(1)
OTHER.ip
(6)
OTHER.mut
(1)
OVARY
(5)
PIWI.ip
(3)
PIWI.mut
(32)
TESTES

Sense strand
AGGTGAAGCCCCGGGAGCCCAAGCGGAACCGCATCATCCTGAACCTGAAGGTGATTGACAAGGGTCCGGGAGGTGGCAGCACTGCGCAGGGCACCGGGGCACTGGCCCGCCCGAAAGTCCCCTCGCGGAACCGGGTCATTGGGAAGAGCAAGAAGTTCAGCGAGAGCATGCTCCGTACCCAGATCCGCCACATGAAGTTTGGCACATTTGCGCTCTACAAGCCCCCTCCTGCCCCTCTGGCGCCCTCTAC
...........................................(((((.......((((..((.((((.((((.(((.((.....)).((((....((((....))))))))....))).)))).)))).))..)))))))))..((((.....)))).((....))...................................................................................
........................................41................................................................................................................................171.............................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes)
GSM509276(GSM509276)
small RNA cloning by length. (testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
.......................................................................................................................................................................................................TGGCACATTTGCGCTCTACAAGCCCCCTC...................... 29 1 42.00 42.00 15.00 11.00 - 8.00 8.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................TGAACCTGAAGGTGATTGACAAGGGTC........................................................................................................................................................................................ 27 1 32.00 32.00 - 1.00 10.00 - - 6.00 4.00 1.00 2.00 1.00 - - 3.00 - - 3.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................TGGCACATTTGCGCTCTACAAGCCCCC........................ 27 1 27.00 27.00 8.00 12.00 - 3.00 2.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................TGAACCTGAAGGTGATTGACAAGGGTCC....................................................................................................................................................................................... 28 1 18.00 18.00 - - 9.00 - - 2.00 2.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 1.00 - -
....................................TCCTGAACCTGAAGGTGATTGACAAG............................................................................................................................................................................................ 26 1 18.00 18.00 3.00 6.00 - 1.00 - 7.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................TGGCACATTTGCGCTCTACAAGCCCCCT....................... 28 1 17.00 17.00 8.00 7.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................TGAACCTGAAGGTGATTGACAAGGGT......................................................................................................................................................................................... 26 1 17.00 17.00 - - 9.00 - - - 2.00 1.00 - 2.00 - - - - - - - 1.00 - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - -
...................CAAGCGGAACCGCATCATCCTGAACCT............................................................................................................................................................................................................ 27 1 15.00 15.00 5.00 4.00 - 2.00 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................TGGCACATTTGCGCTCTACAAGCCCCCTCC..................... 30 1 15.00 15.00 5.00 2.00 - 5.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................TGAAGGTGATTGACAAGGGTCCGGGA................................................................................................................................................................................... 26 1 12.00 12.00 3.00 4.00 1.00 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................TGAACCTGAAGGTGATTGACAAGGG.......................................................................................................................................................................................... 25 1 8.00 8.00 1.00 1.00 2.00 - - - 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................TGAAGTTTGGCACATTTGCGCTCTACA............................... 27 1 7.00 7.00 - - - - 1.00 3.00 - 1.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................TGAAGTTTGGCACATTTGCGCTCTAC................................ 26 1 7.00 7.00 - - - - - 4.00 - 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................TGAAGGTGATTGACAAGGGTCCGGGAG.................................................................................................................................................................................. 27 1 6.00 6.00 1.00 - 1.00 2.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................TGAAGGTGATTGACAAGGGTCCGGG.................................................................................................................................................................................... 25 1 6.00 6.00 2.00 1.00 - - - - 1.00 - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................TGGGAAGAGCAAGAAGTTCAGCGAGAGC................................................................................... 28 1 6.00 6.00 1.00 4.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................TGCTCCGTACCCAGATCCGCCACATGAA...................................................... 28 1 5.00 5.00 - - 1.00 - 1.00 - 2.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
....................AAGCGGAACCGCATCATCCTGAACCTG........................................................................................................................................................................................................... 27 1 4.00 4.00 2.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................ACCGGGTCATTGGGAAGAGCAAG.................................................................................................. 23 1 4.00 4.00 - - - - - - - - - - - - - - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................CAAGCGGAACCGCATCATCCTGAACCTG........................................................................................................................................................................................................... 28 1 4.00 4.00 2.00 - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................TGAAGTTTGGCACATTTGCGCTCTA................................. 25 1 4.00 4.00 - - - - - - - - 1.00 - 2.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................CGGAACCGCATCATCCTGAACCTGAAG........................................................................................................................................................................................................ 27 1 4.00 4.00 - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - -
.......................................................TGACAAGGGTCCGGGAGGTGGCAGCAC........................................................................................................................................................................ 27 1 3.00 3.00 1.00 - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................TCCGTACCCAGATCCGCCACATGAAGT.................................................... 27 1 3.00 3.00 - - 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................TTGGCACATTTGCGCTCTACAAGCCCCC........................ 28 1 3.00 3.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................AAAGTCCCCTCGCGGAACCGGGTCAT............................................................................................................... 26 1 3.00 3.00 - 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................TACAAGCCCCCTCCTGCCCCTCTGGCGC....... 28 1 3.00 3.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................AAGTTTGGCACATTTGCGCTCTACAAGCCC.......................... 30 1 3.00 3.00 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................CAAGCGGAACCGCATCATCCTGAACC............................................................................................................................................................................................................. 26 1 2.00 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................TGCGCTCTACAAGCCCCCTCCTGCCCCTC............. 29 1 2.00 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
...........................................................................................................................................................................TCCGTACCCAGATCCGCCACATGAAG..................................................... 26 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................TACCCAGATCCGCCACAT......................................................... 18 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................TTGGCACATTTGCGCTCTACAAGCCCCCTC...................... 30 1 2.00 2.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................CCGTACCCAGATCCGCCACATGAAGTT................................................... 27 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................TGCGCTCTACAAGCCCCCTCCTGCCCC............... 27 1 2.00 2.00 - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................TGAAGGTGATTGACAAGGGTCCGGGt................................................................................................................................................................................... 26 t 2.00 6.00 - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................TCCTGAACCTGAAGGTGATTGACAAGG........................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................GCGGAACCGCATCATCCTGAACCTGAAG........................................................................................................................................................................................................ 28 1 2.00 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................CCCAAGCGGAACCGCATCATCCTGAAC.............................................................................................................................................................................................................. 27 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................TTGGGAAGAGCAAGAAGTTCAGCGA....................................................................................... 25 1 2.00 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................TGAACCTGAAGGTGATTGACAAGG........................................................................................................................................................................................... 24 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................TGGGAAGAGCAAGAAGTTCAGCGAGA..................................................................................... 26 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................TCGCGGAACCGGGTCATTGGGAAGA....................................................................................................... 25 1 2.00 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................TGGCACATTTGCGCTCTACAAGCCCC......................... 26 1 2.00 2.00 - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................TGACAAGGGTCCGGGAGGTGGCAGC.......................................................................................................................................................................... 25 1 2.00 2.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................CATTTGCGCTCTACAAGCCCCCTCCTG................... 27 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................TGAACCTGAAGGTGATTGACAAGGGTCCG...................................................................................................................................................................................... 29 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
.......................................................................................................................................................................................................................TACAAGCCCCCTCCTGCCCCTCTGGCG........ 27 1 2.00 2.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................TGATTGACAAGGGTCCGGGAGGTGGC............................................................................................................................................................................. 26 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................TTGACAAGGGTCCGGGAGGTGGCAGC.......................................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................TGACAAGGGTCCGGGAGGTGGCAGCACT....................................................................................................................................................................... 28 1 2.00 2.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................CAAGAAGTTCAGCGAGAGCATGCTCCGT.......................................................................... 28 1 2.00 2.00 - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................TGAACCTGAAGGTGATTGACAAGGGcc........................................................................................................................................................................................ 27 cc 1.00 8.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................TACCCAGATCCGCCACATGAAGTTTGGCA.............................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................TTTGCGCTCTACAAGCCCCCTCCTGCCC................ 28 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................TGGGAAGAGCAAGAAGTTCAGCGAGAG.................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................TGAAGTTTGGCACATTTGCGCTCTACAAG............................. 29 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................AGCGGAACCGCATCATCCTGAACCTG........................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................CGGGGCACTGGCCCGCCCGAAAGTC................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................TGAAGGTGATTGACAAGGGTCCGac.................................................................................................................................................................................... 25 ac 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................TCCGGGAGGTGGCAGCACTGCGCAGG................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................CCCCTCGCGGAACCGGGTCATTGGGA.......................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................TTGGCACATTTGCGCTCTACAAGCCCC......................... 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................AACCTGAAGGTGATTGACAAGGGTCC....................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................TGAAGTTTGGCACATTTGCGCTC................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................AGTTTGGCACATTTGCGCTCTACAAGCC........................... 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................TGAAGGTGATTGACAAGGGTCCGGGg................................................................................................................................................................................... 26 g 1.00 6.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................TGAAGTTTGGCACATTTGCGCTCTcca............................... 27 cca 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................ACATGAAGTTTGGCACATTTGCGCTCT.................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................ACAAGGGTCCGGGAGGTGGCAGCAat....................................................................................................................................................................... 26 at 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................GCCCAAGCGGAACCGCATCATCCTGAAC.............................................................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................CCAAGCGGAACCGCATCATCCTGAACC............................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................TGCGCTCTACAAGCCCCCTCCTGCCCCTa............. 29 a 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................TGAAGGTGATTGACAAGGGTCCGGGAGt................................................................................................................................................................................. 28 t 1.00 6.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TGGCCCGCCCGAAAGTCCCCTCGCGGAA........................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................GCGGAACCGCATCATCCTGAACCTG........................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................TCGCGGAACCGGGTCATTGGGAAGAGC..................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................CATGAAGTTTGGCACATTTGCGCTCT.................................. 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................AGAGCAAGAAGTTCAGCGAGAGCATG................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................TGGCCCGCCCGAAAGTCCCCTCGCGa.......................................................................................................................... 26 a 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................CCTGAACCTGAAGGTGATTGACAAGGG.......................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
..................................................................................................................AAGTCCCCTCGCGGAACCGGGTCATTGGG........................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................GAAAGTCCCCTCGCGGAACCGGGTCA................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00
...............................................................................................................................................................................................ATGAAGTTTGGCACATTTGCGCTCTt................................. 26 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................TGCGCAGGGCACCGGGGCACTGGCCCGC............................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................TGGGAAGAGCAAGAAGTTCAGCGAG...................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................TGGCACATTTGCGCTCTACAAGCCC.......................... 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................GAACCGCATCATCCTGAACCTGA.......................................................................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
............................................................AGGGTCCGGGAGGTGGCAGCACTGCGCA.................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................CGGAACCGCATCATCCTGAACCTGAAGGTG..................................................................................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................AGCAAGAAGTTCAGCGAGAGCATGCTCC............................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................AAGCGGAACCGCATCATCCTGAACCTGA.......................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................TCGCGGAACCGGGTCATTGGGAAGAG...................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................TGAAGTTTGGCACATTTGCGCTCTACAAGC............................ 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................TCCGTACCCAGATCCGCCACATGAAGTTT.................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................TTGGGAAGAGCAAGAAGTTCAG.......................................................................................... 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
........................GGAACCGCATCATCCTGAACCTGAAGc....................................................................................................................................................................................................... 27 c 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................GGAAGAGCAAGAAGTTCAGCGAGAGC................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................TACCCAGATCCGCCACATGAAGTTTGGCACA............................................ 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................TGAAGTTTGGCACATTTGCGCT.................................... 22 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................TCGCGGAACCGGGTCATTGttt.......................................................................................................... 22 ttt 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................GCCCAAGCGGAACCGCATCATCCTGAACC............................................................................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................TTGGCACATTTGCGCTCTACAAGCCCCCT....................... 29 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................AAGAAGTTCAGCGAGAGCATGCTCCGTA......................................................................... 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................TCATCCTGAACCTGAAGGTGATTGACAA............................................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................AGCGGAACCGCATCATCCTGAACCTGA.......................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................AGTCCCCTCGCGGAACCGGGTCATTGGG........................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................TGAACCTGAAGGTGATTGACAAGGGgcc....................................................................................................................................................................................... 28 gcc 1.00 8.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................TCCCCTCGCGGAACCGGGTCATTGGGAAG........................................................................................................ 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
...................................................TGATTGACAAGGGTCCGGGAGGTGG.............................................................................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................TCCGTACCCAGATCCGCCACATGAAGTT................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................AAGTTTGGCACATTTGCGCTCTACAAGCC........................... 29 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................GGAAGAGCAAGAAGTTCAGCGAGAG.................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................GAAGAGCAAGAAGTTCAGCGAGAGCATG................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................TGCTCCGTACCCAGATCCGCCACATGA....................................................... 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................TGAAGGTGATTGACAAGGGTCCGGGAa.................................................................................................................................................................................. 27 a 1.00 12.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................CAAGAAGTTCAGCGAGAGCATGCTCC............................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................TGAACCTGAAGGTGATTGACAAG............................................................................................................................................................................................ 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................GAAGAGCAAGAAGTTCAGCGAGAGCATGC............................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................TCCTGAACCTGAAGGTGATTGACAAGt........................................................................................................................................................................................... 27 t 1.00 18.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................TACAAGCCCCCTCCTGCCCCTCTGGCGt....... 28 t 1.00 2.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................AGAAGTTCAGCGAGAGCATGCTCCGTACC....................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................GACAAGGGTCCGGGAGGTGGgagc.......................................................................................................................................................................... 24 gagc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................GGGAAGAGCAAGAAGTTCAGCGAGAGC................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................TACAAGCCCCCTCCTGCCCCTCTGGCGCC...... 29 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................TGAAGGTGATTGACAAGGGTCCGGGAtgag............................................................................................................................................................................... 30 tgag 1.00 12.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................TGAACCTGAAGGTGATTGACAAGGGgc........................................................................................................................................................................................ 27 gc 1.00 8.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................CAAGGGTCCGGGAGGTGGCAGCACTGt..................................................................................................................................................................... 27 t 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................CCGGGTCATTGGGAAGAGCAAGAAGT.............................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................CGCGGAACCGGGTCATTGGGAAGAGC..................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................TGCGCTCTACAAGCCCCCTCCTGCCCCTaa............ 30 aa 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................TACCCAGATCCGCCACATGAAGTTTGGCAC............................................. 30 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................AGGTGATTGACAAGGGTCCGGGAGG................................................................................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................AGCGGAACCGCATCATCCTGAACCTGAAG........................................................................................................................................................................................................ 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................TGGCACATTTGCGCTCTACAAGCCCCCTt...................... 29 t 1.00 17.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................TGAAGGTGATTGACAAGGGTCCGGtt................................................................................................................................................................................... 26 tt 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................AGGGTCCGGGAGGTGGCAGCACTGC..................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................AAGTTTGGCACATTTGCGCTCTACAAGC............................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................TGGCACATTTGCGCTCTACAAGCCCCCTCa..................... 30 a 1.00 42.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
AGGTGAAGCCCCGGGAGCCCAAGCGGAACCGCATCATCCTGAACCTGAAGGTGATTGACAAGGGTCCGGGAGGTGGCAGCACTGCGCAGGGCACCGGGGCACTGGCCCGCCCGAAAGTCCCCTCGCGGAACCGGGTCATTGGGAAGAGCAAGAAGTTCAGCGAGAGCATGCTCCGTACCCAGATCCGCCACATGAAGTTTGGCACATTTGCGCTCTACAAGCCCCCTCCTGCCCCTCTGGCGCCCTCTAC
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........................................41................................................................................................................................171.............................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes)
GSM509276(GSM509276)
small RNA cloning by length. (testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
...........................................................................................................................................................................................................TTGCGCTCTACAAggct.............................. 17 ggct 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -