chr2:26767630 26767935 +
(10)
OTHER.mut 		(4)
OVARY 		(10)
PIWI.ip 		(4)
PIWI.mut 		(49)
TESTES

Sense strand
TGCTGGCAAAGGCGACGTCCCAACTAAGAGACCACCTGTCCTCCGAGCAGGTCAGTGCTTCCCTGCCCGTCCCCCCCACCCCCCAAAGGGAGGATGGTAAGGCAGGCTGTGCAGTGATGTGTGAATTTCTTCACCTGAAAATATTGTGAAGAGTAAATCGAGCTTTTTAACCCTGAGTCGCAGCTTAGTGGAGCTGCATTTTTGTGACTGCAGCAGCCGGAGCACACAGGCAAAGTGGTTGTGTTGTATGTTCCAGGAGTCAATACAGTCACCACCTTGGTGGAGAACAAGAAGGCTCAGCTGGTG
.................................................................................................................(((((..(((((....)))))............((((((((.......)))))))).......))))).............................................................................................................................
.......................................................................................................104...........................................................................182..........................................................................................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR363964(GSM822766)
AdultGlobal 5'-RACEread_length: 105. (testes) 		SRR363963(GSM822765)
AdultGlobal 5'-RACEread_length: 105. (testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes) 		SRR037897(GSM510433)
ovary_rep2. (ovary) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		SRR037898(GSM510434)
ovary_rep3. (ovary) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR037900(GSM510436)
testes_rep1. (testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		SRR051940(GSM545784)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l+/-). (testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes) 		SRR037899(GSM510435)
ovary_rep4. (ovary) 		GSM509276(GSM509276)
small RNA cloning by length. (testes) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes)
.............................................................................................................TGCAGTGATGTGTGAATTTCTTCACCTGAAAATATTGTGAAGAGTAAATCGA................................................................................................................................................. 52 1 4847.00 4847.00 3195.00 1652.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................GTGCAGTGATGTGTGAATTTCTTCACCTGAAAATATTGTGAAGAGTAAATCG.................................................................................................................................................. 52 1 4210.00 4210.00 2982.00 1228.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................AGTAAATCGAGCTTTTTAACCCTGAGT................................................................................................................................ 27 1 120.00 120.00 - - 37.00 23.00 15.00 1.00 12.00 2.00 6.00 3.00 6.00 2.00 1.00 - 1.00 1.00 3.00 - - 1.00 3.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................GTAAATCGAGCTTTTTAACCCTGAGT................................................................................................................................ 26 1 79.00 79.00 - - 14.00 11.00 8.00 13.00 8.00 4.00 3.00 1.00 4.00 2.00 - - 2.00 3.00 1.00 - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................ATCGAGCTTTTTAACCCTGAGT................................................................................................................................ 22 1 69.00 69.00 - - 2.00 3.00 17.00 15.00 1.00 5.00 6.00 11.00 - - - 3.00 - - - - - - - - - 1.00 1.00 - - - 1.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................GAGTAAATCGAGCTTTTTAACCCTGAGT................................................................................................................................ 28 1 54.00 54.00 - - 10.00 10.00 5.00 - 7.00 4.00 2.00 - 5.00 1.00 2.00 - - - 1.00 - - - 4.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................AGCTTTTTAACCCTGAGT................................................................................................................................ 18 1 48.00 48.00 - - 22.00 7.00 - - 4.00 1.00 - - 3.00 - 1.00 - - 1.00 3.00 - - - - 1.00 - - - 4.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................GCAGTGATGTGTGAATTTCTTCACCTGAAAATATTGTGAAGAGTAAATCGAG................................................................................................................................................ 52 1 48.00 48.00 48.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................AGAGTAAATCGAGCTTTTTAACCCTGAGT................................................................................................................................ 29 1 44.00 44.00 - - 20.00 6.00 - 3.00 2.00 - 1.00 4.00 1.00 3.00 - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................AAATCGAGCTTTTTAACCCTGAGT................................................................................................................................ 24 1 36.00 36.00 - - 3.00 2.00 9.00 5.00 - 2.00 2.00 10.00 - - 1.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................CGAGCTTTTTAACCCTGAGT................................................................................................................................ 20 1 35.00 35.00 - - 8.00 2.00 - - 1.00 4.00 1.00 3.00 2.00 1.00 2.00 1.00 - 2.00 1.00 - - - - 3.00 - 1.00 - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................TCGAGCTTTTTAACCCTGAGT................................................................................................................................ 21 1 24.00 24.00 - - 1.00 3.00 8.00 - - 1.00 5.00 - - 1.00 - 4.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................CGAGCTTTTTAACCCTGAGTCG.............................................................................................................................. 22 1 16.00 16.00 - - 3.00 2.00 - - 5.00 - - - - 2.00 3.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................TGCAGTGATGTGTGAATTTCTTCACCTGAAA...................................................................................................................................................................... 31 1 16.00 16.00 - - - - - - - - - - 1.00 1.00 1.00 - 5.00 - 2.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 -
....................................................................................................................................................AAGAGTAAATCGAGCTTTTTAACCCTGAGT................................................................................................................................ 30 1 13.00 13.00 - - 1.00 1.00 - 3.00 - 1.00 1.00 - 1.00 2.00 - 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................TGCAGTGATGTGTGAATTTCTTCACCTGAAAA..................................................................................................................................................................... 32 1 10.00 10.00 - - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - 1.00 - - - - 1.00 3.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................GCTTTTTAACCCTGAGT................................................................................................................................ 17 1 10.00 10.00 - - 1.00 2.00 - - - - 4.00 - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................GTGCAGTGATGTGTGAATTTCTTCACCTGAAA...................................................................................................................................................................... 32 1 9.00 9.00 - - - 1.00 - - - - - - 1.00 1.00 - - 2.00 1.00 - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................AATCGAGCTTTTTAACCCTGAGT................................................................................................................................ 23 1 9.00 9.00 - - 1.00 1.00 2.00 - - 1.00 1.00 - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................GAGCTTTTTAACCCTGAGT................................................................................................................................ 19 1 8.00 8.00 - - 1.00 2.00 - - - 1.00 - - - - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................TAAATCGAGCTTTTTAACCCTGAGT................................................................................................................................ 25 1 8.00 8.00 - - 1.00 - 1.00 - - 1.00 1.00 3.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................AGTAAATCGAGCTTTTTAACCCTGAG................................................................................................................................. 26 1 8.00 8.00 - - 1.00 1.00 - 5.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................GTGCAGTGATGTGTGAATTTCTTCACCT.......................................................................................................................................................................... 28 1 7.00 7.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 3.00 - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................TTGGTGGAGAACAAGAAGGCTCAGCTGt.. 28 t 6.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 3.00 - - - 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................TGCAGTGATGTGTGAATTTCTTCACCTGAA....................................................................................................................................................................... 30 1 6.00 6.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - 2.00 - 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................GTGCAGTGATGTGTGAATTTC................................................................................................................................................................................. 21 1 6.00 6.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - 2.00 - - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................GTGCAGTGATGTGTGAAT.................................................................................................................................................................................... 18 1 5.00 5.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
.............................................................................................................TGCAGTGATGTGTGAATTTCTTCACCT.......................................................................................................................................................................... 27 1 5.00 5.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................GTGCAGTGATGTGTGAATTTCTTCACCTGA........................................................................................................................................................................ 30 1 5.00 5.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................TGCAGTGATGTGTGAATTT.................................................................................................................................................................................. 19 1 5.00 5.00 - - - - - - - 5.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................TGCAGTGATGTGTGAATTTC................................................................................................................................................................................. 20 1 4.00 4.00 - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................TGCAGTGATGTGTGAATTTCTTCACCTGA........................................................................................................................................................................ 29 1 4.00 4.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................TGCAGTGATGTGTGAAT.................................................................................................................................................................................... 17 1 4.00 4.00 - - - 1.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................GTGCAGTGATGTGTGAATTT.................................................................................................................................................................................. 20 1 4.00 4.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................GTGCAGTGATGTGTGAATTTCTTCACCTGAA....................................................................................................................................................................... 31 1 4.00 4.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - 1.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................AGAGTAAATCGAGCTTTTTAACCCTGA.................................................................................................................................. 27 1 3.00 3.00 - - 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................TGCAGTGATGTGTGAATTTCTT............................................................................................................................................................................... 22 1 3.00 3.00 - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................TGCAGTGATGTGTGAATTTCTTCAC............................................................................................................................................................................ 25 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
.............................................................................................................TGCAGTGATGTGTGAATT................................................................................................................................................................................... 18 1 3.00 3.00 - - - - - - - 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................TGCAGTGATGTGTGAATTTCTTCACCTG......................................................................................................................................................................... 28 1 3.00 3.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................GTGCAGTGATGTGTGAA..................................................................................................................................................................................... 17 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................GAAGAGTAAATCGAGCTTTTTAACCCTGAGT................................................................................................................................ 31 1 3.00 3.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...TGGCAAAGGCGACGTCCCAACTAAGAGACC................................................................................................................................................................................................................................................................................. 30 13 2.23 2.23 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.08 - 0.08 - - - - 0.08 - - - - - 0.08 - - 0.62 0.08 - - 0.23 0.77 - - - 0.15 - - 0.08 - - - - - - -
................................................................................................................................................TGTGAAGAGTAAATCGAGCTTTTTAACCCTGAGT................................................................................................................................ 34 1 2.00 2.00 - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................GAGTAAATCGAGCTTTTTAACCCTGAGTC............................................................................................................................... 29 1 2.00 2.00 - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................TGCAGTGATGTGTGAATTTCTTCACCTGAAAAT.................................................................................................................................................................... 33 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGAGAACAAGAAGGCTCAGCTGGTGt 27 t 2.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................AATCGAGCTTTTTAACCCTGAtt................................................................................................................................ 23 tt 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................GTGCAGTGATGTGTGAATTTCTTCA............................................................................................................................................................................. 25 1 2.00 2.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................AGAGTAAATCGAGCTTTTTAACCCTGAGTC............................................................................................................................... 30 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................TTCACCTGAAAATATTGTGAAG........................................................................................................................................................... 22 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................GTGCAGTGATGTGTGAATTTCTTCACCTGAAAA..................................................................................................................................................................... 33 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................AGTGATGTGTGAATTTCTTCA............................................................................................................................................................................. 21 1 2.00 2.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................GAGTAAATCGAGCTTTTTAACCCTGAGTCGC............................................................................................................................. 31 1 2.00 2.00 - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................ATATTGTGAAGAGTAAATCGAG................................................................................................................................................ 22 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................GTGCAGTGATGTGTGAATT................................................................................................................................................................................... 19 1 2.00 2.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................TGCAGTGATGTGTGAATTTCTTCA............................................................................................................................................................................. 24 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................AGTAAATCGAGCTTTTTAACCCTGA.................................................................................................................................. 25 1 2.00 2.00 - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................TGCAGTGATGTGTGAATTTCT................................................................................................................................................................................ 21 1 2.00 2.00 - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................GTGCAGTGATGTGTGAATTTCT................................................................................................................................................................................ 22 1 2.00 2.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................GAGCTTTTTAACCCTGAGTC............................................................................................................................... 20 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................AAATCGAGCTTTTTAACCCTGAG................................................................................................................................. 23 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................TGACTGCAGCAGCCGGAGCACACAGGC........................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................GTGCAGTGATGTGTGAATTa.................................................................................................................................................................................. 20 a 2.00 2.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................GAGTAAATCGAGCTTTTTAACCCTGA.................................................................................................................................. 26 1 2.00 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................AGCTTTTTAACCCTGAG................................................................................................................................. 17 3 1.33 1.33 - - 0.67 0.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................TGCAGTGATGTGTGAATTTCTTCACCTGAt....................................................................................................................................................................... 30 t 1.00 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................GTGCAGTGATGTGTGAATTTaa................................................................................................................................................................................ 22 aa 1.00 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................CAGGAGTCAATACAGTCACCACCTTt........................... 26 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................GTGAAGAGTAAATCGAGCTTTTTAACCCTGAGT................................................................................................................................ 33 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGAGAACAAGAAGGCTCAGCTGagt 26 agt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TTTTTAACCCTGAGTCG.............................................................................................................................. 17 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................GTAAATCGAGCTTTTTAAC....................................................................................................................................... 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...TGGCAAAGGCGACGTCCCAACTAcgc..................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 cgc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................TAAATCGAGCTTTTTAACCCTGAGTCG.............................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................GTGATGTGTGAATTTCTTCACCTGAAAA..................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................GAGTAAATCGAGCTTTTTAACCCTGAGTCG.............................................................................................................................. 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................GTAAATCGAGCTTTTTAACCCTGAGTCGC............................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................AGCTTTTTAACCCTGAGTCGCAGCT......................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................CAAAGTGGTTGTGTTGTATGTTCC.................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGAGAACAAGAAGGCTCAGCTGGTGtt 28 tt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................GTAAATCGAGCTTTTTAACCCTGAGTCG.............................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................AGCTTTTTAACCCTGAGTCG.............................................................................................................................. 20 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................ATCGAGCTTTTTAACCCTGAGTCG.............................................................................................................................. 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...TGGCAAAGGCGACGTCCCAACTAAGAGccc................................................................................................................................................................................................................................................................................. 30 ccc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................AGTAAATCGAGCTTTTTAACCCTGAGTCGa............................................................................................................................. 30 a 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................TGCAGTGATGTGTGAATTTCTTCACC........................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...TGGCAAAGGCGACGTCCCAACTAAGAa.................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
...................CCAACTAAGAGACCACCTGTCCTCCGcg................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 cg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................TTGGTGGAGAACAAGAAGGCTCAtat.... 26 tat 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................TGCAGTGATGTGTGAATTTCTTC.............................................................................................................................................................................. 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................AAATCGAGCTTTTTAACCCTGAGTC............................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................CGAGCTTTTTAACCCTGAGTC............................................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...TGGCAAAGGCGACGTCCCAACTAAGcg.................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 cg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................GTGATGTGTGAATTTCTT............................................................................................................................................................................... 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................GCAGTGATGTGTGAATTTCTTCACCT.......................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
..................CCCAACTAAGAGtgga................................................................................................................................................................................................................................................................................ 16 tgga 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
.............................................................................................................TGCAGTGATGTGTGAATTTCTTa.............................................................................................................................................................................. 23 a 1.00 3.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................AGAGTAAATCGAGCTTTTTAACCCTtagt................................................................................................................................ 29 tagt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................TTTAACCCTGAGTCGCAG........................................................................................................................... 18 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................TAAGAGACCACCTGTCCTCCGAGCAGGTgt............................................................................................................................................................................................................................................................ 30 gt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................AAATCGAGCTTTTTAACCCTGAGTCGC............................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................GCTTTTTAACCCTGAGTCG.............................................................................................................................. 19 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................GTGCAGTGATGTGTGAATTTCTTCAC............................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGTGGAGAACAAGAAGGCTCAGCTGt.. 27 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................GTGCAGTGATGTGTGAATTTCTT............................................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................AAGAGACCACCTGTCCTCCGAGCAGGT.............................................................................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................GTGCAGTGATGTGTGAATTTg................................................................................................................................................................................. 21 g 1.00 4.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................TAAGAGACCACCTGTCCTCCGggaa................................................................................................................................................................................................................................................................. 25 ggaa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................GTGAAGAGTAAATCGAGCTTT............................................................................................................................................ 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................................................................................AGAACAAGAAGGCTCAGCTGGTGgtgt 27 gtgt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................GTGATGTGTGAATTTCTTCACCTGAAA...................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................CCTGAAAATATTGTGAAGAG......................................................................................................................................................... 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................GAGTAAATCGAGCTTTTTAACCCTGAG................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGAGAACAAGAAGGCTCAGCTtgtg 26 tgtg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................ATATTGTGAAGAGTAAATCGAGCTTTTTAAa....................................................................................................................................... 31 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................GAGTAAATCGAGCTTTTTAACCCTGcgt................................................................................................................................ 28 cgt 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................CATTTTTGTGACTGCAGCAGCCGGAGC................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................CACCTGAAAATATTGTGAcgag......................................................................................................................................................... 22 cgag 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................AGAGTAAATCGAGCTTTTTAACCCTGAGTCG.............................................................................................................................. 31 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................AACAAGAAGGCTCAGCTGGTGgtgt 25 gtgt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................GTAAATCGAGCTTTTTAACCCTtagt................................................................................................................................ 26 tagt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................GTGCAGTGATGTGTGAAggaa................................................................................................................................................................................. 21 ggaa 1.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................TGCAGTGATGTGTGAATTTCTTCACCTGAAt...................................................................................................................................................................... 31 t 1.00 6.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................GTGCAGTGATGTGTGAATTTCTTCACCTGAAAAT.................................................................................................................................................................... 34 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...TGGCAAAGGCGACGTCCCAACTAAGt..................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGAACAAGAAGGCTCAGCTGt.. 22 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................AAGAGTAAATCGAGCTTTTTAACCCTGAGTC............................................................................................................................... 31 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................ATATTGTGAAGAGTAAATCGAGC............................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................ATCGAGCTTTTTAACCCTGAG................................................................................................................................. 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................GTGCAGTGATGTGTGAATTTa................................................................................................................................................................................. 21 a 1.00 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................GAGACCACCTGTCCTCCGAGCAGGagtg........................................................................................................................................................................................................................................................... 28 agtg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................AATCGAGCTTTTTAACCCTGAGTCG.............................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................TTTTTGTGACTGCAGCAGCCGGAGCACACAGGCA.......................................................................... 34 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................GTAAATCGAGCTTTTTAACCCTGAG................................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................TCGAGCTTTTTAACCCTGAGTCG.............................................................................................................................. 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................TGCAGTGATGTGTGAATTTCTTCACCTGga....................................................................................................................................................................... 30 ga 1.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
........................................................................................................................................................GTAAATCGAGCTTTTTAACCCTGAtt................................................................................................................................ 26 tt 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................TGCAGTGATGTGTGAATTaaaa............................................................................................................................................................................... 22 aaaa 1.00 3.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................AGAGTAAATCGAGCTTTTTAACCCTGAGTa............................................................................................................................... 30 a 1.00 44.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................GAGCTTTTTAACCCTGAGTCG.............................................................................................................................. 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................CGAGCTTTTTAACCCTGA.................................................................................................................................. 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................ATCGAGCTTTTTAACCCTGAGg................................................................................................................................ 22 g 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................AGTAAATCGAGCTTTTTAACCCTGAGc................................................................................................................................ 27 c 1.00 8.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................CTGAGTCGCAGCTTcctt.................................................................................................................... 18 cctt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................GTGCAGTGATGTGTGAATTTCTTCACCTG......................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................GTGCAGTGATGTGTGAATTTCTTC.............................................................................................................................................................................. 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGAGAACAAGAAGGCTCAGggt... 23 ggt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................GTAAATCGAGCTTTTTAACCCTGA.................................................................................................................................. 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGTGGAGAACAAGAAGGCTCAGCTGag. 28 ag 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................CACCTGAAAATATTGTGAAGAGTA....................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGTGGAGAACAAGAAGGCTCAGCTGGTGt 30 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................TTCACCTGAAAATATTGTGAAGA.......................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGAGAACAAGAAGGCTCAGCTGGTGgg 28 gg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................GGCAGGCTGTGCAGTGATG........................................................................................................................................................................................... 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................AACAAGAAGGCTCAGCTGGTGacga 25 acga 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................TAAGAGACCACCTGTCCTCCGAGCAG................................................................................................................................................................................................................................................................ 26 18 0.78 0.78 - - - - 0.17 0.06 - - - - - - 0.06 - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - 0.22 - 0.06 - - 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................TAAGAGACCACCTGTCCTCCGAGCA................................................................................................................................................................................................................................................................. 25 19 0.68 0.68 - - - - 0.16 - - - - - - - - 0.05 - - - - - 0.21 - - - - - 0.05 - 0.11 - 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................CTTTTTAACCCTGAGT................................................................................................................................ 16 3 0.67 0.67 - - 0.33 - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................TAAGAGACCACCTGTCCTCCGAGC.................................................................................................................................................................................................................................................................. 24 19 0.63 0.63 - - - - - 0.11 - - - - - - 0.05 0.21 - 0.05 - - - - - - - - - - - - - 0.11 - 0.05 - - - - - - - - 0.05 - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................TTTTTGTGACTGCAGCA........................................................................................... 17 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................TTTAACCCTGAGTCG.............................................................................................................................. 15 2 0.50 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...TGGCAAAGGCGACGTCCCAACTAAGAGA................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 15 0.47 0.47 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.07 0.13 - - - - 0.07 - - - - - - 0.13 - 0.07 - - - - - - - - - - - - -
.................TCCCAACTAAGAGACCACCTGTCCTCCGA.................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 18 0.39 0.39 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - 0.17 - - - 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...TGGCAAAGGCGACGTCCCAACTAAGAGAC.................................................................................................................................................................................................................................................................................. 29 15 0.33 0.33 - - 0.07 - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - 0.13 - - - - - - - - - - - - - - -
...TGGCAAAGGCGACGTCCCAACTAAGAGACCA................................................................................................................................................................................................................................................................................ 31 10 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................GTGCAGTGATGTGTGA...................................................................................................................................................................................... 16 5 0.20 0.20 - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................GTGTTGTATGTTCCAG.................................................. 16 6 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................GTCCCAACTAAGAGACCACCTGTCCTCC...................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 19 0.16 0.16 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.05 - - - - - - - - - - 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................AAGAGACCACCTGTCCTCCGAGCAG................................................................................................................................................................................................................................................................ 25 18 0.11 0.11 - - 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................TAAGAGACCACCTGTCCTCCGAGCAGt............................................................................................................................................................................................................................................................... 27 t 0.11 0.78 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.06 - - - 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................AAGAGACCACCTGTCCTCCGAGCA................................................................................................................................................................................................................................................................. 24 19 0.11 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............ACGTCCCAACTAAGAGACCACCTGTCCTC....................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 19 0.11 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............CGTCCCAACTAAGAGACCACCTGTCCT........................................................................................................................................................................................................................................................................ 27 19 0.11 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.11 - - - - - - - - -
.................TCCCAACTAAGAGACCACCTGTCCTCCG..................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 19 0.11 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.05 - - - - - - - - - - 0.05 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...TGGCAAAGGCGACGTCCCAACTAAGAGACCAC............................................................................................................................................................................................................................................................................... 32 10 0.10 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - -
................................................................................................................................................................AGCTTTTTAACCCTG................................................................................................................................... 15 13 0.08 0.08 - - - - - - - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............CGACGTCCCAACTAAGAGACCACCTGTC.......................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 14 0.07 0.07 - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........GCGACGTCCCAACTAAGAGACCACC.............................................................................................................................................................................................................................................................................. 25 15 0.07 0.07 - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........AGGCGACGTCCCAACTAAGAGACCACCT............................................................................................................................................................................................................................................................................. 28 15 0.07 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - -
........AAGGCGACGTCCCAACTAAGAGACCACCT............................................................................................................................................................................................................................................................................. 29 15 0.07 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.07
...TGGCAAAGGCGACGTCCCAACTAAGAGACa................................................................................................................................................................................................................................................................................. 30 a 0.07 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - -
...TGGCAAAGGCGACGTCCCAACTAAGAGAaa................................................................................................................................................................................................................................................................................. 30 aa 0.07 0.47 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....GGCAAAGGCGACGTCCCAACTAAGAGACCA................................................................................................................................................................................................................................................................................ 30 15 0.07 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TTTTTAACCCTGAGT................................................................................................................................ 15 15 0.07 0.07 - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....GGCAAAGGCGACGTCCCAACTAAGAGACCAC............................................................................................................................................................................................................................................................................... 31 15 0.07 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - -
...TGGCAAAGGCGACGTCCCAACTAAGAGAt.................................................................................................................................................................................................................................................................................. 29 t 0.07 0.47 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - -
........................TAAGAGACCACCTGTCCTCCGAGCAGGagc............................................................................................................................................................................................................................................................ 30 agc 0.06 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............GACGTCCCAACTAAGAGACCACCTGTCCT........................................................................................................................................................................................................................................................................ 29 17 0.06 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................TAAGAGACCACCTGTCCTCCGAGCAGG............................................................................................................................................................................................................................................................... 27 17 0.06 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......AAAGGCGACGTCCCAACTAAGAGACC................................................................................................................................................................................................................................................................................. 26 18 0.06 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....GGCAAAGGCGACGTCCCAACTAAGAGACC................................................................................................................................................................................................................................................................................. 29 18 0.06 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................AAGAGACCACCTGTCCTCCGAGCAGa............................................................................................................................................................................................................................................................... 26 a 0.06 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................AGACCACCTGTCCTCCGAGCAG................................................................................................................................................................................................................................................................ 22 19 0.05 0.05 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.05 - - - - - - - - - - -
.................TCCCAACTAAGAGACCACCTGTCCTCCGt.................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 t 0.05 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.05 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................ACTAAGAGACCACCTGTCCTCCGAGC.................................................................................................................................................................................................................................................................. 26 19 0.05 0.05 - - - - - - 0.05 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................TCCCAACTAAGAGACCACCTGTCCTCCGc.................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 c 0.05 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.05 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
TGCTGGCAAAGGCGACGTCCCAACTAAGAGACCACCTGTCCTCCGAGCAGGTCAGTGCTTCCCTGCCCGTCCCCCCCACCCCCCAAAGGGAGGATGGTAAGGCAGGCTGTGCAGTGATGTGTGAATTTCTTCACCTGAAAATATTGTGAAGAGTAAATCGAGCTTTTTAACCCTGAGTCGCAGCTTAGTGGAGCTGCATTTTTGTGACTGCAGCAGCCGGAGCACACAGGCAAAGTGGTTGTGTTGTATGTTCCAGGAGTCAATACAGTCACCACCTTGGTGGAGAACAAGAAGGCTCAGCTGGTG
.................................................................................................................(((((..(((((....)))))............((((((((.......)))))))).......))))).............................................................................................................................
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AdultGlobal 5'-RACEread_length: 105. (testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes) 		SRR037897(GSM510433)
ovary_rep2. (ovary) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		SRR037898(GSM510434)
ovary_rep3. (ovary) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR037900(GSM510436)
testes_rep1. (testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		SRR051940(GSM545784)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l+/-). (testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes) 		SRR037899(GSM510435)
ovary_rep4. (ovary) 		GSM509276(GSM509276)
small RNA cloning by length. (testes) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes)
...........................................................................................................................................................................................................................................................................................GAACAAGAAGGCTCAGCTGGTGc 23 c 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..GGCAAAGGCGACGTCCCAACTAAcg....................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 cg 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.GGCAAAGGCGACGTCCCAACTAAGAcgc..................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 cgc 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.CTGGCAAAGGCGACGTCCCAACTAa........................................................................................................................................................................................................................................................................................ 25 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................................TGGTTGTGTTGTATGTTCCAG.................................................. 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................................CCTTGGTGGAGAACAAGAAGGCTCAcg....... 27 cg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
GCTGGCAAAGGCGACGTCCCActtt............................................................................................................................................................................................................................................................................................ 25 cttt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.TGGCAAAGGCGACGTCCCAACTAAaa....................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 aa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................ATACAGTCACCACCTTGGTGGAGAAa................... 26 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....GCAAAGGCGACGTCCCAACTAAGAGACCAt................................................................................................................................................................................................................................................................................ 30 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................TGAATTTCTTCACCTat.......................................................................................................................................................................... 17 at 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......CAAAGGCGACGTCCCAACTAAGAGACCA................................................................................................................................................................................................................................................................................ 28 15 0.13 0.13 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................CTAAGAGACCACCTGTCCTCCGAGCAGG............................................................................................................................................................................................................................................................... 28 17 0.06 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................AACTAAGAGACCACCTGTCCTCCGAGCA................................................................................................................................................................................................................................................................. 28 19 0.05 0.05 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.05 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -