(10)
OTHER.mut
(1)
OVARY
(8)
PIWI.ip
(3)
PIWI.mut
(39)
TESTES

Sense strand
TCCACCTGTTCGTCTCTACTTTGCACTTCCCTCATGAGCAGAAGATAAAGGTGTACCAGGCAAGAAAACCTACCGATTTTTGATCATATGCCTGGGGTACTTTACTCAGTAGCTCTGGCCTCTGCTTTTCTTTCTCTGCCTTGAAGTGCTCCATCTGGCCTCTGCTTTGCTTTCTGCTATTTATTTGACTGAGTTTTACTGTGTAGGTCTGGCAGGCCTGGAACTCACAGAGATCTACCTACCTCTGCCC
..........................................................................((((...))))....(((((((((((((((..(((.((....(((....)))...))....)))...))))))))))))...)))...........................................................................................
.................................................................66...................................................................................................167.................................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes)
GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes)
................TACTTTGCACTTCCCTCATGAGCAGAA............................................................................................................................................................................................................... 27 1 13.00 13.00 - 5.00 4.00 - - - - - 3.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................TACCGATTTTTGATCATATGCCTGGGG......................................................................................................................................................... 27 1 7.00 7.00 2.00 - - 1.00 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
...............................TCATGAGCAGAAGATAAAGGTGTACC................................................................................................................................................................................................. 26 1 7.00 7.00 5.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................TGGAACTCACAGAGATCTACCTACCTC..... 27 3 6.33 6.33 - 1.67 1.33 - - - - - 1.00 - 1.00 - 1.00 - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................TGAGCAGAAGATAAAGGTGTACCAGGac............................................................................................................................................................................................ 28 ac 6.00 0.00 2.00 - 2.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................TGCACTTCCCTCATGAGCAGAAGATAA.......................................................................................................................................................................................................... 27 1 6.00 6.00 - 2.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
..................................TGAGCAGAAGATAAAGGTGTACCAGGtt............................................................................................................................................................................................ 28 tt 6.00 0.00 - 1.00 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........TCGTCTCTACTTTGCACTTCCCTCATG...................................................................................................................................................................................................................... 27 1 5.00 5.00 3.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................TTTTTGATCATATGCCTGGGGTACT..................................................................................................................................................... 25 1 5.00 5.00 - - - - - - 5.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................TACTGTGTAGGTCTGGCAGGCCTGGA............................ 26 1 5.00 5.00 - - - - - - - 5.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................TGGCAGGCCTGGAACTCACAGAGAa................ 25 a 5.00 0.00 - - - - - - - 5.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TACTTTGCACTTCCCTCATGAGCAGA................................................................................................................................................................................................................ 26 1 4.00 4.00 - - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................CTGTGTAGGTCTGGCAGGC................................. 19 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................TGCCTTGAAGTGCTCCATCTGGCCTCT....................................................................................... 27 1 3.00 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........TTCGTCTCTACTTTGCACTTCCCTCA........................................................................................................................................................................................................................ 26 1 3.00 3.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................CTGGAACTCACAGAGATCTACCTACCTC..... 28 2 3.00 3.00 - 1.00 0.50 - - - - - 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................TGAGTTTTACTGTGTAGGTCTGGCAG................................... 26 1 3.00 3.00 - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................TTTGACTGAGTTTTACTGTGTAGGT.......................................... 25 1 3.00 3.00 - - - - 1.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................TGAGCAGAAGATAAAGGTGTACCAGGCA............................................................................................................................................................................................ 28 1 3.00 3.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................TGAGCAGAAGATAAAGGTGTACCAGGaa............................................................................................................................................................................................ 28 aa 3.00 0.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................GAAAACCTACCGATTTTTGATCATATG................................................................................................................................................................ 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................TATTTGACTGAGTTTTACTGTGTAGG........................................... 26 1 2.00 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TACTTTGCACTTCCCTCATGAGCAGAAG.............................................................................................................................................................................................................. 28 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................TTTATTTGACTGAGTTTTACTGTGTAG............................................ 27 1 2.00 2.00 - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................TCATGAGCAGAAGATAAAGGTGTACCAGG.............................................................................................................................................................................................. 29 1 2.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................TTTTTGATCATATGCCTGGGGTACTT.................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................TAAAGGTGTACCAGGCAAGAAAACCTAC................................................................................................................................................................................. 28 1 2.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........TCGTCTCTACTTTGCACTTCCCTCAT....................................................................................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................TTCCCTCATGAGCAGAAGATAAAGGTG..................................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................TTGCACTTCCCTCATGAGCAGAAGATA........................................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................TGTAGGTCTGGCAGGCCTGGAACTCACAGA................... 30 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................CTGAGTTTTACTGTGTAGGTCTGGCAGGC................................. 29 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................TAGGTCTGGCAGGCCTGGAACTCACAGA................... 28 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................TTTTCTTTCTCTGCCTTGAAGTGCTCC.................................................................................................. 27 1 2.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................TGGCAGGCCTGGAACTCACAGAGATCT.............. 27 3 1.33 1.33 - - - - - - 1.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................TGGCAGGCCTGGAACTCACAGAGATC............... 26 5 1.20 1.20 - - - - - 0.20 - - - - - 0.80 - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................TATTTGACTGAGTTTTACTGTGTAGGT.......................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................CTTCCCTCATGAGCAGAAGATAAAGGTG..................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................TACTGTGTAGGTCTGGCAGGCCTGG............................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................TGTAGGTCTGGCAGGCCTGGAACTC........................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................CTGGAACTCACAGAGATCTACCTAta....... 26 ta 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................TTTCTCTGCCTTGAAGTGCTCCATCTGt............................................................................................ 28 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................TATTTATTTGACTGAGTTTTACTGTGTAG............................................ 29 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................TTGACTGAGTTTTACTGTGTAG............................................ 22 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................CTGGAACTCACAGAGATCTACCTgcat...... 27 gcat 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................TCTCTGCCTTGAAGTGCTCCATCTGGC........................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................GTAGGTCTGGCAGGCCTGGAACTCACAG.................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................GCAGAAGATAAAGGTGTACCAGGacc........................................................................................................................................................................................... 26 acc 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TACTTTGCACTTCCCTCATGAGCAGAAGAT............................................................................................................................................................................................................ 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................TGCACTTCCCTCATGAGCAGAAGATAAAGG....................................................................................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
..................................TGAGCAGAAGATAAAGGTGTACCAGcca............................................................................................................................................................................................ 28 cca 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................TGCACTTCCCTCATGAGCAGAAGATAAAGGT...................................................................................................................................................................................................... 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................TACTGTGTAGGTCTGGCAGGCCTaaga........................... 27 aaga 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................TGCTTTGCTTTCTGCTATTTATTTGACT............................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................TGCACTTCCCTCATGAGCAGAAGATA........................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TACTTTGCACTTCCCTCATGAGCAGAAGA............................................................................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................TGAGCAGAAGATAAAGGTGTACCAGGt............................................................................................................................................................................................. 27 t 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................TGGAACTCACAGAGATCTACCTACCTCT.... 28 3 1.00 1.00 - - - - - - - - 0.33 - 0.33 - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................TACTGTGTAGGTCTGGCAGGC................................. 21 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................TATTTATTTGACTGAGTTTTACTGTGTA............................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................TGAGCAGAAGATAAAGGTGTACCAGGtc............................................................................................................................................................................................ 28 tc 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................TACCAGGCAAGAAAACCTACCGATTTT.......................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................TGAAGTGCTCCATCTGGCCTCTGCTTa.................................................................................. 27 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................TGATCATATGCCTGGGGTACTTTACTC............................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................TGCTTTTCTTTCTCTGCCTTGAAGTGCT.................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................TAAAGGTGTACCAGGCAAGAAAACCTccc................................................................................................................................................................................ 29 ccc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................TACCAGGCAAGAAAACataa................................................................................................................................................................................. 20 ataa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
......................................CAGAAGATAAAGGTGTACCAGGacca.......................................................................................................................................................................................... 26 acca 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................TTTACTGTGTAGGTCTGGC..................................... 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................TGCACTTCCCTCATGAGCAGAAGAT............................................................................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................CTCATGAGCAGAAGATAAAGGTGTACa................................................................................................................................................................................................. 27 a 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................TGCTTTCTGCTATTTATTTGACTGAGT........................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................CTGGAACTCACAGAGATCTACCTACCT...... 27 4 1.00 1.00 - 0.25 0.25 - - - - - 0.25 - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................TGCACTTCCCTCATGAGCAGAAGATAAAGGTtt.................................................................................................................................................................................................... 33 tt 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
...........................................GATAAAGGTGTACCAGGCAAGAAAACCTA.................................................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................CTCATGAGCAGAAGATAAA......................................................................................................................................................................................................... 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
......................................................................................................TACTCAGTAGCTCTGGCCTCTGC............................................................................................................................. 23 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................TGAGTTTTACTGTGTAGGTCTGGCA.................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................TTGAAGTGCTCCATCTGGCCTCTGC..................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................TTTGACTGAGTTTTACTGTGTA............................................. 22 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................ATTTATTTGACTGAGTTTTACTGTGTAG............................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................TACTTTACTCAGTAGCTCTGGCCTCT............................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................CCCTCATGAGCAGAAGATAAAGGTGT.................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TCCCTCATGAGCAGAAGATAAAGGTGT.................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................TGCTTTCTGCTATTTATTTGACTGAG......................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................CCCTCATGAGCAGAAGATAAAGGTGTACC................................................................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
.....................................................................................................................................................................................TATTTGACTGAGTTTTACTGTGTAGtt.......................................... 27 tt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................TTCCCTCATGAGCAGAAGATAAAGGT...................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................TTCTCTGCCTTGAAGTGCTCCATCTGGCCTC........................................................................................ 31 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................TACCGATTTTTGATCATATGCCTGGG.......................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................TTCTCTGCCTTGAAGTGCTCCATCTG............................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................TTTGATCATATGCCTGGGGTACTTTA.................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................GTTTTACTGTGTAGGTCTGGCAGGCC................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........TCGTCTCTACTTTGCACTTCCCTCATGAGt................................................................................................................................................................................................................... 30 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................TGAGTTTTACTGTGTAGGTCTGGCAGG.................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................TCATGAGCAGAAGATAAAGGTGTACCA................................................................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................AAAACCTACCGATTTTTGATCATATGCC.............................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................GCTTTCTGCTATTTATTTGACTGAGTTTT..................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................TGAGCAGAAGATAAAGGTGTACCAGGact........................................................................................................................................................................................... 29 act 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................TAAAGGTGTACCAGGCAAGAAAACCTA.................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................TTCTCTGCCTTGAAGTGCTCCAT................................................................................................ 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
...................TTTGCACTTCCCTCATGAGCAGAAGA............................................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................TTACTGTGTAGGTCTGGCAGGCCTGGA............................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
..................................................................AACCTACCGATTTTTGATCATATGCCT............................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
.....................................GCAGAAGATAAAGGTGTACCAGGCAAG.......................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................TGGCAGGCCTGGAACTCACAGAGATCTA............. 28 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................TGGAACTCACAGAGATCTACCTACCTCa.... 28 a 0.67 6.33 - - 0.33 - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................TGGAACTCACAGAGATCTACCTAC........ 24 6 0.33 0.33 - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................TGGAACTCACAGAGATCTACCTACCTCTGC.. 30 3 0.33 0.33 - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................TGGCAGGCCTGGAACTCACAGA................... 22 10 0.30 0.30 - - - - - - - 0.30 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................CTGGAACTCACAGAGATCTACCTACC....... 26 4 0.25 0.25 - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................TGGAACTCACAGAGATCTACCTACC....... 25 5 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................TGGAACTCACAGAGATCTACCTACCTa..... 27 a 0.20 0.20 - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................TGGAACTCACAGAGATCTACCTACCT...... 26 5 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................TGGCAGGCCTGGAACTCACAGAGAT................ 25 5 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 -
......................................................................TACCGATTTTTGA....................................................................................................................................................................... 13 9 0.11 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.11

Antisense strand
TCCACCTGTTCGTCTCTACTTTGCACTTCCCTCATGAGCAGAAGATAAAGGTGTACCAGGCAAGAAAACCTACCGATTTTTGATCATATGCCTGGGGTACTTTACTCAGTAGCTCTGGCCTCTGCTTTTCTTTCTCTGCCTTGAAGTGCTCCATCTGGCCTCTGCTTTGCTTTCTGCTATTTATTTGACTGAGTTTTACTGTGTAGGTCTGGCAGGCCTGGAACTCACAGAGATCTACCTACCTCTGCCC
..........................................................................((((...))))....(((((((((((((((..(((.((....(((....)))...))....)))...))))))))))))...)))...........................................................................................
.................................................................66...................................................................................................167.................................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR014236(GSM319960)
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cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
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Testes Data. (testes)
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Testes Data. (testes)
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Testes Data. (Zcchc11 testes)
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total RNA. (testes)
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small RNA cloning by length. (piwi testes)
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Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes)
......TGTTCGTCTCTACTTTGCACTTCCCTCA........................................................................................................................................................................................................................ 28 1 4.00 4.00 - 2.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....CCTGTTCGTCTCTACTTTGCACTTCCC........................................................................................................................................................................................................................... 27 1 4.00 4.00 - 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.......GTTCGTCTCTACTTTGCACTTCCCTCA........................................................................................................................................................................................................................ 27 1 3.00 3.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........CGTCTCTACTTTGCACTTCCCTCATGA..................................................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...ACCTGTTCGTCTCTACTTTGCACTTCCC........................................................................................................................................................................................................................... 28 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................TAGGTCTGGCAGGCCTGGAACTCAat....................... 26 at 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................TTTCTTTCTCTGCCTTGAAGTGCTCCA................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................GCAGGCCTGGAACTCACtc...................... 19 tc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................GTCTGGCAGGCCTGGAACTCACAa..................... 24 a 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................GCTTTCTGCTATTTATTTGACTGAGTTTTA.................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............CTACTTTGCACTTCCCTCATGAGCAGAAGt.............................................................................................................................................................................................................. 30 t 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................AAACCTACCGATTTTTGATCATATGCC.............................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................TGCTTTCTGCTATTTATTTGACTGAGTTTTA.................................................... 31 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................CCTCTGCTTTTCTTTCTCTGCCTTGAA......................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................CTGCTATTTATTTGACTGAGTTTTACTGTG............................................... 30 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
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.........................................................................................................................................................................CTTTCTGCTATTTATTTGACTGAGTTTTA.................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................CTACCGATTTTTGATCATATGCCTGGGGTA....................................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........TTCGTCTCTACTTTGCACTTCCCTCA........................................................................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................CCATCTGGCCTCTGCTTTGCTTTCTGCTAtt....................................................................... 31 tt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................GCACTTCCCTCATGAGCAGAAGATAAA......................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................TGGCAGGCCTGGAACTCACAGAGATCTA............. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................CAGTAGCTCTGGCCTC................................................................................................................................ 16 2 0.50 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -