chr15:76553600 76554134 -
(1)
OTHER.ip 		(10)
OTHER.mut 		(1)
OVARY 		(7)
PIWI.ip 		(2)
PIWI.mut 		(1)
TDRD1.ip 		(38)
TESTES

Sense strand
CGGAGCCCAGAACCCGCGAGTATTTCTACTATGTGGATCACCAAGGCCAGGTGTGCCTGGCGTGTGACAGAGGGAGGAGACCTGAGGGGACTGCGGAATCCATCGGCACCGGGTGGGGAGTAGTTCTAGAGGCGAGACCTGGGATAGGTGCTACGCGTGGCTTTGAACCTTTCAAAGCCCAGGCTGGAAGAGTTAATTCCGGGGCCTTCCGCTTTCACCGCATCGTAATCCCGCGCACACTAGCCTGTCCTAGCAGCAGTCCCAGAGCCGAGTGCTTGCTCGCGATTGCTAGGGACAAGCGGCTGTCAAACCTGCTGTAGAAAAAGGGGTGAGGGCTGCAACCCTGGAAACCTGTCTGTAGATGTGGGGAGAGTCCGCAGGGCCCTTCCACATGCCCCCCTGAACACATTAGACAGAAAAGCAAGGACAGCGAACACCACCGGCTTTCTTGCCAGGACTTACTGTCCACTGTGTCCCTTCTGCAGCTTTTCCTAGATGACTCCAAAATGAAGAACTTTATCACCTGCTTCAAAGG
..............................................................................................................................................................((((((((.....))))))))....((((((.......))))))..((((((.(((((((.(((.(((......))).....(((((((((((...(((((((...(((.(((....))))))..))))))).))))))...))))).......))).)).)))..)).)).)))).........................................................................................................................................................................................................
..............................................................................................................................................................159............................................................................................................................................................................334.......................................................................................................................................................................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR042486(GSM539878)
mouse ovaries [09-002]. (ovary) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		GSM509276(GSM509276)
small RNA cloning by length. (testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGAACACATTAGACAGAAAAGCAAGGAC........................................................................................................... 28 1 10.00 10.00 - 1.00 7.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGATGACTCCAAAATGAAGAACTTTATC.............. 29 1 6.00 6.00 2.00 - - 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGAACACATTAGACAGAAAAGCAAGGA............................................................................................................ 27 1 4.00 4.00 - - - - - 1.00 - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGATGACTCCAAAATGAAGAACTTTATCACC........... 32 1 4.00 4.00 - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGATGACTCCAAAATGAAGAACTTTAT............... 28 1 4.00 4.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
...................................................................................................................................................................TGAACCTTTCAAAGCCCAGGCTGGAAGAGT...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 30 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGAAGAACTTTATCACCTGCTTCAAAGacc 30 acc 3.00 0.00 - - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGATGACTCCAAAATGAAGAACTTTA................ 27 1 3.00 3.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................TGAGGGGACTGCGGAATCCATCGGCACCGGGTGGG.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 35 1 2.00 2.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTCAAACCTGCTGTAGAAAAAGGGGT............................................................................................................................................................................................................. 27 1 2.00 2.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................GGAGGAGACCTGAGGGGACTGCGGAATCCATCGG............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 34 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................TGACAGAGGGAGGAGACCTGAGa................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 23 a 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................TGAGGGGACTGCGGAATCCATCGGC............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 25 1 2.00 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................TTGCTCGCGATTGCTAGGGACAAGCGG......................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTCCACATGCCCCCCTGAACACATTAGA.......................................................................................................................... 28 1 2.00 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ATGAAGAACTTTATCACCTGCTTCAAAGac 30 ac 2.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................TACTATGTGGATCACCAAGGCCAGGTGTGCC.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CAGAAAAGCAAGGACAGCGAACACCACC.............................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGAACACATTAGACAGAAAAGCAAtgac........................................................................................................... 28 tgac 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTCCTAGATGACTCCAAAATGAAGAACT................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGAAACCTGTCTGTAGATGTGGG....................................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGATGACTCCAAAATGAAGAACTTTATCACt........... 32 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................GGGGACTGCGGAATCCATCGGCACCGG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGACAGAAAAGCAAGGACAGCGAACAC.................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................TACTATGTGGATCACCAAGGCCAtc.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 tc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGACTCCAAAATGAAGAACTTTATCACCT.......... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................TACTATGTGGATCACCAAGGCCAGGTGT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCCCCCCTGAACACATTAGACAGAAAAGC................................................................................................................. 30 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CCTGCTGTAGAAAAAGGGGTGAGGG........................................................................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTCCAAAATGAAGAACTT.................. 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................TAGCCTGTCCTAGCAGCAGTCCCAGAGC........................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................TTTCACCGCATCGTAATCCCGCGCACA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GACAGAAAAGCAAGGACAGCGAACA................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGATGACTCCAAAATGAAGAACTTTATt.............. 29 t 1.00 4.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................CTGAGGGGACTGCGGAATCCATCGGC............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGAAAAGCAAGGACAGCGAACACCACCG............................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................GCTTGCTCGCGATTGCTAGGGAC............................................................................................................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
..............................................................TGTGACAGAGGGAGGAGACCTGAGGG............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CAGAAAAGCAAGGACAGCGAACACCAC............................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GACAGAAAAGCAAGGACAGCGAACACC................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AACACATTAGACAGAAAAGCAAGGACAG......................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAAACCTGTCTGTAGATGTGGGGAGAG.................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGACAGAAAAGCAAGGACAGCGAAC.................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGGACAGCGAACACCACCGGCTTT........................................................................................ 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
......................................................................AGGGAGGAGACCTGAGGGGACTGCGG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGGACAGCGAACACCACCGGCTTTCTTGC................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGAACACATTAGACAGAAAAGCAAGca............................................................................................................ 27 ca 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................TTGCTCGCGATTGCTAGGGACAAGCGGC........................................................................................................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TGAACCTTTCAAAGCCCAGGCTGGAAGAG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCCTAGATGACTCCAAAATGAAGAACT................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................GAGACCTGAGGGGACTGCGGAATCCA................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAAGAACTTTATCACCTGCTTCAAAGacct 30 acct 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ACATTAGACAGAAAAGCAAGGAC........................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AAGGACAGCGAACACCACCGGCTTTCTa..................................................................................... 28 a 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ACAGAAAAGCAAGGACAGCGAACACCACC.............................................................................................. 29 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCCCCCCTGAACACATTAGACAGAAAA................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGACAGAAAAGCAAGGACAGCGAACACC................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................GCTTGCTCGCGAagtg...................................................................................................................................................................................................................................................... 16 agtg 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGAAGAACTTTATCACCTGCTTCAAAGa 28 a 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCTGTAGAAAAAGGGGTGAGGGCTGC.................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGAAACCTGTCTGTAGATGTGGGG...................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTCCTAGATGACTCCAAAATGAAGAACTT.................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGGACAGCGAACACCACCGGCTTTCTT..................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCCTAGATGACTCCAAAATGAAGAACTT.................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGACAGAAAAGCAAGGACAGCGAACACCACC.............................................................................................. 32 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GATGACTCCAAAATGAAGAACTTTATCA............. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
.........................................................TGGCGTGTGACAGAGGGAGGAGACC..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................GACCTGAGGGGACTGCGGA...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 19 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GATGACTCCAAAATGAAGAACTTTATCACC........... 30 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTCAAACCTGCTGTAGAAAAAGGGG.............................................................................................................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................TGTGACAGAGGGAGGAGACCTGAG................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTCCTAGATGACTCCAAAATGAAGAAC.................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CATTAGACAGAAAAGCAAGGACAGCGAACA................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................CGCGATTGCTAGGGACAAGCGG......................................................................................................................................................................................................................................... 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................GTGGATCACCAAGGCCAGct................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 20 ct 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGATGACTCCAAAATGAAGA...................... 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
..................................................................................TGAGGGGACTGCGGAATCCATCGGCAat......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 at 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTGTCAAACCTGCTGTAGAAAAAGGGa.............................................................................................................................................................................................................. 27 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCTCGCGATTGCTAGGGACAAGCGG......................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................GCTTGCTCGCGATTGCTAGGGACAAGCGGC........................................................................................................................................................................................................................................ 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTCCACATGCCCCCCTGAACACATTAG........................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGAAGAACTTTATCACCTGCTTCAAA.. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGAAGAACTTTATCACCTGCTTCAAAGac 29 ac 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................GCTCGCGATTGCTAGGGACAAGCGGC........................................................................................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ACCTGCTGTAGAAAAAGG................................................................................................................................................................................................................ 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
..........................TACTATGTGGATCACCAAGGCCAGctt.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 27 ctt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTGCTGTAGAAAAAGGG............................................................................................................................................................................................................... 17 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
CGGAGCCCAGAACCCGCGAGTATTTCTACTATGTGGATCACCAAGGCCAGGTGTGCCTGGCGTGTGACAGAGGGAGGAGACCTGAGGGGACTGCGGAATCCATCGGCACCGGGTGGGGAGTAGTTCTAGAGGCGAGACCTGGGATAGGTGCTACGCGTGGCTTTGAACCTTTCAAAGCCCAGGCTGGAAGAGTTAATTCCGGGGCCTTCCGCTTTCACCGCATCGTAATCCCGCGCACACTAGCCTGTCCTAGCAGCAGTCCCAGAGCCGAGTGCTTGCTCGCGATTGCTAGGGACAAGCGGCTGTCAAACCTGCTGTAGAAAAAGGGGTGAGGGCTGCAACCCTGGAAACCTGTCTGTAGATGTGGGGAGAGTCCGCAGGGCCCTTCCACATGCCCCCCTGAACACATTAGACAGAAAAGCAAGGACAGCGAACACCACCGGCTTTCTTGCCAGGACTTACTGTCCACTGTGTCCCTTCTGCAGCTTTTCCTAGATGACTCCAAAATGAAGAACTTTATCACCTGCTTCAAAGG
..............................................................................................................................................................((((((((.....))))))))....((((((.......))))))..((((((.(((((((.(((.(((......))).....(((((((((((...(((((((...(((.(((....))))))..))))))).))))))...))))).......))).)).)))..)).)).)))).........................................................................................................................................................................................................
..............................................................................................................................................................159............................................................................................................................................................................334.......................................................................................................................................................................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR037901(GSM510437)
testes_rep2. (testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes) 		SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		SRR042486(GSM539878)
mouse ovaries [09-002]. (ovary) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes) 		GSM509276(GSM509276)
small RNA cloning by length. (testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
........................................................................................................................................................................................................................................................................GAGCCGAGTGCTTGCTCGCGATTGCTA.................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................................CACTAGCCTGTCCTAGCAGCAGTCCCA............................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................GAAGAGTTAATTCCGGGGCCTTCCGCT.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTCCACTGTGTCCCTTCTGCAGCTT............................................... 25 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CCGGCTTTCTTGCCAGGACTTA.......................................................................... 22 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGACAGCGAACACCACCGGCTTTCT...................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCCAGGACTTACTGTCCACTGTGTCCC.......................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................GCGTGTGACAGgaga................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 15 gaga 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................AGCCTGTCCTAGCAGCAGTC.................................................................................................................................................................................................................................................................................. 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTACTGTCCACTGTGTCCCTTCTGCA................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................CCGCGCACACTAGCCTGTCCTAGCA........................................................................................................................................................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................CCGCTTTCACCGCATCGTAATCCCGCG............................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................GGGGCCTTCCGCTTTCACCGCATCGTAA................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................AGCCGAGTGCTTGCTCGCGATTGCTAt.................................................................................................................................................................................................................................................... 27 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CCTGGAAACCTGTCTGTAGATGTGGGGA..................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -