(7)
OTHER.mut
(1)
OVARY
(6)
PIWI.ip
(2)
PIWI.mut
(26)
TESTES

Sense strand
CAAATGTATGCAGTTGTCCTCAGCACTACATCTGGATTTCTGACATGGAGGTTGGTGCAGGGAGCAGCGCCATCTTTCAGGTCTGAGGGGCTGTGCAGGGTGGCAGGTAGGGCACGGAGGGAGCTGGCTCGGGCTTATTGAGAGGCAAGAAGCTGCTGACCTGGAGATGCTGTGCTGACCTAGGCTGGGCCGCTGCGCCTGGGCACGGGTTTGAAGGGGAAAAGACTGAAAACAACAGGATGGCAAGGGC


Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
.....................AGCACTACATCTGGATTTCTGAC.............................................................................................................................................................................................................. 23 1 10.00 10.00 - - - 10.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................TACATCTGGATTTCTGACATGGAGGTT..................................................................................................................................................................................................... 27 1 8.00 8.00 - 3.00 - - - 1.00 - - - 1.00 - 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
........................................................................TCTTTCAGGTCTGAGGGGCTGTGCAGa....................................................................................................................................................... 27 a 7.00 0.00 7.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................TGGATTTCTGACATGGAGGTTGGTGC................................................................................................................................................................................................ 26 2 6.00 6.00 - 3.00 - - - 0.50 - - - 1.50 - 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - -
....................CAGCACTACATCTGGATTTCTGACATG........................................................................................................................................................................................................... 27 1 6.00 6.00 6.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................TGGATTTCTGACATGGAGGTTGGTG................................................................................................................................................................................................. 25 2 3.50 3.50 - - - - - - - - - 1.00 - 0.50 0.50 - 0.50 0.50 - - - - - - - - - 0.50 -
.......................................................................................................................................................................TGCTGTGCTGACCTAGGCTGGGCCGC......................................................... 26 1 3.00 3.00 - - - - - 1.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................TACATCTGGATTTCTGACATGGAGGaa..................................................................................................................................................................................................... 27 aa 3.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................TTCAGGTCTGAGGGGCTGTGCAGGG...................................................................................................................................................... 25 3 2.67 2.67 1.67 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................GGAAAAGACTGAAAACAACAGGATGGC...... 27 1 2.00 2.00 - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................AGACTGAAAACAACAGGATGGCAAGG.. 26 2 2.00 2.00 - - - - - - - 1.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - -
............................................................................................................................TGGCTCGGGCTTATTGAGAGGCAAG..................................................................................................... 25 1 2.00 2.00 - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................TTTCAGGTCTGAGGGGCTGTGCAGG....................................................................................................................................................... 25 3 2.00 2.00 - - 1.33 - - 0.33 - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................TGAAGGGGAAAAGACTGAAAACAACAGG........... 28 1 2.00 2.00 - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................TTTCAGGTCTGAGGGGCTGTGCAGGG...................................................................................................................................................... 26 3 1.67 1.67 - - 1.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................TGCTGACCTGGAGATGCTGTGCTGA........................................................................ 25 5 1.60 1.60 - 0.20 0.40 - - 0.20 - - - - - 0.40 - - 0.20 - - 0.20 - - - - - - - - -
...........................................................................TTCAGGTCTGAGGGGCTGTGCAGGGT..................................................................................................................................................... 26 3 1.33 1.33 - - 1.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................TTCAGGTCTGAGGGGCTGTGCAGG....................................................................................................................................................... 24 3 1.33 1.33 - - 1.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................TGAAGGGGAAAAGACTGAAAACAACAGa........... 28 a 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................GGTCTGAGGGGCggtg........................................................................................................................................................... 16 ggtg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
............................................................................................................................................AGAGGCAAGAAGCTGCTGAC.......................................................................................... 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................AAGACTGAAAACAACAGGATGGCAAGGGa 29 a 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................AGGCTGGGCCGCTGtctt................................................... 18 tctt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
..........................TACATCTGGATTTCTGACATGGAGGa...................................................................................................................................................................................................... 26 a 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................TCTGGATTTCTGACATGGAGGTTGGTG................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................GGAGGTTGGTGCAGGGttt......................................................................................................................................................................................... 19 ttt 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................TGGAGGTTGGTGCAGGGAGCAGCG..................................................................................................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
......................................................................................................................................TTATTGAGAGGCAAGAAGCTGCTGACCa........................................................................................ 28 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................TTGAAGGGGAAAAGACTGAAAACAACA............. 27 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTTGGTGCAGGGAGCAGCGCCATCTTT............................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
..........................TACATCTGGATTTCTGACATGGAGGT...................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
...............................CTGGATTTCTGACATGGAGGTTGGTG................................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................TCGGGCTTATTGAGAGGCAAGAAGgt................................................................................................ 26 gt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
.........................................................................................................................................................TGCTGACCTGGAGATGCTGTGCTGAC....................................................................... 26 5 1.00 1.00 - 0.60 - - 0.20 - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - -
......................................TCTGACATGGAGGTTGGTG................................................................................................................................................................................................. 19 6 0.83 0.83 0.67 - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - -
......................................TCTGACATGGAGGTTGGTGCAGGG............................................................................................................................................................................................ 24 6 0.83 0.83 - - 0.67 - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - -
.............................................................................CAGGTCTGAGGGGCTGTGCAGGGTGGC.................................................................................................................................................. 27 3 0.67 0.67 - - - - - - - 0.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................GAGATGCTGTGCTGACCTAGGCTGG.............................................................. 25 3 0.67 0.67 - - 0.33 - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................TGGATTTCTGACATGGAGGTTGG................................................................................................................................................................................................... 23 2 0.50 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................TGGATTTCTGACATGGAGGTTGGTGCA............................................................................................................................................................................................... 27 2 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................TGGATTTCTGACATGGAGGTTGGTGCttt............................................................................................................................................................................................. 29 ttt 0.50 6.00 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................TGGAGGTTGGTGCAGGGAGCAGC...................................................................................................................................................................................... 23 2 0.50 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................TGCTGACCTAGGCTGGGCCGCTGCGC.................................................... 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................ATCTGGATTTCTGACATGG.......................................................................................................................................................................................................... 19 2 0.50 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................ACATGGAGGTTGGTGCAGGGAGCAGC...................................................................................................................................................................................... 26 2 0.50 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................TGGATTTCTGACATGGAGGTTGGTGt................................................................................................................................................................................................ 26 t 0.50 3.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................AGACTGAAAACAACAGGATGGCAAGGG. 27 2 0.50 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................TGGATTTCTGACATGGAGGTTGGTGCAa.............................................................................................................................................................................................. 28 a 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................................AAGACTGAAAACAACAGGATGGCAAGG.. 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - -
......................................TCTGACATGGAGGTTGG................................................................................................................................................................................................... 17 10 0.40 0.40 - - - - - - - 0.40 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................TGCTGACCTGGAGATGCTGTGCTGACCT..................................................................... 28 5 0.40 0.40 - - - - - - - - - - - 0.20 - - - 0.20 - - - - - - - - - - -
..........................................................................TTTCAGGTCTGAGGGGCTGTGCA......................................................................................................................................................... 23 3 0.33 0.33 - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................AGATGCTGTGCTGACCTAGGCTGG.............................................................. 24 3 0.33 0.33 - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................TCAGGTCTGAGGGGCTGTGCAGGG...................................................................................................................................................... 24 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - -
........................................TGACATGGAGGTTGGTGCAGGGAGCt........................................................................................................................................................................................ 26 t 0.25 0.25 - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................TGACATGGAGGTTGGTGCAGGGAG.......................................................................................................................................................................................... 24 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - -
........................................TGACATGGAGGTTGGTGCAGGGAGC......................................................................................................................................................................................... 25 4 0.25 0.25 - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................CTGACATGGAGGTTGGTGCAGGGAGC......................................................................................................................................................................................... 26 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - -
...............................................................................................CAGGGTGGCAGGTAGGGCACGGAG................................................................................................................................... 24 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - -
........................................TGACATGGAGGTTGGTGCAGGGAGt......................................................................................................................................................................................... 25 t 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................TGCTGACCTGGAGATGCTGTGCTGACC...................................................................... 27 5 0.20 0.20 - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................TGCTGACCTGGAGATGCTGTGCTG......................................................................... 24 5 0.20 0.20 - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................GCTGACCTGGAGATGCTG.............................................................................. 18 6 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................GCTGACCTGGAGATGCTGTG............................................................................ 20 6 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17
.....................................................................................AGGGGCTGTGCAGGGT..................................................................................................................................................... 16 13 0.15 0.15 - - 0.15 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................ACATGGAGGTTGGTGCAG.............................................................................................................................................................................................. 18 7 0.14 0.14 - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
CAAATGTATGCAGTTGTCCTCAGCACTACATCTGGATTTCTGACATGGAGGTTGGTGCAGGGAGCAGCGCCATCTTTCAGGTCTGAGGGGCTGTGCAGGGTGGCAGGTAGGGCACGGAGGGAGCTGGCTCGGGCTTATTGAGAGGCAAGAAGCTGCTGACCTGGAGATGCTGTGCTGACCTAGGCTGGGCCGCTGCGCCTGGGCACGGGTTTGAAGGGGAAAAGACTGAAAACAACAGGATGGCAAGGGC


Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
...................TCAGCACTACATCTGGATTTCTGACA............................................................................................................................................................................................................. 26 1 3.00 3.00 - - 1.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................GCCATCTTTCAGGTCTGAGGGGCTGTGCA......................................................................................................................................................... 29 2 2.50 2.50 2.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................................GAAAAGACTGAAAACAACAG............ 20 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
..................CTCAGCACTACATCTGGATTTCTGACA............................................................................................................................................................................................................. 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
....................CAGCACTACATCTGGATTTCTGACA............................................................................................................................................................................................................. 25 1 2.00 2.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................CTCAGCACTACATCTGGATTTCTGA............................................................................................................................................................................................................... 25 1 2.00 2.00 - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................CCTCAGCACTACATCTGGATTTCTG................................................................................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................AGCTGGCTCGGGCTTATTGAGAGGCAA...................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
.....................AGCACTACATCTGGATTTCTGACATGGA......................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........GCAGTTGTCCTCAGCACTACATCTGGA...................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................GGCACGGAGGGAGCTGGCTCGGGCTTA................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........TGCAGTTGTCCTCAGCACTACATCTGGAT..................................................................................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....GTATGCAGTTGTCCTCAGCACT............................................................................................................................................................................................................................... 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................CCTCAGCACTACATCTGGATTTCTGACA............................................................................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................TGACCTGGAGATGCTGTGCTGACCTAa.................................................................... 27 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
.......................CACTACATCTGGATTTCTGACATGGA......................................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
......................................................GTGCAGGGAGCAGCGCCATCTTTCA........................................................................................................................................................................... 25 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................CTGACCTGGAGATGCTGTGCTGACCTA.................................................................... 27 6 0.17 0.17 - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - -