chr17:27696278 27696527 +
(1)
OTHER.ip 		(12)
OTHER.mut 		(2)
OVARY 		(7)
PIWI.ip 		(4)
PIWI.mut 		(1)
TDRD1.ip 		(46)
TESTES

Sense strand
GGACTGGGACTTTCCCTTCTTATTTCAACCCCTAACTAAGGGACAAGGTAGCGAAAAGCCTCAACTTGCCCCAGGTCGCTCTGGGACTCTCTAGCCGGGTGACACCTCAAGGTCACCACCCTTGGGGTGTGTGTGGCAGGGGTAGCGGGTGGAGGGAACACCTGTGTAACTGCTATTTTGTCTCCGTGCATCTCCCCCAGACTCACTGTGTGCTGCCCCACACATAGAGAAGGAGAATGAGCGAGTCGGG
................................................................................(((((........((((((..(((((((((((.......)))))))))))..(((((((.....(((((((.......)))))))....)))))))......)))).))......)))))..................................................
............................................................................77.........................................................................................................................200................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes) 		SRR042486(GSM539878)
mouse ovaries [09-002]. (ovary) 		SRR037900(GSM510436)
testes_rep1. (testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes) 		SRR042485(GSM539877)
mouse testicular tissue [09-002]. (testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
................................................................................................................................................................................................................................TAGAGAAGGAGAATGAGCGAGTCGG. 25 2 68.00 68.00 9.50 8.50 11.50 5.50 0.50 1.00 4.00 3.00 0.50 - 0.50 - 2.50 3.50 0.50 0.50 0.50 - 6.50 - - 0.50 - 4.00 1.50 - - - 0.50 1.00 0.50 0.50 - - - - 0.50 - - 0.50 - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................TAGAGAAGGAGAATGAGCGAGTCGGG 26 2 50.50 50.50 2.50 14.00 8.00 8.00 - 0.50 1.50 2.50 0.50 - 1.50 0.50 3.00 3.00 1.00 - 0.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - 1.00 0.50 - - - - 0.50 - - 0.50 - - - - - - - 0.50
.................................................................................TGGGACTCTCTAGCCGGGTGACACCTCA............................................................................................................................................. 28 1 18.00 18.00 - - 3.00 6.00 1.00 - - - - - 2.00 - - 1.00 - - - 1.00 - - - - 1.00 - - 1.00 - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................TGCCCCACACATAGAGAAGGAGAATGAGC........ 29 2 17.50 17.50 1.50 - - - 3.50 1.00 - 0.50 1.00 0.50 - 0.50 0.50 0.50 4.00 - - - - 1.00 1.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - 0.50 - - 0.50 - - - - - - -
.................................................................................TGGGACTCTCTAGCCGGGTGACACCTC.............................................................................................................................................. 27 1 16.00 16.00 1.00 - 4.00 2.00 - - - - 2.00 - - - - - - - 1.00 3.00 - - - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................TAGAGAAGGAGAATGAGCGAGTCGGt 26 t 6.00 68.00 1.00 0.50 0.50 1.00 - 1.00 - - - - 0.50 - 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - -
.................................................................................TGGGACTCTCTAGCCGGGTGACACC................................................................................................................................................ 25 1 5.00 5.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
................................TAACTAAGGGACAAGGTAGCGAAAAGC............................................................................................................................................................................................... 27 1 5.00 5.00 2.00 - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................TGTAACTGCTATTTTGTCTCCGTGCATC.......................................................... 28 1 5.00 5.00 - - - 1.00 - - 1.00 - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................TAGAGAAGGAGAATGAGCGAGTCG.. 24 2 5.00 5.00 1.50 1.00 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - -
................................TAACTAAGGGACAAGGTAGCGAAtag................................................................................................................................................................................................ 26 tag 4.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................TAACTAAGGGACAAGGTAGCGAAAAGCCTC............................................................................................................................................................................................ 30 1 4.00 4.00 - - - - - - - - 1.00 - - 2.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................CACATAGAGAAGGAGAATGAGCGAGTC... 27 2 3.00 3.00 - 1.00 - 1.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................CGCTCTGGGACTCTCTAGCCGGGTG..................................................................................................................................................... 25 1 3.00 3.00 - - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................CGCTCTGGGACTCTCTAGCCGGGTGACA.................................................................................................................................................. 28 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - - 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................TATTTTGTCTCCGTGCATCTCCCCC.................................................... 25 1 3.00 3.00 - - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................TGCCCCACACATAGAGAAGGAGAATGAG......... 28 2 2.50 2.50 1.00 - - - - - - - 0.50 - - - - - 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................CACACATAGAGAAGGAGAATGAGCGA...... 26 2 2.50 2.50 - 0.50 1.00 - 0.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TTCTTATTTCAACCCCTAACTAAGGGACAAG........................................................................................................................................................................................................... 31 1 2.00 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................TGCTATTTTGTCTCCGTGCATCTCCCC..................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................TGCCCCACACATAGAGAAGGAGAATG........... 26 2 2.00 2.00 - - 0.50 - 0.50 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................TGCCCCACACATAGAGAAGGAGAATGA.......... 27 2 2.00 2.00 0.50 - - - - 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................CCCACACATAGAGAAGGAGAATGAGCG....... 27 2 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................TAAGGGACAAGGTAGCGAAAAGCCTC............................................................................................................................................................................................ 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................TAAGGGACAAGGTAGCGAAAAGCCTCA........................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................TAGAGAAGGAGAATGAGCGAGT.... 22 2 2.00 2.00 - - - - 0.50 - - 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - -
......................................AGGGACAAGGTAGCGAAAAGCCTCAAC......................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................TCTGGGACTCTCTAGCCGGGTGACA.................................................................................................................................................. 25 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
.......................................GGGACAAGGTAGCGAAAAGCCTCAAC......................................................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................TGGGACTCTCTAGCCGGGTGA.................................................................................................................................................... 21 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................TAAGGGACAAGGTAGCGAAAAGCC.............................................................................................................................................................................................. 24 1 2.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
......................................................................................................................................................................TAACTGCTATTTTGTCTCCGTGCATC.......................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................CCCCACACATAGAGAAGGAGAATGAGCG....... 28 2 2.00 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................TGCTGCCCCACACATAGAGAAGGAGAA............. 27 2 2.00 2.00 - - 0.50 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................TAGAGAAGGAGAATGAGCGAGTCGGa 26 a 2.00 68.00 1.00 - - - - - 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................GAGAATGAGCGAGTCGGGctct 22 ctct 2.00 0.00 - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................ACATAGAGAAGGAGAATGAGCGAGTC... 26 2 2.00 2.00 - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - 0.50 -
.............................................................................................................................................................................TATTTTGTCTCCGTGCATCTCCCCCA................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................CACATAGAGAAGGAGAATGAGCGAGT.... 26 2 1.50 1.50 - 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................CACATAGAGAAGGAGAATGAGCGAG..... 25 2 1.50 1.50 - 0.50 - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................TTTCAACCCCTAACTAAGGGACAAGGT......................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................TATTTCAACCCCTAACTAAGGGACAAGGc......................................................................................................................................................................................................... 29 c 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................TGGGACTCTCTAGCCGGt....................................................................................................................................................... 18 t 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................TAACTAAGGGACAAGGTAGCGAAAA................................................................................................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................ACCTGTGTAACTGCTATTTTGTC.................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................GTAACTGCTATTTTGTCTCCGTGCAT........................................................... 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................TAGAGAAGGAGAATGAGCGAGTCGt. 25 t 1.00 5.00 - - 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................TGTGTGTGGCAGGGGTAGCGGa..................................................................................................... 22 a 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................TGCCCCACACATAGAGAAGGAGAATtagg........ 29 tagg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................TCTGGGACTCTCTAGCCGGGTGAC................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................ACACCTGTGTAACTGC............................................................................. 16 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................TAACTAAGGGACAAGGTAGCGAAtagt............................................................................................................................................................................................... 27 tagt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................CTAAGGGACAAGGTAGCGAAAAGCC.............................................................................................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................TGCTGCCCCACACATAGAGAAGGAGAAT............ 28 2 1.00 1.00 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................CCCAGGTCGCTCTGGGACTCTCTAG............................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................TAGCGAAAAGCCTCAACTTGCCCCAGG............................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................CACTGTGTGCTGCCCCACACATAGAGt.................... 27 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................TGTGTGCTGCCCCACACATAGAGAAGG................. 27 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................GACTCACTGTGTGCTGCCCC............................... 20 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................TGGGACTCTCTAGCCGG........................................................................................................................................................ 17 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................TGGGACTCTCTAGCCGGGTGACACCTCAA............................................................................................................................................ 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................TGGGACTCTCTAGCCGGGTGACACa................................................................................................................................................ 25 a 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................TGGGACTCTCTAGCCGGGTGACACCTt.............................................................................................................................................. 27 t 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................GACAAGGTAGCGAAAAGCCTCAACTTGC..................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................TAACTAAGGGACAAGGTAGCGAAAAGCC.............................................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................TAGCGAAAAGCCTCAACTTGCCCCAGGTC............................................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
...........................................CAAGGTAGCGAAAAGCCTC............................................................................................................................................................................................ 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................CATAGAGAAGGAGAATGAGCGAGTC... 25 2 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................AACTGCTATTTTGTCTCCGTGCATC.......................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................TTTCAACCCCTAACTAAGGGACAAGGTAG....................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................TATTTCAACCCCTAACTAAGGGACAAGGTAGt...................................................................................................................................................................................................... 32 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................CAGGTCGCTCTGGGACTCTCTAGCCGG........................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................GTAACTGCTATTTTGTCTCCGTGCATC.......................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................CATAGAGAAGGAGAATGAGCGAG..... 23 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................TGGGACTCTCTAGCCGGGTGACA.................................................................................................................................................. 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................TAACTAAGGGACAAGGTAGCGAAAAG................................................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................TGGGACTCTCTAGCCGGGTGACAC................................................................................................................................................. 24 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................TAACTAAGGGACAAGGTAGC...................................................................................................................................................................................................... 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................GACTCACTGTGTGCTGCCCCACACATt........................ 27 t 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................AGAGAAGGAGAATGAGCGAGTCGGG 25 2 1.00 1.00 - - - - - - 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................CCAGACTCACTGTGTGCTG................................... 19 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................GTGTAACTGCTATTTTGTCTCCGTGC............................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................TGCTATTTTGTCTCCGTGCATCTCCC...................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................TAGCGAAAAGCCTCAACTTGC..................................................................................................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................TATTTTGTCTCCGTGCATCTCCCC..................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................TAGAGAAGGAGAATGAGCGAGTC... 23 2 1.00 1.00 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................TGGGACTCTCTAGCCGGGTGACACCa............................................................................................................................................... 26 a 1.00 5.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................TGGGACTCTCTAGCCGGGTGACACaa............................................................................................................................................... 26 aa 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................TCTGGGACTCTCTAGCCGGGTGACtt................................................................................................................................................. 26 tt 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................TGTAACTGCTATTTTGTCTCCGTGCA............................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................TAACTAAGGGACAAGGTAGCGAAAAGCCT............................................................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................TAACTGCTATTTTGTCTCCGT............................................................... 21 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................TAACTAAGGGACAAGGTAGCGAAAAGCCTCA........................................................................................................................................................................................... 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................TTTTGTCTCCGTGCATCTCCCCCAG.................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................TCTGGGACTCTCTAGCCGG........................................................................................................................................................ 19 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................TGCATCTCCCCCAGACTCACTGTGTGC..................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................TGTAACTGCTATTTTGTCTCCGTGCAa........................................................... 27 a 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................ACCCTTGGGGTGTGTGTGGCAGGa............................................................................................................. 24 a 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................TGTGTAACTGCTATTTTGTCTCCGTG.............................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................TAACTGCTATTTTGTCTCCGTcat............................................................ 24 cat 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................ACACATAGAGAAGGAGAATGAGCGA...... 25 2 1.00 1.00 - - 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................CGAAAAGCCTCAACTTGCCCCAGGTCGC........................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................TGTAACTGCTATTTTGTCTCCGTGCATCT......................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................TTTTGTCTCCGTGCATCTCCCCac................................................... 24 ac 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................GGGACAAGGTAGCGAAAAGCCTCAACT........................................................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................ACACCTGTGTAACTGCTATTTTGTCTCC................................................................. 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................TGCCCCACACATAGAGAAGGAGAATGAGt........ 29 t 1.00 2.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................TGCCCCACACATAGAGAAGGAGAATtagc........ 29 tagc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................CATAGAGAAGGAGAATGAGCGAGTCGG. 27 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................TAAGGGACAAGGTAGCGAAAAGCCTCAA.......................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................AGAAGGAGAATGAGCGAGTCGGG 23 2 1.00 1.00 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................TGTAACTGCTATTTTGTCTCCGTGC............................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................TGTGTAACTGCTATTTTGTCTCCGTGCATC.......................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................TGTCTCCGTGCATCTCCCCC.................................................... 20 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................AGGTAGCGAAAAGCCTCAACTTGCCCCA................................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................AAAGCCTCAACTTGCCCCAGGTCG............................................................................................................................................................................ 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................CACACATAGAGAAGGAGAA............. 19 3 0.67 0.67 - - - - - 0.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................CACACATAGAGAAGGAGAATGAGCGAG..... 27 2 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................CATAGAGAAGGAGAATGAGCGAGTCG.. 26 2 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................ATAGAGAAGGAGAATGAGCGAGTCGG. 26 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................TGCCCCACACATAGAGAAGGAGAATGAGCG....... 30 2 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................ACACATAGAGAAGGAGAATGAGCGAGTC... 28 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................TGCTGCCCCACACATAGAGAAGGA................ 24 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................GAGAATGAGCGAGTCGG. 17 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................TAGAGAAGGAGAATGAGCGAGTCGGGt 27 t 0.50 50.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................CTGTGTGCTGCCCCACACATAGAGAAGGAG............... 30 2 0.50 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................TAGAGAAGGAGAATGAGCGAGTCGGtt 27 tt 0.50 68.00 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................CCCCACACATAGAGAAGGAGAATGAGCGA...... 29 2 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................TGCCCCACACATAGAGAAGGAG............... 22 2 0.50 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................TAGAGAAGGAGAATGAGCGAGTCGGGtt 28 tt 0.50 50.50 - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................TGTGCTGCCCCACACATAGAGAAGGAGA.............. 28 2 0.50 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................ACACATAGAGAAGGAGAATGAGCGAG..... 26 2 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................TGCCCCACACATAGAGAAGGAGAATGt.......... 27 t 0.50 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................TAGAGAAGGAGAATGAGCGAGTCGGtc 27 tc 0.50 68.00 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................TAGAGAAGGAGAATGAGCGAGTCGGGca 28 ca 0.50 50.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................TGCTGCCCCACACATAGAGAAGGAGA.............. 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................TAGAGAAGGAGAATGAGCGAGTCGac 26 ac 0.50 5.00 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................CCCACACATAGAGAAGGAGAATGAGCGA...... 28 2 0.50 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................CCCCACACATAGAGAAGGAGAATGA.......... 25 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................TAGAGAAGGAGAATGAGCGAGTCGGGaa 28 aa 0.50 50.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................ATAGAGAAGGAGAATGAGCGAGTCGGG 27 2 0.50 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................TAGAGAAGGAGAATGAGCGAGTCGGaa 27 aa 0.50 68.00 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................GAGAAGGAGAATGAGCGAGTCGG. 23 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................TGTGTGCTGCCCCACACATAGAGAAGGA................ 28 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................ATAGAGAAGGAGAATGAGCGAGT.... 23 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................ACATAGAGAAGGAGAATGAGCGAGTCG.. 27 2 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................ACACATAGAGAAGGAGAATGAGCG....... 24 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................TAGAGAAGGAGAATGAGCGAGTCt.. 24 t 0.50 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................TAGAGAAGGAGAATGAGCGAGTCGGGa 27 a 0.50 50.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................CATAGAGAAGGAGAATGAGCGAGTCGGG 28 2 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................TAGAGAAGGAGAATGAGCGAGTaggt 26 aggt 0.50 2.00 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................TAGAGAAGGAGAATGAGC........ 18 3 0.33 0.33 - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
GGACTGGGACTTTCCCTTCTTATTTCAACCCCTAACTAAGGGACAAGGTAGCGAAAAGCCTCAACTTGCCCCAGGTCGCTCTGGGACTCTCTAGCCGGGTGACACCTCAAGGTCACCACCCTTGGGGTGTGTGTGGCAGGGGTAGCGGGTGGAGGGAACACCTGTGTAACTGCTATTTTGTCTCCGTGCATCTCCCCCAGACTCACTGTGTGCTGCCCCACACATAGAGAAGGAGAATGAGCGAGTCGGG
................................................................................(((((........((((((..(((((((((((.......)))))))))))..(((((((.....(((((((.......)))))))....)))))))......)))).))......)))))..................................................
............................................................................77.........................................................................................................................200................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes) 		SRR042486(GSM539878)
mouse ovaries [09-002]. (ovary) 		SRR037900(GSM510436)
testes_rep1. (testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes) 		SRR042485(GSM539877)
mouse testicular tissue [09-002]. (testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
..............................................................................................................................................................................................................TGTGTGCTGCCCCACACATAGAGAAGGA................ 28 2 6.50 6.50 - - - - - 2.00 - - - 4.00 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................ACTGTGTGCTGCCCCACACATAGAGAAGGA................ 30 2 2.00 2.00 - - - - - 1.50 - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................CTGTGTGCTGCCCCACACATAGAGAAGGAa................ 30 a 2.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................ACACCTGTGTAACTGCTATTTTGTCT................................................................... 26 1 2.00 2.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................ACTCACTGTGTGCTGCCCCACACATAGA...................... 28 2 1.50 1.50 - - - - - 1.00 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................TGGGACTCTCTAGCCGGGTGACACCTCA............................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................GTGTAACTGCTATTTTGTCTCCGTGCAT........................................................... 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................TGTGTGCTGCCCCACACATAGAGAAGtt.................. 28 tt 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................CACTGTGTGCTGCCCCACACATAcg........................ 25 cg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................GTAGCGAAAAGCCTCAACTTGCCCCA................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................AACACCTGTGTAACTGCTATTTTGTCT................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................CCACACATAGAGAAGGAGAATGAtgc.......... 26 tgc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................ACCTGTGTAACTGCTATTTTGTCTCCG................................................................ 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................GTGTGCTGCCCCACAcac............................ 18 cac 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................TGGGGTGTGTGTGGCAGGGGTAGCG....................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................GTCGCTCTGGGACTCTCTAGCCGGGT...................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................ACACATAGAGAAGGAGAATGAGCGAGTC... 28 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................TCTTATTTCAACCCCTAACTAA................................................................................................................................................................................................................... 22 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................GGACTCTCTAGCCGGGTGACACCTCA............................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............CCCTTCTTATTTCAACCCCTAACTA.................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................CCACACATAGAGAAGGAGAATGAGCtgc........ 28 tgc 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................GCTGCCCCACACATAGAGAAGGAccc................ 26 ccc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................TGTGCTGCCCCACACATAGAGAAGGA................ 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................GCTGCCCCACACATAGAG..................... 18 2 0.50 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................CACACATAGAGAAGGAGAATGAGCGA...... 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................CTGTGTGCTGCCCCACACATAGAGAAGGA................ 29 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................GTGCTGCCCCACACATAGAGAAGGAcca................ 28 cca 0.50 0.00 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................GCTGCCCCACACATAGAGAAGGAGAATGA.......... 29 2 0.50 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................GTGCTGCCCCACACATAGAGAAGGA................ 25 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................GTGTGCTGCCCCACACATAGAGAAGGA................ 27 2 0.50 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................CATAGAGAAGGAGAATGAGCGAGTC... 25 2 0.50 0.50 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................GTGCTGCCCCACACATAGAGAAGGAgca................ 28 gca 0.50 0.00 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................GCTGCCCCACACATAGAGAAGGAGAA............. 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................GTGCTGCCCCACACATAGAGAAGGAcc................ 27 cc 0.50 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................GTGTGCTGCCCCACACATAGAGAAGGAc................ 28 c 0.50 0.00 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................CTGTGTGCTGCCCCACACATAGAGA.................... 25 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................TGTGCTGCCCCACACATAG....................... 19 2 0.50 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................TGTGTGCTGCCCCACACATAGAGAAGG................. 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -