(1)
OTHER.ip
(7)
OTHER.mut
(1)
OVARY
(7)
PIWI.ip
(3)
PIWI.mut
(1)
TDRD1.ip
(35)
TESTES

Sense strand
TGGACCCAGGCTATAACCCATGCTCTTCTGCACTGCAGTGGATGCCTCCTGTAAGCTGTGTCCTCCTGGGTTGCATGGAGCCCTACTCTAAACCAAACCCTCATGGGCTAGAGCCGAGACCATGTGTAAGCTGTGCTGTCCTGTGTTTCACAGGTGTCCCTGCTGGATCCTCCTCAACTGTGAACTGAGCCTAGGCAGCCTAA
.............................................(((..((...(((.((((....(((((...(((((.....))))).....)))))....))))))).)).))).....................................................................................
............................................45..........................................................................121................................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes)
SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes)
GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
GSM509276(GSM509276)
small RNA cloning by length. (testes)
..........................................................................................................................................................................TCCTCAACTGTGAACTGAGCCTAGGCAG..... 28 2 64.50 64.50 11.00 12.00 10.00 4.00 0.50 4.00 13.50 2.00 - - 0.50 0.50 2.50 - - 0.50 0.50 - - - - 0.50 2.00 - - - 0.50 - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................TCAACTGTGAACTGAGCCTAGGCAGCCTA. 29 2 44.00 44.00 10.00 11.00 9.00 5.50 - 5.50 - - 0.50 - 0.50 - - 0.50 - - 0.50 - - 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................TCCTCAACTGTGAACTGAGCCTAGGCAGC.... 29 2 44.00 44.00 11.00 10.00 5.50 3.50 0.50 3.00 - 4.00 - - 0.50 - 1.50 - - - - - - 0.50 2.50 - - - - - 1.00 - - - - - 0.50 - - -
.............................................................................................................................................................................TCAACTGTGAACTGAGCCTAGGCAGCCT.. 28 2 35.50 35.50 9.00 10.00 4.00 6.00 - 3.00 - - - - 0.50 - 0.50 - - - 0.50 - - 0.50 - 0.50 - 0.50 0.50 - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................TCCTCAACTGTGAACTGAGCCTAGGCA...... 27 2 21.00 21.00 4.50 3.00 1.50 1.50 - 1.00 4.00 - - - 0.50 0.50 3.00 - 0.50 - 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................TCCTCAACTGTGAACTGAGCCTAGGC....... 26 2 15.00 15.00 - - - - 6.50 - 3.00 2.00 - - - 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - -
.................................................TGTAAGCTGTGTCCTCCTGGGTTGC................................................................................................................................. 25 3 11.67 11.67 - - - - 1.67 - - 3.67 1.67 0.67 - 0.67 - - 0.67 1.00 - 0.67 - - - - - - 0.67 0.33 - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................TCAACTGTGAACTGAGCCTAGGCAGCC... 27 2 9.00 9.00 3.00 1.00 1.50 1.00 - 1.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TGGATCCTCCTCAACTGTGAACTGAGC............. 27 2 6.00 6.00 - - - - 2.50 - - 0.50 1.00 - - 1.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................TGTAAGCTGTGTCCTCCTGGGTTGCA................................................................................................................................ 26 3 4.33 4.33 - - - - 1.00 - - - - 0.33 0.33 - - - 0.67 0.33 0.33 0.67 - - - - - 0.33 0.33 - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................TCCTCAACTGTGAACTGAGCCTAGGCAGCC... 30 2 4.00 4.00 1.00 1.50 1.00 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................TGCTGGATCCTCCTCAACTGTGAACTG................ 27 2 3.00 3.00 - - - - 1.50 - - - 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................AACTGTGAACTGAGCCTAGGCAGCCTA. 27 2 3.00 3.00 - 1.50 0.50 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - -
.........................................................................................................................................................................CTCCTCAACTGTGAACTGAGCCTAGGC....... 27 2 2.50 2.50 - - - - 2.00 - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................TCAACTGTGAACTGAGCCTAGGCAGC.... 26 2 2.50 2.50 1.00 0.50 - 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................TGGGCTAGAGCCGAGACCATGTGTAAGC........................................................................ 28 3 2.33 2.33 - - - - 0.67 - - 0.33 - - 0.33 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................CCTCAACTGTGAACTGAGCCTAGGCAG..... 27 2 2.00 2.00 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 0.50 - - - - -
.............................................................................................................................................................................TCAACTGTGAACTGAGCCTAGGCAG..... 25 2 2.00 2.00 - - - - - - - 1.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................TCAACTGTGAACTGAGCCTAGGCAGCCTAt 30 t 2.00 44.00 0.50 1.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TGGATCCTCCTCAACTGTGAACTGAGCC............ 28 2 2.00 2.00 - - - - 1.50 - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................TTCTGCACTGCAGTGGATGCCTCCTG........................................................................................................................................................ 26 3 1.67 1.67 - - 1.00 - - 0.33 - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................CAACTGTGAACTGAGCCTAGGCAGCCT.. 27 2 1.50 1.50 1.00 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................CAACTGTGAACTGAGCCTAGGCAGCCTA. 28 2 1.50 1.50 - 0.50 - 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................TCCTCCTCAACTGTGAACTGAGCCTAGGC....... 29 2 1.50 1.50 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................CTCAACTGTGAACTGAGCCTAGGCAG..... 26 2 1.50 1.50 0.50 - - 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................TCAACTGTGAACTGAGCCTAGGCAGCCTt. 29 t 1.50 35.50 0.50 - 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................TCCTCAACTGTGAACTGAGCCTAGGCAGa.... 29 a 1.50 64.50 - - - - 1.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................CCTCAACTGTGAACTGAGCCTAGGCAGC.... 28 2 1.50 1.50 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................CTGGATCCTCCTCAACTGTGAACTGAGC............. 28 2 1.50 1.50 - - - - 0.50 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................TGTAAGCTGTGCTGTCCTGTGTTTC...................................................... 25 3 1.33 1.33 - - - - - - - - 0.33 - - - - - 0.67 - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TAAACCAAACCCTCATGGGCTAGAGCCGA...................................................................................... 29 3 1.33 1.33 - 0.33 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................TGTAAGCTGTGTCCTCCTGGGTTac................................................................................................................................. 25 ac 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................TGTAAGCTGTGTCCTCCTGGGTTGCATG.............................................................................................................................. 28 3 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 0.67 - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - -
..............................................TCCTGTAAGCTGTGTCCTCCTcggc.................................................................................................................................... 25 cggc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................CTCAACTGTGAACTGAGCCTAGGCAGC.... 27 2 1.00 1.00 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................TAAGCTGTGCTGTCCTGTGTTTCACAGtt................................................ 29 tt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................TAAGCTGTGTCCTCCTGGGTTGCATGGAGC.......................................................................................................................... 30 3 1.00 1.00 - - - - 0.33 - - - - 0.33 - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................CCTCCTGTAAGCTGTGTCCTCCTGGGa.................................................................................................................................... 27 a 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................CAACTGTGAACTGAGCCTAGGCAGC.... 25 2 1.00 1.00 - 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TGGATCCTCCTCAACTGagcc................... 21 agcc 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................TCACAGGTGTCCCTGCTGGATCCTCCTg............................ 28 g 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
......................................................................................TCTAAACCAAACCCTCATGGGCTAGAGCC........................................................................................ 29 3 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................TAAGCTGTGCTGTCCTGTGTTTCACAGttg............................................... 30 ttg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................TGTGAACTGAGCCTAGGCAGCCTAcgga 28 cgga 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................TCAACTGTGAACTGAGCCTAGGCAGCCTAA 30 2 1.00 1.00 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................TAAGCTGTGTCCTCCTGGGTTGCATGGA............................................................................................................................ 28 3 1.00 1.00 - - - - - - - - 0.33 0.33 - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TGGATCCTCCTCAACTGTGAAC.................. 22 2 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................TAAGCTGTGTCCTCCTGGGTTGCATGG............................................................................................................................. 27 3 1.00 1.00 - - - - - - - - 0.33 - - - - 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................TGTAAGCTGTGTCCTCCTGGcttg.................................................................................................................................. 24 cttg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................TGAACTGAGCCTAGGCAGCCTAAccag 27 ccag 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................CTCAACTGTGAACTGAGCCTAGGCAGCC... 28 2 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................CTCAACTGTGAACTGAGCCTAGGCA...... 25 2 1.00 1.00 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................TGTAAGCTGTGTCCTCCTGGGTTGCAT............................................................................................................................... 27 3 0.67 0.67 - - 0.33 - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................TACTCTAAACCAAACCCTCATGGGCTAG............................................................................................ 28 3 0.67 0.67 - - - - - - - - 0.33 - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................TGGGCTAGAGCCGAGACCATGTGTAAGCT....................................................................... 29 3 0.67 0.67 - - - - - - - - - 0.33 - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................CTGTGAACTGAGCCTAGGCAGCCTAA 26 3 0.67 0.67 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................TCCTCAACTGTGAACTGAGCCTAGGCAGaa... 30 aa 0.50 64.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................AACTGTGAACTGAGCCTAGGCAGCCTAA 28 2 0.50 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................CCTCCTCAACTGTGAACTGAGCCTAGGCAG..... 30 2 0.50 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................CCTCAACTGTGAACTGAGCCTAGGCAGCC... 29 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................TCCTCAACTGTGAACTGAGCCTAGGCc...... 27 c 0.50 15.00 - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................CCTCAACTGTGAACTGAGCCTAGGCAGCCTA. 31 2 0.50 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................TGCTGGATCCTCCTCAACTGTGA.................... 23 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................TCCTCAACTGTGAACTGAGCCTAGGCcg..... 28 cg 0.50 15.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................AACTGTGAACTGAGCCTAGGCAGC.... 24 2 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................CTCCTCAACTGTGAACTGAGCCTAGGCAG..... 29 2 0.50 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................TGCTGGATCCTCCTCAACTGTGAACTGAGC............. 30 2 0.50 0.50 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................ACTGTGAACTGAGCCTAGGCAGCCTA. 26 2 0.50 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................TCCTCAACTGTGAACTGA............... 18 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................CCCTGCTGGATCCTCCTCAACTGTGAACT................. 29 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................TCAACTGTGAACTGAGCCTAGGCAGtc... 27 tc 0.50 2.00 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................CCTCAACTGTGAACTGAGCCTAGGC....... 25 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................TGCTGGATCCTCCTCAACTGTGAACTGA............... 28 2 0.50 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................CTCAACTGTGAACTGAGCCTAGGCAGCCT.. 29 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................TCCTCAACTGTGAACTGAGCCTAGGCAGCCT.. 31 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TAAACCAAACCCTCATGGGCTAGAGCC........................................................................................ 27 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................TGTGAACTGAGCCTAGGCAGCCTAAggt 28 ggt 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................TGTAAGCTGTGCTGTCCTGTGTTT....................................................... 24 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................TAGAGCCGAGACCATGTGTAAGCTGT..................................................................... 26 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................TAGAGCCGAGACCATGTGTAAGCTGTGC................................................................... 28 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................TGTGAACTGAGCCTAGGCAGCCTAAga 27 ga 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TAAACCAAACCCTCATGGGCTAGAGCCGAGA.................................................................................... 31 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................TGCTGTCCTGTGTTTCACAGGTGTCC............................................ 26 3 0.33 0.33 - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................TGCACTGCAGTGGATGCCTCCTG........................................................................................................................................................ 23 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................CTGTGCTGTCCTGTGTTTCACAGGTGTC............................................. 28 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................TCCTGTAAGCTGTGTCCTCCTGGGTT................................................................................................................................... 26 3 0.33 0.33 - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................CTGTAAGCTGTGTCCTCCTGGGTTGC................................................................................................................................. 26 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 -
...............................................CCTGTAAGCTGTGTCCTCCTGGGTTGC................................................................................................................................. 27 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................TCCTGTAAGCTGTGTCCTCCTGGGTTGC................................................................................................................................. 28 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................TGTGCTGTCCTGTGTTTCACAGGTGTCCCT.......................................... 30 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................TGGGCTAGAGCCGAGACCATGTGTAAGa........................................................................ 28 a 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................AGCCGAGACCATGTGTAAGCTGTGCTGTC............................................................... 29 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................TGCAGTGGATGCCTCCTGTAAGCTGT................................................................................................................................................ 26 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........CTATAACCCATGCTCTTCTGCACTGCAGT.................................................................................................................................................................... 29 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................TGTGAACTGAGCCTAGGCAGCCTAAaa 27 aa 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................TAAACCAAACCCTCATGGGCTAGAGCCGAG..................................................................................... 30 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - -
..........CTATAACCCATGCTCTTCTGCACTGC....................................................................................................................................................................... 26 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............TAACCCATGCTCTTCTGCACTGCAGTG................................................................................................................................................................... 27 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................TGGGCTAGAGCCGAGACCATGTGTAAG......................................................................... 27 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................TGTGCTGTCCTGTGTTTCACAGGTGTC............................................. 27 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................TAAGCTGTGCTGTCCTGTGTTTCACAGGT................................................ 29 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................GACCATGTGTAAGCTGTGCTGTCCTGT........................................................... 27 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................TCCTGGGTTGCATGGAGCCCTACTCT.................................................................................................................. 26 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................TAGAGCCGAGACCATGTGTAAGCTG...................................................................... 25 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................TGCACTGCAGTGGATGCCTCCTGTAA..................................................................................................................................................... 26 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................GGGCTAGAGCCGAGACCATGTGTAAG......................................................................... 26 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........TATAACCCATGCTCTTCTGCACTGCAGTG................................................................................................................................................................... 29 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................TGTGAACTGAGCCTAGGCAGCCTAA 25 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................TTCTGCACTGCAGTGGATGCCTCCTGTA...................................................................................................................................................... 28 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - -
..........................................................................ATGGAGCCCTACTCTAAACCAAACCCTC..................................................................................................... 28 5 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................TTCACAGGTGTCCCTGCTGGATCCTC............................... 26 5 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - -
.................................................TGTAAGCTGTGTCCTCCTGGG..................................................................................................................................... 21 5 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................CTCTTCTGCACTGCAGTG................................................................................................................................................................... 18 5 0.20 0.20 - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................GCATGGAGCCCTACTCTAAACCAAACCCT...................................................................................................... 29 5 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - -

Antisense strand
TGGACCCAGGCTATAACCCATGCTCTTCTGCACTGCAGTGGATGCCTCCTGTAAGCTGTGTCCTCCTGGGTTGCATGGAGCCCTACTCTAAACCAAACCCTCATGGGCTAGAGCCGAGACCATGTGTAAGCTGTGCTGTCCTGTGTTTCACAGGTGTCCCTGCTGGATCCTCCTCAACTGTGAACTGAGCCTAGGCAGCCTAA
.............................................(((..((...(((.((((....(((((...(((((.....))))).....)))))....))))))).)).))).....................................................................................
............................................45..........................................................................121................................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes)
SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes)
GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
GSM509276(GSM509276)
small RNA cloning by length. (testes)
..........................................................................................................GCTAGAGCCGAGACCATGTGTAAGCTGT..................................................................... 28 3 6.33 6.33 - - - - - - - 3.00 - - - - - - - 1.67 - - 0.33 - - - 0.67 0.67 - - - - - - - - - - - -
...............................................................TCCTGGGTTGCATGGAGCCCTACTCTA................................................................................................................. 27 3 1.67 1.67 - - - - - - - - 0.33 - 0.33 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................GGGCTAGAGCCGAGACCATGTGTAAGCTGT..................................................................... 30 3 1.67 1.67 - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - 1.33 - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................TGTAAGCTGTGCTGTCCTGTGTTTCA..................................................... 26 3 1.33 1.33 - - - - - - - - 0.33 - 0.33 - - - - - 0.33 - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................TGTGTAAGCTGTGCTGTCCTGTGTTTCA..................................................... 28 3 1.33 1.33 - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - 0.33 - 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................AAACCCTCATGGGCTAGAGCCGAGACCA................................................................................. 28 3 1.33 1.33 - - - - - - - - 0.33 0.33 - - - 0.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................CTAGAGCCGAGACCATGTGTAAGCTGTa..................................................................... 28 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
.................................................................TGGGTTGCATGGAGCCCTACTCTAAACCAAc........................................................................................................... 31 c 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................GTGTAAGCTGTGCTGTCCTGTGTTTCA..................................................... 27 3 1.00 1.00 - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - 0.33 - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................GAGCCCTACTCTAAACCAAACCCTCAaaa.................................................................................................... 29 aaa 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................TCCCTGCTGGATCCTCCTCAACTGTGgat..................... 29 gat 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................AGCCCTACTCTAAACCAAACCCTCAa.................................................................................................... 26 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................CCTGGGTTGCATGGAGCCCTACTCTAA................................................................................................................ 27 3 1.00 1.00 - - - - 0.67 - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................CTCCTGGGTTGCATGGAGCCCTACTC................................................................................................................... 26 3 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 0.67 - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................CCTCCTCAACTGTGAACTGAGCCTAG......... 26 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................GCATGGAGCCCTACTCTAAACCAAAC......................................................................................................... 26 5 0.80 0.80 - - - - - - - 0.60 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................GTAAGCTGTGCTGTCCTGTGTTTCACA................................................... 27 3 0.67 0.67 - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................GGGCTAGAGCCGAGACCATGTGTAAGCT....................................................................... 28 3 0.67 0.67 - - - - 0.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................GTAAGCTGTGCTGTCCTGTGTTTCA..................................................... 25 3 0.67 0.67 - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................TAGAGCCGAGACCATGTGTAAGCTGT..................................................................... 26 3 0.67 0.67 - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................ATGTGTAAGCTGTGCTGTCCTGTGTTTCA..................................................... 29 3 0.67 0.67 - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................TACTCTAAACCAAACCCTCATGGGCTA............................................................................................. 27 3 0.67 0.67 - - - - - - - - - 0.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................ATGTGTAAGCTGTGCTGTCCTGTGTTTC...................................................... 28 3 0.67 0.67 - - - - - - - - 0.33 - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................CTGCTGGATCCTCCTCAACTGTGAACTGA............... 29 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................GGAGCCCTACTCTAAACCAAACCCTCA.................................................................................................... 27 5 0.40 0.40 - - - - - - - - 0.20 - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................ACTGCAGTGGATGCCTCCTGTAAGCTGT................................................................................................................................................ 28 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................TCTGCACTGCAGTGGATGCCTCCTGTAA..................................................................................................................................................... 28 3 0.33 0.33 - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................AGAGCCGAGACCATGTGTAAGCTGT..................................................................... 25 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................GCTAGAGCCGAGACCATGTGTAAGCT....................................................................... 26 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................ATGGGCTAGAGCCGAGACCATGTGTAA.......................................................................... 27 3 0.33 0.33 - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................CTGTCCTGTGTTTCACAGGTGTCCCTGC........................................ 28 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................TAGAGCCGAGACCATGTGTAAGCTGTtc..................................................................... 28 tc 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................GTTGCATGGAGCCCTACTCTAA................................................................................................................ 22 3 0.33 0.33 - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................TGGGTTGCATGGAGCCCTACTCTAAACCAAAC......................................................................................................... 32 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................AACCCTCATGGGCTAGAGCCGAGACCAac................................................................................. 29 ac 0.33 0.00 - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................AACCCTCATGGGCTAGAGCCGAGACCA................................................................................. 27 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................CAAACCCTCATGGGCTAGAGCCGAGACCAa................................................................................. 30 a 0.33 0.00 - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................CCAAACCCTCATGGGCTAGAGCCGAGA.................................................................................... 27 3 0.33 0.33 - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................CACAGGTGTCCCTGCTGGATCCTCCTCAt........................... 29 t 0.33 0.00 - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................GTGTAAGCTGTGCTGTCCTGTGTTTC...................................................... 26 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................CCTGGGTTGCATGGAGCCCTACTCTA................................................................................................................. 26 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................TGTAAGCTGTGTCCTCCTGGGTTGCA................................................................................................................................ 26 3 0.33 0.33 - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................CAAACCCTCATGGGCTAGAGCCGAGACCA................................................................................. 29 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................CCATGTGTAAGCTGTGCTGTCCTGTG.......................................................... 26 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................GAGCCGAGACCATGTGTAAGCTGTGC................................................................... 26 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................AGCTGTGCTGTCCTGTGTTTCACA................................................... 24 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................GAGACCATGTGTAAGCTGTGCTGTCCTGTGT......................................................... 31 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................CTCCTGGGTTGCATGGAGCCCTACTCT.................................................................................................................. 27 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................TCCTGGGTTGCATGGAGCCCTACTCTAA................................................................................................................ 28 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................CACAGGTGTCCCTGCTGGATCCTCCTCA........................... 28 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTAAGCTGTGTCCTCCTGGGTTGCA................................................................................................................................ 25 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................GGTTGCATGGAGCCCTACTCTAAACCAA........................................................................................................... 28 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................GCTGTCCTGTGTTTCACAGGTGTCCCTGCTGG..................................... 32 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................ACAGGTGTCCCTGCTGGATCCT................................ 22 5 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20
.......................................................................TGCATGGAGCCCTACTCTAAACCAAAC......................................................................................................... 27 5 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................GCCCTACTCTAAACCAAACCCTCA.................................................................................................... 24 5 0.20 0.20 - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -