| Gene: Tor1b | ID: uc008jdb.1_intron_1_0_chr2_30809529_f.3p | SPECIES: mm9 | 
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  (8)  OTHER.mut  | 
  
  
  (1)  OVARY  | 
  
  
  (7)  PIWI.ip  | 
  
  
  (3)  PIWI.mut  | 
  
  
  (33)  TESTES  | 
  
  
| AAGTCAGTTCTCTCCTTTTAGCCATTTGGGTCCCAGGGATTCAAGTCAAGTGGCCAGGCTTTGATGGCTAGTGCCTTTCCACTTGTGGGAAAGTGTCATCTGCTTTGTGGGGGCAGTATGCAGTTGGTAGCTTCCCGAGGCCCAGGCAGCACCCCCACTCCATCCTCTGGAACATCCTCTGAGCTGCCTCTCTCTTTGAGGTTGGTCCAGGACCAGCTCCAGAAGTGGATCCGAGGCAATGTGAGTGCGT ........................................................(((...((((((....((.((((((....)))))).)))))))).)))....(((((((((...(((..((....((((.((((....((.((........))))..)))).))))...)).))).)))))))))........................................................... ........................................................57.......................................................................................................................................194......................................................  | 
    Size | Perfect hit | Total Norm | Perfect Norm | SRR034120(GSM466730) Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)  | SRR014236(GSM319960) 10 dpp total. (testes)  | SRR034118(GSM466728) Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)  | SRR248524(GSM733812) cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)  | SRR034119(GSM466729) Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)  | SRR014235(GSM319959) 2 dpp total. (testes)  | mjTestesWT3() Testes Data. (testes)  | SRR248523(GSM733811) cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)  | SRR029042(GSM433294) 18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)  | SRR014231(GSM319955) 16.5 dpc total. (testes)  | SRR034121(GSM466731) Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)  | SRR028732(GSM400969) Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)  | SRR248526(GSM733814) cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)  | SRR069809(GSM610965) small RNA sequencing; sample 1. (testes)  | SRR014230(GSM319954) 10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)  | SRR029038(GSM433290) 25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)  | mjTestesWT1() Testes Data. (testes)  | mjTestesWT2() Testes Data. (testes)  | SRR029037(GSM433289) 18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)  | mjTestesKO7() Testes Data. (Zcchc11 testes)  | mjTestesKO6() Testes Data. (Zcchc11 testes)  | SRR014229(GSM319953) 10 dpp MILI. (mili testes)  | SRR029043(GSM433295) 18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)  | SRR014234(GSM319958) Ovary total. (ovary)  | SRR248525(GSM733813) cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)  | SRR363959(GSM822761) AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)  | SRR014233(GSM319957) 16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)  | SRR051940(GSM545784) 18-32 nt total small RNAs (Mov10l+/-). (testes)  | SRR029041(GSM433293) 6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)  | GSM509278(GSM509278) small RNA cloning by length. (piwi testes)  | GSM475280(GSM475280) Mili-IP. (mili testes)  | SRR069811(GSM610967) small RNA sequencing; sample 3. (testes)  | GSM475281(GSM475281) total RNA. (testes)  | SRR029036(GSM433288) 18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)  | 
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| .........................................................................................................................................................................................................................TCCAGAAGTGGATCCGAGGCAATGTG....... | 26 | 1 | 16.00 | 16.00 | 7.00 | - | 3.00 | - | 3.00 | - | - | - | - | - | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | 
| ................................................................................................................................................................................................................................GTGGATCCGAGGCAATGTGAGTGCGT | 26 | 1 | 12.00 | 12.00 | 2.00 | - | 4.00 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | 1.00 | - | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .............................................................TGATGGCTAGTGCCTTTCCACTTGTG................................................................................................................................................................... | 26 | 1 | 6.00 | 6.00 | - | 3.00 | - | - | - | 2.00 | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ...........................................................................................................................................................................................................................CAGAAGTGGATCCGAGGCAATGTGAGT.... | 27 | 1 | 5.00 | 5.00 | - | - | 1.00 | - | - | - | 3.00 | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ..................................................................................................................................................................TCCTCTGGAACATCCTCTGAGCTGCCTC............................................................ | 28 | 1 | 4.00 | 4.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 3.00 | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ......................................................................................................................TGCAGTTGGTAGCTTCCCGAGGCCCAGGC....................................................................................................... | 29 | 1 | 4.00 | 4.00 | 1.00 | - | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ......................................................................................................................TGCAGTTGGTAGCTTCCCGAGGCCC........................................................................................................... | 25 | 1 | 4.00 | 4.00 | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .....................................................................................................................................................................TCTGGAACATCCTCTGAGCTGC............................................................... | 22 | 1 | 3.00 | 3.00 | - | - | - | - | - | - | 3.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .......................................................................................................................................................................TGGAACATCCTCTGAGCTGCCTCTCTC........................................................ | 27 | 1 | 3.00 | 3.00 | - | - | - | - | - | - | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .........................TTGGGTCCCAGGGATTCAAGTCAAGTGGtt................................................................................................................................................................................................... | 30 | tt | 3.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | 3.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .........................................................................................................................................................................................................................TCCAGAAGTGGATCCGAGGCAATGT........ | 25 | 1 | 3.00 | 3.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ..........TCTCCTTTTAGCCATTTGGGTCCCAGG..................................................................................................................................................................................................................... | 27 | 1 | 3.00 | 3.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 3.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ......................................................................................................................TGCAGTTGGTAGCTTCCCGAGGCCCA.......................................................................................................... | 26 | 1 | 2.00 | 2.00 | 1.00 | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .....................................................................................TGGGAAAGTGTCATCTGCTTTGTGG............................................................................................................................................ | 25 | 1 | 2.00 | 2.00 | - | - | - | 1.00 | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ..................................................................................................................................................................TCCTCTGGAACATCCTCTGAGCTGCC.............................................................. | 26 | 1 | 2.00 | 2.00 | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ........................................................................................................................................................................................TGCCTCTCTCTTTGAGGTTGGTCCAGGA...................................... | 28 | 1 | 2.00 | 2.00 | - | - | - | - | - | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ..............................................................................................................................................................................................................................AAGTGGATCCGAGGCAATGTGAGTGC.. | 26 | 1 | 2.00 | 2.00 | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ............................................................................................................................TGGTAGCTTCCCGAGGCCCAGGCAGC.................................................................................................... | 26 | 1 | 2.00 | 2.00 | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | 
| .......................................................................................................................................................................TGGAACATCCTCTGAGCTGCCTCTCTCT....................................................... | 28 | 1 | 2.00 | 2.00 | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ...................................GGGATTCAAGTCAAGTGGCCAGGC............................................................................................................................................................................................... | 24 | 1 | 2.00 | 2.00 | - | - | - | - | - | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ..................................................................................................................................................................TCCTCTGGAACATCCTCTGAGCTGCCTCT........................................................... | 29 | 1 | 2.00 | 2.00 | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ................................................................................................................................................................CATCCTCTGGAACATCCTCTGAGCTGC............................................................... | 27 | 1 | 2.00 | 2.00 | - | - | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .....................................................................................................................................................................TCTGGAACATCCTCTGAGCTGCCTCT........................................................... | 26 | 1 | 2.00 | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ...................................................................................TGTGGGAAAGTGTCATCTGCTTTGTGG............................................................................................................................................ | 27 | 1 | 2.00 | 2.00 | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ..............................................................................................................................................................................................................................AAGTGGATCCGAGGCAATGTGAGTG... | 25 | 1 | 2.00 | 2.00 | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ...............................................................................................................................................................................................................................AGTGGATCCGAGGCAATGTGAGTG... | 24 | 1 | 2.00 | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .......................................TTCAAGTCAAGTGGCCAGGCTTTGA.......................................................................................................................................................................................... | 25 | 1 | 2.00 | 2.00 | - | - | - | - | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .............................................................................................................................................................................................................TCCAGGACCAGCTCCAGAAGTGGATC................... | 26 | 1 | 2.00 | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | 
| ..................TAGCCATTTGGGTCCCAGGGATTCAAGTC........................................................................................................................................................................................................... | 29 | 1 | 2.00 | 2.00 | - | 1.00 | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ................................................................................................................................................................................................................................GTGGATCCGAGGCAATGTGAGTGCG. | 25 | 1 | 2.00 | 2.00 | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .......................................................................................................................................................................................................................GCTCCAGAAGTGGATCCGAGGCAATGT........ | 27 | 1 | 2.00 | 2.00 | - | - | - | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ...............TTTTAGCCATTTGGGTCCCAGGGATT................................................................................................................................................................................................................. | 26 | 1 | 2.00 | 2.00 | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ..................................................................................TTGTGGGAAAGTGTCATCTGCTTTGT.............................................................................................................................................. | 26 | 1 | 2.00 | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ...............TTTTAGCCATTTGGGTCCCAcca.................................................................................................................................................................................................................... | 23 | cca | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ....................................................................................................................................................................CTCTGGAACATCCTCTGAGCTGCCTCTC.......................................................... | 28 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ..........................................................................................AAGTGTCATCTGCTTTGTGGGGGC........................................................................................................................................ | 24 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ......................................................................................................................TGCAGTTGGTAGCTTCCCGAG............................................................................................................... | 21 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ................................................................................................................................................................................................................................GTGGATCCGAGGCAATGTGAGTGCGTa | 27 | a | 1.00 | 12.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ....................................................................................................................................................................................................TGAGGTTGGTCCAGGACCAGCTCCAGt........................... | 27 | t | 1.00 | 0.00 | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ......................................................................................GGGAAAGTGTCATCTGCTTTGTG............................................................................................................................................. | 23 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | 
| ..........TCTCCTTTTAGCCATTTGGGTCCCAGGG.................................................................................................................................................................................................................... | 28 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .......................................................................................................................................................................TGGAACATCCTCTGAGCTGCCTCTCTCTT...................................................... | 29 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .....................................................................................TGGGAAAGTGTCATCTGCTTTGTGGa........................................................................................................................................... | 26 | a | 1.00 | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .............................................................................................................................................................................................................................GAAGTGGATCCGAGGCAATGTGAGT.... | 25 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ...............................................................................................................................................................................................................................AGTGGATCCGAGGCAATGTGAGTGC.. | 25 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ........................................TCAAGTCAAGTGGCCAGGCTTTGATGGC...................................................................................................................................................................................... | 28 | 1 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ...........................................................TTTGATGGCTAGTGCCTTTCCACTT...................................................................................................................................................................... | 25 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .........................................CAAGTCAAGTGGCCAGGCTTTGATGGCT..................................................................................................................................................................................... | 28 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ...................................................................................................................................................................................TGAGCTGCCTCTCTCTTTGAGGTTGGTC........................................... | 28 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .....................................................................................................................................................................TCTGGAACATCCTCTGAGCTGCCTCTC.......................................................... | 27 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .............................................................................................................................................................................ATCCTCTGAGCTGCCTCTCTCTTTGA................................................... | 26 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ..............................................................................................................................................................................TCCTCTGAGCTGCCTCTCTCTTTGAGGTT............................................... | 29 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ..................TAGCCATTTGGGTCCCAGGGATTCAAGT............................................................................................................................................................................................................ | 28 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | 
| ......................................................................................................................TGCAGTTGGTAGCTTCCCGAGGCCCAG......................................................................................................... | 27 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ..........................TGGGTCCCAGGGATTCAAGTCAAGTG...................................................................................................................................................................................................... | 26 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ...................................................................................................................................................................CCTCTGGAACATCCTCTGAGCcgc............................................................... | 24 | cgc | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ............................................................................................................................TGGTAGCTTCCCGAGGCCCAGGCAGt.................................................................................................... | 26 | t | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .....................................................................................TGGGAAAGTGTCATCTGCTTTGTGGG........................................................................................................................................... | 26 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .................................................................................................................................................................ATCCTCTGGAACATCCTCTGAGCTGCCTC............................................................ | 29 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ..................................................................................................................................................................TCCTCTGGAACATCCTCTGAGCTGCCTCTCT......................................................... | 31 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .................................CAGGGATTCAAGTCAAGTGGCCAGGCT.............................................................................................................................................................................................. | 27 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ...............TTTTAGCCATTTGGGTCCCAGGGATTC................................................................................................................................................................................................................ | 27 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .........................................................................................................................................................................................................................TCCAGAAGTGGATCCGAGGCAATGTGt...... | 27 | t | 1.00 | 16.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ......................................................................................................................TGCAGTTGGTAGCTTCCCGAGG.............................................................................................................. | 22 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | 
| ....................................................................................................................................................................................................................CCAGCTCCAGAAGTGGATCCGAGG.............. | 24 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ..............................TCCCAGGGATTCAAGTCAAGTGGCCA.................................................................................................................................................................................................. | 26 | 1 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .........................................................................................AAAGTGTCATCTGCTTTGTGGGGGCA....................................................................................................................................... | 26 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ...........................................................TTTGATGGCTAGTGCCTTTCCACTTGTGt.................................................................................................................................................................. | 29 | t | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ............................................................................................................................................................................................................................AGAAGTGGATCCGAGGCAATGTGAGT.... | 26 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ..................TAGCCATTTGGGTCCCAGGGATTCAAG............................................................................................................................................................................................................. | 27 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .............................................................................................................................................................................................................TCCAGGACCAGCTCCAGAAGTGGA..................... | 24 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | 
| .................................................................................................................................................................................TCTGAGCTGCCTCTCTCTTTGAGGTTG.............................................. | 27 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ...............TTTTAGCCATTTGGGTCCCAGGGggt................................................................................................................................................................................................................. | 26 | ggt | 1.00 | 0.00 | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ...............................................................................................................................................................................................................................AGTGGATCCGAGGCAATGTGAGTGCGT | 27 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .......................................................................................................................................................................TGGAACATCCTCTGAGCTGCCTCTCT......................................................... | 26 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ........................................................................................................................................................................................................................CTCCAGAAGTGGATCCGAGGCAATGTG....... | 27 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .............................................................TGATGGCTAGTGCCTTTCCACTTGT.................................................................................................................................................................... | 25 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ............................................................................................................................TGGTAGCTTCCCGAGGCCCAGG........................................................................................................ | 22 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ...............................CCCAGGGATTCAAGTCAAGTGGCCAGGC............................................................................................................................................................................................... | 28 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ..........................................................................................................................................................................................................................CCAGAAGTGGATCCGAGGCAATGTGA...... | 26 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ............................................................................TTCCACTTGTGGGAAAGTGTCATCTGC................................................................................................................................................... | 27 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ...................................GGGATTCAAGTCAAGTGGCCAGGCT.............................................................................................................................................................................................. | 25 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ..............................................................................................................................................................................................................................AAGTGGATCCGAGGCAATGTGAGTGCGT | 28 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .............................................................................TCCACTTGTGGGAAAGTGTCATCTGC................................................................................................................................................... | 26 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ...............TTTTAGCCATTTGGGTCCCAGGGAT.................................................................................................................................................................................................................. | 25 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ............................................................................................................................................................................................................GTCCAGGACCAGCTCCAGAAGTGGATCCGA................ | 30 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .....................................................................................................................................................................TCTGGAACATCCTCTGAGCTGCCTCTCT......................................................... | 28 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .......................................TTCAAGTCAAGTGGCCAGGCTTTGATGGCTt.................................................................................................................................................................................... | 31 | t | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ................................................................................................................................................................CATCCTCTGGAACATCCTCTGAGCT................................................................. | 25 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ..............................................................................................................................................................................................................................AAGTGGATCCGAGGCAATGTGAGT.... | 24 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | 
| AAGTCAGTTCTCTCCTTTTAGCCATTTGGGTCCCAGGGATTCAAGTCAAGTGGCCAGGCTTTGATGGCTAGTGCCTTTCCACTTGTGGGAAAGTGTCATCTGCTTTGTGGGGGCAGTATGCAGTTGGTAGCTTCCCGAGGCCCAGGCAGCACCCCCACTCCATCCTCTGGAACATCCTCTGAGCTGCCTCTCTCTTTGAGGTTGGTCCAGGACCAGCTCCAGAAGTGGATCCGAGGCAATGTGAGTGCGT ........................................................(((...((((((....((.((((((....)))))).)))))))).)))....(((((((((...(((..((....((((.((((....((.((........))))..)))).))))...)).))).)))))))))........................................................... ........................................................57.......................................................................................................................................194......................................................  | 
    Size | Perfect hit | Total Norm | Perfect Norm | SRR034120(GSM466730) Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)  | SRR014236(GSM319960) 10 dpp total. (testes)  | SRR034118(GSM466728) Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)  | SRR248524(GSM733812) cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)  | SRR034119(GSM466729) Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)  | SRR014235(GSM319959) 2 dpp total. (testes)  | mjTestesWT3() Testes Data. (testes)  | SRR248523(GSM733811) cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)  | SRR029042(GSM433294) 18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)  | SRR014231(GSM319955) 16.5 dpc total. (testes)  | SRR034121(GSM466731) Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)  | SRR028732(GSM400969) Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)  | SRR248526(GSM733814) cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)  | SRR069809(GSM610965) small RNA sequencing; sample 1. (testes)  | SRR014230(GSM319954) 10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)  | SRR029038(GSM433290) 25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)  | mjTestesWT1() Testes Data. (testes)  | mjTestesWT2() Testes Data. (testes)  | SRR029037(GSM433289) 18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)  | mjTestesKO7() Testes Data. (Zcchc11 testes)  | mjTestesKO6() Testes Data. (Zcchc11 testes)  | SRR014229(GSM319953) 10 dpp MILI. (mili testes)  | SRR029043(GSM433295) 18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)  | SRR014234(GSM319958) Ovary total. (ovary)  | SRR248525(GSM733813) cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)  | SRR363959(GSM822761) AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)  | SRR014233(GSM319957) 16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)  | SRR051940(GSM545784) 18-32 nt total small RNAs (Mov10l+/-). (testes)  | SRR029041(GSM433293) 6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)  | GSM509278(GSM509278) small RNA cloning by length. (piwi testes)  | GSM475280(GSM475280) Mili-IP. (mili testes)  | SRR069811(GSM610967) small RNA sequencing; sample 3. (testes)  | GSM475281(GSM475281) total RNA. (testes)  | SRR029036(GSM433288) 18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)  | 
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ....................................................................................................................................................................................GAGCTGCCTCTCTCTTTGAGGTTGGTCCA......................................... | 29 | 1 | 5.00 | 5.00 | 1.00 | - | 1.00 | - | 2.00 | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ....................................................................................................................................................................................CTGCCTCTCTCTTTGAGGTTGGTCCAgtc......................................... | 29 | gtc | 4.00 | 0.00 | 1.00 | - | 2.00 | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ......................................................................................................CTTTGTGGGGGCAGTATGCAGTTGGTA......................................................................................................................... | 27 | 1 | 3.00 | 3.00 | - | - | 1.00 | - | 1.00 | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .....................................................................................................................ATGCAGTTGGTAGCTTCCCGAGGCCCA.......................................................................................................... | 27 | 1 | 3.00 | 3.00 | - | - | 1.00 | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .....................................................................................................GCTTTGTGGGGGCAGTATGCAGTTGGT.......................................................................................................................... | 27 | 1 | 3.00 | 3.00 | - | - | 1.00 | - | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ....................................................................................................................................................................................................................CCAGCTCCAGAAGTGGATCCGAGGCAA........... | 27 | 1 | 2.00 | 2.00 | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ....................GCCATTTGGGTCCCAGGGATTCAAGT............................................................................................................................................................................................................ | 26 | 1 | 2.00 | 2.00 | - | - | - | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ............................................................................................................................................................................ATCCTCTGAGCTGCCTCa............................................................ | 18 | a | 2.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 2.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .............................................................................................................GGGGCAGTATGCAGTTGGTAGCTTCCCGA................................................................................................................ | 29 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ........TCTCTCCTTTTAGCCATTTGGGTCCCA....................................................................................................................................................................................................................... | 27 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .....................................................................................................GCTTTGTGGGGGCAGTATGCAGTTGGTA......................................................................................................................... | 28 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ..................................................................................................................................................................................................................ACCAGCTCCAGAAGTGGATCCGAGGCAAt........... | 29 | t | 1.00 | 0.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .....................................................................................................................................................................................................................CAGCTCCAGAAGTGGATCCGAGGCAA........... | 26 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ...................................................................................................................................................................................TGAGCTGCCTCTCTCTTTGAGGTTGGTCCA......................................... | 30 | 1 | 1.00 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ..........................................................................................................................................................CCACTCCATCCTCTGGAACATCCTC....................................................................... | 25 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ...................................................................................................................................................................................................................ACCAGCTCCAGAAGTGGATCCGAGGCAA........... | 28 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .............CCTTTTAGCCATTTGGGTCCCAGGGATT................................................................................................................................................................................................................. | 28 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ...........................................................................................................................................................................................................................CAGAAGTGGATCCGAGGCAATGTGA...... | 25 | 1 | 1.00 | 1.00 | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ........................................................................................................................................................................................GCCTCTCTCTTTGAGGTTGGTCCAGGAt...................................... | 28 | t | 1.00 | 0.00 | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ....................................................................................................................................................CACCCCCACTCCATCCTCTGGAACAg............................................................................ | 26 | g | 1.00 | 0.00 | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| .....................................................................GCCTTTCCACTTGtcg..................................................................................................................................................................... | 16 | tcg | 1.00 | 0.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 1.00 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | 
| ...............................................................................................TCATCTGCTTTGTGGG........................................................................................................................................... | 16 | 3 | 0.33 | 0.33 | - | - | - | 0.33 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - |