chr19:8788193 8788442 -
(1)
OTHER.ip 		(8)
OTHER.mut 		(1)
OVARY 		(7)
PIWI.ip 		(1)
PIWI.mut 		(36)
TESTES

Sense strand
AGACTTCTCTGCATCTCTTTAAGAGGCGGACCGGGGCGGAGTCCTGGGTCACTTCCCCGCCGCCACACCCGCCCAGCGGCAGAAGCAGTTAGGAAGCTCTGCTAGCCTCACGGCCACGGGACGCCTCTCTGAACGGGGATCCAGGCAGGATTAGAGCTGCCTCACTGACTACAGGCCGTGTCGTGTCACCGTTTCTGCAGGCACCATGAGCCAGGACACCGAAGTGGACATGAAAGATGTGGAGCTGAAC
...........................................................................(((((((.(((.........)))))))).)).((...(((...(((..((((.......)))).))).)))..))....................................................................................................
...........................................................................76...............................................................................157...........................................................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		SRR042486(GSM539878)
mouse ovaries [09-002]. (ovary) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		SRR051941(GSM545785)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l-/-). (mov10L testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
...............................................................................................................................TCTGAACGGGGATCCAGGCAGGATTA................................................................................................. 26 1 67.00 67.00 28.00 24.00 - 3.00 3.00 4.00 - 1.00 1.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................TGAGCCAGGACACCGAAGTGGACATG.................. 26 1 63.00 63.00 22.00 7.00 12.00 5.00 7.00 4.00 - 2.00 - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - -
..............................................................................................................................................................................................................TGAGCCAGGACACCGAAGTGGACATGA................. 27 1 27.00 27.00 5.00 7.00 1.00 6.00 3.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
.................................................................................................................................TGAACGGGGATCCAGGCAGGATTAGAGC............................................................................................. 28 1 15.00 15.00 3.00 4.00 1.00 - - - - 2.00 4.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................TCTGAACGGGGATCCAGGCAGGATTAGA............................................................................................... 28 1 13.00 13.00 6.00 1.00 - 3.00 - 1.00 - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................TCTCTGAACGGGGATCCAGGCAGGATT.................................................................................................. 27 1 10.00 10.00 4.00 1.00 - 1.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................TCTGAACGGGGATCCAGGCAGGATTAGAGC............................................................................................. 30 1 9.00 9.00 - - - - - - - 1.00 - 6.00 - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................TCTGAACGGGGATCCAGGCAGGATTAG................................................................................................ 27 1 8.00 8.00 2.00 3.00 - - 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................TGAGCCAGGACACCGAAGTGGACATGAA................ 28 1 7.00 7.00 1.00 3.00 - 1.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................TGAGCCAGGACACCGAAGTGGACATGAAA............... 29 1 7.00 7.00 1.00 1.00 1.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................TGAACGGGGATCCAGGCAGGATTAGAGCT............................................................................................ 29 1 7.00 7.00 - - - 4.00 - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00
..............................................................................................................................................................................................................TGAGCCAGGACACCGAAGTGGACATGt................. 27 t 6.00 63.00 2.00 2.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................GCTCTGCTAGCCTCACGG......................................................................................................................................... 18 1 6.00 6.00 - - 2.00 - - - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................TGAGCCAGGACACCGAAGTGGACAT................... 25 1 6.00 6.00 - 2.00 1.00 - 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................GTTAGGAAGCTCTGCTAG................................................................................................................................................. 18 1 5.00 5.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 5.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................AGAAGCAGTTAGGAAGCTCTG..................................................................................................................................................... 21 1 5.00 5.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - 2.00 - 1.00 - - - - - 1.00 - - - -
...............................................................................................................................TCTGAACGGGGATCCAGGCAGGATT.................................................................................................. 25 1 5.00 5.00 - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................GCCACGGGACGCCTCTCTGAACGGGG................................................................................................................ 26 1 5.00 5.00 - - - - - - - - - - 5.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................TAGGAAGCTCTGCTAGCCTCACGGCCAC..................................................................................................................................... 28 1 5.00 5.00 - 3.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................TAGAGCTGCCTCACTGACTACAGGCCG........................................................................ 27 1 4.00 4.00 - - - - - - - - - - - 1.00 2.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................TGAGCCAGGACACCGAAGTGGAC..................... 23 1 4.00 4.00 1.00 - 2.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................TGAACGGGGATCCAGGCAGGATTAGA............................................................................................... 26 1 4.00 4.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................TAGGAAGCTCTGCTAGCCTCACGGCCA...................................................................................................................................... 27 1 3.00 3.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - -
...............................................................................................GCTCTGCTAGCCTCACGGCCACGG................................................................................................................................... 24 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................GCTCTGCTAGCCTCACGGC........................................................................................................................................ 19 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................TGAGCCAGGACACCGAAGTGGACAa................... 25 a 3.00 1.00 - 1.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................TGAGCCAGGACACCGAAGTGGACATGAAAG.............. 30 1 3.00 3.00 - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................TGGACATGAAAGATGTGGAGCTGA.. 24 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................TGAGCCAGGACACCGAAGTGGACATGAAAGt............. 31 t 3.00 3.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................TGCTAGCCTCACGGCCACGGGACGCC............................................................................................................................. 26 1 3.00 3.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................GTGGACATGAAAGATGT.......... 17 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................TGCTAGCCTCACGGCCACGGGACGCCTCT.......................................................................................................................... 29 1 2.00 2.00 - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................TGAACGGGGATCCAGGCAGGATTAGAGa............................................................................................. 28 a 2.00 2.00 - - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................TTCTGCAGGCACCATGAGCCAGGAC................................. 25 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................TGAGCCAGGACACCGAAGTGGACATGtat............... 29 tat 2.00 63.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................TTCTGCAGGCACCATGAGCCAGGACACC.............................. 28 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........TGCATCTCTTTAAGAGGCGGACCGGGG...................................................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................CACGGCCACGGGACGCCTCTCTGAACGGGGATCCA........................................................................................................... 35 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................TTCTGCAGGCACCATGAGCCAGGACAC............................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................TGAACGGGGATCCAGGCAGGATTAGAG.............................................................................................. 27 1 2.00 2.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................CTCTGAACGGGGATCCAGGCAG...................................................................................................... 22 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................AGAAGCAGTTAGGAAGCTCT...................................................................................................................................................... 20 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................TCTGAACGGGGATCCAGGCAGGATTAGt............................................................................................... 28 t 2.00 8.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................TGCCTCACTGACTACAGGCCGTGTCG................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................AAGCTCTGCTAGCCTCACGG......................................................................................................................................... 20 1 2.00 2.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................TGAGCCAGGACACCGAAGTGGACATGAt................ 28 t 2.00 27.00 - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................AGTTAGGAAGCTCTGCTAGC................................................................................................................................................ 20 1 2.00 2.00 - - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................TAGAGCTGCCTCACTGACTACAGGCCGT....................................................................... 28 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................AGTGGACATGAAAGATGTGGAG...... 22 1 2.00 2.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................TTTCTGCAGGCACCATGAGCCAGGAC................................. 26 1 2.00 2.00 - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................ACGGGACGCCTCTCTGAAC.................................................................................................................... 19 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................TTCTGCAGGCACCATGAGCCAGGA.................................. 24 1 2.00 2.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................TAGGAAGCTCTGCTAGCCTCACGGCCAt..................................................................................................................................... 28 t 1.00 3.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................GTGGACATGAAAGAgcat......... 18 gcat 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................TAGGAAGCTCTGCTAG................................................................................................................................................. 16 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................CTCTGAACGGGGATCCAGGC........................................................................................................ 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................AGCCAGGACACCGAAGTGGACATGA................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................CAGGCAGGATTAGAGCTt........................................................................................... 18 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
...................................................................................................TGCTAGCCTCACGGCCACGGGACGCCTg........................................................................................................................... 28 g 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................TGAACGGGGATCCAGGCAGGATTAGAGCTGC.......................................................................................... 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................GCTCTGCTAGCCTCACG.......................................................................................................................................... 17 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................AGCTGCCTCACTGACTACAGGCCG........................................................................ 24 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................TGACTACAGGCCGTGTCGTGTCACCGTT......................................................... 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................AGAAGCAGTTAGGAAGCTCTGa.................................................................................................................................................... 22 a 1.00 5.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................TGCAGGCACCATGAGCCAGGACACCGA............................ 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................CAGGATTAGAGCTGCCTCACTGACTACAGGC.......................................................................... 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................TCTGAACGGGGATCCAGGCAGGATTAGAG.............................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................CCACGGGACGCCTCTCTGAACGGGGA............................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................GCCTCTCTGAACGGGGATCCAGGC........................................................................................................ 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................GGACGCCTCTCTGAACGGGG................................................................................................................ 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................TGCTAGCCTCACGGCCACGGGACGCCTC........................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................TGAGCCAGGACACCGAAGTGGACAaga................. 27 aga 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......TCTGCATCTCTTTAAGAGGCGGACCGa........................................................................................................................................................................................................................ 27 a 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................CGCCTCTCTGAACGGGGATCCAGG......................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................TGGACATGAAAGATGTGGAGCTGAAC 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................GGATTAGAGCTGCCTCACTGACTACAG............................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................TCTCTGAACGGGGATCCAG.......................................................................................................... 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................ACACCGAAGTGGACATGAAAGATGTGGA....... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................TTAGAGCTGCCTCACTGACTACAGGCCG........................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................GAACGGGGATCCAGGCAGGATTAGAGCT............................................................................................ 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................AGTTAGGAAGCTCTGCTAGCCTCACGG......................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................CCGTTTCTGCAGGCACCATGAGCCAGG................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................AGGCAGGATTAGAGCTGC.......................................................................................... 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
.......................................................................................................................GACGCCTCTCTGAACGGGGATCCAGGC........................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................TGAGCCAGGACACCGAAGTGGACATGttt............... 29 ttt 1.00 63.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................CCGTGTCGTGTCACCGTTTCTGCAGG................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................TGCAGGCACCATGAGCCAGGACACCGAA........................... 28 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................GAAGTGGACATGAAAGATGTGGAGCTGAA. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................TCTGAACGGGGATCCAGGCcg...................................................................................................... 21 cg 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................TGCAGGCACCATGAGCCAGGACACCGAAt.......................... 29 t 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................CAGGACACCGAAGTGGACATGAAAGATGTGGAG...... 33 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................TCTGAACGGGGATCCAGGCAGGATTAGAGCT............................................................................................ 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................CCAGGACACCGAAGTGGACATGAA................ 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................TGAGCCAGGACACCGAAGTGGACATGAAAt.............. 30 t 1.00 7.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................GACACCGAAGTGGACATGAAc............... 21 c 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................CAGTTAGGAAGCTCTGC.................................................................................................................................................... 17 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................CTCTGCTAGCCTCACGGCCACGGGA................................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................TAGGAAGCTCTGCTAGC................................................................................................................................................ 17 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................GCTGCCTCACTGACTACAGGCCGTG...................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......TCTGCATCTCTTTAAGAGGCGGACCGGG....................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................ATGAAAGATGTGGAGCTG... 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................ACGGGACGCCTCTCTGAACGGGGAT.............................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................CTGAACGGGGATCCAGGCAGGATT.................................................................................................. 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................TAGGAAGCTCTGCTAGCCTCACGGCCACGGG.................................................................................................................................. 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................ACGGCCACGGGACGCCTCTCTGA...................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................AGAAGCAGTTAGGAAGCTCTGCTAGCCTC............................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................CGCCTCTCTGAACGGGGATCCAGGCAGGATTAGAG.............................................................................................. 35 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................AAGCAGTTAGGAAGCTCTGC.................................................................................................................................................... 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................TGACTACAGGCCGTGTCGTGTCACCGT.......................................................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................TGAGCCAGGACACCGAAGTGGACATt.................. 26 t 1.00 6.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................CTCTGCTAGCCTCACGGCCACG.................................................................................................................................... 22 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................GCTCTGCTAGCCTCACGGa........................................................................................................................................ 19 a 1.00 6.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................AGGCCGTGTCGTGTCACCGTTT........................................................ 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
......................................................................................AGTTAGGAAGCTCTGCTAGCCT.............................................................................................................................................. 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................CGAAGTGGACATGAAAGATGTGGAGCTGAAC 31 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................TCTCTGAACGGGGATCCAGGCAGGATTA................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................TTAGAGCTGCCTCACTGACTACAGGCC......................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................GACACCGAAGTGGACATGAAAGATGTG......... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
................................................................................AGAAGCAGTTAGGAAGCTCTGC.................................................................................................................................................... 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................CTGAACGGGGATCCAGGCAGGATTAGAGCTa........................................................................................... 31 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................TCTGAACGGGGATCCAGGCAGGATTt................................................................................................. 26 t 1.00 5.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................CTCTGCTAGCCTCACGG......................................................................................................................................... 17 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................CCATGAGCCAGGACACCGAAGTGGACA.................... 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................AGAAGCAGTTAGGAAGCTCTGCTAG................................................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................AGAAGCAGTTAGGAAGCTCTGCTAGCCTCAC........................................................................................................................................... 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................TGAACGGGGATCCAGGCAGGATTAGtat............................................................................................. 28 tat 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................AGTGGACATGAAAGATGTGGAGCT.... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................AGAGGCGGACCGGtctt.................................................................................................................................................................................................................... 17 tctt 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................CAGAAGCAGTTAGGAAGCTCTG..................................................................................................................................................... 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................AGCCTCACGGCCACGGGACGCCTCTCTGAACGGGGATC............................................................................................................. 38 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................TGAGCCAGGACACCGAAGTGGACA.................... 24 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................ACGCCTCTCTGAACGGGGATCCAGGCA....................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................GACGCCTCTCTGAACGGGGATCCAGGCA....................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................AGCCAGGACACCGAAGTGGACATGAA................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................TGTCACCGTTTCTGCAGGCACCATGAG........................................ 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................CGTTTCTGCAGGCACCATGAGCCAGGACA................................ 29 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................GAGCCAGGACACCGAAGTGGACATGAAAGATGT.......... 33 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................AGAAGCAGTTAGGAAGCTCTGCTAGCCTCA............................................................................................................................................ 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
......................................................................................................................................................TTAGAGCTGCCTCACTGACTACAGGC.......................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................CGGGACGCCTCTCTGAACGGGGA............................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................TGAACGGGGATCCAGGCAGGATTAtagc............................................................................................. 28 tagc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................CACTGACTACAGGCCGTGTCGTG................................................................. 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................GGGACGCCTCTCTGAACGGGG................................................................................................................ 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................GCCTCTCTGAACGGGGATCCA........................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................TGAGCCAGGACACCGAAGTGGACATGgaag.............. 30 gaag 1.00 63.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................ACGCCTCTCTGAACGGGGATCCAGGCAGGAT................................................................................................... 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................GGACGCCTCTCTGAAC.................................................................................................................... 16 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................GCCAGGACACCGAAGTGGACATGAAAG.............. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................AGTTAGGAAGCTCTGCTAGCCTCACGGC........................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................AGCCTCACGGCCACGGGACGCCTCTCTGAA..................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................TTCTGCAGGCACCATGAGCCAGGACA................................ 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................AGGACACCGAAGTGGACATGAAAGATGT.......... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................TGTCACCGTTTCTGCAGGCACCATGAGC....................................... 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................CTGAACGGGGATCCAGGCAGG..................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................TGAGCCAGGACACCGAAGTGGACATGAtt............... 29 tt 1.00 27.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................TGAGCCAGGACACCGAAGTGGACATGAAAGA............. 31 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................AGGCCGTGTCGTGTCACCG........................................................... 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................CACGGGACGCCTCTCTGAACGGGG................................................................................................................ 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................AGTTAGGAAGCTCTGCTAGCCTCA............................................................................................................................................ 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................AGGACACCGAAGTGGACATGAAAGATG........... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................TGAAAGATGTGGAGCTGAAC 20 2 0.50 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................TGAAAGATGTGGAGCTGAACaa 22 aa 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - -
.........................................................................................................CCTCACGGCCACGGG.................................................................................................................................. 15 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................AGTTAGGAAGCTCTG..................................................................................................................................................... 15 16 0.06 0.06 - - - - - - - - 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
AGACTTCTCTGCATCTCTTTAAGAGGCGGACCGGGGCGGAGTCCTGGGTCACTTCCCCGCCGCCACACCCGCCCAGCGGCAGAAGCAGTTAGGAAGCTCTGCTAGCCTCACGGCCACGGGACGCCTCTCTGAACGGGGATCCAGGCAGGATTAGAGCTGCCTCACTGACTACAGGCCGTGTCGTGTCACCGTTTCTGCAGGCACCATGAGCCAGGACACCGAAGTGGACATGAAAGATGTGGAGCTGAAC
...........................................................................(((((((.(((.........)))))))).)).((...(((...(((..((((.......)))).))).)))..))....................................................................................................
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Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		SRR042486(GSM539878)
mouse ovaries [09-002]. (ovary) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		SRR051941(GSM545785)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l-/-). (mov10L testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
......................................................................................................................................................................GACTACAGGCCGTGTCGTGTCACCGTT......................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................GCTGCCTCACTGACTACAGGCCGTGTC.................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................CTCTGAACGGGGATCCAGGCAGGATTA................................................................................................. 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................GGACCGGGGCGGAGTCCTGGGTCA....................................................................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................ACACCCGCCCAGCGGCAGAAGCAGTTA............................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................GAGCTGCCTCACTGACTACAGGCCGTG...................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................GCTGCCTCACTGACTACAGGCCGTGTCGT.................................................................. 29 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................CACCGTTTCTGCAGGCACCATGAGCCA..................................... 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................CACGGCCACGGGACGCCTCTCTGAA..................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................TCTGAACGGGGATCCAGGCAGGATTA................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................AGCCTCACGGCCACGGGACGCCTCTCTGA...................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................GACGCCTCTCTGAACGGGGATCCAGGCA....................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................TCACTGACTACAGGCCGTGTCGTGTCA.............................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................GCTGCCTCACTGACTACAGGCCGTGT..................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................GCCGTGTCGTGTCACCGTTTCTGC.................................................... 24 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................CACTGACTACAGGCCGTGTCGTGTCA.............................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -