chr2:26241080 26241559 -
(1)
OTHER.ip 		(6)
OTHER.mut 		(6)
PIWI.ip 		(2)
PIWI.mut 		(1)
TDRD1.ip 		(37)
TESTES

Sense strand
AGAAGAAAGCTAAATGAGGTTCAGAGCTTCTCTGAAACTCAAACAGAAATGTATGTAAACTTGTAGTTGGGCATCACCTTAAACCCTCCTCTACCATTCAGGGAACCTGGCTCCACGGGCTGAGGAGCCTTGCTGCTTGTCATCCCTAGACCTAAAGCCGCAGACGCACTTTCCTGCTCTGCTTTAGTCTTTCTAAGACAGTCGGCTGGATTTTGTCTTGGTTGGCAGAGCTTGAGAAAATGGTCTCTGGGCCTTCTATTGGGAGCATAAAGCTACTCGGGCTGGAGGCCATTGACATCCTGTGGCTGCCTGAAGCAGCTGCTCCATCCATAGGTTCTAGTGGGTTTCACCAGCTAATCAGACTAAAGTGCTGTTGGAAGCATTCTTGACAGTGGCCTGGAGTACTTACCTCAGTTTTTCCTCTACTGAGGGTGAGGACACTCGAACGGAAGTTGGAGGCGAAGATGATCAAGGAGGAGA
..........................................................((..(((((.((((...........((((............))))..(((((((.....)))).))).)))).)))))..)).......(((((.......((....))..((((..((((((((.........(((((((((((.....)))..))))))))..))))))))..))))....)))))..........................................................................................................................................................................................................................................
..................................................51.................................................................................................................................................................................................246........................................................................................................................................................................................................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		GSM509276(GSM509276)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		SRR051940(GSM545784)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l+/-). (testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR042485(GSM539877)
mouse testicular tissue [09-002]. (testes) 		SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes)
.....................................................TGTAAACTTGTAGTTGGGCATCACCTT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 27 1 87.00 87.00 28.00 25.00 7.00 10.00 14.00 - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................TGTAAACTTGTAGTTGGGCATCACCTTA............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 17.00 17.00 7.00 7.00 - 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................TGTAAACTTGTAGTTGGGCATCACCT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 26 1 9.00 9.00 3.00 2.00 - 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AACGGAAGTTGGAGGCGAAGATGATC.......... 26 1 8.00 8.00 3.00 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGGACACTCGAACGGAAG............................ 18 1 8.00 8.00 - - - - - 8.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................TTGGTTGGCAGAGCTTGAGA................................................................................................................................................................................................................................................... 20 1 8.00 8.00 - - - - - 8.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CGAACGGAAGTTGGAGGCGAAGATG............. 25 1 5.00 5.00 - 2.00 2.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCGAACGGAAGTTGGAGGCGAAGATG............. 26 1 5.00 5.00 - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CGAACGGAAGTTGGAGGCGAAGATGATC.......... 28 1 5.00 5.00 2.00 - 2.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CGAACGGAAGTTGGAGGCGAAGATGAT........... 27 1 4.00 4.00 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CGAACGGAAGTTGGAGGCGAAGATGA............ 26 1 4.00 4.00 - 1.00 2.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................TAAACTTGTAGTTGGGCATCACCTTA............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 3.00 3.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................TATGTAAACTTGTAGTTGGGCATCACCTT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 29 1 3.00 3.00 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................TATGTAAACTTGTAGTTGGGCATCACCT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 28 1 3.00 3.00 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................TGGTTGGCAGAGCTTGAGAAAATGGTC........................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 3.00 3.00 1.00 - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................TGTATGTAAACTTGTAGTTGGGCATC..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................AACTTGTAGTTGGGCATCACCTTAAACC........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 2.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................TCTACCATTCAGGGAACCTGGCTCCAC............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 27 1 2.00 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................TGTAAACTTGTAGTTGGGCATCACCTTAA.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 29 1 2.00 2.00 - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ACGGAAGTTGGAGGCGAAGATGATC.......... 25 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................TTGGTTGGCAGAGCTTGAGAAAATGGT............................................................................................................................................................................................................................................ 27 1 2.00 2.00 - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................TGAAACTCAAACAGAAATGTATGTAAACT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 1 2.00 2.00 - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................TGTAAACTTGTAGTTGGGCATCACCTTAAA............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 30 1 2.00 2.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................TATGTAAACTTGTAGTTGGGCATCACC.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 27 1 2.00 2.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................TATTGGGAGCATAAAGCTACTCGGGCT..................................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................TCCTCTACCATTCAGGGAACCTGGCTCC.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 28 1 2.00 2.00 - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................TCTGAAACTCAAACAGAAATGTATGTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................TTGGGAGCATAAAGCTACTCGGGCTGG................................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................TTGGTTGGCAGAGCTTGAGAAAATGG............................................................................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................TGTCTTGGTTGGCAGAGCTTGAGAAA................................................................................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................GTTGGCAGAGCTTGgtgc.................................................................................................................................................................................................................................................. 18 gtgc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................TTGTCTTGGTTGGCAGAGCTTGAGAA.................................................................................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................CATTCAGGGAACCTGGCTCCACG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................TAAAGCCGCAGACGCACTTTCCTGCTC............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................TCGGGCTGGAGGCCATTGACATCCTGTGGCTGCC.......................................................................................................................................................................... 34 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................TTGGTTGGCAGAGCTTGAGAAAATGGTC........................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................TGCTCTGCTTTAGTCTTTCTAAGACAGTC..................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................TGTAAACTTGTAGTTGGGCATCAC................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................TGTATGTAAACTTGTAGTTGGGCATCA.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TACTGAGGGTGAGGACACTCGAAC................................. 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGAGGGTGAGGACACTCGAACGGAAGTTGGt....................... 31 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................TGGCAGAGCTTGAGAAAA................................................................................................................................................................................................................................................ 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGAGGGTGAGGACACTCGAACGGAAGT........................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGACATCCTGTGGCTGCCTGAAG..................................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
.....................................................TGTAAACTTGTAGTTGGGCATCACC.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................TCATCCCTAGACCTAAAGCCGCAGACGCAC....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CATTCTTGACAGTGGCCTGGAGTACTT......................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTGAGGACACTCGAACGGAAGTTGG........................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................TAGTCTTTCTAAGACAGTCGGCTGGATT............................................................................................................................................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................................................................TAAAGCTACTCGGGCTGGAGGCCATTGAC........................................................................................................................................................................................ 29 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................TGGCAGAGCTTGAGAAAATGG............................................................................................................................................................................................................................................. 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................TCTCTGAAACTCAAACAGAAATGgtga......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 gtga 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................TCCTCTACCATTCAGGGAACCTGGCTC............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................ATGTAAACTTGTAGTTGGGCATCACCT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................TATTGGGAGCATAAAGCTACTCGGGCTG.................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................AATGTATGTAAACTTGTAGTTGGGCATCACC.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 31 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTGAGGACACTCGAACGG............................... 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AACGGAAGTTGGAGGCGAAGA............... 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................TCCCTAGACCTAAAGCCGCAGACGCACTT..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AACGGAAGTTGGAGGCGAAGATGA............ 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................AACTTGTAGTTGGGCATCACCTTAA.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CGGAAGTTGGAGGCGAAGATGATCA......... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................ATGTAAACTTGTAGTTGGGCATCACCTT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................TACCATTCAGGGAACCTGGCTCCA............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................AAAGCCGCAGACGCACTTTC................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................TAGACCTAAAGCCGCAGACGCACTTTCC.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................CAAACAGAAATGTATGTAAACTTGTAG.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................TCTCTGAAACTCAAACAGAAATGTATGTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................TGAGAAAATGGTCTCTGGGCCTTCTA.............................................................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCCATAGGTTCTAGTGGGTTTCACCAGC.............................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTGAGGACACTCGAACGGAAGTTGGA....................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AACGGAAGTTGGAGGCGAAGATGAT........... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
.................................................TGTATGTAAACTTGTAGTTGGGCATCt.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 t 1.00 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................TATGTAAACTTGTAGTTGGGCATCACCTTt............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 30 t 1.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
......................................................................................................................................................................................................................GTCTTGGTTGGCAGAGCTTGAGA................................................................................................................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................TTGCTGCTTGTCATCCCTAGACCTAAA.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................GCTTCTCTGAAACTCAAACAGAAATGTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGACAGTGGCCTGGAGTACTTACCTCAGT................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................ACCATTCAGGGAACCTGGCTCCACGGGC........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTGAGGACACTCGAACGG............................... 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
.............................................GAAATGTATGTAAACTTGTAGTTGGGC........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................TCTCTGAAACTCAAACAGAAATGTATGT........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................CAGAGCTTCTCTGAAACTCAAACAGAAAT.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................CATTGACATCCTGTGGCTGCCTGAAGC.................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
..................................................................................................................................................TAGACCTAAAGCCGCAGACGCACTTTCCT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................TTGTAGTTGGGCATCACCTTAAACC........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................TCCTCTACCATTCAGGGAACCTGGCT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGACAGTGGCCTGGAGTACTTACCTCA................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCGAACGGAAGTTGGAGGCGAAGAT.............. 25 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGAGGACACTCGAACGGAAGTTGGA....................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................ATCCCTAGACCTAAAGCCGCAGACGC......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................TGGTTGGCAGAGCTTGAGAAAATGGTt........................................................................................................................................................................................................................................... 27 t 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................TCTACCATTCAGGGAACCTGGCTCCA............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................AACTTGTAGTTGGGCATCACCTTAAACCCT......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
........................AGCTTCTCTGAAACTCAAACAGAAAT.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................TCATCCCTAGACCTAAAGCCGCAGACGC......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................GCTTTAGTCTTTCTAAGACAGTCGGCT................................................................................................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
..................................................GTATGTAAACTTGTAGTTGGGCATCACC.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGGACACTCGAACGGAAGTTGG........................ 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGAGGGTGAGGACACTCGAACGGcagt........................... 27 cagt 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTGGCCTGGAGTACTTACC...................................................................... 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGAGGCGAAGATGATCAAGGAGGAG. 26 3 0.67 0.67 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGAAGTTGGAGGCGAAGATGATCAA........ 25 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAAGTTGGAGGCGAAGATGATCAAG....... 25 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33
...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGAAGTTGGAGGCGAAGA............... 18 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
AGAAGAAAGCTAAATGAGGTTCAGAGCTTCTCTGAAACTCAAACAGAAATGTATGTAAACTTGTAGTTGGGCATCACCTTAAACCCTCCTCTACCATTCAGGGAACCTGGCTCCACGGGCTGAGGAGCCTTGCTGCTTGTCATCCCTAGACCTAAAGCCGCAGACGCACTTTCCTGCTCTGCTTTAGTCTTTCTAAGACAGTCGGCTGGATTTTGTCTTGGTTGGCAGAGCTTGAGAAAATGGTCTCTGGGCCTTCTATTGGGAGCATAAAGCTACTCGGGCTGGAGGCCATTGACATCCTGTGGCTGCCTGAAGCAGCTGCTCCATCCATAGGTTCTAGTGGGTTTCACCAGCTAATCAGACTAAAGTGCTGTTGGAAGCATTCTTGACAGTGGCCTGGAGTACTTACCTCAGTTTTTCCTCTACTGAGGGTGAGGACACTCGAACGGAAGTTGGAGGCGAAGATGATCAAGGAGGAGA
..........................................................((..(((((.((((...........((((............))))..(((((((.....)))).))).)))).)))))..)).......(((((.......((....))..((((..((((((((.........(((((((((((.....)))..))))))))..))))))))..))))....)))))..........................................................................................................................................................................................................................................
..................................................51.................................................................................................................................................................................................246........................................................................................................................................................................................................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		GSM509276(GSM509276)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		SRR051940(GSM545784)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l+/-). (testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR042485(GSM539877)
mouse testicular tissue [09-002]. (testes) 		SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes)
................................................................................................................................CTTGCTGCTTGTCATCCCTAGACCTA...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCCTGAAGCAGCTGCTCCATCCATAGGTTCTA............................................................................................................................................. 32 1 2.00 2.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AAGCAGCTGCTCCATCCATAGGTTCTA............................................................................................................................................. 27 1 2.00 2.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTGAGGACACTCGAACGGAAGTTGGA....................... 27 1 2.00 2.00 - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................GATTTTGTCTTGGTTGGCAGAGCTTGAGAAA................................................................................................................................................................................................................................................. 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................CCTGCTCTGCTTTAGTCTTTCTAAGA.......................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................................GAAAATGGTCTCTGGGCCTTCTA.............................................................................................................................................................................................................................. 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................TTTCCTGCTCTGCTTTAGTCTTTCTA............................................................................................................................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTCAGTTTTTCCTCTAC...................................................... 17 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCAGCTGCTCCATCCATAGGTTCTAG............................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAAGCAGCTGCTCCATCCATAGGTggg................................................................................................................................................. 27 ggg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................TCTACCATTCAGGGAACCTGGCTCCA............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................CAGTCGGCTGGATTTTGTCTTGGTTGGCA............................................................................................................................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................CCTGCTCTGCTTTAGTCTTTCTAAGAt.......................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 t 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................AAAATGGTCTCTGGGCCTTCTATTGGGA........................................................................................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
.......................................................................................................................................................................ACTTTCCTGCTCTGCTTTAGTCTTTCTA............................................................................................................................................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GACACTCGAACGggg................................ 15 ggg 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTGAGGGTGAGGACACTCGAACGGAA............................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCCTGAAGCAGCTGCTCCATCCATAGGT................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGCTGCTCCATCCATAGGTTCTAGTG.......................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGGGTGAGGACACTCGAACGGAAGTTGGA....................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AACGGAAGTTGGAGGCGAAGATGATCAA........ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -