chr17:28454507 28455027 +
(1)
OTHER.ip 		(10)
OTHER.mut 		(9)
PIWI.ip 		(1)
PIWI.mut 		(1)
TDRD1.ip 		(40)
TESTES

Sense strand
TCAGCCTCAGCAATGCCTCTGTGCTGGCCAGGAGCCTCTTTCTTGACCGGGTGGGCACAGGGGCTCAATGGGAACAATGGGATGGGAACAATGTGAATCCTTTGAGTCCTAAGGAAGGGGTTGGAAGAGGGGTAGAGGGTTGGGCTTCTGGCTGTATGTTGTTACAAATGTTAACTTCTGCCGGGGGTGGTGGTGCACGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGAGCTATACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAAACTGAAAAAAAAAATGTTAACTTCTTATCGCCTGGGCCCCAGGTGGGGCTTTCAGATTTGGAAGCCACTGTGATCCTAGATAGATACAGACACTTGGCTTTTCCTCTGAAACATAGCCTGCTGTCTGAAATGTGTGTGAGATAAACAATCCTAAAGGGAAGATGTGACCCTGTGACTTGTGACTCTCCCTTGTGACTAGATCCGCTCCCTGCCGTCTTCTGCCTCCAGGCTTCTCAGAGTGGCCCTCGT
......................................................................................................................................................................................................................(((((((.((((..((((((((.((((.(((....((((.......))))))).................................(((((((...))))))).)))).))....))))))..)))).))....))))).....((((((...((((((((....))))...))))...))))))..........................................................................................................................
....................................................................................................................................................................................................................213...............................................................................................................................................................................................407................................................................................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR037900(GSM510436)
testes_rep1. (testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
.........................................................................................................................................................................................................................TACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGAtt................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 tt 18.00 0.00 - - 5.00 - - 1.00 1.00 1.00 - - - 1.00 6.00 - - - - - - - - 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCTGAAACATAGCCTGCTGTCTGAAAT...................................................................................................................... 27 1 6.00 6.00 - - - 1.00 - 1.00 - - 3.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................AGGACAGCCAGAGCTATACAGAGAAtg...................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 tg 4.00 0.00 - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................AGGACAGCCAGAGCTATACAGAtttt....................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 tttt 4.00 0.00 - - - - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................AGGACAGCCAGAGCTATACAGAGAAACCCTaaa................................................................................................................................................................................................................................................................ 33 aaa 3.00 0.00 - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCCTCTGAAACATAGCCTGCTGTCTGA......................................................................................................................... 27 1 3.00 3.00 - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................GGGGGTGGTGGTGCAtggc................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 19 tggc 3.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................GGGGGTGGTGGTGCAtgg................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 18 tgg 3.00 0.00 - - - - - - - - - - 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................ACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGAtt................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 tt 3.00 0.00 - - - - - - - 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................TACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGAttt.................................................................................................................................................................................................................................................................................. 30 ttt 2.00 0.00 - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................................ACAGCCAGAGCTATACAGtt.......................................................................................................................................................................................................................................................................... 20 tt 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................GTGAGTTCCAGGACAGCCAGAGCTAgaa.............................................................................................................................................................................................................................................................................. 28 gaa 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCTGAAACATAGCCTGCTGTCTGAAA....................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................AGGACAGCCAGAGCTATACAGAtt......................................................................................................................................................................................................................................................................... 24 tt 2.00 0.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGAAATGTGTGTGAGATAAACAATCCT................................................................................................. 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................ACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGAttt.................................................................................................................................................................................................................................................................................. 29 ttt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................AGGACAGCCAGAGCTATACAGtctt........................................................................................................................................................................................................................................................................ 25 tctt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................CAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGAtaaa................................................................................................................................................................................................................................................................................. 29 taaa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................GGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCgct...................................................................................................................................................................................................................................................................................... 30 gct 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................AGGACAGCCAGAGCTATACAGAGAAca...................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 ca 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............CCTCTGTGCTGGCgacg......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 17 gacg 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................AGGACAGCCAGAGCTATACAGctt......................................................................................................................................................................................................................................................................... 24 ctt 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................AACAATGGGATGGGAACAAT............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 20 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGATCCTAGATAGATACAGACACTT.......................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................AGGACAGCCAGAGCTATACAGAGAAACCCcaa................................................................................................................................................................................................................................................................. 32 caa 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AACATAGCCTGCTGTCcga......................................................................................................................... 19 cga 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTTGTGACTCTCCCTTGTGACa.................................................... 27 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................CAGGACAGCCAGAGCTATACAGtt.......................................................................................................................................................................................................................................................................... 24 tt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................GTTCCAGGACAGCCAGAGCTATACAttt.......................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 ttt 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................AGGACAGCCAGAGCTATACAGAGAcaa...................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 caa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................AGGACAGCCAGAGCTATACAGAct......................................................................................................................................................................................................................................................................... 24 ct 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AACATAGCCTGCTGTCTGAAATGTGTG................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................TACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAAACTGt.................................................................................................................................................................................................................................................... 29 t 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................TGAGTTCCAGGACAGCCAGAGCTAgact............................................................................................................................................................................................................................................................................. 28 gact 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................GTTCCAGGACAGCCAGAGCTATACAGAGgc........................................................................................................................................................................................................................................................................ 30 gc 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................GTGAGTTCCAGGACAGCCAGAGCcatt............................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 catt 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................AAAAAATGTTAACTTCTTATCGCCTGGGC.................................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GACTCTCCCTTGTGACTAGATCCGCTC.......................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................TATACAGAGAAACCCTGTCTCGtttt......................................................................................................................................................................................................................................................... 26 tttt 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AACATAGCCTGCTGTCTGAAATGTGT.................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................TACAAATGTTAACTTCTGCCGGGG............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................TTCCAGGACAGCCAGAGCTATACAGAGAAtt...................................................................................................................................................................................................................................................................... 31 tt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................GTGAGTTCCAGGACAGCCAGAtatt................................................................................................................................................................................................................................................................................. 25 tatt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................CAGGACAGCCAGAGCTATACAGAGAAACCCTaaa................................................................................................................................................................................................................................................................ 34 aaa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................AGGACAGCCAGAGCTATACAGAGAAtac..................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 tac 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................CAGGACAGCCAGAGCTATACAGttt......................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 ttt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................TCCAGGACAGCCAGAGCTATACAGAGAAACCCTaa................................................................................................................................................................................................................................................................. 35 aa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................TACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGAGCcaga............................................................................................................................................................................................................................................................................... 33 caga 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTCCTCTGAAACATAGCCTGCTGTCTG.......................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................AGGACAGCCAGAGCTATACAGtat......................................................................................................................................................................................................................................................................... 24 tat 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................CGGGGGTGGTGGTGCAtggc................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 20 tggc 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................AGCTATACAGAGAAACCCTGTCTCGAtt.......................................................................................................................................................................................................................................................... 28 tt 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................CAGGACAGCCAGAGCTATACAGAGgt........................................................................................................................................................................................................................................................................ 26 gt 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTTAACTTCTTATCGCCTGGGCCCC................................................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCAGATTTGGAAGCCACTGTGATCCT............................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................CCAGGACAGCCAGAGCTATACAGAGAAAaag.................................................................................................................................................................................................................................................................... 31 aag 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................AGGACAGCCAGAGCTATACAGAttct....................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 ttct 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................AGGACAGCCAGAGCTATACAGAGAAcca..................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 cca 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................TGTTACAAATGTTAACTTCTGCCGGGG............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAACTTCTTATCGCCTGGGCCCCAGG.............................................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................GGACAGCCAGAGCTATACAGAGAtt....................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 tt 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................AGGACAGCCAGAGCTATACAGAGAAtt...................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 tt 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................TCCAGGACAGCCAGAGCTATACAGtta......................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 tta 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................AGGACAGCCAGAGCTATACAGAGAtt....................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 tt 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................TGAGTTCCAGGACAGCCAGAGCcatt............................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 catt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................AGGACAGCCAGAGCTATACAGAGAAAgaca................................................................................................................................................................................................................................................................... 30 gaca 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................TACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGAttgt................................................................................................................................................................................................................................................................................. 31 ttgt 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................CAGGACAGCCAGAGCTATACAGAGAAtt...................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 tt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTCCTCTGAAACATAGCCTGCTGTCT........................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTTGTGACTCTCCCTTGTGACT.................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................TGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCgtt...................................................................................................................................................................................................................................................................................... 31 gtt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................CAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGAtt................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 tt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................AGGACAGCCAGAGCTATACAGtttt........................................................................................................................................................................................................................................................................ 25 tttt 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................ATACAGAGAAACCCTGTCTCGttat......................................................................................................................................................................................................................................................... 25 ttat 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................GGTGGTGGTGCACGgccg.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 18 gccg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................CCGGGGGTGGTGGTGCAtggc................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 21 tggc 0.39 0.11 - - - - - - - - - - - - - 0.06 - - - - 0.22 - 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................CCGGGGGTGGTGGTGCAtgg................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 20 tgg 0.33 0.11 - - - - - - - - - 0.06 0.06 - - 0.06 - 0.06 - - - - 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................CCGGGGGTGGTGGTGCA.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 17 18 0.11 0.11 - - - - - - - - - - - - - 0.06 - 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................TATACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAAACTGA.................................................................................................................................................................................................................................................... 31 14 0.07 0.07 - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
TCAGCCTCAGCAATGCCTCTGTGCTGGCCAGGAGCCTCTTTCTTGACCGGGTGGGCACAGGGGCTCAATGGGAACAATGGGATGGGAACAATGTGAATCCTTTGAGTCCTAAGGAAGGGGTTGGAAGAGGGGTAGAGGGTTGGGCTTCTGGCTGTATGTTGTTACAAATGTTAACTTCTGCCGGGGGTGGTGGTGCACGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGAGCTATACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAAACTGAAAAAAAAAATGTTAACTTCTTATCGCCTGGGCCCCAGGTGGGGCTTTCAGATTTGGAAGCCACTGTGATCCTAGATAGATACAGACACTTGGCTTTTCCTCTGAAACATAGCCTGCTGTCTGAAATGTGTGTGAGATAAACAATCCTAAAGGGAAGATGTGACCCTGTGACTTGTGACTCTCCCTTGTGACTAGATCCGCTCCCTGCCGTCTTCTGCCTCCAGGCTTCTCAGAGTGGCCCTCGT
......................................................................................................................................................................................................................(((((((.((((..((((((((.((((.(((....((((.......))))))).................................(((((((...))))))).)))).))....))))))..)))).))....))))).....((((((...((((((((....))))...))))...))))))..........................................................................................................................
....................................................................................................................................................................................................................213...............................................................................................................................................................................................407................................................................................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR037900(GSM510436)
testes_rep1. (testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
......................................................................................................................................................................................................CGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAcaa...................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 caa 15.00 0.00 4.00 - 2.00 2.00 - 1.00 - - 1.00 1.00 - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
.................................................................................................................................................................................................................................................GCTATACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAaaa.......................................................................................................................................................................................................................................................... 30 aaa 6.00 0.00 - 6.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................CGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTcga........................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 27 cga 6.00 0.00 - - - - - - - - - 6.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................CGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGcaa....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 caa 4.00 0.00 2.00 - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................CGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTcaa........................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 27 caa 3.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................TCGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAtaaa...................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 31 taaa 3.00 0.00 - - - - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................CGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGActa...................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 cta 2.00 0.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................GCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAgta................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 31 gta 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................GCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAgaga...................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 gaga 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................CGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAcaaa...................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 30 caaa 2.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................CGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGcat....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 cat 2.00 0.00 - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................GCTATACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAaga.......................................................................................................................................................................................................................................................... 30 aga 2.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................TCCAGGACAGCCAGAGCTATACAGtttt............................................................................................................................................................................................................................................................................ 28 tttt 2.00 0.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................TTCCAGGACAGCCAGAGCTATACaaa.............................................................................................................................................................................................................................................................................. 26 aaa 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................TGAGTTCCAGGACAGCCAGAGCTATACAaa............................................................................................................................................................................................................................................................................. 30 aa 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................CGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGcatt....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 catt 2.00 0.00 - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................GCCAGAGCTATACAGAGAAAcctg....................................................................................................................................................................................................................................................................... 24 cctg 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................TTCCAGGACAGCCAGAGCTATACAGaa............................................................................................................................................................................................................................................................................ 27 aa 2.00 0.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................TCGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGttat....................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 30 ttat 2.00 0.00 - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................CGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGctaa..................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 31 ctaa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................CGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAcg...................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 cg 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................GCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCgta.................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 29 gta 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................GTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGAaaaa..................................................................................................................................................................................................................................................................................... 34 aaaa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................TCCAGGACAGCCAGAGCTATACAGca............................................................................................................................................................................................................................................................................ 26 ca 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................GCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAgcta...................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 gcta 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................TCGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGtca......................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 tca 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................CCAGGACAGCCAGAGCTATACAGgcg............................................................................................................................................................................................................................................................................ 26 gcg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................TTCCAGGACAGCCAGAGCTATACAGtc............................................................................................................................................................................................................................................................................ 27 tc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................GACAGCCAGAGCTATACAGAGAAACCtaa..................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 taa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................ACAGCCAGAGCTATACAGAGAaa......................................................................................................................................................................................................................................................................... 23 aa 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................GGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAgcgt...................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 gcgt 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................TCCAGGACAGCCAGAGCTATACAGttta............................................................................................................................................................................................................................................................................ 28 ttta 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................CCAGGACAGCCAGAGCTATACAGtt............................................................................................................................................................................................................................................................................ 25 tt 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................CCAGGACAGCCAGAGCTATACAGggt............................................................................................................................................................................................................................................................................ 26 ggt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................GCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAgaga................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 32 gaga 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................GCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAgtac...................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 gtac 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................GCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGgta..................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 gta 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................CGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGcaaa......................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 caaa 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................GGCCAGCCTGGTCTACAGAGTgcgt........................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 25 gcgt 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................TCGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAtatt...................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 31 tatt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................TCGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAttta...................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 31 ttta 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................ACAGCCAGAGCTATACAGaa............................................................................................................................................................................................................................................................................ 20 aa 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
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.........................................................................................................................................................................................................GGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAgga...................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 gga 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
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..................................................................................................................................................................................................................................TCCAGGACAGCCAGAGCTATACAGtgt............................................................................................................................................................................................................................................................................ 27 tgt 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
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