20.80 20.80 1.80 - 7.20 - 5.00 - 4.80 - - 1.00 - 0.20 - - 0.80 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................ATTAAAGTTGCTGCAGTTAA................................................................................................................................................................ 20 5 19.60 19.60 18.00 0.40 - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - 0.20 - 0.20 - 0.20 - - - - 0.40 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................ATATTAAAGTTGCTGCAGTT.................................................................................................................................................................. 20 5 19.00 19.00 10.00 3.20 0.20 - 0.20 1.80 0.20 - - - 0.20 0.40 - 0.20 0.40 - - - 0.20 - 0.20 - 0.20 0.20 - - 0.20 - - - - 0.20 - - - - 0.40 - - 0.20 - - - - - 0.20 - - - - - - - - 0.20 - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................ATATTAAAGTTGCTGCAGT................................................................................................................................................................... 19 5 18.20 18.20 10.40 0.60 0.20 - 0.40 2.00 - 0.60 - - 0.60 0.20 - 0.80 0.80 - 1.20 - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................ATTAAAGTTGCTGCAGTTAAAA.............................................................................................................................................................. 22 5 17.00 17.00 4.00 - 5.20 0.20 2.00 - 1.80 - - 0.40 - 2.00 - - 0.60 - - - 0.20 - 0.20 - 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................AGTTGCTGCAGTTAAAA.............................................................................................................................................................. 17 5 16.40 16.40 - - 3.80 - 5.80 - 5.20 - - - - 0.80 - - 0.80 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................TGACGTCAGTGACCAGATCAGAAGacc................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 acc 15.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - 2.00 - - 6.00 - - - - - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................TATTAAAGTTGCTGCAGTTAA................................................................................................................................................................ 21 5 14.60 14.60 11.80 0.40 - - - - 0.20 - - - 0.20 - - 0.20 - - - - 0.20 - 0.20 - 0.20 0.20 - - - 0.20 0.20 - - 0.20 - - - 0.20 - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................AAAGTTGCTGCAGTTAAAA.............................................................................................................................................................. 19 5 14.20 14.20 2.40 - 2.80 - 2.60 - 2.00 - - 1.60 - 1.60 - - 0.20 - - - - - - - - - 0.20 - 0.20 - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - 0.20 - 0.20 - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................TTAAAGTTGCTGCAGTT.................................................................................................................................................................. 17 5 14.20 14.20 5.40 4.60 - 0.60 - 0.60 - 0.60 - - 0.40 - - - - - 1.60 0.40 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................ATTAAAGTTGCTGCAG.................................................................................................................................................................... 16 5 13.00 13.00 8.60 1.00 - 1.40 - 0.20 - 0.80 - - 0.60 - - - 0.40 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................GTTGCTGCAGTTAAAA.............................................................................................................................................................. 16 9 10.00 10.00 0.22 - 2.22 - 3.89 - 2.78 - - - - 0.33 - - 0.56 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................TTAAAGTTGCTGCAGTTAAAA.............................................................................................................................................................. 21 5 9.20 9.20 3.60 - 1.20 - 1.40 0.20 1.00 - - 0.40 - - - - - - - - 0.20 - 0.20 - 0.20 0.20 0.40 - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................TATATTAAAGTTGCTGCA..................................................................................................................................................................... 18 5 8.20 8.20 4.40 1.20 - - - - - 0.20 - - 0.20 - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................TATATTAAAGTTGCTGCAGTTAA................................................................................................................................................................ 23 5 7.00 7.00 5.60 - - - - - - - - 0.20 - - - 0.20 - - - - 0.20 0.20 0.20 - 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................TAAAGTTGCTGCAGTTAAA............................................................................................................................................................... 19 5 6.80 6.80 3.40 - 0.20 0.40 - 0.80 0.20 0.60 - 0.40 - - - 0.20 0.20 - - - - 0.20 - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................ATTAAAGTTGCTGCAGTTAAA............................................................................................................................................................... 21 5 6.00 6.00 0.60 - 0.20 1.60 - 0.20 - 0.20 - 0.40 - - - 0.60 - - - - 0.20 - 0.20 - 0.20 0.20 0.20 - 0.20 0.40 - - - 0.40 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................ATATTAAAGTTGCTGCAGTTAAAA.............................................................................................................................................................. 24 5 6.00 6.00 0.40 - 0.80 - 1.20 - 1.20 - 0.20 0.40 - 0.20 - 0.40 - - - - 0.20 - 0.20 - 0.20 0.20 - - - 0.40 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................TATTAAAGTTGCTGCAGTTAAAA.............................................................................................................................................................. 23 5 5.40 5.40 1.20 - 0.60 - 0.40 - 1.00 - - - - 0.60 - - 0.20 - - - 0.20 - 0.20 - 0.20 0.20 0.20 - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................TTAAAGTTGCTGCAGT................................................................................................................................................................... 16 7 5.29 5.29 1.71 0.29 0.29 - - 0.43 - 1.29 - - 1.14 - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................TAAAGTTGCTGCAGTTAAAAAG............................................................................................................................................................ 22 5 5.20 5.20 1.80 - - 1.00 0.20 - 0.40 - - 0.20 - 0.20 - - 0.20 - - 0.20 0.20 - 0.20 - 0.20 0.20 - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................TATATTAAAGTTGCTGCAGTTAAAA.............................................................................................................................................................. 25 5 5.20 5.20 0.40 0.40 1.40 - 0.40 0.20 1.00 - - - - 0.20 - - 0.20 - - - 0.20 - 0.20 - 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................TAAAGTTGCTGCAGTT.................................................................................................................................................................. 16 6 5.17 5.17 2.00 - - 0.83 - - - 1.00 - - 0.67 0.17 - - 0.33 - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................ATATTAAAGTTGCTGCAGTTAAAAA............................................................................................................................................................. 25 5 4.80 4.80 - - - - - - - - - 0.40 - 0.20 - 1.20 - 0.40 - - 0.20 - 0.20 - 0.20 0.20 - 0.60 - - - - 0.40 - - - 0.80 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................ATATTAAAGTTGCTGCAGTTAA................................................................................................................................................................ 22 5 4.40 4.40 2.60 - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - 0.20 - 0.20 - 0.20 0.20 - - - - 0.20 - - - - - - - - - - 0.60 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................TTAAAGTTGCTGCAGTTAAA............................................................................................................................................................... 20 5 4.40 4.40 0.60 0.60 - - - 0.80 - 1.00 - 0.20 - - - - 0.20 - - - 0.20 - - - 0.20 0.20 - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................TTAAAGTTGCTGCAGTTAAAAAG............................................................................................................................................................ 23 5 4.20 4.20 0.60 - - 1.60 - - 0.20 - - - - - - - - - - - 0.20 - 0.20 - 0.20 - 0.40 - 0.60 - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................AAAGTTGCTGCAGTTAA................................................................................................................................................................ 17 6 4.17 4.17 4.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................TATTAAAGTTGCTGCAGTTAAA............................................................................................................................................................... 22 5 4.00 4.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - 0.20 - 0.20 - 0.20 0.20 0.40 - - 0.40 - 0.20 - - - - - 0.20 - - - - - - - - - 0.20 - - - 0.60 - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................ATATTAAAGTTGCTGCAGTTAAA............................................................................................................................................................... 23 5 3.80 3.80 0.20 - - - - - - - - 0.20 - - - 0.40 - - - - 0.20 - 0.20 - 0.20 0.20 - 0.80 - - 0.40 - - - - - - - 0.40 - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - 0.20 0.20 - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................AAAGTTGCTGCAGTTAAAAAG............................................................................................................................................................ 21 5 3.60 3.60 0.60 - - 0.60 - - - - - 0.40 - - - - - - - - 0.20 - 0.20 - 0.20 0.20 0.20 - 0.20 - - 0.20 - 0.20 - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - 0.20 - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................TTAAAGTTGCTGCAGTTAAAAA............................................................................................................................................................. 22 5 3.40 3.40 0.60 - 0.20 - 0.20 - - - - 0.60 - - - - - - - - 0.20 - 0.20 - 0.20 0.20 0.20 - 0.40 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................TATTAAAGTTGCTGCAGTTAAAAA............................................................................................................................................................. 24 5 3.20 3.20 - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - 0.20 - 0.20 - 0.20 0.20 1.00 - 0.60 - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - 0.20 0.20 - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................AAAGTTGCTGCAGTTAAAAAGTtcgt....................................................................................................................................................... 26 tcgt 3.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................ATATTAAAGTTGCTGtagt................................................................................................................................................................... 19 tagt 3.00 0.00 - 2.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................AAAGTTGCTGCAGTTAAAAA............................................................................................................................................................. 20 5 2.80 2.80 - - - - - - - - - 1.20 - - - 0.20 - - - - 0.20 - 0.20 - 0.20 0.20 - - 0.20 - - - - - - - - 0.20 - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................AAAGTTGCTGCAGTTAAA............................................................................................................................................................... 18 5 2.80 2.80 0.20 - - - - 0.40 - - - 0.40 - - - 0.20 - - - - - 0.40 - - - - - - - - 0.20 - - 0.40 - - - 0.60 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................TAAAGTTGCTGCAGTTAAAAA............................................................................................................................................................. 21 5 2.60 2.60 0.80 - - - 0.20 - - - - 0.20 - - - - 0.20 - - - 0.20 - 0.20 - 0.20 0.20 - - - 0.20 - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................AGTTGCTGCAGTTAAAAA............................................................................................................................................................. 18 5 2.40 2.40 - - - - - - - - - 1.00 - - - - 0.20 - - - - - - - - - 0.60 - 0.40 - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................ATATTAAAGTTGCTGCA..................................................................................................................................................................... 17 5 2.20 2.20 2.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................TATATTAAAGTTGCTG....................................................................................................................................................................... 16 5 2.20 2.20 0.20 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................TATATTAAAGTTGCTGC...................................................................................................................................................................... 17 5 2.20 2.20 1.00 0.20 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................GTTGCTGCAGTTAAAAAGT........................................................................................................................................................... 19 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................ATATTAAAGTTGCTGCAGTTAAAAAGTt.......................................................................................................................................................... 28 t 2.00 23.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................ATATTAAAGTTGCTGCAGTTAAAAAGctct........................................................................................................................................................ 30 ctct 2.00 31.60 - - - - - - - - 0.80 - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - 0.40 0.20 -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGAACCCACGATGTCCGAGACTCAGGAT.................. 28 1 2.00 2.00 - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CGATGTCCGAGACTCAGGATCGTCCATT.......... 28 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................TATTAAAGTTGCTGCAGTTAAAAAGT........................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................AAGTTGCTGCAGTTAAAAA............................................................................................................................................................. 19 5 2.00 2.00 0.20 - 0.20 - 0.20 - - - - 1.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................TAAAGTTGCTGCAGT................................................................................................................................................................... 15 11 1.91 1.91 0.36 - - 0.73 0.09 - - 0.45 - - - 0.09 - - 0.18 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................AAGTTGCTGCAGTTAA................................................................................................................................................................ 16 7 1.86 1.86 1.86 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................TATTAAAGTTGCTGCAGTTA................................................................................................................................................................. 20 5 1.80 1.80 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - 0.20 - 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................TATATTAAAGTTGCTGCAGTTAAAAAG............................................................................................................................................................ 27 5 1.80 1.80 - - - - - - - - - 0.20 - - 0.60 0.20 - - - - 0.20 - 0.20 - 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................ATTAAAGTTGCTGCAGTTAAAAAG............................................................................................................................................................ 24 5 1.80 1.80 0.20 - - - - - - - - 0.40 - - - - - - - 0.20 0.20 - 0.20 - 0.20 0.20 - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................TATTAAAGTTGCTGCA..................................................................................................................................................................... 16 6 1.67 1.67 1.33 - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................TTAAAGTTGCTGCAG.................................................................................................................................................................... 15 13 1.62 1.62 0.69 0.15 - - - - 0.08 0.46 - - 0.15 - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................TTAAAGTTGCTGCAGTTA................................................................................................................................................................. 18 5 1.60 1.60 1.60 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................ATTAAAGTTGCTGCAGTTAAAAA............................................................................................................................................................. 23 5 1.60 1.60 - - - - - - - - - 0.20 - - - 0.20 - - - - 0.20 - 0.20 - 0.20 0.20 - - - 0.40 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................TAAAGTTGCTGCAGTTA................................................................................................................................................................. 17 5 1.60 1.60 1.60 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................ATTAAAGTTGCTGCAGTTA................................................................................................................................................................. 19 5 1.60 1.60 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - 0.40 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................TATTAAAGTTGCTGCAGTTAAAAAG............................................................................................................................................................ 25 5 1.60 1.60 0.20 - - - - - - - - - - 0.20 - 0.20 - - - - 0.20 - 0.20 - 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................AGTTGCTGCAGTTAAAAAG............................................................................................................................................................ 19 5 1.60 1.60 0.40 - - - - - - - - 0.60 - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - 0.40 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................AAGTTGCTGCAGTTAAAAAG............................................................................................................................................................ 20 5 1.60 1.60 - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - 0.20 - 0.20 - 0.20 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.40 - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................GTTGCTGCAGTTAAAAAG............................................................................................................................................................ 18 6 1.50 1.50 0.50 0.17 - - - - - 0.17 - 0.33 - - - - - - - 0.17 - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................TATATTAAAGTTGCTGCAGTTA................................................................................................................................................................. 22 5 1.40 1.40 0.40 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - 0.20 - 0.20 0.20 - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................AGTTGCTGCAGTTAA................................................................................................................................................................ 15 10 1.30 1.30 0.70 - - - - - - - - - - - - - - - 0.60 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................ATATTAAAGTTGCTGCAGTTAAAAgctc.......................................................................................................................................................... 28 gctc 1.20 6.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................TATATTAAAGTTGCTGCAGTTAAA............................................................................................................................................................... 24 5 1.20 1.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - 0.20 - 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................AGTTGCTGCAGTTAAA............................................................................................................................................................... 16 5 1.20 1.20 - - - - 0.20 - 0.20 - - - - 0.40 - - 0.40 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................................................................................TTGCTGCAGTTAAAAAG............................................................................................................................................................ 17 6 1.17 1.17 - - - 1.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................TAAAGTTGCTGCAGTTAAAAAGTtcg........................................................................................................................................................ 26 tcg 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................AGTTGCTGCAGTTAcaa.............................................................................................................................................................. 17 caa 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................GATGACGTCAGTGACCAGATCAGAAG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCCGAGACTCAGGATCGTCCATTGC........ 25 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....TGTTTTCCTCCTTCATCCAGGATGACGTC....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............TCCTTCATCCAGGATGACGTCAGTGAac................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 28 ac 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
............TCCTTCATCCAGGATGACGTCAGTGACC................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................ATATTAAAGTTGCTGCAGTTA................................................................................................................................................................. 21 5 1.00 1.00 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - 0.20 - 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................ACAAAAAGGCCTTagtc...................................................................................................................................................................................................................................................................................... 17 agtc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................TATATTAAAGTTGCTacag.................................................................................................................................................................... 19 acag 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................AGGATGACGTCAGTGACCAGA............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................AAGTTGCTGCAGTTAAA............................................................................................................................................................... 17 5 1.00 1.00 - - 0.20 - 0.40 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................TGACGTCAGTGACCAGATCAGAAGaaca.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 28 aaca 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGAACCCACGATGTCCGAGACTCAGGA................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................TGACGTCAGTGACCAGATCAGAAGagc................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 agc 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................TGGAATCACACGTGTGTGGGTTTACA.................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAACCCACGATGTCCGAGACTCAGGc................... 26 c 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................AAGTTGCTGCAGTTAAAAAGT........................................................................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................TAAAGTTGCTGCAGataa................................................................................................................................................................ 18 ataa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................CAGGATGACGTCAGTGACCAGATCAG......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................AGTTGCTGCAGTTAAAAAGTtc......................................................................................................................................................... 22 tc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................AAGTTGCTGCAGTTAAAAAGTGcgta...................................................................................................................................................... 26 cgta 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................................ATATATTAAAGTTGCTGCAGTTAAA............................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................AGGATGACGTCAGTGACCAGATCAGAAGac.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 30 ac 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............TTCATCCAGGATGACGTCAGTGACC................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................TAAAGTTGCTGCAGTTAAAAAGTtcgt....................................................................................................................................................... 27 tcgt 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................TCAGAAGGTGAGTTTTACAGTGAAAT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................ATATTAAAGTTGCTGCAGTTAAAAAGTta......................................................................................................................................................... 29 ta 1.00 23.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................GGATGACGTCAGTGACCAGATCAGAAG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................TATATTAAAGTTGCTGCAGTTAAAAA............................................................................................................................................................. 26 5 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - 0.20 - 0.20 - 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCTAGACCAGGAACCCACGATGTC............................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CACGATGTCCGAGACTCAGGATCGTCCA............ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................AGGATGACGTCAGTGACCA............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................TCAGAAGGTGAGTTTTACAGTGAAATT.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................TAAAGTTGCTGCAGTTAAAAAGT........................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................TATATTAAAGTTGCTGtagt................................................................................................................................................................... 20 tagt 0.80 2.20 - 0.20 - - - - - 0.60 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................AAAGTTGCTGCAGTT.................................................................................................................................................................. 15 9 0.67 0.67 - - - - - - 0.11 - - - 0.22 0.11 - - 0.22 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................ATATTAAAGTTGCTGCAGTTAAAAAGa........................................................................................................................................................... 27 a 0.60 31.60 - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................ATATTAAAGTTGCTGCAGTTAAAAAt............................................................................................................................................................ 26 t 0.60 4.80 - - - - - - - - 0.20 - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................ATTAAAGTTGCTGCA..................................................................................................................................................................... 15 7 0.57 0.57 - 0.57 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................ATATTAAAGTTGCTGCAGTTAAAAgt............................................................................................................................................................ 26 gt 0.40 6.00 - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................TAAAGTTGCTGCAGTTAAAAAGcccg........................................................................................................................................................ 26 cccg 0.40 5.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................AAAGTTGCTGCAGTTAAAAg............................................................................................................................................................. 20 g 0.40 14.20 - - - - - - - - - - - 0.40 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................ATTAAAGTTGCTGCAGTTAAAAt............................................................................................................................................................. 23 t 0.40 17.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.40 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................TAAAGTTGCTGCAGTTAAAAAGgtcg........................................................................................................................................................ 26 gtcg 0.40 5.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................AGTTGCTGCAGTTAAcgg............................................................................................................................................................. 18 cgg 0.40 1.30 - - - 0.40 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................ATATTAAAGTTGCTGCAGTTAAAAAtctc......................................................................................................................................................... 29 tctc 0.40 4.80 - - - - - - - - 0.20 - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................GTTGCTGCAGTTAAA............................................................................................................................................................... 15 15 0.33 0.33 - - - - 0.13 - 0.07 - - - - 0.13 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................TATTAAAGTTGCTGCAa.................................................................................................................................................................... 17 a 0.33 1.67 - - - 0.17 - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................TATTAAAGTTGCTGC...................................................................................................................................................................... 15 11 0.27 0.27 0.09 - - - - - - 0.18 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................ATATTAAAGTTGCTGCAGTTAAAcagc........................................................................................................................................................... 27 cagc 0.20 3.80 - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................ATTAAAGTTGCTGCAGat.................................................................................................................................................................. 18 at 0.20 13.00 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................AAAGTTGCTGCAGTTAAAAAGgtc......................................................................................................................................................... 24 gtc 0.20 3.60 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................ATTAAAGTTGCTGCAGTTAAAg.............................................................................................................................................................. 22 g 0.20 6.00 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................ATATTAAAGTTGCTGCAGTTAAAAAGctgg........................................................................................................................................................ 30 ctgg 0.20 31.60 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................ATTAAAGTTGCTGCAGgt.................................................................................................................................................................. 18 gt 0.20 13.00 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................ATATTAAAGTTGCTGCAa.................................................................................................................................................................... 18 a 0.20 2.20 - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................ATATTAAAGTTGCTGCAGTTt................................................................................................................................................................. 21 t 0.20 19.00 - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................TATATTAAAGTTGCTGCAGTTcttg.............................................................................................................................................................. 25 cttg 0.20 26.60 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................TATATTAAAGTTGCTGCAGTTAAAAAGaa.......................................................................................................................................................... 29 aa 0.20 1.80 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................TATTAAAGTTGCTGCAGTTAAAAgctc.......................................................................................................................................................... 27 gctc 0.20 5.40 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................ATATTAAAGTTGCTGCAGTTAAAAgc............................................................................................................................................................ 26 gc 0.20 6.00 - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................ATATTAAAGTTGCTGCAGTTAAAAg............................................................................................................................................................. 25 g 0.20 6.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................ATTAAAGTTGCTGCAGTTta................................................................................................................................................................ 20 ta 0.20 40.60 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................TTAAAGTTGCTGCAGTTAc................................................................................................................................................................ 19 c 0.20 1.60 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................ATATTAAAGTTGCTGCAc.................................................................................................................................................................... 18 c 0.20 2.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................AAAGTTGCTGCAGTTAAAcagc........................................................................................................................................................... 22 cagc 0.20 2.80 - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................ATATTAAAGTTGCTGCAGTTAAAtagc........................................................................................................................................................... 27 tagc 0.20 3.80 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................TAAAGTTGCTGCAGTTAAAcagc........................................................................................................................................................... 23 cagc 0.20 6.80 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................ATATTAAAGTTGCTGCAGTTAAAAgctt.......................................................................................................................................................... 28 gctt 0.20 6.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................TAAAGTTGCTGCAGTTAAAAAGcacg........................................................................................................................................................ 26 cacg 0.20 5.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................TAAAGTTGCTGCAGTTAAAAAGctct........................................................................................................................................................ 26 ctct 0.20 5.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................ATATTAAAGTTGCTGCAGTTAAAAgct........................................................................................................................................................... 27 gct 0.20 6.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................AAAGTTGCTGCAGTTAAAAgctc.......................................................................................................................................................... 23 gctc 0.20 14.20 - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................TAAAGTTGCTGCAGTTAAAAgc............................................................................................................................................................ 22 gc 0.20 32.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................ATATTAAAGTTGCTGCAGTTAAAAAactc......................................................................................................................................................... 29 actc 0.20 4.80 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................TATTAAAGTTGCTGCAGTTAAAAAact.......................................................................................................................................................... 27 act 0.20 3.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................ATATTAAAGTTGCTGCAGg................................................................................................................................................................... 19 g 0.20 28.60 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................TATTAAAGTTGCTGCAGgt.................................................................................................................................................................. 19 gt 0.20 42.80 - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................AAGTTGCTGCAGTTAAAAAGcta......................................................................................................................................................... 23 cta 0.20 1.60 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................TATTAAAGTTGCTGCAGaa.................................................................................................................................................................. 19 aa 0.20 42.80 - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................ATTAAAGTTGCTGCAGTTAAAAAGaac......................................................................................................................................................... 27 aac 0.20 1.80 - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................TATTAAAGTTGCTGCAGat.................................................................................................................................................................. 19 at 0.20 42.80 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................AAAGTTGCTGCAGTTAAAAAGatc......................................................................................................................................................... 24 atc 0.20 3.60 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................TAAAGTTGCTGCAGTTAAAAg............................................................................................................................................................. 21 g 0.20 32.20 - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................AAAGTTGCTGCAGTTAAAAAGcgc......................................................................................................................................................... 24 cgc 0.20 3.60 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................TATTAAAGTTGCTGCAGTTAtaa.............................................................................................................................................................. 23 taa 0.20 1.80 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................TATATTAAAGTTGCTGCAGc................................................................................................................................................................... 20 c 0.20 37.20 - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................TAAAGTTGCTGCAGTTAAAAgctc.......................................................................................................................................................... 24 gctc 0.20 32.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................ATATTAAAGTTGCTGCAGTTAAAAAGgt.......................................................................................................................................................... 28 gt 0.20 31.60 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................ATATTAAAGTTGCTGCAGTTAta............................................................................................................................................................... 23 ta 0.20 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................ATATTAAAGTTGCTGCAGTTAAAAAac........................................................................................................................................................... 27 ac 0.20 4.80 - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................TATTAAAGTTGCTGCAGa................................................................................................................................................................... 18 a 0.20 42.80 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................ATATTAAAGTTGCTGCcgt................................................................................................................................................................... 19 cgt 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................ATATTAAAGTTGCTGC...................................................................................................................................................................... 16 6 0.17 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................GTTGCTGCAGTTAAAAAGctct........................................................................................................................................................ 22 ctct 0.17 1.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................AAGTTGCTGCAGTTAAca.............................................................................................................................................................. 18 ca 0.14 1.86 - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................TTAAAGTTGCTGCAGTaaa................................................................................................................................................................ 19 aaa 0.14 5.29 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................GTTGCTGCAGTTAAAAA............................................................................................................................................................. 17 7 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................AAAGTTGCTGCAGTTtaaa.............................................................................................................................................................. 19 taaa 0.11 0.67 - - - - 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................TAAAGTTGCTGCAGTcaa................................................................................................................................................................ 18 caa 0.09 1.91 0.09 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................AAGTTGCTGCAGTTA................................................................................................................................................................. 15 11 0.09 0.09 0.09 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................GCTGCAGTTAAAAAG............................................................................................................................................................ 15 13 0.08 0.08 - - - - - - - - - - - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
TTCCTGTTTTCCTCCTTCATCCAGGATGACGTCAGTGACCAGATCAGAAGGTGAGTTTTACAGTGAAATTCAATGCCTCTTGCTTTGGGAATCAGGCTCCTGAACTATCCCAGAATCCTCCTTGGCTCCTGGTGCCTTTGGAATCACACGTGTGTGGGTTTACAAAAAGGCCTTCTCTAGGTTTCCATCACCAGGGAAATAGGTTTCCCTCCGTCCTCCTTCCCTTCTGCCTAGGCTCCTAGGAAGCTGGTCCTTCAACTGTATACCATCTTATATATTAAAGTTGCTGCAGTTAAAAAGTGGGCGTGTGCATTTTCTGTTGTCACCCTTGGCTTGGATACTTACTGAGGTTTGTATCTGAGGTAGCTTTGATTTTATATTTTGACTTTTCTATAACAAATGCTAGACCAGGAACCCACGATGTCCGAGACTCAGGATCGTCCATTGCAGCCAAGT
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............................................................................................................................................................157................................................................................................................................................304......................................................................................................................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		GSM509276(GSM509276)
small RNA cloning by length. (testes) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) 		SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes) 		SRR051941(GSM545785)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l-/-). (mov10L testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes) 		SRR037897(GSM510433)
ovary_rep2. (ovary) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		SRR037898(GSM510434)
ovary_rep3. (ovary) 		SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR037903(GSM510439)
testes_rep4. (testes) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		SRR037900(GSM510436)
testes_rep1. (testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR037899(GSM510435)
ovary_rep4. (ovary) 		SRR042486(GSM539878)
mouse ovaries [09-002]. (ovary) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes) 		SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes) 		SRR042485(GSM539877)
mouse testicular tissue [09-002]. (testes)
.................................................................................................................................................................................................................................................................................TATATTAAAGTTGCTGCAGTT.................................................................................................................................................................. 21 5 18.60 18.60 2.20 3.60 4.40 0.60 - 1.00 - 2.80 - - 1.00 0.20 - - - - 1.40 1.00 - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................TATTAAAGTTGCTGCAGTT.................................................................................................................................................................. 19 5 3.60 3.60 0.20 1.40 0.20 - 0.20 - - 0.20 - - - - - - - - - 0.40 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................GCCTTCTCTAGGTTtaca................................................................................................................................................................................................................................................................................. 18 taca 2.00 0.00 - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................ATATTAAAGTTGCTGCAGTT.................................................................................................................................................................. 20 5 1.60 1.60 - 0.20 0.20 - - - - 0.20 - - - 0.20 - - - - 0.20 0.20 - 0.40 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................TATATTAAAGTTGCTGCAGTTcga.................................................................................................................................................................. 24 cga 1.40 26.60 - 0.20 0.20 - - - - 0.40 - - - - - - - - - 0.60 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................TATTAAAGTTGCTGCAGTTAAA............................................................................................................................................................... 22 5 1.40 1.40 0.40 - - - - - - 0.60 - - 0.20 - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................TATTAAAGTTGCTGCAGTTAA................................................................................................................................................................ 21 5 1.40 1.40 - 0.20 - - - - - 0.60 - - 0.20 - - - - - - 0.40 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................TTAAAGTTGCTGCAGTTaa.................................................................................................................................................................. 19 aa 1.00 14.20 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................ATATATTAAAGTTGCTGCAGTTgcta.................................................................................................................................................................. 26 gcta 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................TTAAAGTTGCTGCAGTTga.................................................................................................................................................................. 19 ga 1.00 14.20 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................ATTAAAGTTGCTGCAGTT.................................................................................................................................................................. 18 5 1.00 1.00 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.40 - 0.40 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................TATATTAAAGTTGCTGCAGTTca.................................................................................................................................................................. 23 ca 1.00 26.60 - 0.20 - 0.60 - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................ATTAAAGTTGCTGCAGTga................................................................................................................................................................... 19 ga 1.00 26.20 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................TATTAAAGTTGCTGCAaaaa..................................................................................................................................................................... 20 aaaa 1.00 1.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................TATTAAAGTTGCTGCAGa.................................................................................................................................................................... 18 a 1.00 42.80 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................TATTAAAGTTGCTGCAGTTa.................................................................................................................................................................. 20 a 0.80 30.80 - - - 0.40 - - - 0.20 - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................TAAAGTTGCTGCAGTTAAA............................................................................................................................................................... 19 5 0.80 0.80 - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - 0.40 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................ATTAAAGTTGCTGCAGTTAAA............................................................................................................................................................... 21 5 0.60 0.60 - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................TAAAGTTGCTGCAGTT.................................................................................................................................................................. 16 6 0.50 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................TATATTAAAGTTGCTGCAGT................................................................................................................................................................... 20 5 0.40 0.40 - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................TATATTAAAGTTGCTGCAGTTct.................................................................................................................................................................. 23 ct 0.40 26.60 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................TATATTAAAGTTGCTGCAGTTat.................................................................................................................................................................. 23 at 0.40 26.60 - - - 0.40 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................ATTAAAGTTGCTGCAGTTAA................................................................................................................................................................ 20 5 0.40 0.40 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.40 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................TAAAGTTGCTGCAGTTAA................................................................................................................................................................ 18 5 0.40 0.40 0.40 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................TTAAAGTTGCTGCAGTTAAA............................................................................................................................................................... 20 5 0.40 0.40 - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................ATATTAAAGTTGCTGCAGTTgca.................................................................................................................................................................. 23 gca 0.20 19.00 - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................ATATTAAAGTTGCTGCAGT................................................................................................................................................................... 19 5 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................TATTAAAGTTGCTGCAGTTaaaa.................................................................................................................................................................. 23 aaaa 0.20 30.80 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................TATATTAAAGTTGCTGCAGTTcgca.................................................................................................................................................................. 25 cgca 0.20 26.60 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................TATATTAAAGTTGCTGCAGTTAAAcga............................................................................................................................................................... 27 cga 0.20 1.20 - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................TATTAAAGTTGCTGCAGTTAAAA.............................................................................................................................................................. 23 5 0.20 0.20 - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................TATATTAAAGTTGCTGCAGTTA................................................................................................................................................................. 22 5 0.20 0.20 - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................TATATTAAAGTTGCTGCAGTTAAA............................................................................................................................................................... 24 5 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................TTAAAGTTGCTGCAGTTAAAA.............................................................................................................................................................. 21 5 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................TATATTAAAGTTGCTGCAGTTAAAA.............................................................................................................................................................. 25 5 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................................TATATTAAAGTTGCTGCAGTTa.................................................................................................................................................................. 22 a 0.20 26.60 - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................TATATTAAAGTTGCTGCAGTcga................................................................................................................................................................... 23 cga 0.20 25.00 - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................TAAAGTTGCTGCAGT................................................................................................................................................................... 15 11 0.09 0.09 - - 0.09 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -