chr17:36000531 36001106 +
(8)
OTHER.mut 		(1)
OVARY 		(6)
PIWI.ip 		(3)
PIWI.mut 		(1)
TDRD1.ip 		(35)
TESTES

Sense strand
GCGTCCTTCAGAGGTCGCTCTATGTGGCGTGCACAGCCCTGGCCTTGCAGGTATGAGGCCTGGCCAAGGGAGACTGGTGGAACCGAAAGAACATGCAGAGCTCAGCCTCCATCCCTCCTGGGCATATTCTCCTATCAGCAAAGCTGTATATATTTGACATTCCCCAGCACACTAAGAGAGTCTCACCTTTGCAACATTGTTCATGTTTTATTGCTTCAGCTCTGAATTCCTCCCGGGTTCTTATCCTACAACCTCCCTAGGCCTCACAATAGCACTTGTCTTCCAGTTGGTATTCTCATGGATGTTTGGCATAGGCTAGTTGAGTGATTATTATCCACCAGCCCCCATCCCGTCCAGTCTCCAAAAAATCCTGTGTAGGGATGGGCCATCTTCATGTCCTTGGTACCCCTCCCAGAACCCTCCACATGGTAAATATTTACTGTTTATACCTGTCGGAAAGAGTCCTCGTAGGTTATTGTGGGGCAAGGGAGACCACTGGTGTGCCCAGTCTCTCATCTTTCCCCAGTTGGTGATGCGGTACTGGGAGACTACACCCAGAGGCCCAGTGTTATGGGA
...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(((((....)))))......(((((..(((.....)))...))))).....(((((.((((((((..(((((.....))))).)))).)))).)))))...................................................
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................427................................................................................................526................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR037897(GSM510433)
ovary_rep2. (ovary) 		SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) 		SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
..........................................................................TGGTGGAACCGAAAGAACATGCAGAGC........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 29.00 29.00 8.00 3.00 6.00 1.00 1.00 2.00 - - 7.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................TGGTGGAACCGAAAGAACATGCAGAGCTC......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 1 9.00 9.00 1.00 2.00 2.00 - 2.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGTATTCTCATGGATGTTTGGCATA....................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 8.00 8.00 1.00 1.00 1.00 - - - 4.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TATTTACTGTTTATACCTGTCGGAAA..................................................................................................................... 26 1 6.00 6.00 1.00 1.00 3.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................TGGTGGAACCGAAAGAACATGCAGAG............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 26 1 5.00 5.00 2.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGATGTTTGGCATAGGCTAGTTGA............................................................................................................................................................................................................................................................. 25 1 3.00 3.00 1.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......TCAGAGGTCGCTCTATGTGGCGTGC................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 25 1 3.00 3.00 - - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................TGGAACCGAAAGAACATGCAGAGCTC......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 3.00 3.00 1.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCTCATGGATGTTTGGCATAGGCTAGTT............................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 3.00 3.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGATGTTTGGCATAGGCTAGTTGAG............................................................................................................................................................................................................................................................ 26 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................TGGAACCGAAAGAACATGCAGAGCTCA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 27 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................TGAGGCCTGGCCAAGGGAGACTGGTG................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 26 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................TGGAACCGAAAGAACATGCAGAGCTCAGC...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 1 2.00 2.00 - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................TGGTGGAACCGAAAGAACATGCAGA............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 25 1 2.00 2.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................TGGAACCGAAAGAACATGCAGAGCTCAG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 2.00 2.00 - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................GTGGAACCGAAAGAACATGCAGAGCTCA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 28 1 2.00 2.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTATACCTGTCGGAAAGAGTCCTCGT........................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGTATTCTCATGGATGTTTGGCAT........................................................................................................................................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................AAGAACATGCAGAGCTCAGCCTCCATC............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................TGGCCAAGGGAGACTGGTGGAACCGt.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 t 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................TTGCTTCAGCTCTGAATTCCTCCCGGGc.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 28 c 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................TGGTGGAACCGAAAGAACATGCAGAGCT.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................CCTATCAGCAAAGCTGTATATATTTGACA................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
.....................................................................................AAAGAACATGCAGAGCTCAGCCTCCATCC.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGTGATGCGGTACTGGGAGACTACAC...................... 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAAATATTTACTGTTTATACCTGTCGG........................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTCGGAAAGAGTCCTCGTAGGTTAT.................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGTATTCTCATGGATGTTTGGCATAGGC.................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................TGAGGCCTGGCCAAGGGAGACTGGcgt................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 27 cgt 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................TATTCTCCTATCAGCAAAGCTGTATATAT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................TTGTCTTCCAGTTGGTATTCTCATGG................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAAATATTTACTGTTTATACCTGTCGGA....................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTGTGGGGCAAGGGAGACCACTGGTGTt......................................................................... 28 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................TATGAGGCCTGGCCAAGGGAGACTGG................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................TGGAACCGAAAGAACATGCAGAGCT.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
.....................................................................GAGACTGGTGGAACCtcca........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 19 tcca 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
....................TATGTGGCGTGCACAGCCCTGGCCTT.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGTGATGCGGTACTGGGAGACTACAa...................... 27 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGTATTCTCATGGATGTTTGGtata....................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 tata 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................TGGTGGAACCGAAAGAACATGCAG.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................AACCGAAAGAACATGCAGAGCTCAGCC..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................TTTGACATTCCCCAGCACACTAAGAGAG............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................TTGGTATTCTCATGGATGTTTGGCATA....................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGCATAGGCTAGTTGAGTGATTATTAT.................................................................................................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................TATGAGGCCTGGCCAAGGGAGACTGGT.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CAGTTGGTGATGCGGTACTGGGAGAC........................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGGGGCAAGGGAGACCACTGG............................................................................. 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................GTGGAACCGAAAGAACATGCAGAGCTCAa....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 a 1.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................TGAGGCCTGGCCAAGGGAGACTGGTtt................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 27 tt 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGGCTAGTTGAGTGATTATTATCCAC.............................................................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................GCACTTGTCTTCCAGTTGGTATTCTCA...................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TATTTACTGTTTATACCTGTCGGAAAGAGTC................................................................................................................ 31 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTTGGCATAGGCTAGTTGAGTGATT....................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................AGGGAGACTGGTGGAACCGAAAGAA..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTGTGGGGCAAGGGAGACCACTGGT............................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGGTTATTGTGGGGCAAGGGAGACt.................................................................................. 26 t 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCTCATGGATGTTTGGCATAGGCTAGT................................................................................................................................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTATTCTCATGGATGTTTGGCATAGGC.................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................TAAGAGAGTCTCACCTTTGCc............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 21 c 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCTCATGGATGTTTGGCATAGGCTAGg................................................................................................................................................................................................................................................................ 27 g 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................ACTGGTGGAACCGAAAGAACATGCAGAGC........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTTATTGTGGGGCAAGGGAGACC.................................................................................. 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................GTTGGTATTCTCATGGATGTTTGGC.......................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TATTTACTGTTTATACCTGTCGGAAAGAGT................................................................................................................. 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................AGAACATGCAGAGCTCAGCCTCCATCCCT............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 29 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................TAGCACTTGTCTTCCAGagct.............................................................................................................................................................................................................................................................................................. 21 agct 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGATGTTTGGCATAGGCTAGTTGAGg........................................................................................................................................................................................................................................................... 27 g 1.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTACTGTTTATACCTGTCGGAAAGAGTC................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CAGTTGGTGATGCGGTACTGGGAGg............................ 25 g 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
GCGTCCTTCAGAGGTCGCTCTATGTGGCGTGCACAGCCCTGGCCTTGCAGGTATGAGGCCTGGCCAAGGGAGACTGGTGGAACCGAAAGAACATGCAGAGCTCAGCCTCCATCCCTCCTGGGCATATTCTCCTATCAGCAAAGCTGTATATATTTGACATTCCCCAGCACACTAAGAGAGTCTCACCTTTGCAACATTGTTCATGTTTTATTGCTTCAGCTCTGAATTCCTCCCGGGTTCTTATCCTACAACCTCCCTAGGCCTCACAATAGCACTTGTCTTCCAGTTGGTATTCTCATGGATGTTTGGCATAGGCTAGTTGAGTGATTATTATCCACCAGCCCCCATCCCGTCCAGTCTCCAAAAAATCCTGTGTAGGGATGGGCCATCTTCATGTCCTTGGTACCCCTCCCAGAACCCTCCACATGGTAAATATTTACTGTTTATACCTGTCGGAAAGAGTCCTCGTAGGTTATTGTGGGGCAAGGGAGACCACTGGTGTGCCCAGTCTCTCATCTTTCCCCAGTTGGTGATGCGGTACTGGGAGACTACACCCAGAGGCCCAGTGTTATGGGA
...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(((((....)))))......(((((..(((.....)))...))))).....(((((.((((((((..(((((.....))))).)))).)))).)))))...................................................
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................427................................................................................................526................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR037897(GSM510433)
ovary_rep2. (ovary) 		SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) 		SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CCGTCCAGTCTCCAAAAAATCCTGTGTA....................................................................................................................................................................................................... 28 1 8.00 8.00 - 4.00 - 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................GCACTTGTCTTCCAGTTGGTATTCTCA...................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 8.00 8.00 3.00 - 1.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCCCCCATCCCGTCCAGTCTCCAA.................................................................................................................................................................................................................... 24 1 6.00 6.00 - - - - - - - - - - - - - 4.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................TCCATCCCTCCTGGGCATATTCTCCTA.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 3.00 3.00 - - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................ATATTTGACATTCCCCAGCACACTA.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 25 1 3.00 3.00 - 2.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................CACAATAGCACTTGTCTTCCAGTTGGTA............................................................................................................................................................................................................................................................................................ 28 1 3.00 3.00 - - - - - 2.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................GAATTCCTCCCGGGTTCTTATCCTACA...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TATATTTGACATTCCCCAGCACACTA.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 26 1 2.00 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CCCGTCCAGTCTCCAAAAAATCCTGTGTA....................................................................................................................................................................................................... 29 1 2.00 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................GCTCTGAATTCCTCCCGGGTTCTTA............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 25 1 2.00 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................TGAATTCCTCCCGGGTTCTTATCCTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 26 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................TAGCACTTGTCTTCCAGTTGGTATTCTCA...................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................GAGAGTCTCACCTTTGCAACATTGTTCA..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 2.00 2.00 - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................................CACTTGTCTTCCAGTTGGTATTCTCA...................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................AGCACTTGTCTTCCAGTTGGTATTCTCA...................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 2.00 2.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCCCGTCCAGTCTCCAAAAAATCCTG........................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................TATATATTTGACATTCCCCAGCACAC.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCCCCCATCCCGTCCAGTCTCCAAA................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................ATATATTTGACATTCCCCAGCACACTAc.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 28 c 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCCCCCATCCCGTCCAata............................................................................................................................................................................................................................ 19 ata 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................TATTCTCCTATCAGCAAAGCTGTATA.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTGTTTATACCTGTCGGAAAGAGTCCTCGT........................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CAGCCCCCATCCCGTCCAGTCTCCA..................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
.........................................................................................................................................................................................................................AGCTCTGAATTCCTCCCGGGTTCTTA............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................GCCCTGGCCTTGCAGGTATGAGGCCTGGCCA.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
.....................................................................................................TCAGCCTCCATCCCTCCTGGG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................CCATCCCTCCTGGGCATATTCTCCTA.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................AACCGAAAGAACATGCAGAGCTCAGCCT.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................GCACACTAAGAGAGTCTCACCTTTGCAA.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................CCTACAACCTCCCTAGGCCTCACAA................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................TCCTACAACCTCCCTAGGCCTCACAA................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................ATTGTTCATGTTTTATTGCTTCAGCTCTGAA.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 31 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTCTTCCAGTTGGTATTCTCA...................................................................................................................................................................................................................................................................................... 22 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CAGCCCCCATCCCGTCCAGTCTCCAA.................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CCCGTCCAGTCTCCAAAgca................................................................................................................................................................................................................... 20 gca 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00
............................................................................................................CCATCCCTCCTGGGCATATTCTCCTATCA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................TCATGTTTTATTGCTTCAGCTCTGAAT............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................CTACAACCTCCCTAGGCCTCACAag.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 ag 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTCATGGATGTTTGGCATAGGCTAGTT............................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................CTCTGAATTCCTCCCGGGTTCTTATCC.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................TGCAGAGCTCAGCCTCCATCCCTCCTG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGCCCCCATCCCGTCCAGTCTCCAAAA.................................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTCCAAAAAATCCTgccc............................................................................................................................................................................................................ 18 gccc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGAGTCCTCGTAGGTTATTGTGGGGCAA.......................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................CTGAATTCCTCCCGGGTTCTTATCCTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CCCGTCCAGTCTCCAAAAAATCCTGTGTAt....................................................................................................................................................................................................... 30 t 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTTATACCTGTCGGAAAGAGTCCTCGTA.......................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................TATATATTTGACATTCCCCAGCACACTA.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTTTATACCTGTCGGAAAGAGTCCTCGTA.......................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................TAAGAGAGTCTCACCTTTGCAACA............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CCCCATCCCGTCCAGTCTCCA..................................................................................................................................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTGATGCGGTACTGGGAGACTACACCCA................... 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
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