chr14:76816747 76817092 +
(1)
OTHER.ip 		(10)
OTHER.mut 		(1)
OVARY 		(8)
PIWI.ip 		(4)
PIWI.mut 		(38)
TESTES

Sense strand
AGCATCAGTGATGACGAACATCCGTACTCCAAGTACTACAGGAAGCCTAGGTATAAATTCGGTTACTGGCACGAGCGCTACGAATAATGTTAACATTGCTGCTGTGGGTAGTTTCAGTCCCAGTGTGACGAACAGCGTGCATGGTAATGCTAATATAAATACAAGCAATATCCCTAATGCTGCTAGCATAAGTGGTGGGCCTGGAGTTACCAGTGTTGTTAATTCGAGTATCTTGAGTGGCATGGGCAATGGTACCGTTTCTTCCTCTCCTGTTGCTAACAGTGTCCTTAATGCAGCTGCAGGTATCACTGTGGGAGTGGTTTCCAGTCAGCAGCAGCAGCAGCAG
..................................................(((....(((((...(((.(((....((((.......((((.((((((..((((..........))))..))))))))))..((((((....((((.((((............)))).))))....)))))).))))....))).)))..)))))..)))........................................................................................................................................
................................................49...............................................................................................................................................................210......................................................................................................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
....................................................................................................................................................................................TGCTAGCATAAGTGGTGGGCCTGGAG............................................................................................................................................ 26 1 23.00 23.00 7.00 6.00 7.00 - 1.00 - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................TTCGAGTATCTTGAGTGGCATGGGCAA................................................................................................. 27 1 17.00 17.00 4.00 2.00 9.00 - - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................TAAATTCGGTTACTGGCACGAGCGC............................................................................................................................................................................................................................................................................ 25 1 15.00 15.00 - - - - 2.00 - - - - - 6.00 - 2.00 - 1.00 2.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................TTCGAGTATCTTGAGTGGCATGGGCAAT................................................................................................ 28 1 13.00 13.00 4.00 4.00 4.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................TAAATTCGGTTACTGGCACGAGCGCTACGt....................................................................................................................................................................................................................................................................... 30 t 7.00 0.00 - - - - - - - - - - - 7.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................TACTACAGGAAGCCTAGGTATAAATTC.............................................................................................................................................................................................................................................................................................. 27 1 6.00 6.00 1.00 - - 3.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
....................................................................................................................................................................................TGCTAGCATAAGTGGTGGGCCTGGA............................................................................................................................................. 25 1 6.00 6.00 1.00 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
.....................................................TAAATTCGGTTACTGGCACGAGCGCT........................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 6.00 6.00 - - - - 2.00 - 1.00 - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
...............................................TAGGTATAAATTCGGTTACTGGCACGAGC.............................................................................................................................................................................................................................................................................. 29 1 5.00 5.00 - 1.00 3.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................GGTATAAATTCGGTTACTGGCACGAGC.............................................................................................................................................................................................................................................................................. 27 1 5.00 5.00 1.00 1.00 - - 1.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................TAGCATAAGTGGTGGGCCTGGAGTTA......................................................................................................................................... 26 1 4.00 4.00 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................TAACAGTGTCCTTAATGCAGCTGCAGG........................................... 27 1 4.00 4.00 1.00 - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................TAATGTTAACATTGCTGCTGTGGGTA............................................................................................................................................................................................................................................ 26 1 4.00 4.00 - - 2.00 - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................TAAGTGGTGGGCCTGGAGTTACCAGT.................................................................................................................................... 26 1 4.00 4.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................TATAAATTCGGTTACTGGCACGAGCGC............................................................................................................................................................................................................................................................................ 27 1 3.00 3.00 - - - - 2.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................TGGCACGAGCGCTACGAATAATGTTAAC............................................................................................................................................................................................................................................................ 28 1 3.00 3.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................TGTGACGAACAGCGTGCATGGTAATGC.................................................................................................................................................................................................... 27 1 3.00 3.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................TGGCACGAGCGCTACGAATAATGTTA.............................................................................................................................................................................................................................................................. 26 1 3.00 3.00 1.00 - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................CGAGTATCTTGAGTGGCATGGGCAAT................................................................................................ 26 1 3.00 3.00 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................AACATTGCTGCTGTGGGTAa........................................................................................................................................................................................................................................... 20 a 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................GGTATAAATTCGGTTACTGGCACGAG............................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................TGTTAATTCGAGTATCTTGAGTGGC......................................................................................................... 25 1 2.00 2.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................TAAATTCGGTTACTGGCACGAGCGCTACGA....................................................................................................................................................................................................................................................................... 30 1 2.00 2.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................TAACAGTGTCCTTAATGCAG.................................................. 20 1 2.00 2.00 - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................TGGTACCGTTTCTTCCTCTCCTGTTG....................................................................... 26 1 2.00 2.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCTAACAGTGTCCTTAATGCAGCTG............................................... 26 1 2.00 2.00 - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................TTCGAGTATCTTGAGTGGCATGGGC................................................................................................... 25 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................TAAATTCGGTTACTGGCACGAGCGCgt.......................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 gt 2.00 15.00 - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................TACAGGAAGCCTAGGTATAAATTCGGT........................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................................TTAATGCAGCTGCAGGTATCACTGTa................................. 26 a 2.00 1.00 - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................TTCGAGTATCTTGAGTGGCATGGGCA.................................................................................................. 26 1 2.00 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................TGGTACCGTTTCTTCCTCTCCTGTTGC...................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................TATCACTGTGGGAGTGGTTTCCAGTC................. 26 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................TAATTCGAGTATCTTGAGTGGCATG...................................................................................................... 25 1 2.00 2.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................ATGGTACCGTTTCTTCCTCTC............................................................................. 21 1 2.00 2.00 - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................TGCTAGCATAAGTGGTGGGCCTGGAt............................................................................................................................................ 26 t 2.00 6.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................TGCTAGCATAAGTGGTGGGCCTcga............................................................................................................................................. 25 cga 2.00 0.00 - - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................TAAATTCGGTTACTGGCACGAGCGCgac......................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 gac 2.00 15.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................TGCTAGCATAAGTGGTGGGC.................................................................................................................................................. 20 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTCCAGTCAGCAGCAGCAGCAGCAGcaac 29 caac 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................CGAGTATCTTGAGTGGCATGGGCAA................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................TAAGTGGTGGGCCTGGAGTTACCAGTGT.................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................TGACGAACAGCGTGCATGGTAATGCTA.................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................GTTACTGGCACGAGCGCTACGAATAATG................................................................................................................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................TGTGACGAACAGCGTGCATGGTAAT...................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................TAGCATAAGTGGTGGGCCTGGAGTTAa........................................................................................................................................ 27 a 1.00 4.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TCCAAGTACTACAGGAAGCCTAGGa...................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 25 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................TACTACAGGAAGCCTAGGTATAAATTCG............................................................................................................................................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....TCAGTGATGACGAACATCCGTACTCCA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................ATTGCTGCTGTGGGTAGTTTCAGTCC.................................................................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................TAGCATAAGTGGTGGGCCTGGAGTT.......................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
..........................................................................................TAACATTGCTGCTGTGGGTAGTTTCA...................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................TGTGACGAACAGCGTGCATGGTAATGCT................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................TGGCACGAGCGCTACGAATAATGTTAACAT.......................................................................................................................................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................TGTTAACATTGCTGCTGTGGGTAGTT......................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................TGGTACCGTTTCTTCCTCTCCTGTTGCT..................................................................... 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................TGTTGTTAATTCGAGTATCTTGAGTG........................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................TGCTAGCATAAGTGGTGGGCCTGGAGT........................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................TAACAGTGTCCTTAATGCAGCTGCAG............................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................GTTACTGGCACGAGCGCTACGAATcatg................................................................................................................................................................................................................................................................. 28 catg 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................TGTGACGAACAGCGTGCATGGTAATGCTAA................................................................................................................................................................................................. 30 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................TAATTCGAGTATCTTGAGTGGCATGGGC................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGGAGTGGTTTCCAGTCAGCAGCAGC........ 27 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................................TTGTTAATTCGAGTATCTTGAGTGGC......................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TCCAAGTACTACAGGAAGCCTAGGTA..................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................TACGAATAATGTTAACATTGCTGCTGTGG............................................................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................TTAATTCGAGTATCTTGAGTGGCATa...................................................................................................... 26 a 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................TGGAGTTACCAGTGTTGTTAATTCGAGT..................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCAGGTATCACTGTGGGAGTGGTT........................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................CTAGCATAAGTGGTGGGCCTGGAGTT.......................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................AGTGTCCTTAATGCAGCTGCAGGTATC....................................... 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................TAAGTGGTGGGCCTGGAG............................................................................................................................................ 18 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................TGACGAACAGCGTGCATGGTAA....................................................................................................................................................................................................... 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................TCGAGTATCTTGAGTGGCATGGGCAA................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................TGACGAACAGCGTGCATGGTAATGCTAAT................................................................................................................................................................................................ 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................TTGAGTGGCATGGGCAATGGTACCGTT....................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................TTCGAGTATCTTGAGTGGCATGGGCca................................................................................................. 27 ca 1.00 2.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................TGACGAACAGCGTGCATGGTAATacta.................................................................................................................................................................................................. 27 acta 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................TGTGACGAACAGCGTGCATGGTAATGCTAAT................................................................................................................................................................................................ 31 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................TAATTCGAGTATCTTGAGTGGCAT....................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................GTTGCTAACAGTGTCCTTAATGCAGCTGCAGGT.......................................... 33 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
..........................................................................................TAACATTGCTGCTGTGGGTAGTTTCAG..................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................TGTTGTTAATTCGAGTATCTTGAGTGGC......................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTCCAGTCAGCAGCAGCAGCAGCAGccgc 29 ccgc 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........TGATGACGAACATCCGTACTCCAAGT........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................TTCAGTCCCAGTGTGACGAACAGCGTGC.............................................................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................TAAATTCGGTTACTGGCACGAGCGCgag......................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 gag 1.00 15.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................AATGTTAACATTGCTGCTGTGGGTA............................................................................................................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................TACCAGTGTTGTTAATTCGAGTATC.................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................TGACGAACAGCGTGCATGGTAATGCTAA................................................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................TAGGTATAAATTCGGTTACTGGCACG................................................................................................................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTGCAGGTATCACTGTGGGAGT............................ 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
.....................................................TAAATTCGGTTACTGGCACGAGCGCgacg........................................................................................................................................................................................................................................................................ 29 gacg 1.00 15.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................TTCAGTCCCAGTGTGACGAACAGCGTG............................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................GGGCAATGGTACCGTTTCTTCCTC............................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................TGGTACCGTTTCTTCCTCTCCTGTT........................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................TAATTCGAGTATCTTGAGTGGCATGGG.................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................TGTGACGAACAGCGTGCATGGTAATG..................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................TACGAATAATGTTAACATTGCTGCTGTGGG.............................................................................................................................................................................................................................................. 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................TACGAATAATGTTAACATTGCTGCTGT................................................................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................TCTTGAGTGGCATGGGCAATGGTACC.......................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................TATCACTGTGGGAGTGGTTTCCAGT.................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
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..............................................................................................................................................................................................................................TTCGAGTATCTTGAGTGGCATGGGCAt................................................................................................. 27 t 1.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................TAACAGTGTCCTTAATGCAGCTGCAGGT.......................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
...................................CTACAGGAAGCCTAGGTATAAATTCGGT........................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................TGAGTGGCATGGGCAATGGTACCGTTT...................................................................................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................CTACAGGAAGCCTAGGTATAAATTCG............................................................................................................................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
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......................................................................................................................................................TAATATAAATACAAGCAATATCCCTAA......................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................GTGTGACGAACAGCGTGCA............................................................................................................................................................................................................. 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTTCCAGTCAGCAGCAGCAGCAGCA. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
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.............................................................................................................................TGACGAACAGCGTGCATGGTAATGCTAt................................................................................................................................................................................................. 28 t 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................TGTGACGAACAGCGTGCATGGTAATa..................................................................................................................................................................................................... 26 a 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................TTGAGTGGCATGGGCAATGGTA............................................................................................ 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................TACTCCAAGTACTACAGGAAGCCTAGGTA..................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................TGGTACCGTTTCTTCCTCTCCTGTTt....................................................................... 26 t 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................GTACTACAGGAAGCCTAGGTATAAAT................................................................................................................................................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................GAGTATCTTGAGTGGCATGGGCAAT................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................ATGGTACCGTTTCTTCCTCTCCTGTTGC...................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................GTTTCAGTCCCAGTGTGACGAACAGCGTG............................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................TAAATTCGGTTACTGGCACGAGCGCg........................................................................................................................................................................................................................................................................... 26 g 1.00 15.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................TCCGTACTCCAAGTACTACAGGAAGCCT.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCAGGTATCACTGTGGGAGTGGTTT....................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................ATTCGAGTATCTTGAGTGGCATGGGC................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................AGTCCCAGTGTGACGAACAGCGTGC.............................................................................................................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................GTACTACAGGAAGCCTAGGTATAA.................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................TGAGTGGCATGGGCAATGGTACCGTTTC..................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................TGCTAGCATAAGTGGTGGGCCTGGAa............................................................................................................................................ 26 a 1.00 6.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................ACGAACAGCGTGCATGGTAt....................................................................................................................................................................................................... 20 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTATCACTGTGGGAGTGG.......................... 18 11 0.18 0.18 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.18 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
AGCATCAGTGATGACGAACATCCGTACTCCAAGTACTACAGGAAGCCTAGGTATAAATTCGGTTACTGGCACGAGCGCTACGAATAATGTTAACATTGCTGCTGTGGGTAGTTTCAGTCCCAGTGTGACGAACAGCGTGCATGGTAATGCTAATATAAATACAAGCAATATCCCTAATGCTGCTAGCATAAGTGGTGGGCCTGGAGTTACCAGTGTTGTTAATTCGAGTATCTTGAGTGGCATGGGCAATGGTACCGTTTCTTCCTCTCCTGTTGCTAACAGTGTCCTTAATGCAGCTGCAGGTATCACTGTGGGAGTGGTTTCCAGTCAGCAGCAGCAGCAGCAG
..................................................(((....(((((...(((.(((....((((.......((((.((((((..((((..........))))..))))))))))..((((((....((((.((((............)))).))))....)))))).))))....))).)))..)))))..)))........................................................................................................................................
................................................49...............................................................................................................................................................210......................................................................................................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR028732(GSM400969)
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Testes Data. (testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		SRR248524(GSM733812)
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Ovary total. (ovary) 		GSM475280(GSM475280)
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Testes Data. (Zcchc11 testes) 		GSM509277(GSM509277)
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cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR029037(GSM433289)
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small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		SRR051939(GSM545783)
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....................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTGCAGGTATCACTGTacct.................................. 20 acct 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................TCAGTCCCAGTGTGACca......................................................................................................................................................................................................................... 18 ca 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................AAGTGGTGGGCCTGtgc............................................................................................................................................... 17 tgc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
..............................................................................................................................GACGAACAGCGTGCATGGTAATGCTAATA............................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CAGTCAGCAGCAGCAGCAGtaca... 23 taca 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................AGTCCCAGTGTGACGAACAGCGTGCA............................................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CAGTCAGCAGCAGCAGCAGCA. 21 9 0.44 0.44 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.22 - - - - - - - - 0.11 - - - - - - - - - 0.11 - -
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CAGTCAGCAGCAGCAGCAGCAcact. 25 cact 0.33 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.11 - - - - - - - 0.11 - - - - - - - - - - 0.11 - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGTCAGCAGCAGCAGCAGCA. 20 19 0.16 0.16 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.11 - - - - - - - 0.05 - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CAGTCAGCAGCAGCAGCA.... 18 14 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - 0.07
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CAGTCAGCAGCAGCAGCAGCAtt. 23 tt 0.11 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.11 -
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CAGTCAGCAGCAGCAGCAGCAcc. 23 cc 0.11 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.11 - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CAGTCAGCAGCAGCAGCAGCAcaat. 25 caat 0.11 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CAGTCAGCAGCAGCAGCAGCActca. 25 ctca 0.11 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.11 - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CAGTCAGCAGCAGCAGCAGCAcaa. 24 caa 0.11 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CAGTCAGCAGCAGCAGCAGCAcata. 25 cata 0.11 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGTCAGCAGCAGCAGCAGCAcaag. 24 caag 0.05 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.05 - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGTCAGCAGCAGCAGCAGCAtc. 22 tc 0.05 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.05 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -