(6)
OTHER.mut
(2)
OVARY
(6)
PIWI.ip
(3)
PIWI.mut
(33)
TESTES

Sense strand
CTAGCTATGGCGGCAGTGACCTGGAGTCGGGCTCGATGCTGGTGTCCGAGGTAAGCTTGCAGCCTCGACTCTCCGGCCCAAAGTCGCCAGCGGGAATTTTCGCCCGCCCACGGAGCCGCCCGCTTTGTCATCTGGCCTGGCTAGCGAGACAGCAGGATATTACTTTGACGATTTCCCAGCGAGAGAGCTCTAAAGAGTGACCTCGAAGGTTCTTCCTCTGCTGAGTCCCAAAGGGTAAGGATGGACGCGC
............................................................................................(((.(((((..(((....)))...(((..((..((((..(((((...)))))...)))))).(((.(((........))).)))..))).))))).)))...........................................................
............................................................................................93.................................................................................................192........................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR042486(GSM539878)
mouse ovaries [09-002]. (ovary)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
..................................................................................................................................TCTGGCCTGGCTAGCGAGACAGCAGG.............................................................................................. 26 1 17.00 17.00 9.00 4.00 - - - - 2.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
......................................................................................................................................................AGCAGGATATTACTTTGACGAT.............................................................................. 22 1 10.00 10.00 10.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................TCTGGCCTGGCTAGCGAGACAGCAG............................................................................................... 25 1 9.00 9.00 - 4.00 - 1.00 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................TATTACTTTGACGATTTCCCAGCGAGA.................................................................. 27 1 5.00 5.00 - - - - - 1.00 - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................TTACTTTGACGATTTCCCAGCGAGAGAGC.............................................................. 29 1 4.00 4.00 - - 1.00 - 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................TACTTTGACGATTTCCCAGCGAGAGAGC.............................................................. 28 1 3.00 3.00 - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................TGCTGGTGTCCGAGGTAAGCTTGCAGC........................................................................................................................................................................................... 27 1 3.00 3.00 - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
..........CGGCAGTGACCTGGAGTCGGG........................................................................................................................................................................................................................... 21 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................TAGCGAGACAGCAGGATATTACTTTG................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................TGTCATCTGGCCTGGCTAGCGAGACAGC................................................................................................. 28 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
..........................TCGGGCTCGATGCTGGTG.............................................................................................................................................................................................................. 18 1 2.00 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................TGGCTAGCGAGACAGCAGGATATTAC....................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................TGTCATCTGGCCTGGCTAGCGAGAC.................................................................................................... 25 1 2.00 2.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
..................ACCTGGAGTCGGGCTCGAT..................................................................................................................................................................................................................... 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................CTTTGTCATCTGGCCTGGCTAGCG........................................................................................................ 24 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................TCTGGCCTGGCTAGCGAGACAGCAGt.............................................................................................. 26 t 1.00 9.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................TTGCAGCCTCGACTCTCCGGCa............................................................................................................................................................................ 22 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
.......................GAGTCGGGCTCGATGCTGGT............................................................................................................................................................................................................... 20 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................ACCTGGAGTCGGGCTCGA...................................................................................................................................................................................................................... 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
.....................TGGAGTCGGGCTCGATGCTGGTGTC............................................................................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................TCTGGCCTGGCTAGCGAGACAGCAGGA............................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................TGGTGTCCGAGGTAAGCTTGCAGCCTC........................................................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................CTCGATGCTGGTGTCCGAGGTAAGt.................................................................................................................................................................................................. 25 t 1.00 0.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................AGACAGCAGGATATTACTTTGACGA............................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................TAAAGAGTGACCTCGAAGGTTCTTCCTCT............................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
....................................TGCTGGTGTCCGAGGTAAGCTTGCAGCaa......................................................................................................................................................................................... 29 aa 1.00 3.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........CGGCAGTGACCTGGAGTCG............................................................................................................................................................................................................................. 19 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................TGGTGTCCGAGGTAAGCTTGCAGCCT......................................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................CTCGATGCTGGTGTCCGAGt....................................................................................................................................................................................................... 20 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............AGTGACCTGGAGTCGGG........................................................................................................................................................................................................................... 17 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
.TAGCTATGGCGGCAGTGACCTGGAGTC.............................................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......TGGCGGCAGTGACCTGGAGTCGGtt.......................................................................................................................................................................................................................... 25 tt 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................CGATTTCCCAGCGAGAGAGCTCTA.......................................................... 24 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.TAGCTATGGCGGCAGTGACCTGGAG................................................................................................................................................................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TTTGACGATTTCCCAGCGAGAGAGCTCT........................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................................................................AGTCCCAAAGGGTAAGGATG....... 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................TGGCTAGCGAGACAGCAGGATATTACTTT.................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................TACTTTGACGATTTCCCAGCGAGAGAGCTC............................................................ 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................TGGTGTCCGAGGTAAGCTTGCAGCC.......................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................GACAGCAGGATATTACTTTGACGATTTC........................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................TTTCGCCCGCCCACGGAGCCGCCCGCTT............................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................TGCTGGTGTCCGAGGTAAGCTTGCAG............................................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................TTACTTTGACGATTTCCCAGCGAGA.................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
..............................................................................................................................................AGCGAGACAGCAGGATATTACTTTGA.................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
................................................AGGTAAGCTTGCAGCCTCGACTCTCCGGC............................................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -
..............................................................................................................................................AGCGAGACAGCAGGATATTACTTTGACGA............................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................TGCAGCCTCGACTCTCCGGCCCAAAGTC..................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................CTAAAGAGTGACCTCGAAGGTTCT..................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................TAGCGAGACAGCAGGATATTACTTTGA.................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................TATTACTTTGACGATTTCCCAGCGAGAGA................................................................ 29 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................CGGGCTCGATGCTGGTG.............................................................................................................................................................................................................. 17 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................TTACTTTGACGATTTCCCAGCGAGAG................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................TTGCAGCCTCGACTCTCCGGCC............................................................................................................................................................................ 22 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................TATTACTTTGACGATTTCCCAGCGAG................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................AGCGAGACAGCAGGATATTACTTTGt.................................................................................. 26 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................TCTGGCCTGGCTAGCGAGACAGCA................................................................................................ 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................GGGCTCGATGCTGGcatt............................................................................................................................................................................................................ 18 catt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
.................................................................................AGTCGCCAGCGGGAATTTTCGCCCGC............................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................TCGATGCTGGTGTCCGAGGTAAGC.................................................................................................................................................................................................. 24 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................TAGCGAGACAGCAGGATATTACTTTGACGA............................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................TTTGACGATTTCCCAGCGAGAGAGCTC............................................................ 27 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................CAGCCTCGACTCTCCGGCCCAAAGT...................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................TTGCAGCCTCGACTCTCCGGCCCAAA........................................................................................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................TGTCATCTGGCCTGGCTAGCGAGACA................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................TTTGTCATCTGGCCTGGCTAGCGAG...................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................TCCCAGCGAGAGAGCTCTAAAGAGTG................................................... 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50

Antisense strand
CTAGCTATGGCGGCAGTGACCTGGAGTCGGGCTCGATGCTGGTGTCCGAGGTAAGCTTGCAGCCTCGACTCTCCGGCCCAAAGTCGCCAGCGGGAATTTTCGCCCGCCCACGGAGCCGCCCGCTTTGTCATCTGGCCTGGCTAGCGAGACAGCAGGATATTACTTTGACGATTTCCCAGCGAGAGAGCTCTAAAGAGTGACCTCGAAGGTTCTTCCTCTGCTGAGTCCCAAAGGGTAAGGATGGACGCGC
............................................................................................(((.(((((..(((....)))...(((..((..((((..(((((...)))))...)))))).(((.(((........))).)))..))).))))).)))...........................................................
............................................................................................93.................................................................................................192........................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR042486(GSM539878)
mouse ovaries [09-002]. (ovary)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
.......................................................................................................................................................................................................................CTCTGCTGAGTCCCAAAG................. 18 1 2.00 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................GATATTACTTTGACGATTTCCC......................................................................... 22 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -