(8)
OTHER.mut
(1)
OVARY
(6)
PIWI.ip
(4)
PIWI.mut
(32)
TESTES

Sense strand
ACTGGCTGGAGAGCTCGCCCAGACCGGGGGTCTTCCTCCGTCGCTGACAGGTCAGTGCGCACCGCCCCTTTCGACTCTAGGCTGCTTTTCTCCCTCCTCCAGCCTCCACTTTTAGAAGGGAACCGGGGCGGGGGCGGGGGGCGGTAAGGAAATAGAACGAGGAGCAGCAGCGACAGAAGGAAAAAAAAAAAAAAAAAGCAAAGCTGTAACCCCGGCGTGCACGGAGCGAAGAGAGTGAGGGGCTCCAGGA
............................................................................................................(((((........((((..((....))......))))..................((....))...))))).......................................................................
...........................................................................................................108........................................................................183.................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
........................................................................................................................................................TAGAACGAGGAGCAGCAGCGACAGAAG....................................................................... 27 1 57.00 57.00 10.00 6.00 18.00 2.00 6.00 2.00 6.00 - - - 1.00 1.00 - 3.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
........................................................................................................................................................TAGAACGAGGAGCAGCAGCGACAGA......................................................................... 25 1 33.00 33.00 9.00 4.00 - 3.00 3.00 5.00 2.00 - - - 4.00 - - - 1.00 - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................TAGAACGAGGAGCAGCAGCGACAGAA........................................................................ 26 1 33.00 33.00 12.00 4.00 8.00 1.00 - 2.00 2.00 2.00 - - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................TAGAACGAGGAGCAGCAGCGACAGAAGG...................................................................... 28 1 23.00 23.00 2.00 1.00 - 2.00 - - 1.00 12.00 - - 1.00 1.00 - 1.00 - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................AAATAGAACGAGGAGCAGCAGCGACA........................................................................... 26 1 11.00 11.00 - - 7.00 1.00 - 1.00 - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TAAGGAAATAGAACGAGGAGCAGCAGC............................................................................... 27 1 11.00 11.00 3.00 - - 3.00 - 2.00 - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
..................................................................................................................................................AGGAAATAGAACGAGGAGCAGCAGCGA............................................................................. 27 1 8.00 8.00 2.00 - - 1.00 1.00 - - - - - - 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TAAGGAAATAGAACGAGGAGCAGCAG................................................................................ 26 1 7.00 7.00 4.00 1.00 - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................GGTAAGGAAATAGAACGAGGAGCAG................................................................................... 25 1 7.00 7.00 - - - - - - - 7.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TAAGGAAATAGAACGAGGAGCAGCAGCGA............................................................................. 29 1 6.00 6.00 1.00 - - - 2.00 - - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TAAGGAAATAGAACGAGGAGCAGCAGCG.............................................................................. 28 1 5.00 5.00 2.00 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................AGGAAATAGAACGAGGAGCAGCAGC............................................................................... 25 1 4.00 4.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................GGAAATAGAACGAGGAGCAGCAGCGAC............................................................................ 27 1 4.00 4.00 - - - 1.00 - 2.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................AATAGAACGAGGAGCAGCAGCGACAG.......................................................................... 26 1 4.00 4.00 1.00 1.00 - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................TGCACGGAGCGAAGAGAGTGAGGGGC....... 26 1 4.00 4.00 - 1.00 - 1.00 - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................AGGAAATAGAACGAGGAGCAGCAGCGAC............................................................................ 28 1 4.00 4.00 - - - 3.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..TGGCTGGAGAGCTCGCCCAGACC................................................................................................................................................................................................................................. 23 1 4.00 4.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......TGGAGAGCTCGCCCAGACCG................................................................................................................................................................................................................................ 20 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................AGGAAATAGAACGAGGAGCAGCAGCG.............................................................................. 26 1 3.00 3.00 - - - 1.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................AATAGAACGAGGAGCAGCAGCGACAGA......................................................................... 27 1 3.00 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................TAGAACGAGGAGCAGCAG................................................................................ 18 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................AAGGAAATAGAACGAGGAGCAGCAGC............................................................................... 26 1 3.00 3.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................AAGGAAATAGAACGAGGAGCAGCAGCGA............................................................................. 28 1 3.00 3.00 - - - 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................TAGAAGGGAACCGGGGCGGGGGCGG................................................................................................................. 25 1 3.00 3.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................CGGTAAGGAAATAGAACGAGGAGCAGC.................................................................................. 27 1 3.00 3.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................TAGAACGAGGAGCAGCAGCGACAGAAGGc..................................................................... 29 c 3.00 23.00 - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................TTTTAGAAGGGAACCGGGGCGGGGGC................................................................................................................... 26 1 3.00 3.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00
.............................................................................TAGGCTGCTTTTCTCCCTCCTCCAGC................................................................................................................................................... 26 1 3.00 3.00 - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TAAGGAAATAGAACGAGGAGCAGC.................................................................................. 24 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................GGAAATAGAACGAGGAGCAGCAGCGA............................................................................. 26 1 2.00 2.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................AAATAGAACGAGGAGCAGCAGCGAC............................................................................ 25 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................AATAGAACGAGGAGCAGCAGCGACA........................................................................... 25 1 2.00 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................AATAGAACGAGGAGCAGCAGCGACAGAA........................................................................ 28 1 2.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................GCGGTAAGGAAATAGAACGAGGAGCAGC.................................................................................. 28 1 2.00 2.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................ACGAGGAGCAGCAGCGACAGAAGGAAA................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
........................................................................GACTCTAGGCTGCTTTTCTCCCTCC......................................................................................................................................................... 25 1 2.00 2.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................TAGAACGAGGAGCAGCAGCGACAG.......................................................................... 24 1 2.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
.................................TCCTCCGTCGCTGACAGGTCAGTGC................................................................................................................................................................................................ 25 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................TAGAACGAGGAGCAGCAGCGACAGAAGGA..................................................................... 29 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................TGCACGGAGCGAAGAGAGTGAGGGGCTC..... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................CGGTAAGGAAATAGAACGAGGAGCAGCAG................................................................................ 29 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................CAAAGCTGTAACCCCGGCGTGCACGGt......................... 27 t 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................TAGAAGGGAACCGGGGCGG....................................................................................................................... 19 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................CACGGAGCGAAGAGAGTG............. 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
........................................................................................................................................................TAGAACGAGGAGCAGCAGCGACAGAt........................................................................ 26 t 1.00 33.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................ATAGAACGAGGAGCAGCAGCGACAGAA........................................................................ 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.CTGGCTGGAGAGCTCGCCCAGACCGG............................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................TGACAGGTCAGTGCGCACCGCCCCTT.................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
.............................................................................TAGGCTGCTTTTCTCCCTCCTCCAGCCa................................................................................................................................................. 28 a 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TAAGGAAATAGAACGAGGAGCAGCAGCGtt............................................................................ 30 tt 1.00 5.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...GGCTGGAGAGCTCGCCCAGACCGGGG............................................................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
....................................................................TTTCGACTCTAGGCTGCTTTTCTCCCTCCTCCAGa................................................................................................................................................... 35 a 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................CCCGGCGTGCACGGAGCGAAGAGAGTGt............ 28 t 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................TGCACGGAGCGAAGAGAGTGAGGGGCT...... 27 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................TAGAACGAGGAGCAGC.................................................................................. 16 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................TCCGTCGCTGACAGGTCAGTGCGCACC........................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................AGAAGGAAAAAAAAAAAAAAAAAGCAAAG............................................... 29 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................GAAATAGAACGAGGAGCAGCAGCGAC............................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................AGAACGAGGAGCAGCAGCGACAGAAGG...................................................................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................AGAACGAGGAGCAGCAGCGACAGAAGGA..................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................ATAGAACGAGGAGCAGCAGCGACAGA......................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................AAGCAAAGCTGTAACCCCGGCGTGC.............................. 25 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................TAGAACGAGGAGCAGCAGCGACAGAAa....................................................................... 27 a 1.00 33.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................AGAACGAGGAGCAGCAGCGACAGAAG....................................................................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................TGCACGGAGCGAAGAGAGTGAGGGG........ 25 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................TAGAACGAGGAGCAGCAGCGACAGAAaa...................................................................... 28 aa 1.00 33.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................AATAGAACGAGGAGCAGCAGCGAC............................................................................ 24 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..TGGCTGGAGAGCTCGCCCAGACCGGa.............................................................................................................................................................................................................................. 26 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
..TGGCTGGAGAGCTCGCCCAGACCGGt.............................................................................................................................................................................................................................. 26 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..TGGCTGGAGAGCTCGCCCAGA................................................................................................................................................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................TGTAACCCCGGCGTGCACGGAGCG...................... 24 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TAAGGAAATAGAACGAGGAGCAGCAGtga............................................................................. 29 tga 1.00 7.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................AAAAAAAAAAGCAAAGCTGTAACCCC..................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......TGGAGAGCTCGCCCAGACCGGGGGTC.......................................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......TGGAGAGCTCGCCCAGACCGGGGGTCT......................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................TCCTCCAGCCTCCACTTTTAGAAGGGAAC............................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................ACTTTTAGAAGGGAACCGGG........................................................................................................................... 20 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................AAAAAAAGCAAAGCTGTAACCCCGGCGT................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................TTTTAGAAGGGAACCGGGGCGGG...................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TAAGGAAATAGAACGAGGAGCAG................................................................................... 23 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................TAGAACGAGGAGCAGCAGCGACAc.......................................................................... 24 c 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................TAGAACGAGGAGCAGCAGCGACAGAAGGt..................................................................... 29 t 1.00 23.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................TTTCGACTCTAGGCTGCTTTTCT............................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................AAGGAAATAGAACGAGGAGCAGCA................................................................................. 24 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................AGACCGGGGGTCTTCCTCCGTC................................................................................................................................................................................................................ 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
..TGGCTGGAGAGCTCGCCCAGACCGGGGGa........................................................................................................................................................................................................................... 29 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
..TGGCTGGAGAGCTCGCCCAGACCGGGGt............................................................................................................................................................................................................................ 28 t 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................TAGAACGAGGAGCAGCAGCGACAGt......................................................................... 25 t 1.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................GAGGAGCAGCAGCGAgctt......................................................................... 19 gctt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................CAGCAGCGACAGAAGGAAAAAAAAAA............................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................AAGGAAATAGAACGAGGAGCAGCAGCGAC............................................................................ 29 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................AATAGAACGAGGAGCAGCAGCcaca........................................................................... 25 caca 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................AGAACGAGGAGCAGCAGCGACAGAAGt...................................................................... 27 t 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................TAGAAGGGAACCGGGGCGGGGGCGGG................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................CGCACCGCCCCTTTCGACTCTAGGC........................................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................GTAAGGAAATAGAACG........................................................................................... 16 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TAAGGAAATAGAACG........................................................................................... 15 15 0.07 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - -

Antisense strand
ACTGGCTGGAGAGCTCGCCCAGACCGGGGGTCTTCCTCCGTCGCTGACAGGTCAGTGCGCACCGCCCCTTTCGACTCTAGGCTGCTTTTCTCCCTCCTCCAGCCTCCACTTTTAGAAGGGAACCGGGGCGGGGGCGGGGGGCGGTAAGGAAATAGAACGAGGAGCAGCAGCGACAGAAGGAAAAAAAAAAAAAAAAAGCAAAGCTGTAACCCCGGCGTGCACGGAGCGAAGAGAGTGAGGGGCTCCAGGA
............................................................................................................(((((........((((..((....))......))))..................((....))...))))).......................................................................
...........................................................................................................108........................................................................183.................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
.......................CCGGGGGTCTTCCTCCGTCGCTGACA......................................................................................................................................................................................................... 26 1 7.00 7.00 - - - - - - - - 1.00 2.00 - - - - - 2.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - -
.....................................................AGTGCGCACCGCCCCTTTCGACTCTA........................................................................................................................................................................... 26 1 5.00 5.00 - - - - - 1.00 - - 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
..........................................................................................TCCCTCCTCCAGCCTCCACTTTTA........................................................................................................................................ 24 1 4.00 4.00 1.00 - - - - - - - 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................CCCTCCTCCAGCCTCCACTTTTA........................................................................................................................................ 23 1 3.00 3.00 2.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................GGGGGTCTTCCTCCGTCGCTGACAGGTCA.................................................................................................................................................................................................... 29 1 3.00 3.00 - - - 1.00 - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................GGGGTCTTCCTCCGTCGCTGACAGGTCA.................................................................................................................................................................................................... 28 1 3.00 3.00 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................TCAGTGCGCACCGCCCCTTTCGACTC............................................................................................................................................................................. 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................CTCCAGCCTCCACTTTTAGAAGGGAA................................................................................................................................ 26 1 2.00 2.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................ACCGGGGGTCTTCCTCCGTCGCTGACA......................................................................................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TCTCCCTCCTCCAGCCTCCACTTTTA........................................................................................................................................ 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................GAGGAGCAGCAGCGACAGAAGGAAA................................................................... 25 1 2.00 2.00 - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................CCTCCAGCCTCCACTTTTA........................................................................................................................................ 19 1 2.00 2.00 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................AGAACGAGGAGCAGCAGCGACAGAA........................................................................ 25 1 2.00 2.00 - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................CCTCCTCCAGCCTCCACTTTTAGA...................................................................................................................................... 24 1 2.00 2.00 - - - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................CGGGGGTCTTCCTCCGTCGCTGACAt......................................................................................................................................................................................................... 26 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................CGGGGGTCTTCCTCCGTCGCTGACAtt......................................................................................................................................................................................................... 27 tt 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................GGGGTCTTCCTCCGTCGCTGACAGGTCAa.................................................................................................................................................................................................... 29 a 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................CAGTGCGCACCGCCCCTTTCGACTCTAt........................................................................................................................................................................... 28 t 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................CGGGGGTCTTCCTCCGTCGCTGACAa......................................................................................................................................................................................................... 26 a 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................GAGGAGCAGCAGCGACAGAAGGAAAAAA................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
................................................................CCCCTTTCGACTCTAGGCTGCTTTTCT............................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................AAATAGAACGAGGAGCAGCAGCGACA........................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................TCTTCCTCCGTCGCTGACAGGTCA.................................................................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................GGAGCAGCAGCGACAGAAGGAAAAAA................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................GTCTTCCTCCGTCGCTGACAG........................................................................................................................................................................................................ 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................CCTCCTCCAGCCTCCACTTTTA........................................................................................................................................ 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................ACGAGGAGCAGCAGCGACAGAAGGA..................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................CGGCGTGCACGGAGCGAAGAGAGTGA............ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
............................GGTCTTCCTCCGTCGCTGACAGGTCA.................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................GTCTTCCTCCGTCGCTGACAGGTCAa.................................................................................................................................................................................................... 26 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................CGTCGCTGACAGGTCAGTG................................................................................................................................................................................................. 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................CCTCCTCCAGCCTCCACTTTTAGAA..................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................TAGAACGAGGAGCAGCAGCGACAGA......................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................TCAGTGCGCACCGCCCCTTTCGACTCTAa........................................................................................................................................................................... 29 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................TCCTCCAGCCTCCACTTTTAGAA..................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................GACCGGGGGTCTTCCTCCGTCGCT............................................................................................................................................................................................................. 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................CTCCCTCCTCCAGCCTCCACTTTTA........................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................CTCCTCCAGCCTCCACTTTTA........................................................................................................................................ 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................GACCGGGGGTCTTCCTCCGTCGCTGACA......................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................CCGGGGGTCTTCCTCCGTCGCTGA........................................................................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................GAGGAGCAGCAGCGACAGAAGGAAAA.................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................................CACGGAGCGAAGAGAGTGAGGGGCTCCA... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................TCAGTGCGCACCGCCCCTTTCGACTCTA........................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................CCTCCAGCCTCCACTTTTAGAcgg...................................................................................................................................... 24 cgg 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................GCACCGCCCCTTTCGACTCTAtcac........................................................................................................................................................................... 25 tcac 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................CCTTTCGACTCTAGGCTGCTTTTCT............................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................CTCCCTCCTCCAGCCTCCACTTTTAt........................................................................................................................................ 26 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................GTCTTCCTCCGTCGCTGACAGGTCAGT.................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TCTCCCTCCTCCAGCCTCCACTTTT......................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................CCCTCCTCCAGCCTCCACTTTTAGA...................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -