(8)
OTHER.mut
(1)
OVARY
(7)
PIWI.ip
(4)
PIWI.mut
(1)
TDRD1.ip
(40)
TESTES

Sense strand
GAAGGAGTGCAAGGAAATCGTGCGTGGCTACAAATGGGCTGAGTACCACGGTGAGGGCGGGGCCTCTGTGCCCTTGGAGGCGGGACGAAGGTTAGGGGCGGGGCCTTACAGTTGCTGGTAGCGGAGTAGTGACTGCTAATATATCATGACTTGTACTAACACATAGCTAGGCTGACCTAGAAACGTCGGGATTTGGGCAGAAAGGAGTGCCATGACTGGGATCTTCTTAATCCCGTCTCTCACTTCGAAAGTGTCTTCTTCCTCCCGTTCATCTTTTTGCCAGCGGGGGAAGGGCTCATCTTCTCTGGGAAAAAGACCACCAAGAGCTGGAGCTTCTGACCCCATATCCAGCCCTAGAGTTCAGTGTGGGGCCAACAAGGGCGGCTAGGGCATATCCTGAGGCCACTCTCCCCACCCCAGCGGACATCTATGACAAAGTGTCAGGCGAGCTGCAAAGGAATGGCTATGAC
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((.((((((...............)))))).))..........((((((......((((.((((.(((.....)))..)))).)))))))))).......................................................
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................321................................................................................................420................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
SRR037897(GSM510433)
ovary_rep2. (ovary)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGACAAAGTGTCAGGCGAGCTGCAAAG............. 27 1 38.00 38.00 14.00 8.00 3.00 1.00 2.00 - - - - 4.00 3.00 - - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
............................TACAAATGGGCTGAGTACCACGcgga................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 26 cgga 29.00 0.00 14.00 6.00 1.00 - 1.00 3.00 - - - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
............................TACAAATGGGCTGAGTACCACGGTG................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 25 1 19.00 19.00 4.00 3.00 1.00 4.00 5.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................TACAAATGGGCTGAGTACCACGcgg................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 25 cgg 15.00 0.00 1.00 2.00 4.00 4.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGACAAAGTGTCAGGCGAGCTGCAAA.............. 26 1 12.00 12.00 5.00 4.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................CCCTTGGAGGCGtggg................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 16 tggg 7.00 0.00 - - - - - - - 3.00 1.00 - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGACAAAGTGTCAGGCGAGCTGCAAAGG............ 28 1 7.00 7.00 2.00 - 2.00 - - - - - - 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................AAATGGGCTGAGTACCACGcgga................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 23 cgga 6.00 0.00 - - - - - - - - - - - 6.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................TAGAAACGTCGGGATTTGGGCAGA............................................................................................................................................................................................................................................................................. 24 1 6.00 6.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - 2.00 - 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................TAGAAACGTCGGGATTTGGGCAGAA............................................................................................................................................................................................................................................................................ 25 1 6.00 6.00 1.00 - 1.00 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................GAAACGTCGGGATTTGGGCAGAAAG.......................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 3.00 3.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGACAAAGTGTCAGGCGAGCTGCAAAGt............ 28 t 3.00 38.00 - 1.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................AGAAACGTCGGGATTTGGGCAGAAAG.......................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 3.00 3.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.AAGGAGTGCAAGGAAATCGTGCGT............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 24 1 3.00 3.00 - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................TACAAATGGGCTGAGTACCACGGgt................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 25 gt 2.00 0.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GACAAAGTGTCAGGCGAGCTGCAAAG............. 26 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......TGCAAGGAAATCGTGCGTGGCTACAAA.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
........................................................................................................................................TAATATATCATGACTTGTACTAACACA................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................TGACCTAGAAACGTCGGGATTTGGGCA............................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......TGCAAGGAAATCGTGCGTGGCTACAA..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................TGGGCTGAGTACCACGGTGAGGGCGG.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................AGAAACGTCGGGATTTGGGCAGAAAGGA........................................................................................................................................................................................................................................................................ 28 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TAGCTAGGCTGACCTAGAAACGTCGGGA....................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 2.00 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............GGAAATCGTGCGTGGCTACAAATGG................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 25 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................TACAGTTGCTGGTAGCGGAGTAGTG................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
............................TACAAATGGGCTGAGTACCACGGT.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 24 1 2.00 2.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCAGGCGAGCTGCAAAGGAATGGCTAT... 27 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................TACAGTTGCTGGTAGCGGA......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 19 1 2.00 2.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TATGACAAAGTGTCAGGCGAGCTGCA................ 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GACAAAGTGTCAGGCGAGCTGCAAAGG............ 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................AGGCTGACCTAGAAACGTCGG......................................................................................................................................................................................................................................................................................... 21 1 2.00 2.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...GGAGTGCAAGGAAATCGTGCGTGGCTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................TACAAATGGGCTGAGTACCACGGgtt................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 26 gtt 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................TCTTTTTGCCAGCGGGGGAAGGGCTC............................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................TACAAATGGGCTGAGTACCACGcggt................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 26 cggt 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TATGACAAAGTGTCAGGCGAGCTGCAAA.............. 28 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGGCGAGCTGCAAAGGAATGGCTt.... 24 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ACCACCAAGAGCTGGAGCTTCTGAC.................................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TATGACAAAGTGTCAGGCGAGCTGCAAAGt............ 30 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
.....................................................................................................................................................................................AACGTCGGGATTTGGGCAG.............................................................................................................................................................................................................................................................................. 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................TCATCTTTTTGCCAGCGGGGGAAGGGCTC............................................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................GCTACAAATGGGCTGAGTACCAC..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGGAAAAAGACCACCAAGAGCTGGAGC......................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................TACAAATGGGCTGAGTACCACGGgtta............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 gtta 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........AGGAAATCGTGCGTGGCTACAAATGGGC............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................CAGAAAGGAGTGCCATGACTGGGAT........................................................................................................................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................TGCGTGGCTACAAATGGGCTGAGTACC....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00
............................TACAAATGGGCTGAGTACCACGGTc................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 25 c 1.00 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGACAAAGTGTCAGGCGAGCTGCAAAtt............ 28 tt 1.00 12.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................TGCTGGTAGCGGAGTAGTGACTG............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......TGCAAGGAAATCGTGCGTGGCTACA...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ACATCTATGACAAAGTGTCAGGCGAGCT................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................TAGAAACGTCGGGATTTGGGCAGAAt........................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 t 1.00 6.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGACAAAGTGTCAGGCGAGCT................... 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................TACAAATGGGCTGAGTACCACacgg................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 25 acgg 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CCAACAAGGGCGGCTAGGGCATATC.......................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......TGCAAGGAAATCGTGCGTGGC.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCCAACAAGGGCGGtgg................................................................................... 18 tgg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................AGGCTGACCTAGAAACGT............................................................................................................................................................................................................................................................................................ 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGACAAAGTGTCAGGCGAGCTGCAAAGGA........... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGAGTTCAGTGTGGGGCCAACAAa........................................................................................... 25 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCTATGACAAAGTGTCAGGCGAGCTG.................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CCAAGAGCTGGAGCTTCTGACCCCATATCC......................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................GGCTACAAATGGGCTGAGTACCACGcgg................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 28 cgg 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCCCTAGAGTTCAGTGTGGGGCCAAC.............................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................AATGGGCTGAGTACCACGGTGAGGGa............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 26 a 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................ACGAAGGTTAGGGGatcg................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 18 atcg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................GCGTGGCTACAAATGGGCTGAG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 22 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGACAAAGTGTCAGGCGAGCTGCAAAGta........... 29 ta 1.00 38.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............GGAAATCGTGCGTGGCTACAAATG.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 24 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................GGCTACAAATGGGCTGAGTACCACGc................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 c 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...GGAGTGCAAGGAAATCGTGCGTGGCT......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................TACAAATGGGCTGAGTACCACGGTGAG............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........AGGAAATCGTGCGTGGC.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 17 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GACAAAGTGTCAGGCGAGCTGCcaag............. 26 caag 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................AGTGCCATGACTGGGATCTTCTTA................................................................................................................................................................................................................................................. 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......TGCAAGGAAATCGTGCGTGGCTACAAAT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....AGTGCAAGGAAATCGTGCGTGGCTACA...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......TGCAAGGAAATCGTGCGTGGCTAtaaa.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 taaa 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................TACAAATGGGCTGAGTACCACGGg.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 24 g 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................TGGCTACAAATGGGCTGAGTACCACGG................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TAGCTAGGCTGACCTAGAAACGTCGGG........................................................................................................................................................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................GAAACGTCGGGATTTGGGCAGAAAGGt........................................................................................................................................................................................................................................................................ 27 t 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................TAATCCCGTCTCTCACTTCGAAAGTGTC....................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................GACTGCTAATATcgg..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 15 cgg 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................GTGCGTGGCTACAAATGt................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 18 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
....................................................................................................................................................................................AAACGTCGGGATTTGGGCAGAAAGGA........................................................................................................................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTCAGTGTGGGGCCAACAAGGGCGGCT.................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGACAAAGTGTCAGGCGAGCTGCAAAt............. 27 t 1.00 12.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGACAAAGTGTCAGGCGAGCTGCAAgt............. 27 gt 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................TATATCATGACTTGTACTAACACATAGC............................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................GAAACGTCGGGATTTGGGCAGAAAGG......................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
.................................ATGGGCTGAGTACCACGGTGA................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 21 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................GTGCGTGGCTACAAATGGGCTGAGTAC........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
......GTGCAAGGAAATCGTGCGTGGCTAC....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
GAAGGAGTGCAAGGAAATCGTGCGTGGCTACAAATGGGCTGAGTACCACGGTGAGGGCGGGGCCTCTGTGCCCTTGGAGGCGGGACGAAGGTTAGGGGCGGGGCCTTACAGTTGCTGGTAGCGGAGTAGTGACTGCTAATATATCATGACTTGTACTAACACATAGCTAGGCTGACCTAGAAACGTCGGGATTTGGGCAGAAAGGAGTGCCATGACTGGGATCTTCTTAATCCCGTCTCTCACTTCGAAAGTGTCTTCTTCCTCCCGTTCATCTTTTTGCCAGCGGGGGAAGGGCTCATCTTCTCTGGGAAAAAGACCACCAAGAGCTGGAGCTTCTGACCCCATATCCAGCCCTAGAGTTCAGTGTGGGGCCAACAAGGGCGGCTAGGGCATATCCTGAGGCCACTCTCCCCACCCCAGCGGACATCTATGACAAAGTGTCAGGCGAGCTGCAAAGGAATGGCTATGAC
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((.((((((...............)))))).))..........((((((......((((.((((.(((.....)))..)))).)))))))))).......................................................
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................321................................................................................................420................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
SRR037897(GSM510433)
ovary_rep2. (ovary)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
........................TGGCTACAAATGGGCTGAGT.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 20 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CAGCCCTAGAGTTCAGa.......................................................................................................... 17 a 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................GTCTTCTTCCTCCCGTTCATCTTTTTGC.............................................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTGTCAGGCGAgcga...................... 15 gcga 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCGGCTAGGGCATtgga............................................................................. 18 tgga 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............GGAAATCGTGCGTGGCTACAAATGGGCT.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................CTTCTTCCTCCCGTTCAT...................................................................................................................................................................................................... 18 2 0.50 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -