(1)
OTHER.ip
(9)
OTHER.mut
(5)
OVARY
(4)
PIWI.ip
(2)
PIWI.mut
(1)
TDRD1.ip
(35)
TESTES

Sense strand
AGGCTCTGGAGAAGTACGGGAAGGATTTCAATGATATCCGCCAGGACTTTGTAAGTGAACAGGACTAGGAGGAGGGAGAACGACGATGGAGCTAGGATCACATGCCATCTCATCCTGTTTGCTGTTCTTTTTAGCTACCCTGGAAGTCACTTGCAAGCATAGTCCAGTTTTATTACATGTGGAA


Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR037898(GSM510434)
ovary_rep3. (ovary)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
SRR042486(GSM539878)
mouse ovaries [09-002]. (ovary)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes)
SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
SRR037897(GSM510433)
ovary_rep2. (ovary)
SRR037903(GSM510439)
testes_rep4. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes)
SRR037899(GSM510435)
ovary_rep4. (ovary)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
..................................................GTAAGTGAACAGGACTAGGAGGAGG............................................................................................................. 25 1 9.00 9.00 - - 3.00 - 1.00 - - 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00
.........................................................................................................................................CCCTGGAAGTCACTTGCAAG........................... 20 1 8.00 8.00 - - - 8.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTAAGTGAACAGGACTAGGAGGAGGG............................................................................................................ 26 1 4.00 4.00 - - 1.00 - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......GGAGAAGTACGGGAAGGATTTCAATGA...................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........AAGTACGGGAAGGATTTCAATGATAT................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........AGAAGTACGGGAAGGATTTCAATGA...................................................................................................................................................... 25 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................TGGAAGTCACTTGCAAGCATAGTCCAG................. 27 1 2.00 2.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................TTGCAAGCATAGTCCAGTTTTATTACATGT.... 30 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................TGGAAGTCACTTGCAAGCATAGT..................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
..................................................GTAAGTGAACAGGACTAGGA.................................................................................................................. 20 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........AGAAGTACGGGAAGGATTTCAATGATA.................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........AGAAGTACGGGAAGGATTTCAATG....................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....CTGGAGAAGTACGGGAAGGATTTCAA......................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................AGGAGGGAGAACGACGATGGAGCTA.......................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................TGGAAGTCACTTGCAAGCATAGTCCAGTTTT............. 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................TGCAAGCATAGTCCAGTTTTATTACATGTG... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................TACCCTGGAAGTCACTTGCAAGCATAGTC.................... 29 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................TGAACAGGACTAGGAGGAGGGAGAACGA..................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................AGGACTAGGAGGAGGGAGAACGA..................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......GGAGAAGTACGGGAAGGATTTCAAT........................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........GAGAAGTACGGGAAGGATTTCAATGA...................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................TTGCAAGCATAGTCCAGTTTTATTACAT...... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................TGCAAGCATAGTCCAGTTTTATTACATGT.... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTAAGTGAACAGGACTAGGAGGAGGGA........................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................TGGAAGTCACTTGCAAGCATAGTC.................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................CTGGAAGTCACTTGCAAGCATAGTCC................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
..................................................GTAAGTGAACAGGACTAGGAGGAGGGAG.......................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTAAGTGAACAGGACTAGGAGGAGGGt........................................................................................................... 27 t 1.00 4.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................TTGCAAGCATAGTCCAGTTTTATTACATG..... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
.....................AGGATTTCAATGATATCCGCCAGG........................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
.......GGAGAAGTACGGGAAGGATTTCA.......................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
............................................................................................................................................TGGAAGTCACTTGCAAGCA......................... 19 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................AGTGAACAGGACTAGGAGGAGGGAGA......................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................TTTCAATGATATCCGCCAGGACTTTct.................................................................................................................................... 27 ct 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTAAGTGAACAGGACTAGGAGGAGt............................................................................................................. 25 t 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTAAGTGAACAGGACTAGGAGGAGGGAt.......................................................................................................... 28 t 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............AGTACGGGAAGGATTaa........................................................................................................................................................... 17 aa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
.................................................TGTAAGTGAACAGGACTAGGAGG................................................................................................................ 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................TACCCTGGAAGTCACTTGCAAGCATAGTa.................... 29 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
......TGGAGAAGTACGGGAAGGATTTCA.......................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
AGGCTCTGGAGAAGTACGGGAAGGATTTCAATGATATCCGCCAGGACTTTGTAAGTGAACAGGACTAGGAGGAGGGAGAACGACGATGGAGCTAGGATCACATGCCATCTCATCCTGTTTGCTGTTCTTTTTAGCTACCCTGGAAGTCACTTGCAAGCATAGTCCAGTTTTATTACATGTGGAA


Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR037898(GSM510434)
ovary_rep3. (ovary)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
SRR042486(GSM539878)
mouse ovaries [09-002]. (ovary)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes)
SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
SRR037897(GSM510433)
ovary_rep2. (ovary)
SRR037903(GSM510439)
testes_rep4. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes)
SRR037899(GSM510435)
ovary_rep4. (ovary)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
........AGTACGGGAAGGATTacca............................................................................................................................................................. 19 acca 50.00 0.00 8.00 18.00 - - - 1.00 - - 2.00 4.00 3.00 3.00 - 4.00 2.00 - - 2.00 - - 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
........AGTACGGGAAGGATTTacca............................................................................................................................................................ 20 acca 25.00 0.00 5.00 1.00 1.00 - - 7.00 - - 2.00 - 1.00 1.00 - - 2.00 1.00 - 1.00 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........AGTACGGGAAGGATacca.............................................................................................................................................................. 18 acca 12.00 0.00 7.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - 1.00 - - - -
..........AGTACGGGAAGGATTTac............................................................................................................................................................ 18 ac 7.00 0.00 5.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
.........AGTACGGGAAGGATTacc............................................................................................................................................................. 18 acc 6.00 0.00 5.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........AGTACGGGAAGGATTTacc............................................................................................................................................................ 19 acc 6.00 0.00 3.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................TAGGAGGAGGGAGAACtc....................................................................................................... 18 tc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........AGTACGGGAAGGATTccc............................................................................................................................................................. 18 ccc 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........AGTACGGGAAGGATTaaca............................................................................................................................................................. 19 aaca 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........AGTACGGGAAGGATTTCacca........................................................................................................................................................... 21 acca 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -