(1)
OTHER.ip
(7)
OTHER.mut
(1)
OVARY
(8)
PIWI.ip
(1)
PIWI.mut
(1)
TDRD1.ip
(40)
TESTES

Sense strand
CCGGGGAGGAGTGATGCTAAACCTGTAGGGTTGTTGTGTGTTTTCTCCTTTTCTCTTTCAGAGCTGTTGCGCAGCCATTGGTACCTGTATTGGGGAAACATAGCATACAAGCAAGAAGCTTACAGCCTCAGTGGCGAAAATTTTTTCATGTCAGAGACCGAGAACTCTTGCAGTCGTTTATGTCATCCCTTCTTCTCCAGACAGAAGATACCAAAAAGTTGCAATCAAAGATCTCTTCATCTTATTGATA
..............................................................................(((..........(((((.((((((...((..((((((..(((...(((.....)))........((((......))))..)))...)))))).))...))))))..)))))......)))...................................................
.........................................................................74............................................................................................................................200................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes)
SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes)
SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes)
SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes)
SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
.......................................................................................................................................................................TTGCAGTCGTTTATGTCATCCCTTCTT........................................................ 27 1 28.00 28.00 10.00 5.00 4.00 4.00 - - - - 1.00 2.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................TTGCAGTCGTTTATGTCATCCCTTCTTC....................................................... 28 1 9.00 9.00 1.00 2.00 4.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................TTGCAGTCGTTTATGTCATCCCTTCT......................................................... 26 1 8.00 8.00 2.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - -
..............................................................................TGGTACCTGTATTGGGGAAACATAGC.................................................................................................................................................. 26 1 7.00 7.00 - - - - 2.00 - - 3.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................TGCAGTCGTTTATGTCATCCCTTCTT........................................................ 26 1 7.00 7.00 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................TTTCATGTCAGAGACCGAGAACTCTTG................................................................................ 27 1 7.00 7.00 - - - - 3.00 1.00 2.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................TCCAGACAGAAGATACCAAAAAGTTGC............................ 27 2 5.00 5.00 2.00 0.50 1.00 1.00 - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................TGTATTGGGGAAACATAGCATACAAGCAA........................................................................................................................................ 29 1 4.00 4.00 - - 3.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................ACTCTTGCAGTCGTTTATGTCATCCCT............................................................ 27 1 3.00 3.00 - 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................TATTGGGGAAACATAGCATACAAGCAA........................................................................................................................................ 27 1 3.00 3.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TGTCAGAGACCGAGAACTCTTGCAGTCGT......................................................................... 29 2 3.00 3.00 - 0.50 1.00 1.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................TCCAGACAGAAGATACCAAAAAGTTGCA........................... 28 2 2.50 2.50 0.50 1.00 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................ATTTTTTCATGTCAGAGACCGAGAACTC................................................................................... 28 1 2.00 2.00 - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................TAGCATACAAGCAAGAAGCTTACAGCCT.......................................................................................................................... 28 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
...........................................................................................................................................ATTTTTTCATGTCAGAGACCGAGAAC..................................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................AACTCTTGCAGTCGTTTATGTCATCCCT............................................................ 28 1 2.00 2.00 - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................TCAGAGACCGAGAACTCTTGCAGTCG.......................................................................... 26 2 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................TCATGTCAGAGACCGAGAACTCTTGC............................................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................TGCAGTCGTTTATGTCATCCCTTCTTC....................................................... 27 1 2.00 2.00 - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................TTGCAGTCGTTTATGTCATCCCTTCTTt....................................................... 28 t 2.00 28.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................TACCTGTATTGGGGAAACATAGCATA............................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................TTGGGGAAACATAGCATACAAGCAAGA...................................................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TTCATGTCAGAGACCGAGAACTCTTG................................................................................ 26 1 2.00 2.00 - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................ACCGAGAACTCTTGCAGTCGTTTATGTC.................................................................. 28 2 2.00 2.00 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................TACAAGCAAGAAGCTTACAGCCTCAGT...................................................................................................................... 27 2 1.50 1.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - -
.............................................................................................................................................................CCGAGAACTCTTGCAGTCGTTTATGTC.................................................................. 27 2 1.50 1.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................GAACTCTTGCAGTCGTTTATGTCATCCC............................................................. 28 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................TGGTACCTGTATTGGGGAAACATAGCATA............................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................AGAACTCTTGCAGTCGTTTATGTCATCCC............................................................. 29 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................AAATTTTTTCATGTCAGAGACCGAGA....................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................TCATGTCAGAGACCGAGAACTCTTG................................................................................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................ATTGGTACCTGTATTGGGGAAAC....................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................CAGTGGCGAAAATTTTTTCATGTCAG................................................................................................ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................TTGCAGTCGTTTATGTCATCCCTTCTTCT...................................................... 29 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................ATTTTTTCATGTCAGAGACCGAGAACTCTTGC............................................................................... 32 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................TGGCGAAAATTTTTTCATGTCAGAGACC........................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................TTTCATGTCAGAGACCGAGAACTCTT................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................TCATGTCAGAGACCGAGAACTCTTGCAGaa........................................................................... 30 aa 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................ACCAAAAAGTTGCAATCAAAGATCTCT.............. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................AAAATTTTTTCATGTCAGAGACCGAGA....................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................TGTATTGGGGAAACATAGCATACAAGC.......................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................TACCAAAAAGTTGCAATCAAAGATCTC............... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TTCATGTCAGAGACCGAGAACTCTTGC............................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................TGTATTGGGGAAACATAGCATACAAGCA......................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................TGCAGTCGTTTATGTCATCCCTTCTTCT...................................................... 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................AATCAAAGATCTCTTCATCTTATTGATA 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TGTCAGAGACCGAGAACTCTTGCAGTCGa......................................................................... 29 a 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TGTCAGAGACCGAGAACTCTTGCAGTC........................................................................... 27 2 1.00 1.00 - 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................TGGGGAAACATAGCATACAAGCAAGAA..................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................ATTTTTTCATGTCAGAGACCGAGAACTCT.................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................TCATGTCAGAGACCGAGAACTCTTGCAGTC........................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................TGCAGTCGTTTATGTCATCCCTTCTTCTC..................................................... 29 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................CAGTGGCGAAAATTTTTTCATGTC.................................................................................................. 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................TTTTCATGTCAGAGACCGAGAACTCTTt................................................................................ 28 t 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................GAACTCTTGCAGTCGTTTATGTCATCCCT............................................................ 29 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................GAGAACTCTTGCAGTCGTTTATGTCATCCC............................................................. 30 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................CCTGTATTGGGGAAACATAGCATACAAG........................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................TATGTCATCCCTTCTTCTCCAGAat............................................... 25 at 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................AAAATTTTTTCATGTCAGAGACCGAGAA...................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................GCAATCAAAGATCTCTTCATCTTATT.... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................AGAGACCGAGAACTCTTGCAGTCGTTT....................................................................... 27 2 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................TTGGTACCTGTATTGGGGAAACATAGC.................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TGTCAGAGACCGAGAACTCTTGCAGaa........................................................................... 27 aa 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................ATTGGGGAAACATAGCATACAAGCAAGA...................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................AGCATACAAGCAAGAAGCTTACAGCCTCAGTGa.................................................................................................................... 33 a 1.00 0.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................TGGCGAAAATTTTTTCATGTCAGA............................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................CTCCAGACAGAAGATACCAAAAAGTTGC............................ 28 2 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................TTCTCCAGACAGAAGATct....................................... 19 ct 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
.................................................................................................................................................TCATGTCAGAGACCGAGAACTCTTGCA.............................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................TTGCAGTCGTTTATGTCATCCCTTCTa........................................................ 27 a 1.00 8.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................CGAAAATTTTTTCATGTCAGAGACCGAGAACTC................................................................................... 33 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TGTCAGAGACCGAGAACTCTTGCAGTCGTT........................................................................ 30 2 1.00 1.00 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................TTGCAGTCGTTTATGTCATCCCT............................................................ 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................TTTTTCATGTCAGAGACCGAGAACTCTT................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................TTTCATGTCAGAGACCGAGAACTC................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................AACATAGCATACAAGCAAGAAGCTTACAGCCT.......................................................................................................................... 32 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................GAGAACTCTTGCAGTCGTTTATGTCATC............................................................... 28 2 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................ACCTGTATTGGGGAAACATAGCATA............................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................TTTCATGTCAGAGACCGAGAACTCTTGCAG............................................................................. 30 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................AAATTTTTTCATGTCAGAGACC........................................................................................... 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................TATTGGGGAAACATAGCATACAAGCA......................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................TTTTCATGTCAGAGACCGAGAACTCTT................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................CGAAAATTTTTTCATGTCAGAGACCGAG........................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................TGTATTGGGGAAACATAGCATACAAGCAAGA...................................................................................................................................... 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................................................................AGATACCAAAAAGTTGCAATCAAAGATCT................ 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................AAAAAGTTGCAATCAAAGATCTCTTC............ 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................TCTTGCAGTCGTTTATGTCATCCCTT........................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................ATGTCAGAGACCGAGAACac................................................................................... 20 ac 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................TTGGTACCTGTATTGGGGAAACA...................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................CGAGAACTCTTGCAGTCGTTTATGTCATC............................................................... 29 2 1.00 1.00 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................TTGGTACCTGTATTG.............................................................................................................................................................. 15 3 0.67 0.67 - - - - 0.67 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................TCTCCAGACAGAAGATACCAAAAAGTTG............................. 28 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................TCTCCAGACAGAAGATACCAA.................................... 21 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................ACCGAGAACTCTTGCAGTCGTTTATGT................................................................... 27 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................AGAACTCTTGCAGTCGTTTATGTCAT................................................................ 26 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................ACCGAGAACTCTTGCAGTCGTTTATGTCt................................................................. 29 t 0.50 2.00 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................TCAGAGACCGAGAACTCTTGCA.............................................................................. 22 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................AGAACTCTTGCAGTCGTTTATGTCATC............................................................... 27 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................GAACTCTTGCAGTCGTTTATGTCATC............................................................... 26 2 0.50 0.50 - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................ACCGAGAACTCTTGCAGTCGTTTATGTCAT................................................................ 30 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................TGTCAGAGACCGAGAACTCTTGCA.............................................................................. 24 2 0.50 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................TCAGAGACCGAGAACTCTTGCAGTCGTTT....................................................................... 29 2 0.50 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................TGGTACCTGTATTGGG............................................................................................................................................................ 16 2 0.50 0.50 - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................CCAGACAGAAGATACCAAAAAGTTGCA........................... 27 2 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................TCCAGACAGAAGATACCAAAAAGTTGCAATC........................ 31 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................TCAGAGACCGAGAACTCTTGCAGTCGTTTA...................................................................... 30 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50
.....................................................................................................................................................................................................CAGACAGAAGATACCAAAAAGTTGCAATC........................ 29 2 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................TTCTCCAGACAGAAGATACCAAAAAGTT.............................. 28 2 0.50 0.50 - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................TCTCCAGACAGAAGATACCAAAAAGTTGCAATC........................ 33 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................GTCAGAGACCGAGAACTCTTGCAG............................................................................. 24 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 -
..............................................................................................................................................................CGAGAACTCTTGCAGTCGTTTATGTC.................................................................. 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................CTCCAGACAGAAGATACCAAAAAGTT.............................. 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................CAGAGACCGAGAACTCTT................................................................................. 18 2 0.50 0.50 - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................GAGAACTCTTGCAGTCGTTTATGTCAT................................................................ 27 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................GAACTCTTGCAGTCGTTTATGTCATCC.............................................................. 27 2 0.50 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................CAGAGACCGAGAACTCTTGCAGTCGTTT....................................................................... 28 2 0.50 0.50 - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................TTCTCCAGACAGAAGATACCAAAAAGTTGC............................ 30 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - -
........................................................................................................................................................................................................ACAGAAGATACCAAAAAGTTGCA........................... 23 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................................CCGAGAACTCTTGCAGTCGTTTATGTCAT................................................................ 29 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................GAGACCGAGAACTCTTGCAGTC........................................................................... 22 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - -
...................................................................................................................................................................................................TCCAGACAGAAGATACCAAAAAGTTG............................. 26 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................TCCAGACAGAAGATACCAAAAAGTTGCAAT......................... 30 2 0.50 0.50 - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................TTCTCCAGACAGAAGATACCAAAAAGTTG............................. 29 2 0.50 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................TCTCCAGACAGAAGATACC...................................... 19 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................CATGTCAGAGACCGAGAACTCTTGCA.............................................................................. 26 2 0.50 0.50 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.50 - - - - -
.....................................................................................................................................................GTCAGAGACCGAGAAC..................................................................................... 16 4 0.25 0.25 - - - - - - - - - - - - - - 0.25 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
CCGGGGAGGAGTGATGCTAAACCTGTAGGGTTGTTGTGTGTTTTCTCCTTTTCTCTTTCAGAGCTGTTGCGCAGCCATTGGTACCTGTATTGGGGAAACATAGCATACAAGCAAGAAGCTTACAGCCTCAGTGGCGAAAATTTTTTCATGTCAGAGACCGAGAACTCTTGCAGTCGTTTATGTCATCCCTTCTTCTCCAGACAGAAGATACCAAAAAGTTGCAATCAAAGATCTCTTCATCTTATTGATA
..............................................................................(((..........(((((.((((((...((..((((((..(((...(((.....)))........((((......))))..)))...)))))).))...))))))..)))))......)))...................................................
.........................................................................74............................................................................................................................200................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR069811(GSM610967)
small RNA sequencing; sample 3. (testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes)
SRR028731(GSM400968)
Mili-wt-associated. (testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
SRR014232(GSM319956)
16.5 dpc MILI. (mili testes)
SRR051939(GSM545783)
Mov10L1-associated piRNAs. (mov10L testes)
SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
SRR029039(GSM433291)
25dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
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18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes)
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P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
..................................................................................................................................................TCAGAGACCGAGAaatt....................................................................................... 17 aatt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................TCAGTGGCGAAAATTTTTTCATGTCA................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -