(8)
OTHER.mut
(1)
OVARY
(5)
PIWI.ip
(4)
PIWI.mut
(32)
TESTES

Sense strand
AGGGCTCCATCACCCGTGACTTCGCAAGCTGGCCTGGGCTCTTAGACCTGGTCAGTGATCCTTCTGGTCATCTGACTGTGCTGTGGAGTCTCCTGGGGAACTTGTTTTTTTTTTTTGTTGTTGTTGTTGTATAATTTCCGTTTAGTAAGATGTATACTTTATAGTTCGATGGCTTTAGATAAATGATTTTTAAAACACAGGTACAGGTCAGTGGAATGGTTCAGCAGATGATGGCAGTTTGCTGTCAAGG
........................................................((((..((((((((((.(((((((..(((..((((.((((((((.((((.........................)))).))))..))))..))))...)))..))))))).)))))))..))).....))))..............................................................
.....................................................54.......................................................................................................................................191.........................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes)
SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes)
SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
SRR037903(GSM510439)
testes_rep4. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
................................................................................................................................................................................................................CAGTGGAATGGTTCAGCAGATGATGGC............... 27 1 67.00 67.00 54.00 3.00 1.00 - 3.00 2.00 - - 3.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................CAGTGGAATGGTTCAGCAGATGATGG................ 26 1 39.00 39.00 27.00 1.00 1.00 - 1.00 4.00 2.00 - - 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................TACAGGTCAGTGGAATGGTTCAGC......................... 24 1 29.00 29.00 - 14.00 2.00 - - 2.00 3.00 1.00 1.00 5.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................TCAGTGGAATGGTTCAGCAGATGATG................. 26 1 11.00 11.00 - 3.00 - - 6.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................TACAGGTCAGTGGAATGGTTCAGCAG....................... 26 1 11.00 11.00 - - - 10.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................TCAGTGGAATGGTTCAGCAGATGATGG................ 27 1 11.00 11.00 11.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................TAAAACACAGGTACAGGTCAGTGGAATG................................ 28 1 10.00 10.00 5.00 - - 5.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................TACAGGTCAGTGGAATGGTTCAGCA........................ 25 1 7.00 7.00 - 4.00 1.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................CAGTGGAATGGTTCAGCAGATGATGGCA.............. 28 1 7.00 7.00 - - - 6.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................GTGGAATGGTTCAGCAGATGATGGC............... 25 1 6.00 6.00 6.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................TGCTGTGGAGTCTCCTGGGGAACTTG.................................................................................................................................................. 26 1 6.00 6.00 - - - 1.00 4.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................TCTGACTGTGCTGTGGAGTCTCCTGG.......................................................................................................................................................... 26 1 5.00 5.00 - - - - - - 2.00 - 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................TGACTGTGCTGTGGAGTCTCCTGGG......................................................................................................................................................... 25 1 4.00 4.00 - - 1.00 - - 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................TAGTTCGATGGCTTTAGATAAATGAT............................................................... 26 1 4.00 4.00 - - 2.00 - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................TCAGTGGAATGGTTCAGCAGATGATGGC............... 28 1 3.00 3.00 - - - - 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................AGTGGAATGGTTCAGCAGATGATGGC............... 26 1 3.00 3.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................TATAGTTCGATGGCTTTAGATAAATG................................................................. 26 1 3.00 3.00 - - - - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................TAGTTCGATGGCTTTAGATAAATGATT.............................................................. 27 1 3.00 3.00 - - 1.00 - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TGACTTCGCAAGCTGGCCTGGGCTCT................................................................................................................................................................................................................ 26 1 3.00 3.00 - - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................TGACTGTGCTGTGGAGTCTCCTGGGG........................................................................................................................................................ 26 1 3.00 3.00 - - - - - - 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................CAGGTCAGTGGAATGGTTCAGCAGAT..................... 26 1 3.00 3.00 - - 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................TAAAACACAGGTACAGGTCAGTGGAA.................................. 26 1 3.00 3.00 - - - - - - - - 1.00 - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................CAGTGGAATGGTTCAGCAGATGATG................. 25 1 3.00 3.00 - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................TTCTGGTCATCTGACTGTGCTGTGGAG.................................................................................................................................................................. 27 1 2.00 2.00 - - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................TGGAATGGTTCAGCAGATGATGGCAGT............ 27 1 2.00 2.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................TAAGATGTATACTTTATAGTTCGATGGC............................................................................. 28 1 2.00 2.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................TAGTAAGATGTATACTTTATAGTTCGATG............................................................................... 29 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
..........................................................TCCTTCTGGTCATCTGACTGTGCTGT...................................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................TACTTTATAGTTCGATGGCTTTAGAT...................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................TAGACCTGGTCAGTGATCCTTCTGGTC..................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
...........................................................................................................................................................................................................CAGGTCAGTGGAATGGTTCAGCAGATG.................... 27 1 2.00 2.00 - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................TTCTGGTCATCTGACTGTGCTGTGGA................................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................TACAGGTCAGTGGAATGGTTCAGCAGA...................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................CAGGTCAGTGGAATGGTTCAGCAGA...................... 25 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................TAAAACACAGGTACAGGTCAGTGGAAT................................. 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................TACAGGTCAGTGGAATGGTTCAGCAGt...................... 27 t 2.00 11.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - -
........................................................................TGACTGTGCTGTGGAGTCTCCTGGa......................................................................................................................................................... 25 a 2.00 1.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................TTCTGGTCATCTGACTGTGCTGTGGAGT................................................................................................................................................................. 28 1 2.00 2.00 - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................TGGTTCAGCAGATGATGGCAGTTTG......... 25 1 2.00 2.00 - - - - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................TACTTTATAGTTCGATGG.............................................................................. 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............CGTGACTTCGCAAGCTGGCCTGGGCT.................................................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................CAGGTACAGGTCAGTGGAATGGTTC............................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................ATCCTTCTGGTCATCTGACTGTGCTGT...................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................AGGTCAGTGGAATGGTTCAGCAGATG.................... 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................TAGTTCGATGGCTTTAGATAAATGA................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................TGACTGTGCTGTGGAGTCTCCTGGGa........................................................................................................................................................ 26 a 1.00 4.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................TGCTGTGGAGTCTCCTGGGG........................................................................................................................................................ 20 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................TGATTTTTAAAACACAGGTACAGGTC......................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................TGTGGAGTCTCCTGGGGAACTTGTTTT.............................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................TATAATTTCCGTTTAGTAAGATGTATACTT........................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................CTGTGCTGTGGAGTCTCCTGGGGAAC..................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................TAAATGATTTTTAAAACACAGGTACAG............................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................TGCTGTGGAGTCTCCTGGGGAACTTGTT................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................TAGTAAGATGTATACTTTATAGTTCGA................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
....................................................................................................................................................................................AAATGATTTTTAAAACACAGGTACAGGTC......................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................TTAAAACACAGGTACAGGTCAGTGG.................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................TAGATAAATGATTTTTAAAACACAGGT................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................TGCTGTGGAGTCTCCTGGG......................................................................................................................................................... 19 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................TATAGTTCGATGGCTTTAGATAAATGAT............................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................TAGTAAGATGTATACTTTATAGTTCGATGGCTT........................................................................... 33 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................TACAGGTCAGTGGAATGG............................... 18 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................TGCTGTGGAGTCTCCTGGGGAACgtg.................................................................................................................................................. 26 gtg 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................TCTGACTGTGCTGTGGAGTCTCCTGGG......................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................TGATCCTTCTGGTCATCTGACTG............................................................................................................................................................................ 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................AGGTACAGGTCAGTGGAATGGTTCAGC......................... 27 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................AACACAGGTACAGGTCAGTGGAATGGT.............................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................TAGTTCGATGGCTTTAGATAAATGATTT............................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................TAGATAAATGATTTTTAAAACACAGG................................................. 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................TACAGGTCAGTGGAATGGTTCAGCAGAT..................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................TCAGCAGATGATGGCAGTTTGCTGTC.... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................GTGGAATGGTTCAGCAGATGATGGCA.............. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................TCTTAGACCTGGTCAGTGATCCTTCTG........................................................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....TCCATCACCCGTGACTTCGCAAGCTG........................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................TGTTGTATAATTTCCGTTTAGTA....................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................CAGTGGAATGGTTCAGCAGATGA................... 23 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................TGACTGTGCTGTGGAGTCTCCTGG.......................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................TTAGACCTGGTCAGTGATCCTTCTGGTCATC.................................................................................................................................................................................. 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
...................................................................................................................TGTTGTTGTTGTTGTATAATTTCCGT............................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................AGTGGAATGGTTCAGCAGATGATGGa............... 26 a 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................AGTGATCCTTCTGGTCATCTGACTGTGC......................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....TCCATCACCCGTGACTTCGCAAcctg........................................................................................................................................................................................................................... 26 cctg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................TGGTCATCTGACTGTGCTGTGGAGTC................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................TTAGACCTGGTCAGTGATCCTTCTG........................................................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................TAAGATGTATACTTTATAGTTCGATG............................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................CAGTGGAATGGTTCAGCAGATGATGGCAa............. 29 a 1.00 7.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................TAAAACACAGGTACAGGTCAGTGGA................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................TCTGACTGTGCTGTGGAGTCTCCTGaaa........................................................................................................................................................ 28 aaa 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................TGGAATGGTTCAGCAGATGAT.................. 21 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................TAAGATGTATACTTTATAGTTCGATGGCT............................................................................ 29 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................TAAATGATTTTTAAAACACAGGTACAGGTC......................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00
..............................................................................TGCTGTGGAGTCTCCTGGGGAACTTGT................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................TACTTTATAGTTCGATGGCTTTAGA....................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................TGGAATGGTTCAGCAGATGATGGCAGTT........... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........TCACCCGTGACTTCGCAAGCTGGCttgg..................................................................................................................................................................................................................... 28 ttgg 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................TCTGACTGTGCTGTGGAGTCTCCTGGGGA....................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................GATGTATACTTTATAGTTCGATGGCTT........................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................TAAAACACAGGTACAGGTCAGTGGg................................... 25 g 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................TTCTGGTCATCTGACTGTG.......................................................................................................................................................................... 19 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................TAGTAAGATGTATACTTTATAGTTCGATGG.............................................................................. 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
................TGACTTCGCAAGCTGGCCTGGGCTCTTA.............................................................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................TCAGTGGAATGGTTCAGCAGATGATGt................ 27 t 1.00 11.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................TGTGCTGTGGAGTCTCCTGGGGAAC..................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................TAGTAAGATGTATACTTTATAGTTCGAT................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................CACAGGTACAGGTCAGTG..................................... 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................TATAGTTCGATGGCTTTAGATAAATGATT.............................................................. 29 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TGACTTCGCAAGCTGGCCTGGGCTC................................................................................................................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................TTAAAACACAGGTACAGGTCAGTGGA................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................TGTTGTTGTTGTATAATTTCCGTTTAGT........................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................TAAAACACAGGTACAGGTCAGTGGAATGGT.............................. 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................TATAGTTCGATGGCTTTAGATAAATGA................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................TCTGACTGTGCTGTGGAGTCTCCTG........................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................TCCTTCTGGTCATCTGACTGTGCTGc...................................................................................................................................................................... 26 c 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................TTGTATAATTTCCGTTTAGTAAGATGTA................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................TAAGATGTATACTTTATAGTTCGATGG.............................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................GTCAGTGGAATGGTTCAGCAGATGATGGt............... 29 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................AAACACAGGTACAGGTCAGTGGAATGGTTC............................ 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
AGGGCTCCATCACCCGTGACTTCGCAAGCTGGCCTGGGCTCTTAGACCTGGTCAGTGATCCTTCTGGTCATCTGACTGTGCTGTGGAGTCTCCTGGGGAACTTGTTTTTTTTTTTTGTTGTTGTTGTTGTATAATTTCCGTTTAGTAAGATGTATACTTTATAGTTCGATGGCTTTAGATAAATGATTTTTAAAACACAGGTACAGGTCAGTGGAATGGTTCAGCAGATGATGGCAGTTTGCTGTCAAGG
........................................................((((..((((((((((.(((((((..(((..((((.((((((((.((((.........................)))).))))..))))..))))...)))..))))))).)))))))..))).....))))..............................................................
.....................................................54.......................................................................................................................................191.........................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes)
SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes)
SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
SRR037903(GSM510439)
testes_rep4. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
......................................................................................................................................................................................................AGGTACAGGTCAGTGGAATGGTTCAGCA........................ 28 1 5.00 5.00 5.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................CAGCAGATGATGGCAGTTTGCTGTCAAGG 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................GGGAACTTGTTTTTTagaa............................................................................................................................................ 19 agaa 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
...GCTCCATCACCCGTGACTTCGCAA............................................................................................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................GACTTCGCAAGCTGGCCTGGGCTCTTA.............................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................TTTAAAACACAGGTAgcc............................................... 18 gcc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
......................................CTCTTAGACCTGGTCAGTGATCCTTCTGGT...................................................................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................GTACAGGTCAGTGGAATGGTTCA........................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -