Gene: Peci

ID: uc007qby.1_intron_8_0_chr13_35085090_r.3p

SPECIES: mm9

chr13:35085040 35085289 -

(9) OTHER.mut

(1) OVARY

(7) PIWI.ip

(4) PIWI.mut

(1) TDRD1.ip

(42) TESTES

Sense strand

CAGGGTTTCTCTGTATAGCCTTGGATATCCTGGAGCTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGTTGTAGATGCATGCTGTTCTGATCAACATGAGTTGGAGCCAATCAGTAATCCTGTTGCTGCAGAAATAAAAGGGCAAGGAACAAACAGAAACCACTATTTGTAGTGTCCTGCAGGTCTTCAGATTACAAGTGGCTAAACTGCACTTGGGCAGACCAACAATGAG .........................................................(((((..((.........((.(((.((((...)))).))).))..(((((..(((((.((....((.....)).....)).)))))...))))).....))..)))))..................................................................................... .......................................................56......................................................................................................................176........................................................................	Size	Perfect hit	Total Norm	Perfect Norm	SRR034119(GSM466729) Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)	SRR034118(GSM466728) Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)	SRR034120(GSM466730) Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)	SRR034121(GSM466731) Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)	SRR248523(GSM733811) cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)	SRR248524(GSM733812) cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)	SRR014235(GSM319959) 2 dpp total. (testes)	SRR028732(GSM400969) Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)	SRR014236(GSM319960) 10 dpp total. (testes)	SRR069809(GSM610965) small RNA sequencing; sample 1. (testes)	mjTestesKO6() Testes Data. (Zcchc11 testes)	SRR248525(GSM733813) cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)	mjTestesWT3() Testes Data. (testes)	mjTestesKO8() Testes Data. (Zcchc11 testes)	mjTestesWT1() Testes Data. (testes)	mjTestesWT4() Testes Data. (testes)	mjTestesKO7() Testes Data. (Zcchc11 testes)	SRR248527(GSM733815) cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)	SRR014231(GSM319955) 16.5 dpc total. (testes)	SRR248526(GSM733814) cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)	GSM509279(GSM509279) MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)	SRR014233(GSM319957) 16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)	GSM475280(GSM475280) Mili-IP. (mili testes)	SRR069811(GSM610967) small RNA sequencing; sample 3. (testes)	mjTestesWT2() Testes Data. (testes)	SRR069810(GSM610966) small RNA sequencing; sample 2. (testes)	mjTestesKO5() Testes Data. (Zcchc11 testes)	SRR028730(GSM400967) Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)	SRR363959(GSM822761) AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)	GSM509277(GSM509277) small RNA cloning by length. (piwi testes)	SRR029036(GSM433288) 18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)	GSM509278(GSM509278) small RNA cloning by length. (piwi testes)	SRR014234(GSM319958) Ovary total. (ovary)	GSM179088(GSM179088) Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes)	SRR014230(GSM319954) 10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)	SRR029041(GSM433293) 6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)	SRR028731(GSM400968) Mili-wt-associated. (testes)	SRR029042(GSM433294) 18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)	SRR029043(GSM433295) 18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)	SRR037903(GSM510439) testes_rep4. (testes)	SRR029040(GSM433292) 6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)	GSM509275(GSM509275) MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)	SRR363956(GSM822758) P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
....................................TCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCgcgt...........................................................................................................................................................................................	27	gcgt	148.00	0.00	59.00	43.00	21.00	19.00	-	1.00	1.00	3.00	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
....................................TCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTTGAca.........................................................................................................................................................................................	29	ca	25.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	7.00	-	4.00	4.00	-	6.00	1.00	-	-	1.00	-	1.00	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
....................................TCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTTttt..........................................................................................................................................................................................	28	ttt	20.00	0.00	1.00	4.00	3.00	4.00	-	-	-	-	1.00	2.00	-	-	-	-	-	1.00	-	-	1.00	-	-	1.00	-	1.00	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
...................................CTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTTttt..........................................................................................................................................................................................	29	ttt	12.00	0.00	4.00	3.00	-	1.00	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	1.00	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
............................................................TGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTaaa....................................................................................................................................................................	26	aaa	12.00	0.00	2.00	5.00	2.00	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
....................................TCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCgtt............................................................................................................................................................................................	26	gtt	12.00	0.00	5.00	2.00	1.00	1.00	1.00	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..............................TGGAGCTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCaa..............................................................................................................................................................................................	30	aa	12.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	4.00	-	4.00	1.00	3.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
...................................CTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCgcgt...........................................................................................................................................................................................	28	gcgt	11.00	0.00	4.00	6.00	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
....................................TCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCgta............................................................................................................................................................................................	26	gta	11.00	0.00	3.00	5.00	-	-	1.00	-	1.00	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
.....................................CACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTTttt..........................................................................................................................................................................................	27	ttt	10.00	0.00	4.00	2.00	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-
............................................................TGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTata....................................................................................................................................................................	26	ata	10.00	0.00	3.00	2.00	1.00	1.00	2.00	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
....................................TCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCgcat...........................................................................................................................................................................................	27	gcat	9.00	0.00	4.00	3.00	-	1.00	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
................................................................................................................................................TGCAGAAATAAAAGGGCAAGGAACAAAC..............................................................................	28	1	8.00	8.00	-	-	2.00	3.00	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
....................................TCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTTtat..........................................................................................................................................................................................	28	tat	7.00	0.00	2.00	3.00	-	-	-	1.00	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
.....................................CACTTTGTAGACCAGGCTGGCCgcgt...........................................................................................................................................................................................	26	gcgt	7.00	0.00	1.00	2.00	2.00	1.00	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
.................................................................................................TGCTGTTCTGATCAACATGAGTTGGAG..............................................................................................................................	27	1	7.00	7.00	3.00	3.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
....................................TCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCgcta...........................................................................................................................................................................................	27	gcta	7.00	0.00	3.00	2.00	-	1.00	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
................................................................................................................................................TGCAGAAATAAAAGGGCAAGGAACAAA...............................................................................	27	1	7.00	7.00	2.00	1.00	1.00	-	-	-	-	3.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
...................................................................................................................................................................................................TGCAGGTCTTCAGATTACAAGTGGCT.............................	26	1	7.00	7.00	3.00	1.00	-	-	-	-	-	2.00	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..............................TGGAGCTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCag..............................................................................................................................................................................................	30	ag	6.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	5.00	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
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....................................TCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTTtaaa.........................................................................................................................................................................................	29	taaa	5.00	0.00	1.00	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	2.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
....................................TCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCgtaa...........................................................................................................................................................................................	27	gtaa	5.00	0.00	4.00	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
........................................................................................................................................................TAAAAGGGCAAGGAACAAACAGAAACC.......................................................................	27	1	4.00	4.00	-	-	-	-	3.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
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....................................TCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCgcgg...........................................................................................................................................................................................	27	gcgg	4.00	0.00	2.00	1.00	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
...................................................................................................................................................................................................TGCAGGTCTTCAGATTACAAGTGGCTA............................	27	1	4.00	4.00	1.00	1.00	-	1.00	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
....................................TCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTTGAcaa........................................................................................................................................................................................	30	caa	3.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
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........................................TTTGTAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGtt...................................................................................................................................................................................	31	tt	3.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	3.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
...................................CTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTTtttt.........................................................................................................................................................................................	30	tttt	3.00	0.00	-	1.00	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..............................TGGAGCTCACTTTGTAGACCAGGCTGGaa...............................................................................................................................................................................................	29	aa	3.00	0.00	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	1.00	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
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................................GAGCTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCaa..............................................................................................................................................................................................	28	aa	3.00	0.00	-	-	2.00	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
.......................................................................................................TCTGATCAACATGAGTTGGAGCCAATCA.......................................................................................................................	28	1	3.00	3.00	-	2.00	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
.......................................................................................................TCTGATCAACATGAGTTGGAGCCAATC........................................................................................................................	27	1	3.00	3.00	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
.................................................................................................TGCTGTTCTGATCAACATGAGTTGGAGC.............................................................................................................................	28	1	3.00	3.00	-	2.00	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
............................................................TGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTaaat...................................................................................................................................................................	27	aaat	3.00	0.00	1.00	-	-	-	-	1.00	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
.................................................................................................TGCTGTTCTGATCAACATGAGTTGGAGCC............................................................................................................................	29	1	3.00	3.00	-	-	1.00	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
.........................................TTGTAGACCAGGCTGGCCTTtaaa.........................................................................................................................................................................................	24	taaa	2.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
......................................ACTTTGTAGACCAGGCTGGCCgcta...........................................................................................................................................................................................	25	gcta	2.00	0.00	2.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
............................................................TGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTaat....................................................................................................................................................................	26	aat	2.00	0.00	-	1.00	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
....................................TCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTTtttt.........................................................................................................................................................................................	29	tttt	2.00	0.00	1.00	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..............................TGGAGCTCACTTTGTAGACCAGGCTtata...............................................................................................................................................................................................	29	tata	2.00	0.00	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
....................................TCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTTGAACacca.....................................................................................................................................................................................	33	acca	2.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
....................................TCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTTtca..........................................................................................................................................................................................	28	tca	2.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
...........................................................TTGAACTCAGAAATCCGCCTGaaa.......................................................................................................................................................................	24	aaa	2.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-
...........................................................TTGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCaga...................................................................................................................................................................	28	aga	2.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
.....................................CACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTTtaaa.........................................................................................................................................................................................	28	taaa	2.00	0.00	1.00	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
.....................................CACTTTGTAGACCAGGCTGGCCgtta...........................................................................................................................................................................................	26	gtta	2.00	0.00	1.00	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
......................................................TGGCCTTGAACTCAGAAATCCGCCTGaaa.......................................................................................................................................................................	29	aaa	2.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..............................TGGAGCTCACTTTGTAGACCAac.....................................................................................................................................................................................................	23	ac	2.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
........................................................................................................................................................TAAAAGGGCAAGGAACAAACAGAAACCACT....................................................................	30	1	2.00	2.00	1.00	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..............................TGGAGCTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCagga...........................................................................................................................................................................................	33	agga	2.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
........................................................................................................................................................TAAAAGGGCAAGGAACAAACAGAAAC........................................................................	26	1	2.00	2.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
............................................TAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAAAaaaa..............................................................................................................................................................................	32	aaaa	2.00	0.00	-	-	-	-	2.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
....................................TCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTTctt..........................................................................................................................................................................................	28	ctt	2.00	0.00	-	-	-	1.00	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
............................................................TGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTattt...................................................................................................................................................................	27	attt	2.00	0.00	2.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
...........................................................TTGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCcaca..................................................................................................................................................................	29	caca	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
...............................GGAGCTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCaa..............................................................................................................................................................................................	29	aa	1.00	0.00	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
....................................TCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTTttat.........................................................................................................................................................................................	29	ttat	1.00	0.00	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
.....................................CACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTTttat.........................................................................................................................................................................................	28	ttat	1.00	0.00	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
......................................ACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTTttt..........................................................................................................................................................................................	26	ttt	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
............................................................TGAACTCAGAAATCCGCCgga.........................................................................................................................................................................	21	gga	1.00	0.00	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
............................................................TGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTacaa...................................................................................................................................................................	27	acaa	1.00	0.00	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..................................GCTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTTt............................................................................................................................................................................................	28	t	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
....................................TCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTTGAcaaa.......................................................................................................................................................................................	31	caaa	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
.....................................CACTTTGTAGACCAGGCTGGCCgcta...........................................................................................................................................................................................	26	gcta	1.00	0.00	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
......................................ACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTTGAca.........................................................................................................................................................................................	27	ca	1.00	0.00	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..................................GCTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCtttt............................................................................................................................................................................................	28	tttt	1.00	0.00	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
....................................TCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCgcag...........................................................................................................................................................................................	27	gcag	1.00	0.00	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
........................................................................................................................................................TAAAAGGGCAAGGAACAAACAGAAACCACTt...................................................................	31	t	1.00	2.00	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
.........................................................................................................................................................AAAAGGGCAAGGAACAAACAGAAACCACT....................................................................	29	1	1.00	1.00	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..................................................................................................................TGAGTTGGAGCCAATCAGTAATCCTG..............................................................................................................	26	1	1.00	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
................................GAGCTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCtttt............................................................................................................................................................................................	30	tttt	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
...........................................................TTGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCccct..................................................................................................................................................................	29	ccct	1.00	0.00	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
............................................................TGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTatat...................................................................................................................................................................	27	atat	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..........................................................CTTGAACTCAGAAATCCGCCTGCaga......................................................................................................................................................................	26	aga	1.00	0.00	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
............................................................TGAACTCAGAAATCCGCCTGCCaaaa....................................................................................................................................................................	26	aaaa	1.00	0.00	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..............................TGGAGCTCACTTTGTAGACCAGGCTaaaa...............................................................................................................................................................................................	29	aaaa	1.00	0.00	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
....................................TCACTTTGTAGACCAGGCTGGCgaaa............................................................................................................................................................................................	26	gaaa	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
....................................TCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTTGAttt........................................................................................................................................................................................	30	ttt	1.00	0.00	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
............................................................TGAACTCAGAAATCCGCaaa..........................................................................................................................................................................	20	aaa	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
.....................................CACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTTttta.........................................................................................................................................................................................	28	ttta	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..............................TGGAGCTCACTTTGTAGACCAGGCaaa.................................................................................................................................................................................................	27	aaa	1.00	0.00	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
.....................................................................................................................................................................................................CAGGTCTTCAGATTACAAGTGGCTA............................	25	1	1.00	1.00	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..........................................................CTTGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTatt....................................................................................................................................................................	28	att	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
....................................TCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTTGAttta.......................................................................................................................................................................................	31	ttta	1.00	0.00	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
............................................................TGAACTCAGAAATCCGCCTGCCaaga....................................................................................................................................................................	26	aaga	1.00	0.00	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
.................................................................TCAGAAATCCGCCTGCCTCTGTaaa................................................................................................................................................................	25	aaa	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..........................................................CTTGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTag.....................................................................................................................................................................	27	ag	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..............................TGGAGCTCACTTTGTAGACCAGGCTGGaaaa.............................................................................................................................................................................................	31	aaaa	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
...................................CTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCgtt............................................................................................................................................................................................	27	gtt	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..............................TGGAGCTCACTTTGTAGACCAGGCattt................................................................................................................................................................................................	28	attt	1.00	0.00	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
......................................ACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAAgaa................................................................................................................................................................................	36	gaa	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..............................TGGAGCTCACTTTGTAGACCAcggt...................................................................................................................................................................................................	25	cggt	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
............................................................TGAACTCAGAAATCCGCCgctg........................................................................................................................................................................	22	gctg	1.00	0.00	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
.................................................................TCAGAAATCCGCCTGCCTCTGTgaaa...............................................................................................................................................................	26	gaaa	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
............................................................TGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTaatt...................................................................................................................................................................	27	aatt	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
....................................TCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCgttt...........................................................................................................................................................................................	27	gttt	1.00	0.00	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
...........................................GTAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAAATCCGaaaa..........................................................................................................................................................................	37	aaaa	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..............................TGGAGCTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCga.............................................................................................................................................................................................	31	ga	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..........................................................CTTGAACTCAGAAATCCGCCTGCCaaa.....................................................................................................................................................................	27	aaa	1.00	0.00	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
......................................ACTTTGTAGACCAGGCTGGCCgcgg...........................................................................................................................................................................................	25	gcgg	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
.........................................................................................................TGATCAACATGAGTTGGAGCCAATCAG......................................................................................................................	27	1	1.00	1.00	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
.............................................................GAACTCAGAAATCCGCCTGCCTaaaa...................................................................................................................................................................	26	aaaa	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
................................................................................................................................................TGCAGAAATAAAAGGGCAAGGAACAA................................................................................	26	1	1.00	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
....................................TCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTTcgac.........................................................................................................................................................................................	29	cgac	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-
............................................................TGAACTCAGAAATCCGCCTGCCccca....................................................................................................................................................................	26	ccca	1.00	0.00	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
....................................TCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCgctt...........................................................................................................................................................................................	27	gctt	1.00	0.00	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
.........................................TTGTAGACCAGGCTGGCCTTttag.........................................................................................................................................................................................	24	ttag	1.00	0.00	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
.........................................................................................................................................................AAAAGGGCAAGGAACAAACAGAAACCA......................................................................	27	1	1.00	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
.....................................CACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTTGcca.........................................................................................................................................................................................	28	cca	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
......................................ACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTTtcg..........................................................................................................................................................................................	26	tcg	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..........................................................CTTGAACTCAGAAATCCGCCTGCagct.....................................................................................................................................................................	27	agct	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
............................................................TGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCac....................................................................................................................................................................	26	ac	1.00	0.00	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
.................................AGCTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCga..............................................................................................................................................................................................	27	ga	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
....................................TCACTTTGTAGACCAGGCTGGCgat.............................................................................................................................................................................................	25	gat	1.00	0.00	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..........................................................CTTGAACTCAGAAATCCGCCggaa........................................................................................................................................................................	24	ggaa	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..............................TGGAGCTCACTTTGTAGACCAGGCatt.................................................................................................................................................................................................	27	att	1.00	0.00	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..........................................................................................................................................TGTTGCTGCAGAAATAAAAGGGCAAGGA....................................................................................	28	1	1.00	1.00	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
................................GAGCTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTTt............................................................................................................................................................................................	30	t	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..........................................TGTAGACCAGGCTGGCCTTGAAattt......................................................................................................................................................................................	26	attt	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
...................................CTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTTtat..........................................................................................................................................................................................	29	tat	1.00	0.00	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..........................................................CTTGAACTCAGAAATCCGCCTGaat.......................................................................................................................................................................	25	aat	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
....................................................................................................................................................GAAATAAAAGGGCAAGGAACAAACAGA...........................................................................	27	1	1.00	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-
.....................................................................................................................................................................................TATTTGTAGTGTCCTGCAGGTCTTC............................................	25	1	1.00	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
............................................................TGAACTCAGAAATCCGCCTGCCaat.....................................................................................................................................................................	25	aat	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..........................................................................................................................................................AAAGGGCAAGGAACAAACAGAAACCACTAT..................................................................	30	1	1.00	1.00	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
........................................................................................................................................................TAAAAGGGCAAGGAACAAACAGAAACCAt.....................................................................	29	t	1.00	1.00	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..............................TGGAGCTCACTTTGTAGACCAGGCTta.................................................................................................................................................................................................	27	ta	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
......................................ACTTTGTAGACCAGGCTGGCCgtt............................................................................................................................................................................................	24	gtt	1.00	0.00	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
............................................................TGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCcgta..................................................................................................................................................................	28	cgta	1.00	0.00	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..........................................................CTTGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCaaa...................................................................................................................................................................	29	aaa	1.00	0.00	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..............................TGGAGCTCACTTTGTAGACCAGGCTataa...............................................................................................................................................................................................	29	ataa	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
....................................................................................................................................................GAAATAAAAGGGCAAGGAACAAACAGAAACCA......................................................................	32	1	1.00	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
...................................CTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCgta............................................................................................................................................................................................	27	gta	1.00	0.00	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
........................................................................................................................................................TAAAAGGGCAAGGAACAAACAGAAACCA......................................................................	28	1	1.00	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..........................................................CTTGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGTT..................................................................................................................................................................	30	2	1.00	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
.......................................CTTTGTAGACCAGGCTGGCCTTGAcg.........................................................................................................................................................................................	26	cg	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
............................................................TGAACTCAGAAATCCGCCagca........................................................................................................................................................................	22	agca	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
....................................TCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTTttta.........................................................................................................................................................................................	29	ttta	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
....................................TCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTTtatt.........................................................................................................................................................................................	29	tatt	1.00	0.00	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..................................................................................................................TGAGTTGGAGCCAATCAGTAATCCTGT.............................................................................................................	27	1	1.00	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-
.....................................CACTTTGTAGACCAGGCTGGCCgctt...........................................................................................................................................................................................	26	gctt	1.00	0.00	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
....................................TCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTTcta..........................................................................................................................................................................................	28	cta	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
...................................CTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCgtta............................................................................................................................................................................................	27	gtta	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
............................................................TGAACTCAGAAATCCGCCTGCCaatt....................................................................................................................................................................	26	aatt	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
......................................ACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTTtttt.........................................................................................................................................................................................	27	tttt	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
............................................................TGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTaagt...................................................................................................................................................................	27	aagt	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
.................................AGCTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCat.............................................................................................................................................................................................	28	at	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
.................................................................................................................................................GCAGAAATAAAAGGGCAAGGAACAAACAGA...........................................................................	30	1	1.00	1.00	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
....................................TCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTTGcag.........................................................................................................................................................................................	29	cag	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
................................................................................................................................................TGCAGAAATAAAAGGGCAAGGAACAAACAGt...........................................................................	31	t	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
...................................CTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTTGgga.........................................................................................................................................................................................	30	gga	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
....................................TCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTTGAAaacc......................................................................................................................................................................................	32	aacc	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
....................................TCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCgtta...........................................................................................................................................................................................	27	gtta	1.00	0.00	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..............................................................AACTCAGAAATCCGCCTGCCTaaa....................................................................................................................................................................	24	aaa	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..........................................................CTTGAACTCAGAAATCCGCCgcct........................................................................................................................................................................	24	gcct	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
............................................................TGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCata...................................................................................................................................................................	27	ata	1.00	0.00	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
............................................................TGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTataa...................................................................................................................................................................	27	ataa	1.00	0.00	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
....................................TCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCggc............................................................................................................................................................................................	26	ggc	1.00	0.00	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..........................................................CTTGAACTCAGAAATCCGCCTGCaaa......................................................................................................................................................................	26	aaa	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
............................................................TGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCgaa...................................................................................................................................................................	27	gaa	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
.................................AGCTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCaa.............................................................................................................................................................................................	28	aa	1.00	0.00	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..............................TGGAGCTCACTTTGTAGACCAGGCTata................................................................................................................................................................................................	28	ata	1.00	0.00	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
....................................................................................................................................................GAAATAAAAGGGCAAGGAACAAACAG............................................................................	26	1	1.00	1.00	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
....................................TCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCgagt...........................................................................................................................................................................................	27	gagt	1.00	0.00	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
....................................TCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCgtgg...........................................................................................................................................................................................	27	gtgg	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..............................................................AACTCAGAAATCCGCCTGCCTata....................................................................................................................................................................	24	ata	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
............................................................TGAACTCAGAAATCCGCCTGCCaata....................................................................................................................................................................	26	aata	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
......................................................TGGCCTTGAACTCAGAAATCCGCCgga.........................................................................................................................................................................	27	gga	1.00	0.00	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
....................................TCACTTTGTAGACCAGGCTGGCgtaa............................................................................................................................................................................................	26	gtaa	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
.....................................CACTTTGTAGACCAGGCTGGCCgcgg...........................................................................................................................................................................................	26	gcgg	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..........................................................CTTGAACTCAGAAATCCGCCTGCaa.......................................................................................................................................................................	25	aa	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-
................................................................................................................................................TGCAGAAATAAAAGGGCAAGGAACAAACA.............................................................................	29	1	1.00	1.00	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..........................................................CTTGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTacga...................................................................................................................................................................	29	acga	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
.....................................................................................................................................AATCCTGTTGCTGCAGAAATAAAAGGGCt........................................................................................	29	t	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
............................................................TGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCagt...................................................................................................................................................................	27	agt	1.00	0.00	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
.....................................CACTTTGTAGACCAGGCTGGCCgga............................................................................................................................................................................................	25	gga	1.00	0.00	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
...........................................................TTGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTcccc.................................................................................................................................................................	30	cccc	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00
............................................................TGAACTCAGAAATCCGCCTGCCcccg....................................................................................................................................................................	26	cccg	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
.......................................CTTTGTAGACCAGGCTGGCCTTGAtttt.......................................................................................................................................................................................	28	tttt	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..........................................................CTTGAACTCAGAAATCCGagg...........................................................................................................................................................................	21	agg	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
............................................................TGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCcga...................................................................................................................................................................	27	cga	1.00	0.00	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
....................................TCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCgat............................................................................................................................................................................................	26	gat	1.00	0.00	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..........................................................CTTGAACTCAGAAATCCGCCTGCgtt......................................................................................................................................................................	26	gtt	1.00	0.00	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
....................................TCACTTTGTAGACCAGGCTGGCgcaa............................................................................................................................................................................................	26	gcaa	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
......................................................TGGCCTTGAACTCAGAAATCCGCCTtt.........................................................................................................................................................................	27	tt	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
....................................TCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCgaat...........................................................................................................................................................................................	27	gaat	1.00	0.00	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..........................................................CTTGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTac.....................................................................................................................................................................	27	ac	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
.........................................TTGTAGACCAGGCTGGCCTTtaag.........................................................................................................................................................................................	24	taag	1.00	0.00	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
...................................................................................................................................................................................................TGCAGGTCTTCAGATTACAAGTGGCTAA...........................	28	1	1.00	1.00	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
....................................TCACTTTGTAGACCAGGCTGGCgtta............................................................................................................................................................................................	26	gtta	1.00	0.00	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..........................................................CTTGAACTCAGAAATCCGCCTGCCccgc....................................................................................................................................................................	28	ccgc	1.00	0.00	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
................................................................................................................CATGAGTTGGAGCCAATCAGTAATCCc...............................................................................................................	27	c	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-
............................................................TGAACTCAGAAATCCGCCTGCCcag.....................................................................................................................................................................	25	cag	1.00	0.00	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
.............................................................GAACTCAGAAATCCGCCTGCCTaaat...................................................................................................................................................................	26	aaat	1.00	0.00	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
...................................CTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCgccg...........................................................................................................................................................................................	28	gccg	1.00	0.00	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
............................................................TGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTag.....................................................................................................................................................................	25	ag	1.00	0.00	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
....................................TCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTTGgggg........................................................................................................................................................................................	30	gggg	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
....................................TCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCgga............................................................................................................................................................................................	26	gga	1.00	0.00	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
............................................................TGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGTT..................................................................................................................................................................	28	2	0.50	0.50	-	-	-	-	0.50	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
.......TCTCTGTATAGCCTTGGATATCCTGG.........................................................................................................................................................................................................................	26	2	0.50	0.50	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	0.50	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
.............................................................GAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGTT..................................................................................................................................................................	27	14	0.07	0.07	-	-	-	-	0.07	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-

Antisense strand

CAGGGTTTCTCTGTATAGCCTTGGATATCCTGGAGCTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGTTGTAGATGCATGCTGTTCTGATCAACATGAGTTGGAGCCAATCAGTAATCCTGTTGCTGCAGAAATAAAAGGGCAAGGAACAAACAGAAACCACTATTTGTAGTGTCCTGCAGGTCTTCAGATTACAAGTGGCTAAACTGCACTTGGGCAGACCAACAATGAG .........................................................(((((..((.........((.(((.((((...)))).))).))..(((((..(((((.((....((.....)).....)).)))))...))))).....))..)))))..................................................................................... .......................................................56......................................................................................................................176........................................................................	Size	Perfect hit	Total Norm	Perfect Norm	SRR034119(GSM466729) Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)	SRR034118(GSM466728) Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)	SRR034120(GSM466730) Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)	SRR034121(GSM466731) Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)	SRR248523(GSM733811) cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)	SRR248524(GSM733812) cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)	SRR014235(GSM319959) 2 dpp total. (testes)	SRR028732(GSM400969) Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)	SRR014236(GSM319960) 10 dpp total. (testes)	SRR069809(GSM610965) small RNA sequencing; sample 1. (testes)	mjTestesKO6() Testes Data. (Zcchc11 testes)	SRR248525(GSM733813) cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)	mjTestesWT3() Testes Data. (testes)	mjTestesKO8() Testes Data. (Zcchc11 testes)	mjTestesWT1() Testes Data. (testes)	mjTestesWT4() Testes Data. (testes)	mjTestesKO7() Testes Data. (Zcchc11 testes)	SRR248527(GSM733815) cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)	SRR014231(GSM319955) 16.5 dpc total. (testes)	SRR248526(GSM733814) cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)	GSM509279(GSM509279) MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)	SRR014233(GSM319957) 16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)	GSM475280(GSM475280) Mili-IP. (mili testes)	SRR069811(GSM610967) small RNA sequencing; sample 3. (testes)	mjTestesWT2() Testes Data. (testes)	SRR069810(GSM610966) small RNA sequencing; sample 2. (testes)	mjTestesKO5() Testes Data. (Zcchc11 testes)	SRR028730(GSM400967) Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)	SRR363959(GSM822761) AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)	GSM509277(GSM509277) small RNA cloning by length. (piwi testes)	SRR029036(GSM433288) 18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)	GSM509278(GSM509278) small RNA cloning by length. (piwi testes)	SRR014234(GSM319958) Ovary total. (ovary)	GSM179088(GSM179088) Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes)	SRR014230(GSM319954) 10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)	SRR029041(GSM433293) 6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)	SRR028731(GSM400968) Mili-wt-associated. (testes)	SRR029042(GSM433294) 18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)	SRR029043(GSM433295) 18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)	SRR037903(GSM510439) testes_rep4. (testes)	SRR029040(GSM433292) 6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)	GSM509275(GSM509275) MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)	SRR363956(GSM822758) P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
..........................................AGACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAttt....................................................................................................................................................................................	28	ttt	23.00	0.00	-	-	-	-	3.00	3.00	3.00	-	1.00	-	-	6.00	-	-	-	-	-	-	4.00	2.00	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
.........................................AGACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAtttt....................................................................................................................................................................................	29	tttt	5.00	0.00	-	-	-	-	2.00	-	-	-	1.00	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
...........................................GACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAatt....................................................................................................................................................................................	27	att	4.00	0.00	-	-	-	-	1.00	-	2.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
............................................CCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAAATCCaaaa...............................................................................................................................................................................	31	aaaa	3.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	2.00	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..........................................GACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAatta....................................................................................................................................................................................	28	atta	3.00	0.00	-	-	-	-	1.00	2.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
...........................................GACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAata....................................................................................................................................................................................	27	ata	3.00	0.00	-	-	-	-	-	1.00	1.00	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..........................................AGACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAtaa....................................................................................................................................................................................	28	taa	2.00	0.00	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
.......................................TTGTAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAtt....................................................................................................................................................................................	31	tt	2.00	0.00	-	-	-	-	1.00	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..................................................TGGCCTTGAACTCAGAAATCCGCCTtttt...........................................................................................................................................................................	29	tttt	2.00	0.00	-	-	1.00	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..............................................CCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAAATCCGaa..............................................................................................................................................................................	30	aa	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
...................................................................................................................TTGGAGCCAATCAGTAggg....................................................................................................................	19	ggg	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
...........................................GACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAAAata..................................................................................................................................................................................	29	ata	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
............................................ACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAAAgat..................................................................................................................................................................................	28	gat	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
...........................................GACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGatt.....................................................................................................................................................................................	26	att	1.00	0.00	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
...................................................TGGCCTTGAACTCAGAAATCCGCCTGttt..........................................................................................................................................................................	29	ttt	1.00	0.00	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
...................................................TGGCCTTGAACTCAGAAATCCGCCTttt...........................................................................................................................................................................	28	ttt	1.00	0.00	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
............................................ACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAAATCCGtat..............................................................................................................................................................................	32	tat	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
.........................ATCCTGGAGCTCACTTTGTt.............................................................................................................................................................................................................	20	t	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
.........................................AGACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAttta....................................................................................................................................................................................	29	ttta	1.00	0.00	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..............................................CCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAAATCCca...............................................................................................................................................................................	29	ca	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
............................................ACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAAATCCGttt..............................................................................................................................................................................	32	ttt	1.00	0.00	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
.........................CTGGAGCTCACTTTGTAtgtt............................................................................................................................................................................................................	21	tgtt	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-
..............................................CCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAAATCCaa...............................................................................................................................................................................	29	aa	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..........................................GACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAgtca....................................................................................................................................................................................	28	gtca	1.00	0.00	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
...............................................GGCTGGCCTTGAACTCAGAcggc....................................................................................................................................................................................	23	cggc	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
.............................................CCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAAATCCaga...............................................................................................................................................................................	30	aga	1.00	0.00	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
...............................................GGCTGGCCTTGAACTCAGAAATCCggtc...............................................................................................................................................................................	28	ggtc	1.00	0.00	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
.......................................TTGTAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGtt.....................................................................................................................................................................................	30	tt	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..........................................TAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAgc....................................................................................................................................................................................	28	gc	1.00	0.00	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
.........................TCCTGGAGCTCACTTTGTAgt............................................................................................................................................................................................................	21	gt	1.00	0.00	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..........................................GACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAaaat....................................................................................................................................................................................	28	aaat	1.00	0.00	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..........................................GACCAGGCTGGCCTTGAACTCAggga......................................................................................................................................................................................	26	ggga	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-
......................................................................CGCCTGCCTCTGTTacca..................................................................................................................................................................	18	acca	1.00	0.00	-	-	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..........................................GACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAatat....................................................................................................................................................................................	28	atat	1.00	0.00	-	-	-	-	1.00	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-
..................CCTTGGATATCCTGGA........................................................................................................................................................................................................................	16	19	0.53	0.53	-	-	-	-	0.26	-	-	-	-	-	-	0.26	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-