(10)
OTHER.mut
(1)
OVARY
(8)
PIWI.ip
(4)
PIWI.mut
(39)
TESTES

Sense strand
CTTCCGGTTCCCTTGCTCCGGCATGGCTGCCTTAGGGACCTGGCTGTCCAGTGAGTGATTGTGGGGTTGGGGACACGGGAGCCGCGGGGCGACCAGCCCTCTAACTCCCTGCTCTTCCATTAGGTGTCCGGAGATTGCACTGCAGCGTAGTGGCGCGGGCCGGTGGCCAGTGG
........................................................(((.(((((...((((.((.(((((....(((((.....)))))....)))))))))))))))).....))).............................................
..................................................51...............................................................................132.......................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes)
...........................................................................................................................GTGTCCGGAGATTGCACTGCAGCGTAG....................... 27 1 12.00 12.00 - 4.00 5.00 - - - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................TGTCCGGAGATTGCACTGCAGCGTAGT...................... 27 1 11.00 11.00 - 2.00 3.00 - - - - - 3.00 - - - 2.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................GTGTCCGGAGATTGCACTGCAGCGTA........................ 26 1 10.00 10.00 - 2.00 - 1.00 3.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................CGGAGATTGCACTGCAGCGTAGTGGC................... 26 1 10.00 10.00 - - - - 9.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................TAGGTGTCCGGAGATTGCACTGCAGC........................... 26 1 8.00 8.00 - - - 1.00 - 1.00 5.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................GAGATTGCACTGCAGCGTAGTGGCGC................. 26 1 7.00 7.00 - - - - - 1.00 - - - - 5.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................TGCACTGCAGCGTAGTGGCGCGGGCCGG.......... 28 1 6.00 6.00 3.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................TTAGGTGTCCGGAGATTGCACTGCAGC........................... 27 1 5.00 5.00 - - - - - - 2.00 1.00 - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................GTGTCCGGAGATTGCACTGCAGCGTAGT...................... 28 1 5.00 5.00 4.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................TCCGGAGATTGCACTGCAGCGTAGTGGC................... 28 1 5.00 5.00 - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - 2.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................TGTCCGGAGATTGCACTGCAGCGTAG....................... 26 1 4.00 4.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
..................................................GTGAGTGATTGTGGGGTTGGGGACA.................................................................................................. 25 1 4.00 4.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................TTCCATTAGGTGTCCGGAGATTGCAC................................. 26 1 4.00 4.00 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................GATTGCACTGCAGCGTAGTGGCGCGG............... 26 1 3.00 3.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................TCTAACTCCCTGCTCTTCCATT.................................................... 22 1 3.00 3.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................GGGGTTGGGGACACGGGA............................................................................................. 18 1 3.00 3.00 1.00 - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................GTCCAGTGAGTGATTGTGGGG........................................................................................................... 21 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TGCCTTAGGGACCTGGCTGTCCAGTG........................................................................................................................ 26 1 3.00 3.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................TCCGGAGATTGCACTGCAGCGTAGTGG.................... 27 1 3.00 3.00 - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................GTGTCCGGAGATTGCACTGCAGCGT......................... 25 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................TTCCATTAGGTGTCCGGAGATTGCACTG............................... 28 1 3.00 3.00 - 1.00 - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................CCGGAGATTGCACTGCAGCGTAGTGG.................... 26 1 3.00 3.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................GTCCAGTGAGTGATTGTGGGGT.......................................................................................................... 22 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................TTCCATTAGGTGTCCGGAGATTGCACT................................ 27 1 3.00 3.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00
..............................................TCCAGTGAGTGATTcagc............................................................................................................. 18 cagc 2.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................TAGGTGTCCGGAGATTGCACTGCAGCG.......................... 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TGCCTTAGGGACCTGGCTGTCCAGT......................................................................................................................... 25 1 2.00 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................TCTTCCATTAGGTGTCCGGAGATTGCAC................................. 28 1 2.00 2.00 - - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................CCGGAGATTGCACTGCAGCGTAGTGGCGC................. 29 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................TGCACTGCAGCGTAGTGGCGCGGGCCGGT......... 29 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
......................................................................................................................................TTGCACTGCAGCGTAGTGGCGCGGGC............. 26 1 2.00 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TGCCTTAGGGACCTGGCTGTCCAGTGt....................................................................................................................... 27 t 2.00 3.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................TAACTCCCTGCTCTTCCATTAGGTGTC............................................. 27 1 2.00 2.00 - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................GGAGATTGCACTGCAGCGTAGTGGCG.................. 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................TCCGGAGATTGCACTGCAGCGTAGTGGCt.................. 29 t 2.00 5.00 - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................TGGGGTTGGGGACACGGG.............................................................................................. 18 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
..................................................GTGAGTGATTGTGGGGTTGGGG..................................................................................................... 22 1 2.00 2.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................TCCCTGCTCTTCCATTAGGTGTCCGGAGA....................................... 29 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................TTGCACTGCAGCGTAGTGGCGCGGGCC............ 27 1 2.00 2.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................CCTGCTCTTCCATTAGGTGTCCGGAGA....................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................TTGCACTGCAGCGTAGTGGCGtgg............... 24 tgg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTGAGTGATTGTGGGGTTGGGGACAa................................................................................................. 26 a 1.00 4.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................TGGCTGTCCAGTGAGTGATTGTGGGGTTG........................................................................................................ 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
.............................CCTTAGGGACCTGGCTGTCCAGTGtc...................................................................................................................... 26 tc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTGAGTGATTGTGGGGTTGGGGACACGGGAG............................................................................................ 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................CGGGAGCCGCGGGGCGAC................................................................................ 18 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................TGCAGCGTAGTGGCGCGGGCCGGT......... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................AGTGAGTGATTGTGGGGTTGGG...................................................................................................... 22 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................TCCGGAGATTGCACTGCAGCGTAGT...................... 25 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................TGGCTGCCTTAGGGACCTGGCTGTC............................................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................GTCCGGAGATTGCACTGCAGC........................... 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................GATTGCACTGCAGCGTAGTGGCGg................. 24 g 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................GCCTTAGGGACCTGGCTGTCCAGTGt....................................................................................................................... 26 t 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................CACTGCAGCGTAGTGGCGCGGGCCGG.......... 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTGAGTGATTGTGGGGTTGGG...................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................TCCATTAGGTGTCCGGAGATTGCACT................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................TCCGGAGATTGCACTGCAG............................ 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................TGGCTGCCTTAGGGACCTGGCTGTCaa........................................................................................................................... 27 aa 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............TTGCTCCGGCATGGCTGCCTTAGGGt....................................................................................................................................... 26 t 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
................................................CAGTGAGTGATTGTGGGGTTG........................................................................................................ 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
......................................................................................................................................................TGGCGCGGGCCGGTGGCCA.... 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................GTGTCCGGAGATTGCACTGCAGCGTAGTG..................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................TGCAGCGTAGTGGCGCGGGCCtgt......... 24 tgt 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................TGCACTGCAGCGTAGTGGCGCGGGCCG........... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................GAGATTGCACTGCAGCGTAGTGGCGCGG............... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................TGCTCTTCCATTAGGTGTCCGGAGA....................................... 25 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................TCCGGAGATTGCACTGCAGCGTAct...................... 25 ct 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................TTAGGTGTCCGGAGATTGCA.................................. 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
...................................................................................................TCTAACTCCCTGCTCTTCCATTAGGTG............................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
...............................................................GGGTTGGGGACACGGGAGCCGCGGG..................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................ACGGGAGCCGCGGGtgcg................................................................................. 18 tgcg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
..................................................GTGAGTGATTGTGGGGTTGGGGACAC................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................CGGAGATTGCACTGCAGCGTAGTG..................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
.........................................................................................................TCCCTGCTCTTCCATTAGGTGTCCGG.......................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................TGTCCGGAGATTGCACTGCAGCGTAGTGt.................... 29 t 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................ATTAGGTGTCCGGAGATTGCACTGCA............................. 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............TTGCTCCGGCATGGCTGCCTTAGGG........................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................TGCAGCGTAGTGGCGCGGGCCGGTGG....... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................AGTGAGTGATTGTGGGGT.......................................................................................................... 18 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................TGTCCGGAGATTGCACT................................ 17 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................TTGCACTGCAGCGTAGTGGCGCGGGCa............ 27 a 1.00 2.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................AGTGATTGTGGGGTTGGG...................................................................................................... 18 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................TGCACTGCAGCGTAGTGGCGCGGGCC............ 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................GGGACCTGGCTGTCCAGTGAGTGATTGT............................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................TTGCACTGCAGCGTAGTGGCGCGGGCCG........... 28 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................TTCCATTAGGTGTCCGGAGATTGCA.................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................TGTCCGGAGATTGCACTGCAGCGTAGTGGC................... 30 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................TGTCCGGAGATTGCACTGCAGCGTAGTt..................... 28 t 1.00 11.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................GTCCAGTGAGTGATTGTGGGGTTGG....................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................GAGTGATTGTGGGGTTGGGGACAC................................................................................................. 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................TTGCACTGCAGCGTAGTGGCGCtggc............. 26 tggc 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................TTGGGGACACGGGAGCCG......................................................................................... 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................TGTCCGGAGATTGCACTGCAGCGTAGTG..................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................TGGCTGCCTTAGGGACCTGGC................................................................................................................................. 21 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................GGGACACGGGAGCCGCGGGGCGAC................................................................................ 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................GGAGATTGCACTGCAGCGTAGTGGCGCG................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................TCCATTAGGTGTCCGGAGATTGCACTt............................... 27 t 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................TGCACTGCAGCGTAGTGGCGCGGGCCGt.......... 28 t 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................TGAGTGATTGTGGGGTTGGGGACAC................................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................GTGGGGTTGGGGACACGGGAGC........................................................................................... 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................GGTGTCCGGAGATTGCACTGCAGCGT......................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................GTTGGGGACACGGGAGCCGCGG...................................................................................... 22 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................GCACTGCAGCGTAGTGGCGCGGG.............. 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................TCCGGAGATTGCACTGCAGCGTAGTGGCGC................. 30 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................TCCGGAGATTGCACTGCAGCGTAGTG..................... 26 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................GAGTGATTGTGGGGTTGGGGA.................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................TGCACTGCAGCGTAGTGGCGCGGcc............. 25 cc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
..................................................................TTGGGGACACGGGAGCCGCG....................................................................................... 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................TGTCCGGAGATTGCACTGCAGCGTA........................ 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................TCCGGAGATTGCACTGCAGCGTAG....................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................TTAGGTGTCCGGAGATTGCACTGCAG............................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................GGGGTTGGGGACACGGG.............................................................................................. 17 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
CTTCCGGTTCCCTTGCTCCGGCATGGCTGCCTTAGGGACCTGGCTGTCCAGTGAGTGATTGTGGGGTTGGGGACACGGGAGCCGCGGGGCGACCAGCCCTCTAACTCCCTGCTCTTCCATTAGGTGTCCGGAGATTGCACTGCAGCGTAGTGGCGCGGGCCGGTGGCCAGTGG
........................................................(((.(((((...((((.((.(((((....(((((.....)))))....)))))))))))))))).....))).............................................
..................................................51...............................................................................132.......................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes)
........................................................................................................................TAGGTGTCCGGAGATTGCACTGCAG............................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
...........................................................................................................CCTGCTCTTCCATTAGGTGTCCGGAGA....................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................CCATTAGGTGTCCGGAGATTGCACTGCA............................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
..........................................................................................................................GGTGTCCGGAGATTGCACTGCAGCGTA........................ 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -