(6)
OTHER.mut
(1)
OVARY
(6)
PIWI.ip
(3)
PIWI.mut
(28)
TESTES

Sense strand
TCCGGGAGAGAGTTGCTGCCGGCTGGAGCGCGACCTCTTGCCTGGTGGAAGTTAGTGACTGTCGGTAGAGGCAGCGGGAGGGTGGGTGGGGGTGGGGGATGGGAATTGTGGTCCGAGACAAGGCTCTTGTTGGGATATTTTTCATAGTGACCAAGTAGCCGTGAGACCTTGGGGCAAGTTCAGAAAACCTTCGGAAGTTTTTGTTTTTGCCGCACTGAAGAGTTCCCGCTGTAGACCGAACATTTATTTG


Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
.............................................TGGAAGTTAGTGACTGTCGGTAGAGG................................................................................................................................................................................... 26 1 12.00 12.00 6.00 - - - 1.00 5.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................TGGGAATTGTGGTCCGAGACAAGGCTC............................................................................................................................ 27 1 9.00 9.00 - 3.00 - - - - 2.00 - - 1.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................TGGGGCAAGTTCAGAAAACCTTCGGAAG..................................................... 28 1 7.00 7.00 7.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................ACTGTCGGTAGAGGCAGCGGGAGGG........................................................................................................................................................................ 25 1 6.00 6.00 6.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................TGGGAATTGTGGTCCGAGACAAGGCT............................................................................................................................. 26 1 4.00 4.00 - 3.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................TTGCCTGGTGGAAGTTAGTGACTGTC........................................................................................................................................................................................... 26 1 3.00 3.00 - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................GTCGGTAGAGGCAGCGGG............................................................................................................................................................................ 18 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TAGTGACCAAGTAGCCGTGAGACCTTG............................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................TTCATAGTGACCAAGTAGCCGTGAGACCT................................................................................. 29 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - -
............................................................GTCGGTAGAGGCAGCGGGA........................................................................................................................................................................... 19 1 2.00 2.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................TGAAGAGTTCCCGCTGTAGACCGAAC......... 26 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
.................................................AGTTAGTGACTGTCGGTAGAGGCA................................................................................................................................................................................. 24 1 2.00 2.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................ACCTTGGGGCAAGTTCAGAAAACCTTC.......................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................TGAGACCTTGGGGCAAGTTCAGAAAACCTa........................................................... 30 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
.....................................TTGCCTGGTGGAAGTTAGTGACTGgc........................................................................................................................................................................................... 26 gc 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................GTGACCAAGTAGCCGTGAG..................................................................................... 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................AGAGTTCCCGCTGTAGACCGAACttt...... 26 ttt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
....................................................................................................................................................................GACCTTGGGGCAAcgg...................................................................... 16 cgg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
.......................................................................................................................................TATTTTTCATAGTGACCAAGTAGCCG......................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
.............................................TGGAAGTTAGTGACTGTCGGTAGAGGC.................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........GTTGCTGCCGGCTGGAGCGCG.......................................................................................................................................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
.....................GCTGGAGCGCGACCcata................................................................................................................................................................................................................... 18 cata 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
........................................................................................................................................................................................................TTGTTTTTGCCGCACTGAAGAGTTCCCG...................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................CGCTGTAGACCGAACAT....... 17 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
...............................................GAAGTTAGTGACTGTCGGTAGAGGCA................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
.....................................TTGCCTGGTGGAAGTTAGTGACTGT............................................................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................TTCCCGCTGTAGACCGAACATTTATTT. 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................TGGAGCGCGACCTCTTGCCTGGTGGAAG....................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................TGAAGAGTTCCCGCTGTAGACCGAACA........ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................TGGGTGGGGGTGGGGGATGGG................................................................................................................................................... 21 6 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17

Antisense strand
TCCGGGAGAGAGTTGCTGCCGGCTGGAGCGCGACCTCTTGCCTGGTGGAAGTTAGTGACTGTCGGTAGAGGCAGCGGGAGGGTGGGTGGGGGTGGGGGATGGGAATTGTGGTCCGAGACAAGGCTCTTGTTGGGATATTTTTCATAGTGACCAAGTAGCCGTGAGACCTTGGGGCAAGTTCAGAAAACCTTCGGAAGTTTTTGTTTTTGCCGCACTGAAGAGTTCCCGCTGTAGACCGAACATTTATTTG


Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
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16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
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cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
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18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
................................................................................................................................................................................................................GCCGCACTGAAGAGTTCCCGCTGTA................. 25 1 72.00 72.00 37.00 - 2.00 8.00 3.00 6.00 - 1.00 5.00 4.00 - - - 4.00 - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................TGCCGCACTGAAGAGTTCCCGCTGTA................. 26 1 22.00 22.00 15.00 3.00 - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................GCCGTGAGACCTTGGGGCAAGTTCAGA.................................................................. 27 1 12.00 12.00 5.00 1.00 2.00 - - - - - - 1.00 - - - - - 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................GCCGCACTGAAGAGTTCCCGCTGT.................. 24 1 6.00 6.00 3.00 - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................CCCGCTGTAGACCGAACATTTATTTG 26 1 5.00 5.00 - 2.00 - - - - - 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................GTTTTTGCCGCACTGAAGAGTTCCCG...................... 26 1 4.00 4.00 - 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
............................................................................................................................................................AGCCGTGAGACCTTGGGGCAAGTTCAGA.................................................................. 28 1 4.00 4.00 - 1.00 - - - - 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................GCCGTGAGACCTTGGGGCAAGTTCAGAA................................................................. 28 1 3.00 3.00 - 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................GCCTGGTGGAAGTTAGTGACTGTCGGTA....................................................................................................................................................................................... 28 1 3.00 3.00 - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................TGTTTTTGCCGCACTGAAGAGTTCCCG...................... 27 1 3.00 3.00 - 1.00 - - - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................CCGTGAGACCTTGGGGCAAGTTCAGA.................................................................. 26 1 3.00 3.00 - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
................................................................................................................................................................................................GGAAGTTTTTGTTTTTGCCGCACTGAA............................... 27 1 3.00 3.00 - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................GGGGCAAGTTCAGAAAACCTTCGGAA...................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................CGCGACCTCTTGCCTGGTGGAAGTTA.................................................................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................CCGCACTGAAGAGTTCCCGCTGTAGA............... 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
..............................................GGAAGTTAGTGACTGTCGGTAGAGGCA................................................................................................................................................................................. 27 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................CCGCTGTAGACCGAACATTTATTTGt 26 t 2.00 0.00 - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................GACAAGGCTCTTGTTGGGATATTTTTCA.......................................................................................................... 28 1 2.00 2.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................CAAGGCTCTTGTTGGGATATTTTTCATA........................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................GCAAGTTCAGAAAACCTTCGGAAGTTT.................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................GTTTTTGCCGCACTGAAGAGTTCCCGCT.................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................AAGAGTTCCCGCTGTAGACCGAACATT...... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................GCCGCACTGAAGAGTTCCCGCTGTAc................. 26 c 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................GGCAAGTTCAGAAAACCTTCGGAAGTT................................................... 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................AGGCTCTTGTTGGGATATTTTTCA.......................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
.........................................CTGGTGGAAGTTAGTGACTGTCGGTA....................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................CTGAAGAGTTCCCGCTGTAGACCGAACAa........ 29 a 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................GCCGCACTGAAGAGTTCCCGCTGTAg................. 26 g 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................GCCGTGAGACCTTGGGGCAAGTTCAGAgac.................................................................. 30 gac 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................GAGACAAGGCTCTTGTTGGGATATTTTTC........................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................CACTGAAGAGTTCCCGCTGTA................. 21 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................GTAGCCGTGAGACCTTGGGGCAAGTTCAGA.................................................................. 30 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................CCGCACTGAAGAGTTCCCGCTGTA................. 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................CGGAAGTTTTTGTTTTTGCCGCACTGAA............................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................AAGAGTTCCCGCTGTAGACCGAACATTTA.... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
..................................................................................................ATGGGAATTGTGGTCCGAGACAAGGC.............................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................TGAAGAGTTCCCGCTGTAGACCGAACA........ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
......................................TGCCTGGTGGAAGTTAGTGACTGTCGGTA....................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................GCGCGACCTCTTGCCTGGTGGAAGTTA.................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................GTTCCCGCTGTAGACCGAACATTTA.... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
.................................................AGTTAGTGACTGTCGGTAGAGGCA................................................................................................................................................................................. 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................TAGCCGTGAGACCTTGGGGCAAGTTCAGA.................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................AGTTCCCGCTGTAGACCGAACATTTA.... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
.................................................................................................................................................................................................GAAGTTTTTGTTTTTGCCGCACTGAAGA............................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................CCTTGGGGCAAGTTCAGAAAACCTTCGGg........................................................ 29 g 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................GGGATGGGAATTGTGGTCCGAGACAt.................................................................................................................................. 26 t 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
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