(7)
OTHER.mut
(1)
OVARY
(2)
PIWI.ip
(4)
PIWI.mut
(32)
TESTES

Sense strand
GCTGCCCTCCCTCCCCCATTCCTGCAGCCCAGTTGTATAGTACCACCTTCCATCACCGAACAGTCAGCTGTTTATAGACAGTCTCAGGGTGTTCGCTCCCCAGGCCTCTCAGCTGTGATTTCTATCAACAACCCTTGGGCTGGGCAGGATGAGAAGAGTTTGGCTGGAAGCCCTGCTCAGCCAACCACCTCTCTCCTCAGAGCACATATTCATCCATGAAACGCTTTGCCATTCGACGGAAAGCCCAATT
...................................................................................................................((((....)))).......((.(((..(((............)))..))).))..................................................................................
..................................................................................................................115.....................................................171.............................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes)
SRR042486(GSM539878)
mouse ovaries [09-002]. (ovary)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR051941(GSM545785)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l-/-). (mov10L testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
GSM509276(GSM509276)
small RNA cloning by length. (testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
................................................................................................................................................CAGGATGAGAAGAGTTTGGCTG.................................................................................... 22 1 30.00 30.00 18.00 - 2.00 - - - 3.00 1.00 - 1.00 1.00 - - - - 1.00 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................CAGGATGAGAAGAGTTTGGCTGG................................................................................... 23 1 25.00 25.00 5.00 - 2.00 3.00 2.00 3.00 - 1.00 - 1.00 2.00 - 1.00 - - 1.00 - - - 2.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - -
................................................................................................................................................CAGGATGAGAAGAGTTTGGCT..................................................................................... 21 1 21.00 21.00 5.00 - - 1.00 - 2.00 2.00 1.00 4.00 1.00 - - 1.00 1.00 - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
................................................................................................................................................CAGGATGAGAAGAGTTTGGCTGGA.................................................................................. 24 1 20.00 20.00 13.00 - 5.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................CAGGATGAGAAGAGTTTGGCTGa................................................................................... 23 a 19.00 30.00 6.00 - 9.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................AGGATGAGAAGAGTTTGGCTGG................................................................................... 22 1 17.00 17.00 - - 4.00 4.00 - 1.00 - 1.00 - 1.00 - 1.00 - 1.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 1.00
................................................................................................................................................CAGGATGAGAAGAGTTTGGCTGt................................................................................... 23 t 12.00 30.00 - 7.00 - 1.00 3.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................GCAGGATGAGAAGAGTTTGGCTGt................................................................................... 24 t 11.00 3.00 - 5.00 - 1.00 2.00 - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
................................................................................................................................................CAGGATGAGAAGAGTTTGGCTGGt.................................................................................. 24 t 10.00 25.00 - 9.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................GCAGGATGAGAAGAGTTTGGCT..................................................................................... 22 1 9.00 9.00 - - - - - - 1.00 1.00 1.00 1.00 - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - 1.00 1.00 - - - - - - -
................................................................................................................................................CAGGATGAGAAGAGTTTGG....................................................................................... 19 1 7.00 7.00 - - - 2.00 1.00 - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................CAGGATGAGAAGAGTTTGGC...................................................................................... 20 1 6.00 6.00 - - 1.00 1.00 1.00 - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................GGCAGGATGAGAAGAGTTTGGCTGtagt................................................................................ 28 tagt 6.00 0.00 - 6.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................GCAGGATGAGAAGAGTTTGGCTGta.................................................................................. 25 ta 6.00 3.00 6.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................CAGGATGAGAAGAGTTTGGCTGta.................................................................................. 24 ta 5.00 30.00 5.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................CAGGATGAGAAGAGTTTGGCTGGAA................................................................................. 25 1 4.00 4.00 - - - 1.00 - 1.00 - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................GGCAGGATGAGAAGAGTTTGGCT..................................................................................... 23 1 4.00 4.00 - - - - - - 1.00 1.00 - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................GCAGGATGAGAAGAGTTTGGCTG.................................................................................... 23 1 3.00 3.00 - - - 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................CAGGATGAGAAGAGTTTGGCTGGAAt................................................................................ 26 t 3.00 4.00 - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................AGGATGAGAAGAGTTTGGCTGGt.................................................................................. 23 t 3.00 17.00 - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................AGGATGAGAAGAGTTTGGCTGt................................................................................... 22 t 3.00 1.00 - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................CAGGATGAGAAGAGTTTGGCTGGc.................................................................................. 24 c 2.00 25.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................GCAGGATGAGAAGAGTTTGGCTt.................................................................................... 23 t 2.00 9.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
................................................................................................................................................CAGGATGAGAAGAGTTTGGCTGaa.................................................................................. 24 aa 2.00 30.00 - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................GCAGGATGAGAAGAGTTTGG....................................................................................... 20 1 2.00 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................AGGATGAGAAGAGTTTGGCTGa................................................................................... 22 a 2.00 1.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................AGGATGAGAAGAGTTTGGCTGGAA................................................................................. 24 1 2.00 2.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................CAGGATGAGAAGAGTTTGGCTGaaa................................................................................. 25 aaa 2.00 30.00 - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................GGCAGGATGAGAAGAGTTTGGCTGt................................................................................... 25 t 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................CAGGATGAGAAGAGTTTGGCTtgt.................................................................................. 24 tgt 1.00 21.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................CAGGATGAGAAGAGTTTGGaa..................................................................................... 21 aa 1.00 7.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................AGGATGAGAAGAGTTTGGCTGGAt................................................................................. 24 t 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................CAGGATGAGAAGAGTTTGGCTGaat................................................................................. 25 aat 1.00 30.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................GCAGGATGAGAAGAGTTTGGCTGtt.................................................................................. 25 tt 1.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
.................................................................................................................................................AGGATGAGAAGAGTTTGGa...................................................................................... 19 a 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................CAGGATGAGAAGAGTTTGGCTGGAAaa............................................................................... 27 aa 1.00 4.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................CAGGATGAGAAGAGTTTGGCTGGtaaa............................................................................... 27 taaa 1.00 25.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................AGGATGAGAAGAGTTTGGCTG.................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................CAGGATGAGAAGAGTTTGGCTGGtt................................................................................. 25 tt 1.00 25.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................AGGATGAGAAGAGTTTGGCTGGA.................................................................................. 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................CAGGATGAGAAGAGTTTGGCTa.................................................................................... 22 a 1.00 21.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................AGGATGAGAAGAGTTTGGCTGaa.................................................................................. 23 aa 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................CAGGATGAGAAGAGTTTtgct..................................................................................... 21 tgct 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................CAGGATGAGAAGAGTTTGGa...................................................................................... 20 a 1.00 7.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................AGGATGAGAAGAGTTTGGCTGtaa................................................................................. 24 taa 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................CAGGATGAGAAGAGTTTGGCTGtaa................................................................................. 25 taa 1.00 30.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................CAGGATGAGAAGAGTTTGGCTGGtttt............................................................................... 27 tttt 1.00 25.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................AGGATGAGAAGAGTTTGGCTGaat................................................................................. 24 aat 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................CAGGATGAGAAGAGTTTGGCTaa................................................................................... 23 aa 1.00 21.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................GCAGGATGAGAAGAGTTTGGC...................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................GGGCAGGATGAGAAGAGTTTGGC...................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................TTCTATCAACAACCCagct................................................................................................................ 19 agct 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
...............................................................................................................................................GCAGGATGAGAAGAGTTTGGCTGtat................................................................................. 26 tat 1.00 3.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................CAGGATGAGAAGAGTTTGGCTGtagt................................................................................ 26 tagt 1.00 30.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................CTTGGGCTGGGCAGGATGAGAA............................................................................................... 22 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................TTCATCCATGAAACGCTTTGCCATTC................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................GCAGGATGAGAAGAGTTTagct..................................................................................... 22 agct 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................AGGATGAGAAGAGTTTGGCT..................................................................................... 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................CAGGATGAGAAGAGTTTGGCTat................................................................................... 23 at 1.00 21.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
................................................................................GTCTCAGGGTGTTCGCTCCCCA.................................................................................................................................................... 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
...............................................................................................................................................GCAGGATGAGAAGAGTTTGGCTGG................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................AGGATGAGAAGAGTTTGGCTGGAAt................................................................................ 25 t 1.00 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
GCTGCCCTCCCTCCCCCATTCCTGCAGCCCAGTTGTATAGTACCACCTTCCATCACCGAACAGTCAGCTGTTTATAGACAGTCTCAGGGTGTTCGCTCCCCAGGCCTCTCAGCTGTGATTTCTATCAACAACCCTTGGGCTGGGCAGGATGAGAAGAGTTTGGCTGGAAGCCCTGCTCAGCCAACCACCTCTCTCCTCAGAGCACATATTCATCCATGAAACGCTTTGCCATTCGACGGAAAGCCCAATT
...................................................................................................................((((....)))).......((.(((..(((............)))..))).))..................................................................................
..................................................................................................................115.....................................................171.............................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes)
SRR042486(GSM539878)
mouse ovaries [09-002]. (ovary)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR051941(GSM545785)
18-32 nt total small RNAs (Mov10l-/-). (mov10L testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
GSM509276(GSM509276)
small RNA cloning by length. (testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
..................................................................................................................................................................................................CCTCAGAGCACATATTCATCCATGAA.............................. 26 1 8.00 8.00 - 8.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................ACCTCTCTCCTCAGAGCACATATTCA...................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................TACCACCTTCCATtta..................................................................................................................................................................................................... 16 tta 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................ACCTCTCTCCTCAGAGCACATATTC....................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................TCTCTCCTCAGAGCACATATTCATCCA.................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................TCCTCAGAGCACATA.......................................... 15 16 0.06 0.06 - - - 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -