chr17:35137104 35137353 -
(9)
OTHER.mut 		(1)
OVARY 		(7)
PIWI.ip 		(3)
PIWI.mut 		(1)
TDRD1.ip 		(36)
TESTES

Sense strand
CTTTTTGCCCCCCAGCCCTAGCCCTATAAGAAGGGTAAGTACTCCACACTCGGCGCGCCAGTCATCCGATAGACTGAGTCGCCCGGGTACCCGTGTTCCCAATAAAGCCTTTTGCTGTTGCATCCGAATCGTGGCCTCGCTGATCCTTGGGAGGGTCTCCTCAGAGTGATTGACTACCCAGCTTGGGGGTCTTTCACAAGCAGTGCCTGGCTGCTGGGAGCTGTTGCTGTAGGGAATGAAAGGTTGGTAA
..................................................................((((.......))))...((..((((....((((((...(((....(((....))).(((.....)))....))).....))))))))))..))..........................................................................................
................................................................65................................................................................................163.....................................................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR051941(GSM545785)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l-/-). (mov10L testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
...........................................................................................................CCTTTTGCTGTTGCATCCGAATCGTGGC................................................................................................................... 28 1 10.00 10.00 - - 1.00 7.00 - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................CCGAATCGTGGCCTCGCTGATCCTTGGGAG................................................................................................. 30 1 8.00 8.00 8.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................GCTGGGAGCTGTTGCTGTAGG................. 21 1 8.00 8.00 8.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................TAAGAAGGGTAAGTACTCCACACTCGGCGC.................................................................................................................................................................................................. 30 1 7.00 7.00 - - - - - 2.00 - - - - - 1.00 - - - - 2.00 - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................TGTTGCTGTAGGGAATGAAAGGTTGGTA. 28 1 7.00 7.00 - - 1.00 - - - - - - - - - 6.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................GCTGGGAGCTGTTGCTGTAG.................. 20 1 5.00 5.00 5.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................GGAGCTGTTGCTGTAGGGAATGAAAGGTg..... 29 g 3.00 0.00 - - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................TAAGAAGGGTAAGTACTCCACACTCGGC.................................................................................................................................................................................................... 28 1 3.00 3.00 - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................TCCGAATCGTGGCCTCGCTG............................................................................................................ 20 1 3.00 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................TGCATCCGAATCGTGGCCTCGCTGATCCT....................................................................................................... 29 1 2.00 2.00 - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................TGCATCCGAATCGTGGCCTCGCTGATC......................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................TAGACTGAGTCGCCCGGGTACCCGa............................................................................................................................................................ 25 a 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................AGACTGAGTCGCCCGtgta................................................................................................................................................................. 19 tgta 2.00 0.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................TGGGAGCTGTTGCTGTAGGGAATGA........... 25 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................ACTGAGTCGCCCGGGTACCCGcgtt......................................................................................................................................................... 25 cgtt 2.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
................................................................................................................TGCTGTTGCATCCGAATCGTGGCCTCG............................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................GTGGCCTCGCTGATCCTTGGGAGGGTCTC........................................................................................... 29 1 2.00 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................TGATCCTTGGGAGGGTCTCCTa........................................................................................ 22 a 2.00 0.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................TATAAGAAGGGTAAGTACTCCACACTC....................................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................GTTGCATCCGAATCGTGGC................................................................................................................... 19 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................TCGTGGCCTCGCTGATCCTTGGGAG................................................................................................. 25 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................CGATAGACTGAGTCGCCCGGGa.................................................................................................................................................................. 22 a 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................TGGCCTCGCTGATCCTTGGGAGGGTCTC........................................................................................... 28 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................CTTTTGCTGTTGCATCCGAATCGTGGC................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................TGGCTGCTGGGAGCTGTTGCTGTAG.................. 25 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................TGATCCTTGGGAGGGTCTCCTCAGAGT................................................................................... 27 7 1.14 1.14 - 0.86 - - 0.29 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................GTGTTCCCAATAAAGCCTcttc........................................................................................................................................ 22 cttc 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................TCCTCAGAGTGATTGACTACCCAGCTT.................................................................. 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................TAAGAAGGGTAAGTACTCCACACTCGGCt................................................................................................................................................................................................... 29 t 1.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................TGCATCCGAATCGTGGCCTCGCTGATCCTT...................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................AGACTGAGTCGCCCGGGTACCCGTtt.......................................................................................................................................................... 26 tt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................TGTTGCTGTAGGGAATGAAAGGTTGGga. 28 ga 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................ATCCTTGGGAGGGTCTCCTCAGAaa................................................................................... 25 aa 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................TCGTGGCCTCGCTGATCCTTGGGAGGGac............................................................................................. 29 ac 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................CGCTGATCCTTGGGAGGGTCTCCTCAGAa.................................................................................... 29 a 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................GAAGGGTAAGTACTCCACACTCGGCGC.................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................TGCTGTAGGGAATGAAAGGTTGGTA. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
.............................................................................................................................................................................................................................TGTTGCTGTAGGGAATGAAAGGTg..... 24 g 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................TAGACTGAGTCGCCCGGGTACCCGggt.......................................................................................................................................................... 27 ggt 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................TGTTGCTGTAGGGAATGAAAG........ 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................TTGCTGTAGGGAATGAAAGGTTGGT.. 25 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................TCCGAATCGTGGCCTCGCTaaa.......................................................................................................... 22 aaa 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................GCTGGGAGCTGTTGCTGTAGGG................ 22 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................TAGACTGAGTCGCCCGGGTACCCGTGa.......................................................................................................................................................... 27 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
...................................TAAGTACTCCACACTCGGCGCGCCAGTC........................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................TAAGAAGGGTAAGTACTCCACACTCGGCG................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
..........................................TCCACACTCGGCGCGCCggt............................................................................................................................................................................................ 20 ggt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
......................................................................AGACTGAGTCGCCCGGGTACCCGTGa.......................................................................................................................................................... 26 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................TGCATCCGAATCGTGGCCTCGCTGAT.......................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................ATAGACTGAGTCGCCCcggg.................................................................................................................................................................. 20 cggg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................GCTGTTGCTGTAGGGAATG............ 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................TAGACTGAGTCGCCCGGGTAtccg............................................................................................................................................................. 24 tccg 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................TCAGAGTGATTGACTACCCAGCTTGG................................................................ 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................CCGATAGACTGAGccg......................................................................................................................................................................... 16 ccg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TAAAGCCTTTTGCTGTTGCATCCGAAT......................................................................................................................... 27 3 1.00 1.00 - - - - 0.33 - - - - - - - - - 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................TCGCTGATCCTTGGGAGGGTCTCCTCAGt..................................................................................... 29 t 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................TGGCTGCTGGGAGCTGTTGatg..................... 22 atg 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................TAGACTGAGTCGCCCGGGTACCCGTaa.......................................................................................................................................................... 27 aa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................TAGACTGAGTCGCCCGGGTACCCGcgt.......................................................................................................................................................... 27 cgt 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................TCGCTGATCCTTGGGAGGGTCTCCTCAaa..................................................................................... 29 aa 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................TGCTGTAGGGAATGAAAGGTTGGTAA 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
................................................................................GCCCGGGTACCCGTGTTCtt...................................................................................................................................................... 20 tt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
.....................................................................TAGACTGAGTCGCCCGGGTACCCGTt........................................................................................................................................................... 26 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................AGGGTAAGTACTCCACACTCGGCGCGCCA.............................................................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
..........................TAAGAAGGGTAAGTACTCCACACTCG...................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................TGTTGCTGTAGGGAATGAAAGGTTG.... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................TAAGAAGGGTAAGTACTCCACACTCGG..................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................AATCGTGGCCTCGCTGATCCTTGGGAG................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................TCCGAATCGTGGCCTCGCTGATCCTT...................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................TATAAGAAGGGTAAGTACTCCACACTCGG..................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................TCGTGGCCTCGCTGATCCTTGGGAGG................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................CTGTTGCTGTAGGGAATGAAAGGT...... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................TCGTGGCCTCGCTGATCCTTGGGAGt................................................................................................ 26 t 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................TTGCTGTAGGGAATGAAAGGT...... 21 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................TGCTGTAGGGAATGAAAGGTTGGT.. 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................ATCCGAATCGTGGCCTCGCTGATCCTT...................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................GGGGTCTTTCACAAGCAGTGCCTGGC....................................... 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................ATAGACTGAGTCGCCCGGGTACCCttg........................................................................................................................................................... 27 ttg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................TGCTGTTGCATCCGAATCGTGGCCTC................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................TGAGTCGCCCGGGTACCCGTGTTCCCcata.................................................................................................................................................. 30 cata 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................TGGGAGCTGTTGCTGTAGGGAATGAAAGG....... 29 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................TGGCCTCGCTGATCCTTGGGAGGGTCT............................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................TGGCCTCGCTGATCCTTGGGAGGGTC............................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................TGATCCTTGGGAGGGTCTCt.......................................................................................... 20 t 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................TGCTGTTGCATCCGAATCGTGGCCTCa............................................................................................................... 27 a 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................TAGACTGAGTCGCCCGGGTACCCGTct.......................................................................................................................................................... 27 ct 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................TAAGAAGGGTAAGTACTCCACACTCGGg.................................................................................................................................................................................................... 28 g 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TAAAGCCTTTTGCTGTTGCATCCGAATC........................................................................................................................ 28 3 1.00 1.00 - 0.67 - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................TAGACTGAGTCGCCCGGGTACCCGg............................................................................................................................................................ 25 g 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................GTTGCTGTAGGGAATGAAAGGTTGG... 25 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................TTGGGAGGGTCTCCTCAGAGTGATTGt............................................................................. 27 t 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................TAGACTGAGTCGCCCGGGTACCCGTGTTCt....................................................................................................................................................... 30 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................CTGATCCTTGGGAGGGTCTCCTCAGAa.................................................................................... 27 a 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................TAAGAAGGGTAAGTACTCCACACTC....................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................TCCGATAGACTGAGTCGCCCGGGaa................................................................................................................................................................. 25 aa 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................AGACTGAGTCGCCCGGtta................................................................................................................................................................. 19 tta 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................TAGACTGAGTCGCCCGGGTACCCGTGTTt........................................................................................................................................................ 29 t 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................TAGACTGAGTCGCCCGGGTACCCGcga.......................................................................................................................................................... 27 cga 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TAAAGCCTTTTGCTGTTGCATCCGAA.......................................................................................................................... 26 3 0.67 0.67 - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - -
................................GGGTAAGTACTCCACACTC....................................................................................................................................................................................................... 19 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - -
..............................................................................................................................................ATCCTTGGGAGGGTCTCCTCAGAGTGAT................................................................................ 28 5 0.40 0.40 - 0.40 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TAAAGCCTTTTGCTGTTGCATC.............................................................................................................................. 22 3 0.33 0.33 - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................CTTTTGCTGTTGCATCCGAATCGTGG.................................................................................................................... 26 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................CTGTTGCATCCGAATCGT...................................................................................................................... 18 3 0.33 0.33 - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................GTAGGGAATGAAAGGT...... 16 3 0.33 0.33 - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................TCGGCGCGCCAGTCATCCGATAGACTG.............................................................................................................................................................................. 27 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - -
......................................................GCGCCAGTCATCCGATAGACTGAGTC.......................................................................................................................................................................... 26 7 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 -
..............................................................................................................................................ATCCTTGGGAGGGTCTCCTCAGAGT................................................................................... 25 7 0.14 0.14 - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................CTGATCCTTGGGAGGGTCTCCTCAGAGT................................................................................... 28 7 0.14 0.14 - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................AGTCATCCGATAGACTGAGTCGCCCGGGT.................................................................................................................................................................. 29 7 0.14 0.14 - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................CATCCGATAGACTGAGTCGCCCGGGTA................................................................................................................................................................. 27 7 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................ATCCGATAGACTGAGTCGCCCGG.................................................................................................................................................................... 23 7 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................TCGCTGATCCTTGGGAGGGTCTCCTCAGAG.................................................................................... 30 8 0.12 0.12 - - - - - - - - - - - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................TACCCGTGTTCCCAATAAAGCCTTTTG........................................................................................................................................ 27 9 0.11 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.11 - - - - - - -
.............................................................................................TGTTCCCAATAAAGCCTTTTGC....................................................................................................................................... 22 9 0.11 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.11 - - - - - - -
......................................................................................................TAAAGCCTTTTGCTGT.................................................................................................................................... 16 13 0.08 0.08 - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
CTTTTTGCCCCCCAGCCCTAGCCCTATAAGAAGGGTAAGTACTCCACACTCGGCGCGCCAGTCATCCGATAGACTGAGTCGCCCGGGTACCCGTGTTCCCAATAAAGCCTTTTGCTGTTGCATCCGAATCGTGGCCTCGCTGATCCTTGGGAGGGTCTCCTCAGAGTGATTGACTACCCAGCTTGGGGGTCTTTCACAAGCAGTGCCTGGCTGCTGGGAGCTGTTGCTGTAGGGAATGAAAGGTTGGTAA
..................................................................((((.......))))...((..((((....((((((...(((....(((....))).(((.....)))....))).....))))))))))..))..........................................................................................
................................................................65................................................................................................163.....................................................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR051941(GSM545785)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l-/-). (mov10L testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
......................................................................GACTGAGTCGCCCGGGTAg................................................................................................................................................................. 19 g 5.00 0.00 5.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................GTCGCCCGGGTACCCGTGTTCCCAATAAa................................................................................................................................................. 29 a 3.00 0.00 - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........CCCCCAGCCCTAGCCCTATAAGAAGG........................................................................................................................................................................................................................ 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....CCCCAGCCCTAGCCCTAagaa................................................................................................................................................................................................................................ 21 agaa 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................TAGCCCTATAAGAAGGGTAAGTACTCCACA.......................................................................................................................................................................................................... 30 1 2.00 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........CCCCCAGCCCTAGCCCTATAAGAA.......................................................................................................................................................................................................................... 24 1 2.00 2.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................CTGAGTCGCCCGGGTACCCGTGTTCCCAAa.................................................................................................................................................... 30 a 2.00 0.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................CCGAATCGTGGCCTCGCTGATCCTTGG.................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................GTCGCCCGGGTACCCGTGTTCCCAATa................................................................................................................................................... 27 a 2.00 0.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................AAAGCCTTTTGCTGTTGCATCCGAATCGT...................................................................................................................... 29 3 1.33 1.33 - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - 0.33 - - - 0.33 - -
.........................................................................................................................................GCTGATCCTTGGGAGGGTCTCCTCAGAa..................................................................................... 28 a 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................TGAGTCGCCCGGGTACCCGTGTTCCCAAa.................................................................................................................................................... 29 a 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................GTCGCCCGGGTACgctt................................................................................................................................................................ 17 gctt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
................................................................................CCGGGTACCCGTGTTCCCAATAAcg................................................................................................................................................. 25 cg 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................CCCGGGTACCCGTGTTCCCAATAAAGCCat............................................................................................................................................. 30 at 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................GTTCCCAATAAAGCCTTTTGCTGTTGCA................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................TTGCATCCGAATCGTGGCCTCGCTGA........................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
..................TAGCCCTATAAGAAGGGTAAGTACTCCA............................................................................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................TTGCTGTTGCATCCGAATCGTGGCCTC................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................CGCCCGGGTACCCGTGTTCCCAAcct.................................................................................................................................................... 26 cct 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................CGCCCGGGTACCCGTGTTCCCAATgc................................................................................................................................................... 26 gc 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................TCGCCCGGGTACCCGTGTTCCCAATa................................................................................................................................................... 26 a 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................GGGTACCCGTGTTCCCAATAAAGCCcggc............................................................................................................................................. 29 cggc 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................CCGGGTACCCGTGTTCCCAATAAAGCCTTa........................................................................................................................................... 30 a 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................CCGATAGACTGAGTCGCCCGGGTcggt.................................................................................................................................................................. 27 cggt 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........CCCCCAGCCCTAGCCCTATAAGA........................................................................................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................GGGTACCCGTGTTCCCAATAAAGCCagg............................................................................................................................................. 28 agg 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................AGTCATCCGATAGACTGAGTCGCCagcg....................................................................................................................................................................... 28 agcg 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................CCCGGGTACCCGTGTTCCCAATAAAg................................................................................................................................................ 26 g 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................CGCCCGGGTACCCGTGTTCCCAATt................................................................................................................................................... 25 t 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....GCCCCCCAGCCCTAGCCCTATAAga............................................................................................................................................................................................................................. 25 ga 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................CGGGTACCCGTGTTCCCAATAAAGt............................................................................................................................................... 25 t 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................TCGCCCGGGTACCCGTGTTCCCAATt................................................................................................................................................... 26 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
...............................................GGCGCGCCAGTCATCCGATAGACccgt................................................................................................................................................................................ 27 ccgt 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................TGAGTCGCCCGGGTACCCGTGTTCCCAATtt................................................................................................................................................... 31 tt 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................CCGGGTACCCGTGTTCCCAATAAAGCCa............................................................................................................................................. 28 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................GTCGCCCGGGTACCCGTGTTCCCAAa.................................................................................................................................................... 26 a 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................TGAGTCGCCCGGGTACCCGTGTTCCCAa..................................................................................................................................................... 28 a 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................TGAGTCGCCCGGGTACCCGTGTTCCCAAaga.................................................................................................................................................... 31 aga 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................TGAGTCGCCCGGGTACtt................................................................................................................................................................ 18 tt 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................CCCGGGTACCCGTGTTCCCAATAAAgga................................................................................................................................................ 28 gga 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................GTCGCCCGGGTACCCGTGTTCCCAAgac.................................................................................................................................................... 28 gac 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........CCCAGCCCTAGCCCTATAAGAAGGGTAa..................................................................................................................................................................................................................... 28 a 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................TTGCTGTTGCATCCGAATCGTGGCC.................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................GAGTCGCCCGGGTACCCGTGTTCCCAAt.................................................................................................................................................... 28 t 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................GCTGTTGCATCCGAATCGTGGCCTCGCT............................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
.........................................................................................CCGTGTTCCCAATAAAGCCTTTTGCTGt..................................................................................................................................... 28 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................GTCGCCCGGGTACCCGTGTTCCCAATga................................................................................................................................................... 28 ga 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................CCCGGGTACCCGTGTTCCCAATagcc................................................................................................................................................... 26 agcc 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.TTTGCCCCCCAGCCCTAGCCCTAta................................................................................................................................................................................................................................ 25 ta 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................GCTGGGAGCTGTTGCTGTAGGGAATGA........... 27 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................GTCGCCCGGGTACCCGTGTTCCCAATaa................................................................................................................................................... 28 aa 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................GCATCCGAATCGTGGCCTCGCTGATCc......................................................................................................... 27 c 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................TACTCCACACTCGGCGCGCCAGTCAT......................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................GGGTACCCGTGTTCCCAATAAAGCCcg............................................................................................................................................. 27 cg 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........GCCCTAGCCCTATAAGAAGGGTaggg...................................................................................................................................................................................................................... 26 aggg 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................CGCCCGGGTACCCGTGTTCCCAAcctc.................................................................................................................................................... 27 cctc 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................AAGCCTTTTGCTGTTGCATCCGAATCGT...................................................................................................................... 28 3 0.67 0.67 - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - -
..................................................................................................CCAATAAAGCCTTTTGCTGTTGCATCCGA........................................................................................................................... 29 3 0.67 0.67 - - - 0.33 - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................CCCGTGTTCCCAATAAAGCCTT........................................................................................................................................... 22 10 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................CCACACTCGGCGCGCCAGTCATCCGA..................................................................................................................................................................................... 26 4 0.50 0.50 - - - - - - - 0.25 - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................GCGCGCCAGTCATCCGATAGACTGAGT........................................................................................................................................................................... 27 5 0.40 0.40 - - 0.20 - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................GGTACCCGTGTTCCCAATAAAGCCTTT.......................................................................................................................................... 27 10 0.40 0.40 - - 0.10 0.10 - 0.10 - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....TGCCCCCCAGCCCTAGCCCTA................................................................................................................................................................................................................................ 21 6 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................CCAATAAAGCCTTTTGCTGTTGCATCCGAaa........................................................................................................................... 31 aa 0.33 0.00 - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................CCAATAAAGCCTTTTGCTGTTGCATCCGAA.......................................................................................................................... 30 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - -
............................................................................................................CTTTTGCTGTTGCATCCGAATCGTGG.................................................................................................................... 26 3 0.33 0.33 - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................ACCCGTGTTCCCAATAAAGCCTTTT......................................................................................................................................... 25 10 0.30 0.30 - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - -
........................................................................................ACCCGTGTTCCCAATAAAGCCTTT.......................................................................................................................................... 24 10 0.30 0.30 - - 0.20 - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................GTACCCGTGTTCCCAATAAAGCCTTT.......................................................................................................................................... 26 10 0.30 0.30 - - - - - 0.30 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................ACACTCGGCGCGCCAGTCATCCGA..................................................................................................................................................................................... 24 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - -
....................................................................................................................................................GGGAGGGTCTCCTCAGAGTGATTGACTA.......................................................................... 28 4 0.25 0.25 - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................TCCACACTCGGCGCGCCAGTCATCCGA..................................................................................................................................................................................... 27 4 0.25 0.25 - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................ACTCGGCGCGCCAGTCATCCGATAGAC................................................................................................................................................................................ 27 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - -
.............................................ACACTCGGCGCGCCAGTCATCCGATA................................................................................................................................................................................... 26 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................GGGTACCCGTGTTCCCAATAAAGCCTTT.......................................................................................................................................... 28 10 0.20 0.20 - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................CGCGCCAGTCATCCGATAGACTGAGT........................................................................................................................................................................... 26 5 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - -
....................................................CGCGCCAGTCATCCGATAGACTGAGTa........................................................................................................................................................................... 27 a 0.20 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - -
.......CCCCCCAGCCCTAGCCCTA................................................................................................................................................................................................................................ 19 7 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................CCAGTCATCCGATAGACTGAGTCGCCCGG.................................................................................................................................................................... 29 7 0.14 0.14 - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................TGGGAGGGTCTCCTCAGAGTGATTGA............................................................................. 26 7 0.14 0.14 - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................CCCGTGTTCCCAATAAAGCCTTTTGCTG..................................................................................................................................... 28 7 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................GCTGATCCTTGGGAGGGTCTCCTCAGAG.................................................................................... 28 8 0.12 0.12 - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................ACCCGTGTTCCCAATAAAGCCTTTTGC....................................................................................................................................... 27 9 0.11 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................ACCCGTGTTCCCAATAAAGCCTTTTG........................................................................................................................................ 26 9 0.11 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.11
.....................................................................................GGTACCCGTGTTCCCAATAAAGCCTT........................................................................................................................................... 26 10 0.10 0.10 - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................CCGTGTTCCCAATAAAGCCTTT.......................................................................................................................................... 22 10 0.10 0.10 - - - - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................CCCGTGTTCCCAATAAAGCCTTT.......................................................................................................................................... 23 10 0.10 0.10 - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................TACCCGTGTTCCCAATAAAGCCTTT.......................................................................................................................................... 25 10 0.10 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................TACCCGTGTTCCCAATAAAGCCTT........................................................................................................................................... 24 10 0.10 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................GTACCCGTGTTCCCAATAAAGCCTTTt.......................................................................................................................................... 27 t 0.10 0.00 - - - - - - - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -