chr13:21901460 21901709 -
(1)
OTHER.ip 		(12)
OTHER.mut 		(2)
OVARY 		(9)
PIWI.ip 		(4)
PIWI.mut 		(46)
TESTES

Sense strand
CGGTGTCGGAGGGCACCAAGGCCGTCACCAAGTACACCAGCTCCAAGTGAGTTCCTTTAACTCACACTCCTAACCCAAAGGCTCTTTTCAGAGCCACCTACACTTTCAGCGTAAAAAGCTGTTACACATGCAGGTTCCTTTCACTTTGGGGTAGTGGACGTGGGAGATGTGTTTCTTGTGTGGGTGCGGGTGCCCTGTCCCGGTTCGCAGGCACCTTAGAAGCAGCTCCTAGTGTTTTGCCGAGAGCCTC
................................................................((((.....(((((.((((((....)))))).(((.((....((((.......)))).......)).)))...........)))))..)))).(((..(((((....)))))..))).....................................................................
................................................................65....................................................................................................................183.................................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR037897(GSM510433)
ovary_rep2. (ovary) 		SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
.....................................................................................................................................................GGTAGTGGACGTGGGAGATGTGTa............................................................................. 24 a 10.00 0.00 10.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................CTAACCCAAAGGCTCTTTTCAGAGCCACt........................................................................................................................................................ 29 t 2.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................GCGTAAAAAGCTGTTACACATGC....................................................................................................................... 23 2 1.50 1.50 - - - - - - - - - 1.00 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................TCCTTTAACTCACACTCCTAACCCAAAG.......................................................................................................................................................................... 28 3 1.33 1.33 - - - - - 0.33 0.33 - 0.33 - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................TAACTCACACTCCTAACCCAAAGGCTCT..................................................................................................................................................................... 28 4 1.25 1.25 - - 0.25 - - - - 0.25 - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - 0.25 - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - -
...................GGCCGTCACCAAGTACACCAGCTCCAA............................................................................................................................................................................................................ 27 7 1.14 1.14 - - 0.29 0.29 - 0.14 0.29 - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................TTTAACTCACACTCCTAACCCAAAGGCTC...................................................................................................................................................................... 29 4 1.00 1.00 - - 0.25 - - - 0.25 - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................CTAACCCAAAGGCTCTTTTCAGA.............................................................................................................................................................. 23 5 1.00 1.00 - - 0.20 - - - - - - 0.60 - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................GCGTAAAAAGCTGTTACACATGCAGG.................................................................................................................... 26 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................AGTTCCTTTAACTCACACTCCTAACC............................................................................................................................................................................... 26 3 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................CCAAAGGCTCTTTTCAGAGCCACgt....................................................................................................................................................... 25 gt 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................TCTTTTCAGAGCCACCTAt..................................................................................................................................................... 19 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........GGCACCAAGGCCGTCACCAAGTACACt.................................................................................................................................................................................................................... 27 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........GGGCACCAAGGCCGTCACCAAGTcacc..................................................................................................................................................................................................................... 27 cacc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................AAAAGCTGTTACACATGCAGGTTCCTT.............................................................................................................. 27 2 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................TAACTCACACTCCTAACCCAAAGGCTCTTT................................................................................................................................................................... 30 4 1.00 1.00 - - - 0.50 - - 0.25 - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................GGCCGTCACCAAGgaga...................................................................................................................................................................................................................... 17 gaga 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..GTGTCGGAGGGCACCAt....................................................................................................................................................................................................................................... 17 t 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................TCCTAACCCAAAGGCTCTTTTCAGAGCCAtt........................................................................................................................................................ 31 tt 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................CACCAAGTACACCAGCTa............................................................................................................................................................................................................... 18 a 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................CAAAGGCTCTTTTCAGAGCCccct....................................................................................................................................................... 24 ccct 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................GTTCCTTTAACTCACACTCCTAACCCAAAa.......................................................................................................................................................................... 30 a 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................CAAAGGCTCTTTTCAGAGCCACtt....................................................................................................................................................... 24 tt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................AGCGTAAAAAGCTGTTACACATGCAG..................................................................................................................... 26 2 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...TGTCGGAGGGCACCAcg...................................................................................................................................................................................................................................... 17 cg 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................CCTAACCCAAAGGCTCTTTTCAGAGCCACt........................................................................................................................................................ 30 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................AAAGGCTCTTTTCAGAGCCAttt....................................................................................................................................................... 23 ttt 1.00 0.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................CGTCACCAAGTACACCAGa................................................................................................................................................................................................................. 19 a 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................TCACCAAGTACACCAGCTCt.............................................................................................................................................................................................................. 20 t 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................AGTTCCTTTAACTCACACTCCTAACCCAAA........................................................................................................................................................................... 30 3 0.67 0.67 - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................TCCTTTAACTCACACTCCTAACCCAAAGG......................................................................................................................................................................... 29 3 0.67 0.67 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................CCTTTAACTCACACTCCTAACCCAAAGGCTC...................................................................................................................................................................... 31 3 0.67 0.67 - - - 0.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................AGTTCCTTTAACTCACACTCCTAACCCAA............................................................................................................................................................................ 29 3 0.67 0.67 - - - - - - 0.33 - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................CACTCCTAACCCAAAGGCTCTTTTCAGAGCCACCT....................................................................................................................................................... 35 3 0.67 0.67 0.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........GGGCACCAAGGCCGTCACCAAGTACACC.................................................................................................................................................................................................................... 28 6 0.67 0.67 - - - - - 0.33 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - -
...................GGCCGTCACCAAGTACACCAGCTCCAAG........................................................................................................................................................................................................... 28 7 0.57 0.57 - - - 0.29 - - 0.14 - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................GGCCGTCACCAAGTACACCAGCTCCA............................................................................................................................................................................................................. 26 7 0.57 0.57 - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - 0.14 - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................GGGGTAGTGGACGTGGGA..................................................................................... 18 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................GTGGACGTGGGAGATGTGTTTCTTGT....................................................................... 26 2 0.50 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................GGAGATGTGTTTCTTGTGTGGGTGCG.............................................................. 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................GTGCCCTGTCCCGGTTCGCAGGCA..................................... 24 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................GTGGACGTGGGAGATGTGTTTCTTGTGTGGG.................................................................. 31 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................TAACTCACACTCCTAACCCAAAGGCTC...................................................................................................................................................................... 27 4 0.50 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................TCGCAGGCACCTTAGAA............................. 17 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................GCGTAAAAAGCTGTTACACATGCAG..................................................................................................................... 25 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................CGCAGGCACCTTAGAAGCA.......................... 19 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................TACACTTTCAGCGTAAAAAGCTGTT............................................................................................................................... 25 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................GTGGACGTGGGAGATGTG............................................................................... 18 2 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................GTGGACGTGGGAGATGTGTTTCTTG........................................................................ 25 2 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................TTAACTCACACTCCTAACCCAAAGGCTCT..................................................................................................................................................................... 29 4 0.50 0.50 - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........GGGCACCAAGGCCGTCACCAAGTACAC..................................................................................................................................................................................................................... 27 6 0.50 0.50 - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................GGGTAGTGGACGTGGGAGATG................................................................................. 21 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................AGCGTAAAAAGCTGTTACACATGCAGG.................................................................................................................... 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................AGCGTAAAAAGCTGTTACACAT......................................................................................................................... 22 2 0.50 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................GCGTAAAAAGCTGTTACACATGCAGGTT.................................................................................................................. 28 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................GTGGACGTGGGAGATGTGTTTCTTGTGTG.................................................................... 29 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................AGTACACCAGCTCCAAGTGAGTTCCTT................................................................................................................................................................................................. 27 4 0.50 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................GGCCGTCACCAAGTACACCAGCTCC.............................................................................................................................................................................................................. 25 7 0.43 0.43 - - 0.29 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................CCTAACCCAAAGGCTCTTTTC................................................................................................................................................................. 21 5 0.40 0.40 - - - - 0.40 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................TCCTAACCCAAAGGCTCTTTTCAGAGCCACC........................................................................................................................................................ 31 5 0.40 0.40 - - - - - - - - - - 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................CAAGGCCGTCACCAAGTACACCAGCTCC.............................................................................................................................................................................................................. 28 6 0.33 0.33 - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................TAACCCAAAGGCTCTTTTCAG............................................................................................................................................................... 21 6 0.33 0.33 - 0.17 - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................AGTTCCTTTAACTCACACTCCTAACCCA............................................................................................................................................................................. 28 3 0.33 0.33 - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................ACCAGCTCCAAGTGAGTTCCTTTAACTCACACT...................................................................................................................................................................................... 33 3 0.33 0.33 - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................AGTTCCTTTAACTCACACTCCTAACCCAAAt.......................................................................................................................................................................... 31 t 0.33 0.67 - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................CCAAGTGAGTTCCTTTAACTCACACTCCT................................................................................................................................................................................... 29 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................TTCCTTTAACTCACACTCCTAACCCAAA........................................................................................................................................................................... 28 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - -
...................................ACCAGCTCCAAGTGAGTTCCTTTAACTCA.......................................................................................................................................................................................... 29 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - -
..GTGTCGGAGGGCACCAAGGCCGTCAC.............................................................................................................................................................................................................................. 26 6 0.33 0.33 - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................TTCCTTTAACTCACACTCCTAACCC.............................................................................................................................................................................. 25 3 0.33 0.33 - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....GTCGGAGGGCACCAAGGC.................................................................................................................................................................................................................................... 18 15 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - 0.13 - 0.13 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................CCTTTAACTCACACTCCTAACCCAAAG.......................................................................................................................................................................... 27 3 0.33 0.33 - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................GTGGACGTGGGAGATG................................................................................. 16 3 0.33 0.33 - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................CAAGGCCGTCACCAAGTACACCAGCT................................................................................................................................................................................................................ 26 6 0.33 0.33 - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................AGTTCCTTTAACTCACACTCCTAAC................................................................................................................................................................................ 25 3 0.33 0.33 - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................CCTTTAACTCACACTCCTAACCCAAAGGC........................................................................................................................................................................ 29 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - -
.....................................................CCTTTAACTCACACTCCTAACCCAAAGGCTCT..................................................................................................................................................................... 32 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - -
..........GGGCACCAAGGCCGTCACCAAGTAC....................................................................................................................................................................................................................... 25 6 0.33 0.33 - - 0.17 - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................AGTTCCTTTAACTCACACTCCT................................................................................................................................................................................... 22 3 0.33 0.33 - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................AGTTCCTTTAACTCACACTCCTAACCC.............................................................................................................................................................................. 27 3 0.33 0.33 - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................TCCTTTAACTCACACTCCTAACCCAAA........................................................................................................................................................................... 27 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............CACCAAGGCCGTCACCAAGTACACCAGC................................................................................................................................................................................................................. 28 7 0.29 0.29 - - - - - - - 0.29 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............CACCAAGGCCGTCACCAAGTA........................................................................................................................................................................................................................ 21 7 0.29 0.29 - - - - - - - - - - 0.29 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............ACCAAGGCCGTCACCAAGTACACCAGC................................................................................................................................................................................................................. 27 7 0.29 0.29 - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................CACCAAGTACACCAGCTCCAAGTGAGTTC.................................................................................................................................................................................................... 29 7 0.29 0.29 - - - - - 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................CCGTCACCAAGTACACCAGCTCCAAGT.......................................................................................................................................................................................................... 27 7 0.29 0.29 - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................ACTCACACTCCTAACCCAAAGGCTC...................................................................................................................................................................... 25 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - -
............................CAAGTACACCAGCTCCAAGTGAGTTCCTT................................................................................................................................................................................................. 29 4 0.25 0.25 - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................GTACACCAGCTCCAAGTGAGTTCCTTTA............................................................................................................................................................................................... 28 4 0.25 0.25 - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................TACACCAGCTCCAAGTGAGTTCCTTTA............................................................................................................................................................................................... 27 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - -
........................................................TTAACTCACACTCCTAACCCAAAGGCTC...................................................................................................................................................................... 28 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................TCACACTCCTAACCCAAAGGCTCTTTTC................................................................................................................................................................. 28 4 0.25 0.25 - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................TAACTCACACTCCTAACCCAAAGGCT....................................................................................................................................................................... 26 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................GTCACCAAGTACACCAGCTCCAAGTGAGTTCC................................................................................................................................................................................................... 32 4 0.25 0.25 - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................CTAACCCAAAGGCTCTTTTCAGAtctt.......................................................................................................................................................... 27 tctt 0.20 1.00 - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................ACACTCCTAACCCAAAGGCTCTTTT.................................................................................................................................................................. 25 5 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................TAACCCAAAGGCTCTTTTCAGAGCCACC........................................................................................................................................................ 28 5 0.20 0.20 - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................ACACTCCTAACCCAAAGGCTCTTTTCAGAGCCA.......................................................................................................................................................... 33 5 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...TGTCGGAGGGCACCAAGG..................................................................................................................................................................................................................................... 18 15 0.20 0.20 - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.13 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................TCCTAACCCAAAGGCTCTTTT.................................................................................................................................................................. 21 5 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - -
...TGTCGGAGGGCACCAAGGCCGTCACCAA........................................................................................................................................................................................................................... 28 6 0.17 0.17 - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................AACCCAAAGGCTCTTTTCAGA.............................................................................................................................................................. 21 12 0.17 0.17 - - 0.08 - - - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................CAAGGCCGTCACCAAGTACACCAGCTC............................................................................................................................................................................................................... 27 6 0.17 0.17 - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........GGGCACCAAGGCCGTCACCAAGTACACa.................................................................................................................................................................................................................... 28 a 0.17 0.50 - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....GTCGGAGGGCACCAAGGCC................................................................................................................................................................................................................................... 19 6 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - -
..............ACCAAGGCCGTCACCAAGTACACCAGCTC............................................................................................................................................................................................................... 29 6 0.17 0.17 - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............CCAAGGCCGTCACCAAGTACACCAGCTCt.............................................................................................................................................................................................................. 29 t 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - -
.....TCGGAGGGCACCAAGGCCGTCACCAAGTA........................................................................................................................................................................................................................ 29 6 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - -
...............CCAAGGCCGTCACCAAGTACACCAGCT................................................................................................................................................................................................................ 27 6 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............CCAAGGCCGTCACCAAGTACACCAGCTCC.............................................................................................................................................................................................................. 29 6 0.17 0.17 - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............CCAAGGCCGTCACCAAGTACACCAGCTC............................................................................................................................................................................................................... 28 6 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......CGGAGGGCACCAAGGCCGTCA............................................................................................................................................................................................................................... 21 6 0.17 0.17 - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............GCACCAAGGCCGTCACCAAGTACACCAGCTC............................................................................................................................................................................................................... 31 6 0.17 0.17 - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...TGTCGGAGGGCACCAAGGCCGTCACC............................................................................................................................................................................................................................. 26 6 0.17 0.17 - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........AGGGCACCAAGGCCGTCA............................................................................................................................................................................................................................... 18 6 0.17 0.17 - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................CCAAGTACACCAGCTCCAAGTGAGTTC.................................................................................................................................................................................................... 27 7 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............ACCAAGGCCGTCACCAAGTA........................................................................................................................................................................................................................ 20 7 0.14 0.14 - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................CTCTTTTCAGAGCCACCTA...................................................................................................................................................... 19 7 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................CGTCACCAAGTACACCAGCTCC.............................................................................................................................................................................................................. 22 7 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - -
..........................ACCAAGTACACCAGCTCCAAGTGAGTTC.................................................................................................................................................................................................... 28 7 0.14 0.14 - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................AAGGCCGTCACCAAGTACACCAGCT................................................................................................................................................................................................................ 25 7 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............CACCAAGGCCGTCACCAAGTAC....................................................................................................................................................................................................................... 22 7 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................CACCAAGTACACCAGCTCCAAGT.......................................................................................................................................................................................................... 23 14 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............CACCAAGGCCGTCACCAAGTACACC.................................................................................................................................................................................................................... 25 7 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - -
...................GGCCGTCACCAAGTACACCAGCTCCAt............................................................................................................................................................................................................ 27 t 0.14 0.57 - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............CCAAGGCCGTCACCAAGTAC....................................................................................................................................................................................................................... 20 7 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............ACCAAGGCCGTCACCAAGTACAC..................................................................................................................................................................................................................... 23 7 0.14 0.14 - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............CCAAGGCCGTCACCAAG.......................................................................................................................................................................................................................... 17 7 0.14 0.14 - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............CACCAAGGCCGTCACCAA........................................................................................................................................................................................................................... 18 7 0.14 0.14 - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................TAACCCAAAGGCTCTTTT.................................................................................................................................................................. 18 7 0.14 0.14 - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................GGCCGTCACCAAGTACACCAGCTCCca............................................................................................................................................................................................................ 27 ca 0.14 0.43 - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........GGCACCAAGGCCGTCACCAAGTACACCAGC................................................................................................................................................................................................................. 30 7 0.14 0.14 - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............CCAAGGCCGTCACCAAGTACACCAGC................................................................................................................................................................................................................. 26 7 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - -
..GTGTCGGAGGGCACCAAGGC.................................................................................................................................................................................................................................... 20 15 0.13 0.13 - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................GGCCGTCACCAAGTACACCAGC................................................................................................................................................................................................................. 22 8 0.12 0.12 - - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................AAGGCCGTCACCAAGTACA...................................................................................................................................................................................................................... 19 8 0.12 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................CCAAAGGCTCTTTTCAGAGCCACC........................................................................................................................................................ 24 16 0.12 0.12 - - - - 0.06 - - - - - - - - - - - - - 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................AACCCAAAGGCTCTTTT.................................................................................................................................................................. 17 16 0.12 0.12 - 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.GGTGTCGGAGGGCACCAAGGC.................................................................................................................................................................................................................................... 21 9 0.11 0.11 - 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................CTCTTTTCAGAGCCACCT....................................................................................................................................................... 18 9 0.11 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................GTACACCAGCTCCAAGTGAGT...................................................................................................................................................................................................... 21 9 0.11 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................AACCCAAAGGCTCTTTTCAGAGCCA.......................................................................................................................................................... 25 11 0.09 0.09 - - - - - - - - 0.09 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................AACCCAAAGGCTCTTTTCAG............................................................................................................................................................... 20 12 0.08 0.08 - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................ACCCAAAGGCTCTTTTCA................................................................................................................................................................ 18 12 0.08 0.08 - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................ACCCAAAGGCTCTTTTCAGA.............................................................................................................................................................. 20 12 0.08 0.08 - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................AAGTACACCAGCTCCAAGTGAG....................................................................................................................................................................................................... 22 13 0.08 0.08 - - - - - - - - - - - - - 0.08 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................CCAAGTACACCAGCTCCAAG........................................................................................................................................................................................................... 20 14 0.07 0.07 - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................CAAGTACACCAGCTCCAAGTGA........................................................................................................................................................................................................ 22 14 0.07 0.07 - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................CCAAGTACACCAGCTCC.............................................................................................................................................................................................................. 17 14 0.07 0.07 - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................CACCAAGTACACCAGCTCC.............................................................................................................................................................................................................. 19 14 0.07 0.07 - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................AAGTACACCAGCTCCAAGTGA........................................................................................................................................................................................................ 21 15 0.07 0.07 - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...TGTCGGAGGGCACCAAGGC.................................................................................................................................................................................................................................... 19 15 0.07 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................CCCAAAGGCTCTTTTCAGA.............................................................................................................................................................. 19 16 0.06 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................CCCAAAGGCTCTTTTCAG............................................................................................................................................................... 18 16 0.06 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.06 - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
CGGTGTCGGAGGGCACCAAGGCCGTCACCAAGTACACCAGCTCCAAGTGAGTTCCTTTAACTCACACTCCTAACCCAAAGGCTCTTTTCAGAGCCACCTACACTTTCAGCGTAAAAAGCTGTTACACATGCAGGTTCCTTTCACTTTGGGGTAGTGGACGTGGGAGATGTGTTTCTTGTGTGGGTGCGGGTGCCCTGTCCCGGTTCGCAGGCACCTTAGAAGCAGCTCCTAGTGTTTTGCCGAGAGCCTC
................................................................((((.....(((((.((((((....)))))).(((.((....((((.......)))).......)).)))...........)))))..)))).(((..(((((....)))))..))).....................................................................
................................................................65....................................................................................................................183.................................................................
 Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm mjTestesWT4()
Testes Data. (testes) 		SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes) 		GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes) 		SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes) 		SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes) 		SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes) 		SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes) 		mjTestesWT3()
Testes Data. (testes) 		SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes) 		mjTestesWT2()
Testes Data. (testes) 		SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes) 		GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes) 		SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes) 		SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes) 		SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes) 		SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes) 		mjTestesWT1()
Testes Data. (testes) 		SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary) 		mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes) 		SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes) 		GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR037897(GSM510433)
ovary_rep2. (ovary) 		SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes) 		SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes) 		GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes) 		SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes) 		SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes) 		SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes) 		SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes) 		GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes) 		mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes) 		SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes) 		GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes) 		SRR029041(GSM433293)
6w_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes) 		GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes) 		SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes) 		SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes) 		mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
.................................ACACCAGCTCCAAGTGAGTTCCTTTAA.............................................................................................................................................................................................. 27 4 4.25 4.25 - 0.50 - 0.75 - 1.00 0.50 - - - - - 0.50 - - - 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................CACCAGCTCCAAGTGAGTTCCTTTAA.............................................................................................................................................................................................. 26 4 2.00 2.00 - - - 0.75 - 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................GCCGTCACCAAGTACACCAGCTCCAA............................................................................................................................................................................................................ 26 7 1.86 1.86 1.14 - - - - - - 0.14 - 0.29 - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 - -
...................................ACCAGCTCCAAGTGAGTTCCTTTAA.............................................................................................................................................................................................. 25 4 1.75 1.75 - - - 0.25 - - - - - - - - 1.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................GCAGGCACCTTAGAAGCAGCTCCTA................... 25 2 1.50 1.50 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................TACACCAGCTCCAAGTGAGTTCCTTTAA.............................................................................................................................................................................................. 28 4 1.25 1.25 - - - 0.25 - 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - -
.....................CCGTCACCAAGTACACCAGCTCCAA............................................................................................................................................................................................................ 25 7 1.14 1.14 0.86 - - - 0.14 - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................GCTGTTACACATGCAGGTTCCTTTCACTT........................................................................................................ 29 2 1.00 1.00 - - - 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................TGTTACACATGCAGGTTCCTTTCAtctt........................................................................................................... 28 tctt 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................CTTTTCAGAGCCACCTACACTTTCA.............................................................................................................................................. 25 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................GGACGTGGGAGAggg................................................................................... 15 ggg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................TCCCGGTTCGCgcag.......................................... 15 gcag 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................GTTCGCAGGCACCTTAGAAGCAGCTCCTA................... 29 2 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................CGCAGGCACCTTAGAAGCAGCTCCcacc..................... 28 cacc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................CAGGTTCCTTTCACTTTGGGGtatg................................................................................................... 25 tatg 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................ACACCAGCTCCAAGTGAGTTCCTTTA............................................................................................................................................................................................... 26 4 0.75 0.75 - - - - 0.25 - 0.25 - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................AAGCTGTTACACATGCAGGTTCCTTTCA........................................................................................................... 28 2 0.50 0.50 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................AGCTGTTACACATGCAGGTTCCTTTCA........................................................................................................... 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................AAAGGCTCTTTTCAGAGCCACCTACACTTTCA.............................................................................................................................................. 32 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................TCTTTTCAGAGCCACCTACACTTTCA.............................................................................................................................................. 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................TTTCAGCGTAAAAAGCTGTTA.............................................................................................................................. 21 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................TGTTACACATGCAGGTTCCTTTCACT......................................................................................................... 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................GCTGTTACACATGCAGGTTCCTTTCA........................................................................................................... 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................CCAGCTCCAAGTGAGTTCCTTTAA.............................................................................................................................................................................................. 24 4 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................CGCAGGCACCTTAGAAGCAGCTCCTA................... 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................TACACCAGCTCCAAGTGAGTTCCTTTA............................................................................................................................................................................................... 27 4 0.50 0.50 - 0.25 - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................AGCAGCTCCTAGTGTTTTGCCG........ 22 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - -
............................................AAGTGAGTTCCTTTAACTCACACTCCTA.................................................................................................................................................................................. 28 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........GGGCACCAAGGCCGTCACCAAGTACACCA................................................................................................................................................................................................................... 29 6 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................CAGCTCCAAGTGAGTTCCTTTAACTCAC......................................................................................................................................................................................... 28 3 0.33 0.33 - - - - - - - - - - 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................AGTACACCAGCTCCAAGT.......................................................................................................................................................................................................... 18 15 0.33 0.33 0.33 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................ACCAGCTCCAAGTGAGTTCCTTTAAt.............................................................................................................................................................................................. 26 t 0.25 0.00 - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................TACACCAGCTCCAAGTGAGTTCCTTTAAt.............................................................................................................................................................................................. 29 t 0.25 0.00 - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................AGCTCCAAGTGAGTTCCTTTA............................................................................................................................................................................................... 21 4 0.25 0.25 - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................ACTCCTAACCCAAAGGCTCTTTTCA................................................................................................................................................................ 25 5 0.20 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................CCTAACCCAAAGGCTCTTTTCA................................................................................................................................................................ 22 5 0.20 0.20 - - - - - - - 0.20 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........GAGGGCACCAAGGCCGTCACCAAGT......................................................................................................................................................................................................................... 25 6 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - -
..........GGGCACCAAGGCCGTCACCAAGTACACC.................................................................................................................................................................................................................... 28 6 0.17 0.17 - - - - - - - - - - - 0.17 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............GCACCAAGGCCGTCACCAAGTACACCA................................................................................................................................................................................................................... 27 7 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - -
......................CGTCACCAAGTACACCAGCTCCAA............................................................................................................................................................................................................ 24 7 0.14 0.14 - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................AGGCCGTCACCAAGTACACCAGCTCCA............................................................................................................................................................................................................. 27 7 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 - - -
.................AAGGCCGTCACCAAGTACACCAGCTCCAA............................................................................................................................................................................................................ 29 7 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14 -
.....................CCGTCACCAAGTACACCAGCTCCA............................................................................................................................................................................................................. 24 7 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.14
..............ACCAAGGCCGTCACCAAGTACACCA................................................................................................................................................................................................................... 25 7 0.14 0.14 - - - - - - - - - - - 0.14 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................TACACCAGCTCCAAGTGAG....................................................................................................................................................................................................... 19 15 0.13 0.13 - - - - - - - - - - 0.13 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................GGCCGTCACCAAGTAC....................................................................................................................................................................................................................... 16 8 0.12 0.12 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.12 - - - - - - - - - - - - -
.................................ACACCAGCTCCAAGTGAGT...................................................................................................................................................................................................... 19 9 0.11 0.11 - - - - - - - - - - - 0.11 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................GTCACCAAGTACACCAGCTCCAAGTGA........................................................................................................................................................................................................ 27 14 0.07 0.07 - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................CACCAGCTCCAAGTGAG....................................................................................................................................................................................................... 17 15 0.07 0.07 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.07 - - - - - - - - - - - - - - -