chr17:27696566 27696815 +
(1)
OTHER.ip 		(12)
OTHER.mut 		(1)
OVARY 		(9)
PIWI.ip 		(4)
PIWI.mut 		(1)
TDRD1.ip 		(44)
TESTES

Sense strand
AGGATGGGACTGAGAAGCGAGGCCGGGGCAGGCCACGCAAGCAGCCTCCGGTGAGTCCTGGGACGGCGCTGGTCGGGAGTCAGGTGGGTGTCTAAAGCTTTGCTCCTGTTTCCTTTCTTGGGCTGGGGGGGGGGGGCGGGGGTCAGAGCTGACTCTTTGCGCATGTGTATCCCTGTGTATGCTTACTGCCCAGAGGTGTCCAGCTCAGTGTCTAAGGTCACAGTGAAGGCAGCCATGTCTTAACATTCAC
.........................................................(((((.(((.....((..((((((...(((....))).((((((((((((((..(((..(((......)))..)))..))))))).)))))))))))))..))(((((..((....))..)))))...)))))))).........................................................
.....................................................54................................................................................................................................................200................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes)
....TGGGACTGAGAAGCGAGGCCGGGGC............................................................................................................................................................................................................................. 25 2 28.00 28.00 4.50 - 7.50 7.50 1.00 1.00 0.50 - 2.00 1.50 - - - - 0.50 - - 0.50 - - - - 0.50 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - -
....TGGGACTGAGAAGCGAGGCCGGG............................................................................................................................................................................................................................... 23 2 14.50 14.50 1.50 4.50 3.00 - 2.50 1.00 - - - - 0.50 - 1.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.GGATGGGACTGAGAAGCGAGGCCGGGt.............................................................................................................................................................................................................................. 27 t 12.00 0.00 - 11.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....TGGGACTGAGAAGCGAGGCCGGGG.............................................................................................................................................................................................................................. 24 2 9.00 9.00 1.00 - 1.00 0.50 - - 0.50 - 1.50 - 0.50 - - 1.50 - - - 1.00 - 1.00 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....TGGGACTGAGAAGCGAGGCCGG................................................................................................................................................................................................................................ 22 2 8.50 8.50 1.00 - 0.50 - 3.50 - - - 2.00 - - - - - - - 0.50 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....TGGGACTGAGAAGCGAGGCCGGGGCAGG.......................................................................................................................................................................................................................... 28 2 6.00 6.00 0.50 - 0.50 2.00 2.00 - 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....TGGGACTGAGAAGCGAGGCCGGGGCA............................................................................................................................................................................................................................ 26 2 5.00 5.00 0.50 - 0.50 1.00 - - 0.50 - 1.00 - - - - - - - - - - 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - -
....TGGGACTGAGAAGCGAGGCCGGGGCAG........................................................................................................................................................................................................................... 27 2 4.50 4.50 - 2.50 - - - - - - 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....GGGACTGAGAAGCGAGG.................................................................................................................................................................................................................................... 17 2 4.50 4.50 - 4.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...ATGGGACTGAGAAGCGAGGCCGGGGC............................................................................................................................................................................................................................. 26 2 3.50 3.50 1.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...ATGGGACTGAGAAGCGAGGCCGGGG.............................................................................................................................................................................................................................. 25 2 3.50 3.50 1.50 - 1.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....TGGGACTGAGAAGCGAGGCCGGGGa............................................................................................................................................................................................................................. 25 a 3.50 9.00 - - - - 3.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....TGGGACTGAGAAGCGAGGa................................................................................................................................................................................................................................... 19 a 3.00 0.50 - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................TCCCTGTGTATGCTTACTGCCCAGAG....................................................... 26 1 3.00 3.00 - - - 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................TGTGTATGCTTACTGCCCAGAGGTGTC.................................................. 27 1 3.00 3.00 - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
...................................................TGAGTCCTGGGACGGCGCTGGTCGGt............................................................................................................................................................................. 26 t 2.50 1.50 - - - - 2.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................TCTAAGGTCACAGTGAAGGCAGCCATG............. 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................TGTGTATGCTTACTGCCCAGAGGTGT................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................TGCTTACTGCCCAGAGGTGTCCAGC.............................................. 25 1 2.00 2.00 - - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................TCTAAGGTCACAGTGAAGGCAGCCATGT............ 28 1 2.00 2.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................TGGGACGGCGCTGGTCGGGAGTCAGG...................................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................TGGGACGGCGCTGGTCGGGAGTCA........................................................................................................................................................................ 24 2 2.00 2.00 - 0.50 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - -
..................................................................................................................................................................................................................TCTAAGGTCACAGTGAAGGCAG.................. 22 1 2.00 2.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................TGCTTACTGCCCAGAGGTGTCCAGCTC............................................ 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
............................................................................................TAAAGCTTTGCTCCTGTTTCCTTTC..................................................................................................................................... 25 1 2.00 2.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................TCAGTGTCTAAGGTCACAGTGAAGGC.................... 26 1 2.00 2.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................TGGGACGGCGCTGGTCGGGAGTCAG....................................................................................................................................................................... 25 2 1.50 1.50 - - - - - 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50
...................................................TGAGTCCTGGGACGGCGCTGGTCGG.............................................................................................................................................................................. 25 2 1.50 1.50 0.50 - 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..GATGGGACTGAGAAGCGAGGCCGGaa.............................................................................................................................................................................................................................. 26 aa 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TGTGTATCCCTGTGTATGCTTACTGCCC........................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................CCCAGAGGTGTCCAGCTCAGTGTCTAAGGT................................ 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
.........................................................................................................................................................TCTTTGCGCATGTGTATCCCTGTGTATGC.................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................GGAGTCAGGTGGGTGTCTAAAGCTTTGC................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................TGCTTACTGCCCAGAGGTGTCCAGa.............................................. 25 a 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................TGAAGGCAGCCATGTCTTAACATTC.. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................GTGTATCCCTGTGTATGCTTACTGCCC........................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....TGGGACTGAGAAGCGAGGC................................................................................................................................................................................................................................... 19 2 1.00 1.00 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................TGGGACGGCGCTGGTCGGGAGgca........................................................................................................................................................................ 24 gca 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................TGCTTACTGCCCAGAGGTGTCCAGtt............................................. 26 tt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................TAAGGTCACAGTGAAGGCAGCCATGTC........... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........TGAGAAGCGAGGCCGGGGCAGGCCAac..................................................................................................................................................................................................................... 27 ac 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...ATGGGACTGAGAAGCGAGGCCGG................................................................................................................................................................................................................................ 23 2 1.00 1.00 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................TCCCTGTGTATGCTTACTGCCCAGA........................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.GGATGGGACTGAGAAGCGAGGCCGG................................................................................................................................................................................................................................ 25 2 1.00 1.00 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....TGGGACTGAGAAGCGAGGCCG................................................................................................................................................................................................................................. 21 2 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....TGGGACTGAGAAGCGAGGCCGGt............................................................................................................................................................................................................................... 23 t 1.00 8.50 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................TCTAAGGTCACAGTGAAGGCAGCCAT.............. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................TGACTCTTTGCGCATGTGTAT................................................................................ 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
....................................................................................TGGGTGTCTAAAGCTTTGCTCCTGTTTCC......................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................CCCAGAGGTGTCCAGCTCAGTGTCT..................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................TCTAAGGTCACAGTGAAGGCAGC................. 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....TGGGACTGAGAAGCGAGGCCGGGGCAGGC......................................................................................................................................................................................................................... 29 2 1.00 1.00 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................TGAGTCCTGGGACGGCGCTGGTCGGG............................................................................................................................................................................. 26 2 1.00 1.00 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................TGTGTATGCTTACTGCCCAGAGaa..................................................... 24 aa 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................TAAAGCTTTGCTCCTGTTTCCTTTtt.................................................................................................................................... 26 tt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
....TGGGACTGAGAAGCGtgga................................................................................................................................................................................................................................... 19 tgga 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................TTTGCGCATGTGTATCCCTGTGTATG..................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................AGCTGACTCTTTGCGCATGTGTATCC.............................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................TCTAAGGTCACAGTGAAGGCAGCCA............... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................TATGCTTACTGCCCAGAGGTGTCCA................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................TGGTCGGGAGTCAGGTGGGTGTCTAA........................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................TGAGTCCTGGGACGGCGCTGGTCGaa............................................................................................................................................................................. 26 aa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................TGACTCTTTGCGCATGTGTATCCCTGTGTAT...................................................................... 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
..GATGGGACTGAGAAGCGAGGCCGGGGC............................................................................................................................................................................................................................. 27 2 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................TCTAAAGCTTTGCTCCTGTTTCCTTTC..................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................TGACTCTTTGCGCATGTGTATCCCTGT.......................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................TGGGACGGCGCTGGTCtg.............................................................................................................................................................................. 18 tg 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..GATGGGACTGAGAAGCGAGGCCGGt............................................................................................................................................................................................................................... 25 t 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................CTGTGTATGCTTACTGCCCAGAGGT..................................................... 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.GGATGGGACTGAGAAGCGAGGCCGa................................................................................................................................................................................................................................ 25 a 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...ATGGGACTGAGAAGCGAGGCCGGG............................................................................................................................................................................................................................... 24 2 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................TGCGCATGTGTATCCCTGTGTATGCTT.................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................TCTAAGGTCACAGTGAAGG..................... 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................TAAGGTCACAGTGAAGGCAGCCATGTCa.......... 28 a 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....GGGACTGAGAAGCGAGGCCGGGGCAGGC......................................................................................................................................................................................................................... 28 2 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................CTCAGTGTCTAAGGTCACAGTGAAGGCA................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........TGAGAAGCGAGGCCGGGGCAGGCCACGCA................................................................................................................................................................................................................... 29 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........ACTGAGAAGCGAGGCCGGGGCAGG.......................................................................................................................................................................................................................... 24 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................CTGGGACGGCGCTGGTCGGGAGT.......................................................................................................................................................................... 23 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - -
....TGGGACTGAGAAGCGAGGCCGGa............................................................................................................................................................................................................................... 23 a 0.50 8.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....TGGGACTGAGAAGCGAGGCCGGGGttt........................................................................................................................................................................................................................... 27 ttt 0.50 9.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................CACGCAAGCAGCCTCCGGTGAGTCCTGG............................................................................................................................................................................................. 28 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....TGGGACTGAGAAGCGAGGCCGGGGCAt........................................................................................................................................................................................................................... 27 t 0.50 5.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........GAGAAGCGAGGCCGGGGCAGGCC........................................................................................................................................................................................................................ 23 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - -
....TGGGACTGAGAAGCGAGGac.................................................................................................................................................................................................................................. 20 ac 0.50 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....TGGGACTGAGAAGCGAGG.................................................................................................................................................................................................................................... 18 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................CTGGGACGGCGCTGGTCGG.............................................................................................................................................................................. 19 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....GGGACTGAGAAGCGAGGCCGGGGCAGGCCAC...................................................................................................................................................................................................................... 31 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....TGGGACTGAGAAGCGAGGCCGGGGg............................................................................................................................................................................................................................. 25 g 0.50 9.00 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....TGGGACTGAGAAGCGAGGCCGGGGCAGGCCACGC.................................................................................................................................................................................................................... 34 2 0.50 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................CCTGGGACGGCGCTGGTCGGGAGT.......................................................................................................................................................................... 24 2 0.50 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................ACGCAAGCAGCCTCCGGTGAGTCCTG.............................................................................................................................................................................................. 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....GGGACTGAGAAGCGAGGCC.................................................................................................................................................................................................................................. 19 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....GGGACTGAGAAGCGAGGCCGGGGCAG........................................................................................................................................................................................................................... 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................GAGTCCTGGGACGGCGCTGGTCGGG............................................................................................................................................................................. 25 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - -
..GATGGGACTGAGAAGCGAGGCCG................................................................................................................................................................................................................................. 23 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..GATGGGACTGAGAAGCGAGGCCGGGG.............................................................................................................................................................................................................................. 26 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................CGGTGAGTCCTGGGACGGCGCTGGTC................................................................................................................................................................................ 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................TGAGTCCTGGGACGGCGCTGGTC................................................................................................................................................................................ 23 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.GGATGGGACTGAGAAGCGAGGC................................................................................................................................................................................................................................... 22 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - -
...................................CGCAAGCAGCCTCCGGTGAGT.................................................................................................................................................................................................. 21 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - -
...................................CGCAAGCAGCCTCCGGTGAGTC................................................................................................................................................................................................. 22 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - -
.........................................CAGCCTCCGGTGAGTCCTGGGA........................................................................................................................................................................................... 22 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................TGGGACGGCGCTGGTCGGGAGTCAa....................................................................................................................................................................... 25 a 0.50 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..GATGGGACTGAGAAGCGAGGCCGGG............................................................................................................................................................................................................................... 25 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................TGAGTCCTGGGACGGCGCTG................................................................................................................................................................................... 20 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................TGGGACGGCGCTGGTCGGGAGTC......................................................................................................................................................................... 23 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................CCTGGGACGGCGCTGGTCGGGAGTCA........................................................................................................................................................................ 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....TGGGACTGAGAAGCGAGGCCGGGt.............................................................................................................................................................................................................................. 24 t 0.50 14.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..GATGGGACTGAGAAGCGAGGCCGGGGttt........................................................................................................................................................................................................................... 29 ttt 0.50 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................GCGCTGGTCGGGAGTCAG....................................................................................................................................................................... 18 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................CACGCAAGCAGCCTCCGGTGAGTCCT............................................................................................................................................................................................... 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - -
....TGGGACTGAGAAGCGAGGCC.................................................................................................................................................................................................................................. 20 2 0.50 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................CCTGGGACGGCGCTGGTCGGGA............................................................................................................................................................................ 22 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....GGGACTGAGAAGCGAGGCCGGGGCA............................................................................................................................................................................................................................ 25 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................CCTGGGACGGCGCTGGTCGGGAGTCAG....................................................................................................................................................................... 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...ATGGGACTGAGAAGCGAGGCCGGa............................................................................................................................................................................................................................... 24 a 0.50 1.00 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...ATGGGACTGAGAAGCGAGGCCG................................................................................................................................................................................................................................. 22 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
AGGATGGGACTGAGAAGCGAGGCCGGGGCAGGCCACGCAAGCAGCCTCCGGTGAGTCCTGGGACGGCGCTGGTCGGGAGTCAGGTGGGTGTCTAAAGCTTTGCTCCTGTTTCCTTTCTTGGGCTGGGGGGGGGGGGCGGGGGTCAGAGCTGACTCTTTGCGCATGTGTATCCCTGTGTATGCTTACTGCCCAGAGGTGTCCAGCTCAGTGTCTAAGGTCACAGTGAAGGCAGCCATGTCTTAACATTCAC
.........................................................(((((.(((.....((..((((((...(((....))).((((((((((((((..(((..(((......)))..)))..))))))).)))))))))))))..))(((((..((....))..)))))...)))))))).........................................................
.....................................................54................................................................................................................................................200................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes)
...........................................................................................................................................................................................GCCCAGAGGTGTCCAGCTCAGTGTCTA.................................... 27 1 6.00 6.00 3.00 - 2.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................CCAGAGGTGTCCAGCTCAGTGTCTA.................................... 25 1 5.00 5.00 1.00 - 1.00 - - 1.00 - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................CCAGAGGTGTCCAGCTCAGTGTCTAA................................... 26 1 4.00 4.00 1.00 - 1.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................GGTCACAGTGAAGGCAGCCATGTCTTA........ 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
....................................................................................................................................................................................................TGTCCAGCTCAGTGTCTAAGGTCACA............................ 26 1 2.00 2.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................GTGTCCAGCTCAGTGTCTAAGGTCACA............................ 27 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................GACTCTTTGCGCATGTGTATCCCTGTGTA....................................................................... 29 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................GCTTACTGCCCAGAGGTGTCCAGCTCA........................................... 27 1 2.00 2.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................TCTTTGCGCATGTGTATCCCTGTGTA....................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................AGTGAAGGCAGCCATGTCTTAACATTCAC 29 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................CCTGGGACGGCGCTGGTCGGGAGTCA........................................................................................................................................................................ 26 2 1.00 1.00 - - - - - - 0.50 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................CAGAGGTGTCCAGCTCAGTGTCTAAG.................................. 26 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................GGGTGTCTAAAGCTTTGCTCCTGTTTCCT........................................................................................................................................ 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................GGAGTCAGGTGGGTGTCTAAAGCTTTG.................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................GGTGTCTAAAGCTTTGCTCCTGTTTCCT........................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................CCAGAGGTGTCCAGCTCAGTGTCT..................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................GGTCAGAGCTGACTCTTTGCGCATGTG................................................................................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................CTTTGCTCCTGTTTCCTTTC..................................................................................................................................... 20 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................GGTGTCCAGCTCAGTGTCTAAGGTCACA............................ 28 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TGTCTAAAGCTTTGCTCCTGTTTCCTTTC..................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................GGGAGTCAGGTGGGTGTCTAAAGCTT...................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................GTATGCTTACTGCCCAGAGGTGTCC................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................TCCTGGGACGGCGCTGGTCGGGAGTCA........................................................................................................................................................................ 27 2 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................TAAAGCTTTGCTCCTGTTTCCTTTCT.................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................GTGTCTAAAGCTTTGCTCCTGTTTCCT........................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................CCAGCTCAGTGTCTAAGGTCACAGTGA........................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TGTCTAAAGCTTTGCTCCTGTTTCCT........................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................TCACAGTGAAGGCAGCCATGTCTTAACA..... 28 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................GCCACGCAAGCAGCCTCCGGTGAGTCCat................................................................................................................................................................................................ 29 at 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................CTCTTTGCGCATGTGTATCCCTGTGTAc....................................................................... 28 c 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TCTAAAGCTTTGCTCCTGTTTCCTTTCaa..................................................................................................................................... 29 aa 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................GCCCAGAGGTGTCCAGCTCAGTGTCTAA................................... 28 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................ACTGCCCAGAGGTGTCCAGCTCAGTGTCTA.................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................AGAGCTGACTCTTTGCGCATGTGTATCCC............................................................................. 29 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................CTCTTTGCGCATGTGTATCCCTGTGTA....................................................................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................CAGAGCTGACTCTTTGCGCATGTGTA................................................................................. 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................GGCCACGCAAGCAGCCTCCGGTGAGTCC................................................................................................................................................................................................ 28 2 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................TCCTGGGACGGCGCTGGTCGGGAGTCAt........................................................................................................................................................................ 28 t 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................GGCCACGCAAGCAGCCTCCGGTGAcgc.................................................................................................................................................................................................... 27 cgc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
.................CGAGGCCGGGGCAGGCCACGCAAGCA............................................................................................................................................................................................................... 26 2 1.00 1.00 - - - - - - 0.50 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................CAAGCAGCCTCCGGTGAGTCCTGGGA........................................................................................................................................................................................... 26 2 0.50 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................GCCGGGGCAGGCCACGCAAGCA............................................................................................................................................................................................................... 22 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................GGTGAGTCCTGGGACGGCGCTGGTC................................................................................................................................................................................ 25 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - -
........................................GCAGCCTCCGGTGAGTCCTGGGACG......................................................................................................................................................................................... 25 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................GGGACGGCGCTGGTCGGGAGTCA........................................................................................................................................................................ 23 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - -
............................CAGGCCACGCAAGCAGCCTCCGGTGAGTC................................................................................................................................................................................................. 29 2 0.50 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................AGCCTCCGGTGAGTCCTGGGACGGCGCT.................................................................................................................................................................................... 28 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................GCAGGCCACGCAAGCAGCCTCCGGTGA.................................................................................................................................................................................................... 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................CTGGGACGGCGCTGGTCGGGAGTCA........................................................................................................................................................................ 25 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................GTCCTGGGACGGCGCTGGTCGGGAGTCA........................................................................................................................................................................ 28 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................GGGACGGCGCTGGTCGGGAGTCAcggc........................................................................................................................................................................ 27 cggc 0.50 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................GCAGGCCACGCAAGCAGCCTCCGGTGAGT.................................................................................................................................................................................................. 29 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................GGTGTCCAGCTCAGT......................................... 15 8 0.12 0.12 - - - - - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -