(5)
OTHER.mut
(1)
OVARY
(8)
PIWI.ip
(4)
PIWI.mut
(35)
TESTES

Sense strand
TTACCTTTGTCCCAAGTTCTAGAACAGAGTTCCAGCAAATAGTGTTTTAATCTGGCCCATTACATGGGAAAACACAATTATAGACCTCCCACTTTATGCTGATTTGGGTAACAGGCCAGTCACTGACATTCAGGGTTTCTACCTGACTTTGGATGCTGGTTCTCAGGACTGACTTCTCAGTTGTTGACTCTCATGTGCAGATTTACAAGATTGGTCAAGGCTACCTCATCAAGGATGGCAAACTGATCAA


Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
GSM509276(GSM509276)
small RNA cloning by length. (testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes)
SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes)
SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
.............................................................................................................................................................................................................................TACCTCATCAAGGATGGCAAACTGATC.. 27 7 35.57 35.57 - 11.14 9.71 6.00 1.00 3.43 2.00 - 0.14 - 0.14 0.14 0.29 0.43 - 0.14 0.14 0.14 - - 0.29 0.29 - 0.14 - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................TTGTTGACTCTCATGTGCAG.................................................. 20 1 9.00 9.00 9.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................ACTTCTCAGTTGTTGACTCTCATGTGCAG.................................................. 29 1 8.00 8.00 8.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................CTCAGTTGTTGACTCTCATGTGCAG.................................................. 25 1 6.00 6.00 6.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................TACCTCATCAAGGATGGCAAACTGATCA. 28 7 4.00 4.00 - 1.14 1.14 1.00 - 0.14 0.29 - - - - 0.14 - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................TACCTCATCAAGGATGGCAAACTGATCAA 29 7 1.71 1.71 - 0.29 0.57 0.43 - 0.43 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................AAGATTGGTCAAGGCTACCTCcta.................... 24 cta 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................TCAAGGATGGCAAACTGATCAAgaaa 26 gaaa 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................CCTCATCAAGGATGGCAAACTGATa.. 25 a 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................GATTTACAAGATTGGTCAAGGCTACCac....................... 28 ac 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................ACCTCATCAAGGATGGCAAACTGATa.. 26 a 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................CCATTACATGGGAAActga............................................................................................................................................................................... 19 ctga 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................AAGATTGGTCAAGGCTACCTCATa.................... 24 a 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................TCATCAAGGATGGCAAACTGATCAAgat 28 gat 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................TCAAGGATGGCAAACTGATCAAgaag 26 gaag 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................TGACATTCAGGGgatt............................................................................................................... 16 gatt 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................TCAAGGATGGCAAACTGATCAAgata 26 gata 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................TACCTCATCAAGGATGGCAAACTGA.... 25 7 0.86 0.86 - 0.14 - 0.29 - - 0.29 - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................TACCTCATCAAGGATGGCAAACTGAT... 26 7 0.86 0.86 - - 0.29 0.29 - 0.29 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................TACCTCATCAAGGATGGCAAACTGATCt. 28 t 0.86 35.57 - 0.14 0.14 - - 0.29 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................TACAAGATTGGTCAAGGCTACCTCATC.................... 27 10 0.70 0.70 - - - - - - - - 0.10 - - - 0.20 - - - - 0.10 - - - - - 0.10 0.20 - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................TTACAAGATTGGTCAAGGCTACCTCATC.................... 28 10 0.60 0.60 - - - - - - - 0.10 0.10 - - 0.10 0.20 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................ACCTCATCAAGGATGGCAAACTGATCA. 27 7 0.57 0.57 - 0.29 0.29 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................ACCTCATCAAGGATGGCAAACTGATCAA 28 7 0.57 0.57 - 0.14 0.29 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................ACCTCATCAAGGATGGCAAACTGATC.. 26 7 0.57 0.57 - - 0.14 0.14 0.14 - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................GTTGACTCTCATGTGCAG.................................................. 18 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................TCAAGGATGGCAAACTGATCA. 21 8 0.38 0.38 - - - - 0.38 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................ATCAAGGATGGCAAACTGATC.. 21 8 0.38 0.38 - - - - - - - - - - - 0.12 - - - - - 0.12 - - - - 0.12 - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................ATCAAGGATGGCAAACTGATCA. 22 8 0.38 0.38 - - - - 0.12 - - - - - - - - - - 0.12 - - - - - - 0.12 - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................ATTTACAAGATTGGTCAAGGCTACCTCA...................... 28 10 0.30 0.30 - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................CCTCATCAAGGATGGCAAACTGATCAA 27 7 0.29 0.29 - - - - - 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................CATCAAGGATGGCAAACTGATC.. 22 7 0.29 0.29 - - - - 0.29 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................TACAAGATTGGTCAAGGCTACCTCAT..................... 26 10 0.20 0.20 - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.10 - -
............................................................................................................................................................................................................ACAAGATTGGTCAAGGCTACCTCATC.................... 26 10 0.20 0.20 - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.10 - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................CAAGATTGGTCAAGGCTACCTCATC.................... 25 10 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.10 0.10 - - -
........................................................................................................................................................................................................ATTTACAAGATTGGTCAAGGCT............................ 22 12 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................CCTCATCAAGGATGGCAAACTGATCA. 26 7 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................CCTCATCAAGGATGGCAAACTGA.... 23 7 0.14 0.14 - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................TACCTCATCAAGGATGGCAAACTGATa.. 27 a 0.14 0.86 - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................ACCTCATCAAGGATGGCAAACTGA.... 24 7 0.14 0.14 - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................CTCATCAAGGATGGCAAACTGATCAA 26 7 0.14 0.14 - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................CTCATCAAGGATGGCAAACTGATCA. 25 7 0.14 0.14 - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................TACCTCATCAAGGATGGCAAACTtatc.. 27 tatc 0.14 0.14 - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................TACCTCATCAAGGATGGCAAACTGATCAAgt 31 gt 0.14 1.71 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................CATCAAGGATGGCAAACTG..... 19 7 0.14 0.14 - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................TCATCAAGGATGGCAAACTGATC.. 23 7 0.14 0.14 - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................CCTCATCAAGGATGGCAAACT...... 21 7 0.14 0.14 - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................CTCATCAAGGATGGCAAACTG..... 21 7 0.14 0.14 - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................TACCTCATCAAGGATGGCAAACT...... 23 7 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................CTCATCAAGGATGGCAAACTGA.... 22 7 0.14 0.14 - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................TACCTCATCAAGGATGGCAAACTGATCtt 29 tt 0.14 35.57 - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................CCTCATCAAGGATGGCAAACTG..... 22 7 0.14 0.14 - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................AAGGATGGCAAACTGATCAA 20 8 0.12 0.12 - - - - - - - - - - - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................ATCAAGGATGGCAAACTGATa.. 21 a 0.12 0.12 - - - - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................TCAAGGATGGCAAACTGATC.. 20 8 0.12 0.12 - - - - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................CAAGATTGGTCAAGGCTACCTCATCAAGGATGGCA.......... 35 8 0.12 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................ATCAAGGATGGCAAACTGAT... 20 8 0.12 0.12 - - - - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................CAAGGATGGCAAACTGATCAA 21 8 0.12 0.12 - - - - - - - - - - - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................AGGATGGCAAACTGATCA. 18 9 0.11 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.11 - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................AAGGATGGCAAACTGATC.. 18 9 0.11 0.11 - - - - 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................TTGGTCAAGGCTACCTCATCAAGGA............... 25 10 0.10 0.10 - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................ATTGGTCAAGGCTACCTCATCAAGGA............... 26 10 0.10 0.10 - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................CAAGATTGGTCAAGGCTACCTCATCAAG................. 28 10 0.10 0.10 - - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................TTGGTCAAGGCTACCTCATCAAGGAT.............. 26 10 0.10 0.10 - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................CAAGATTGGTCAAGGCTACCTCAT..................... 24 10 0.10 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.10 - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................CAAGATTGGTCAAGGCTACCTCATCA................... 26 10 0.10 0.10 - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................AAGATTGGTCAAGGCTACCTCATC.................... 24 10 0.10 0.10 - - - - - - - - 0.10 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................GATTTACAAGATTGGTCAAGGCTACCTC....................... 28 11 0.09 0.09 - - - - - - - - 0.09 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................ACAAGATTGGTCAAGGCTACCTC....................... 23 11 0.09 0.09 - - - - - - - 0.09 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................CAAGGATGGCAAACTG..... 16 11 0.09 0.09 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.09 -
................................................................................................................................................................................................................GATTGGTCAAGGCTACCT........................ 18 12 0.08 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................TTACAAGATTGGTCAAGGCTACC......................... 23 12 0.08 0.08 - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................ATTTACAAGATTGGTCAAGGC............................. 21 12 0.08 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.08
......................................................................................................................................................................................................AGATTTACAAGATTGGTCAAGGCTA........................... 25 12 0.08 0.08 - - - - - - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................ATTGGTCAAGGCTACCT........................ 17 12 0.08 0.08 - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................TACAAGATTGGTCAAGGCTA........................... 20 12 0.08 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................AAGATTGGTCAAGGCTAC.......................... 18 12 0.08 0.08 - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................ACAAGATTGGTCAAGGCTACCT........................ 22 12 0.08 0.08 - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
TTACCTTTGTCCCAAGTTCTAGAACAGAGTTCCAGCAAATAGTGTTTTAATCTGGCCCATTACATGGGAAAACACAATTATAGACCTCCCACTTTATGCTGATTTGGGTAACAGGCCAGTCACTGACATTCAGGGTTTCTACCTGACTTTGGATGCTGGTTCTCAGGACTGACTTCTCAGTTGTTGACTCTCATGTGCAGATTTACAAGATTGGTCAAGGCTACCTCATCAAGGATGGCAAACTGATCAA


Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
GSM509276(GSM509276)
small RNA cloning by length. (testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes)
SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes)
SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)