(1)
OTHER.ip
(9)
OTHER.mut
(5)
PIWI.ip
(2)
PIWI.mut
(1)
TDRD1.ip
(34)
TESTES

Sense strand
GGAGCTTGAACATTGCTGCATTCAGCTTTCTGGAGAGACAGACACCATTGGTGAGGTGGAGCCCAGCCCAAGGCAGTGGGGGCTGTGCAGGGGGGTAGACTGGGGGAGCCACAGTGTCTGAGCCTTGTCCACCTGCCTGCCGTCTCCACAGGAGAGTACATTGCCCTTTACCAAAATCAGAGGGCGGTGCTGAAGGCTCGG
...........................................................................((((((((...(((((.((((.(((.((((((((....)).)))...))).))).)))).))))).))))))))....................................................
.......................................................................72.............................................................................151................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes)
SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes)
SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
........................................................................................................................................................................TACCAAAATCAGAGGGCGGTGCTGAA....... 26 1 16.00 16.00 5.00 2.00 2.00 - - - 2.00 - - - - - 2.00 - - - - - - - 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................TACCAAAATCAGAGGGCGGTGCTGA........ 25 1 12.00 12.00 7.00 - - - - 1.00 3.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................TACCAAAATCAGAGGGCGGTGCTGAAG...... 27 1 6.00 6.00 1.00 3.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................CTTTCTGGAGAGACAGACAC............................................................................................................................................................ 20 1 4.00 4.00 - - - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
............................................................................TGGGGGCTGTGCAGGGGGGTAGAC..................................................................................................... 24 1 4.00 4.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.............TGCTGCATTCAGCTTTCTGGAGAGACAGA............................................................................................................................................................... 29 1 3.00 3.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................TACCAAAATCAGAGGGCGGTGCTGAAGt..... 28 t 3.00 6.00 - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......TGAACATTGCTGCATTCAGCTTTCTGGAGA..................................................................................................................................................................... 30 1 3.00 3.00 - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
.......................................................................................................................................................................TTACCAAAATCAGAGGGCGGTGCTGAAGGC.... 30 1 2.00 2.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................TACCAAAATCAGAGGGCGGTGCTGAAt...... 27 t 2.00 16.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................TACCAAAATCAGAGGGCGGTGCTGAAGGCTt.. 31 t 2.00 2.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................AAAATCAGAGGGCGGTGCTGAAGGCTC.. 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................TACCAAAATCAGAGGGCGGTGCTGAAGGCT... 30 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................TCAGCTTTCTGGAGAGACAGACACCATT........................................................................................................................................................ 28 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................TACCAAAATCAGAGGGCGGTGCTGAAGG..... 28 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................TTACCAAAATCAGAGGGCGGTGCTGAAGGCTCGG 34 1 2.00 2.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................TTCAGCTTTCTGGAGAGACAGACACC........................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................TACCAAAATCAGAGGGCGGTGCTGAAGGC.... 29 1 2.00 2.00 - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................TGGGGGCTGTGCAGGGGGGTAGAa..................................................................................................... 24 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................CCACCTGCCTGCCGTCTCCACAG.................................................. 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................AAATCAGAGGGCGGTGCTGAAGGCTCG. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................ATTCAGCTTTCTGGAGAGACAGACACC........................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
...................................................................................................................................................................................GAGGGCGGTGCTGAAGaaga.. 20 aaga 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............TGCTGCATTCAGCTTTCTGGAGAGAC.................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................TTTACCAAAATCAGAGGGCGGTGCTGt........ 27 t 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................TTTACCAAAATCAGAGGGCGGTGCTG......... 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............CTGCATTCAGCTTTCTGGAGAGAC.................................................................................................................................................................. 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
.....................TCAGCTTTCTGGAGAGACAGACACCAT......................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................TTTACCAAAATCAGAGGGCGGTGCTGAA....... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................TGGGGGCTGTGCAGGGGGGTAGAta.................................................................................................... 25 ta 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TGCATTCAGCTTTCTGGAGAGACAGACACt........................................................................................................................................................... 30 t 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................TTTACCAAAATCAGAGGGCGGTGCTGAAGGCTC.. 33 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................AGTGGGGGCTGTGCAGGGGGGTAGta..................................................................................................... 26 ta 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
.............TGCTGCATTCAGCTTTCTGGAGAGACA................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................AGCTTTCTGGAGAGACAGACACC........................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................TTCAGCTTTCTGGAGAGACAGACAC............................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TGCATTCAGCTTTCTGGAGAGACAGA............................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................TTACCAAAATCAGAGGGCGGTGCTGA........ 26 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................TGGGGGCTGTGCAGGGGGGTAGAat.................................................................................................... 25 at 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
................................................................................................................................CCACCTGCCTGCCGTCTCCAC.................................................... 21 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................AAAATCAGAGGGCGGTGCTGAAGt..... 24 t 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................TACCAAAATCAGAGGGCGGTGCTG......... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........ACATTGCTGCATTCAGCTTTCTGGAG...................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
.............TGCTGCATTCAGCTTTCTGGAGAGtcag................................................................................................................................................................ 28 tcag 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
..........................TTTCTGGAGAGACAGACACCATTGGaga................................................................................................................................................... 28 aga 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......TGAACATTGCTGCATTCAGCTTTCTGGAG...................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................TGGGGGCTGTGCAGGGGGGTAGAtt.................................................................................................... 25 tt 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................ACCAAAATCAGAGGGCGGTGCTGAAG...... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................CCAAAATCAGAGGGCGGTGCTGAAGGC.... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................TTCAGCTTTCTGGAGAGACAGACACCATTGG...................................................................................................................................................... 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
............................................................................TGGGGGCTGTGCAGGGGGGTAGtaa.................................................................................................... 25 taa 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......TGAACATTGCTGCATTCAGCTTTCTGGAGAGt................................................................................................................................................................... 32 t 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......TGAACATTGCTGCATTCAGCTTTCTGGAGAa.................................................................................................................................................................... 31 a 1.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................TACCAAAATCAGAGGGCGGTGCTGt........ 25 t 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......TGAACATTGCTGCATTCAGCTTTCTGGA....................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................CAGCTTTCTGGAGAGACAGACACCAT......................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........AACATTGCTGCATTCAGCTTTCTGGAG...................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................AGGGCGGTGCTGAAGGCTCGG 21 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......TGAACATTGCTGCATTCAGCTTTCTGGAGAG.................................................................................................................................................................... 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............TGCTGCATTCAGCTTTCTGGAGAGACAGACt............................................................................................................................................................. 31 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................TTGTCCACCTGCCTGCCGTC......................................................... 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................ACCAAAATCAGAGGG................. 15 12 0.08 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.08

Antisense strand
GGAGCTTGAACATTGCTGCATTCAGCTTTCTGGAGAGACAGACACCATTGGTGAGGTGGAGCCCAGCCCAAGGCAGTGGGGGCTGTGCAGGGGGGTAGACTGGGGGAGCCACAGTGTCTGAGCCTTGTCCACCTGCCTGCCGTCTCCACAGGAGAGTACATTGCCCTTTACCAAAATCAGAGGGCGGTGCTGAAGGCTCGG
...........................................................................((((((((...(((((.((((.(((.((((((((....)).)))...))).))).)))).))))).))))))))....................................................
.......................................................................72.............................................................................151................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes)
SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes)
SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
..............................................................................................................AGTGTCTGAGCCTTGTct......................................................................... 18 ct 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................GTCCACCTGCCTGgaca.............................................................. 17 gaca 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
...............................................................................................................................................CCACAGGAGAGTACATTGCCCTTTAtt............................... 27 tt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -