(9)
OTHER.mut
(1)
OVARY
(8)
PIWI.ip
(4)
PIWI.mut
(39)
TESTES

Sense strand
ACCCAAGTGAGAGACTTGCAGGACATCTTGCCCGACTCTAGACTCGGAAGGTAGTTTGCTGGGACTGGTGGGCTGGTCCCTTCCCTGGGGGCGTATCACCTGCGGTGCCACCCCTAGGAACAGGTACAGCGTGCGAAGAAGACACTTGGCTTTACCCCTCTTTCCTACTGCTACCAGGGGCCTTGTCTAGGAGCGGGTCGTCGTGACACTCTCATTCCGACGATTGAGGTCTCTTTCAGCACAATTTCTCCATCTGTGACCGACCGGAATCTCAGTGGCTGGCAACCGA
................................................................................................................((((((...(((........((.(((......))).))....(((((................))))))))..))))))...((((.((....))))))..............................................................................
.............................................................................................................110.....................................................................................................214.........................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
......................................TAGACTCGGAAGGTAGTTTGCTGGG.................................................................................................................................................................................................................................. 25 1 106.00 106.00 25.00 1.00 12.00 17.00 21.00 - - - 2.00 - 5.00 - 1.00 1.00 2.00 2.00 - 4.00 - 3.00 3.00 2.00 - - - 3.00 - - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - -
......................................TAGACTCGGAAGGTAGTTTGCTGG................................................................................................................................................................................................................................... 24 1 39.00 39.00 11.00 - 4.00 7.00 - - - - 8.00 - - - - - 3.00 - - - - - - - - 2.00 - - 3.00 - - - 1.00 - - - - - - - - -
..................................................................................................................TAGGAACAGGTACAGCGTGCGAAGA...................................................................................................................................................... 25 1 22.00 22.00 - 5.00 1.00 - - 5.00 4.00 - - 1.00 - - 2.00 1.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................TAGGAACAGGTACAGCGTGCGAAGAA..................................................................................................................................................... 26 1 18.00 18.00 - 1.00 - - - 10.00 1.00 1.00 - 2.00 - - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
......................................TAGACTCGGAAGGTAGTTTGCTGGGA................................................................................................................................................................................................................................. 26 1 10.00 10.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - 1.00 - - 3.00 1.00 - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................TAGGAACAGGTACAGCGTGCGAAGAAGAC.................................................................................................................................................. 29 1 10.00 10.00 - - - - 7.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACCGACCGGAATCTCAGTGGCT......... 26 1 9.00 9.00 - - - - - 1.00 - 1.00 - 2.00 - 4.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACCGACCGGAATCTCAGTGGC.......... 25 1 8.00 8.00 1.00 - 2.00 4.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................TAGGAACAGGTACAGCGTGCGAAGAAG.................................................................................................................................................... 27 1 6.00 6.00 - 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................TGTCTAGGAGCGGGTCGTCGTGACACT............................................................................... 27 1 5.00 5.00 - - - - - 3.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................TGCTACCAGGGGCCTTGTCTAGGAGC............................................................................................... 26 1 5.00 5.00 - 5.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................TCGGAAGGTAGTTTGCTGGGACTGGTG........................................................................................................................................................................................................................... 27 1 5.00 5.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TTGCCCGACTCTAGACTCGGAAGGTAGT.......................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 5.00 5.00 1.00 2.00 - - - - - 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................AGACTCGGAAGGTAGTTTGCTGGG.................................................................................................................................................................................................................................. 24 1 5.00 5.00 1.00 - 1.00 3.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................TCGGAAGGTAGTTTGCTGGGACTGG............................................................................................................................................................................................................................. 25 1 5.00 5.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - 3.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................TACCAGGGGCCTTGTCTAGGAGCGG............................................................................................. 25 1 4.00 4.00 - 1.00 1.00 - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................CTCGGAAGGTAGTTTGCTGGG.................................................................................................................................................................................................................................. 21 1 4.00 4.00 - - - - 4.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TTGCCCGACTCTAGACTCGGAAGGTAGTT......................................................................................................................................................................................................................................... 29 1 4.00 4.00 - - - - - - - 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................TGTCTAGGAGCGGGTCGTCGTGACAC................................................................................ 26 1 4.00 4.00 - 2.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
......................................TAGACTCGGAAGGTAGTTTGCTGGGAC................................................................................................................................................................................................................................ 27 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................TAGGAGCGGGTCGTCGTGACACTCTC............................................................................ 26 1 3.00 3.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................TTTCCTACTGCTACCAGGGGCCTTGTC...................................................................................................... 27 1 3.00 3.00 - 2.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......TGAGAGACTTGCAGGACATCTTGCCC................................................................................................................................................................................................................................................................ 26 1 3.00 3.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................TAGGAGCGGGTCGTCGTGACACTCT............................................................................. 25 1 3.00 3.00 - - 1.00 - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................TCATTCCGACGATTGAGGTCTCTTTC.................................................... 26 1 3.00 3.00 - - - - - - - 1.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................TGCGAAGAAGACACTTGGCTTTACCCCTC................................................................................................................................. 29 1 3.00 3.00 - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
......................................TAGACTCGGAAGGTAGTTTGCTGGGt................................................................................................................................................................................................................................. 26 t 3.00 106.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................CAATTTCTCCATCTGTGACCGACCGG...................... 26 1 3.00 3.00 - - - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
...........................................TCGGAAGGTAGTTTGCTGGGACTGGT............................................................................................................................................................................................................................ 26 1 3.00 3.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................TGTCTAGGAGCGGGTCGTCGTGACA................................................................................. 25 1 3.00 3.00 - - - - - - 2.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................AGAAGACACTTGGCTTTACCCCTCTTTC............................................................................................................................. 28 1 2.00 2.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................TGCCCGACTCTAGACTCGGAAGGTAGTTT........................................................................................................................................................................................................................................ 29 1 2.00 2.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................TCACCTGCGGTGCCACCCCTAGGAACAGG..................................................................................................................................................................... 29 1 2.00 2.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................TTCCTACTGCTACCAGGGGCCTTGTCT..................................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................CGGAAGGTAGTTTGCTGGGACTGGTGGGCTGG..................................................................................................................................................................................................................... 32 1 2.00 2.00 - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................TCTGTGACCGACCGGAATCTCAGTGGC.......... 27 1 2.00 2.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................GAAGACACTTGGCTTTACCCCTCTTTC............................................................................................................................. 27 1 2.00 2.00 - - - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................TACCCCTCTTTCCTACTGCTACCAGGG.............................................................................................................. 27 1 2.00 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................TAGACTCGGAAGGTAGTTTGCTGGGACTGG............................................................................................................................................................................................................................. 30 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................TCACCTGCGGTGCCACCCCTAGGAACAGGT.................................................................................................................................................................... 30 1 2.00 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................TAGACTCGGAAGGTAGTTTGCTGGGACT............................................................................................................................................................................................................................... 28 1 2.00 2.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................TACCAGGGGCCTTGTCTAGGAGCGGG............................................................................................ 26 1 2.00 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................TCTGTGACCGACCGGAATCTCAGTGG........... 26 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................TACCAGGGGCCTTGTCTAGGAGCGGGT........................................................................................... 27 1 2.00 2.00 - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................CGGAAGGTAGTTTGCTGGGACTGGTG........................................................................................................................................................................................................................... 26 1 2.00 2.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................GGAACAGGTACAGCGTGCGAAGA...................................................................................................................................................... 23 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................TAGACTCGGAAGGTAGTTTGC...................................................................................................................................................................................................................................... 21 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................ACAATTTCTCCATCTGTGACCGACCGG...................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................TGCCACCCCTAGGAACAGGTACAGCGTGC........................................................................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................TGCCCGACTCTAGACTCGGAAGGggcc.......................................................................................................................................................................................................................................... 27 ggcc 1.00 0.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................CGACTCTAGACTCGGAAGGTAGTTTGC...................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................TACCCCTCTTTCCTACTGCTACCAGtggc............................................................................................................ 29 tggc 1.00 0.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................TCGGAAGGTAGTTTGCTGGGACTGGTGG.......................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................TGACCGACCGGAATCTCAGTGGCTGGC...... 27 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................TACTGCTACCAGGGGCCTTGTCTAG................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................ACAATTTCTCCATCTGTGACCGACCGt...................... 27 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................................TGACACTCTCATTCCGACGATTGAGGT........................................................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................TCTGTGACCGACCGGAATCTCAGTG............ 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................................................................................................................................................................................TAGGAGCGGGTCGTCGTGACACT............................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
......................................................................................................................................................................................TTGTCTAGGAGCGGGTCGTCGTGACA................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................TCCATCTGTGACCGACCGGAATCTC................ 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.......TGAGAGACTTGCAGGACATC...................................................................................................................................................................................................................................................................... 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................TGCTACCAGGGGCCTTttc...................................................................................................... 19 ttc 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................................................................................................................................................................CCGACCGGAATCTCAGTGGCTGGCAACC.. 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................................................TCTCCATCTGTGACCGACCGGAATCTC................ 27 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................CGTGCGAAGAAGACACTTGGCTTTACCCCT.................................................................................................................................. 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................TAGACTCGGAAGGTAGTTTGCTGGGg................................................................................................................................................................................................................................. 26 g 1.00 106.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................TAGGAACAGGTACAGCGTGCGAAGAAGA................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................CATCTTGCCCGACTCTAGACTCGGAAG............................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TGCAGGACATCTTGCCCGACTCTAGACT..................................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................AGGAACAGGTACAGCGTGCGAAGAAG.................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TTGCCCGACTCTAGACTCGGAAGGggcc.......................................................................................................................................................................................................................................... 28 ggcc 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................TAGACTCGGAAGGTAGTTTGttgg................................................................................................................................................................................................................................... 24 ttgg 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................TCCATCTGTGACCGACCGGAATCTCAcc............. 28 cc 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................CGGAAGGTAGTTTGCTGGGAC................................................................................................................................................................................................................................ 21 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................GTCTAGGAGCGGGTCGTCGTGACACTCTC............................................................................ 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................ACTCGGAAGGTAGTTTGCTGGGACT............................................................................................................................................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................TTCCGACGATTGAGGTCTCTTTCAGCA................................................ 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACCGACCGGAATCTCAGTGGCTGG....... 28 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................TAGACTCGGAAGGTAGTTTGCTG.................................................................................................................................................................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
.................................GACTCTAGACTCGGAAGGTAGTTTGCTG.................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
.........AGAGACTTGCAGGACATCTT.................................................................................................................................................................................................................................................................... 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................TTCCTACTGCTACCAGGGGCCTTGTC...................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................TCTTGCCCGACTCTAGACTCGGAAGG.............................................................................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................TAGACTCGGAAGGTAGTTTGCTGag.................................................................................................................................................................................................................................. 25 ag 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACCGACCGGAATCTCAGcggc.......... 25 cggc 1.00 0.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........AGAGACTTGCAGGACATCTTGCCCGAC............................................................................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00
.......................................................................................................................................................................................................................TCCGACGATTGAGGTCTCTTTCAGCAC............................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................TCTAGGAGCGGGTCGTCGTGACACTCT............................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................TGACCGACCGGAATCTCAGTGGCTGGCAA.... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................TAGACTCGGAAGGTAGTTTGCTGGGACTGt............................................................................................................................................................................................................................. 30 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
......................................TAGACTCGGAAGGTAGTTTGCT..................................................................................................................................................................................................................................... 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................TATCACCTGCGGTGCCACCCCTAGt........................................................................................................................................................................... 25 t 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................TGTCTAGGAGCGGGTCGTCGTGACACTC.............................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................TTGCTGGGACTGGTGGGCTGGTCCCTT............................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...........................TTGCCCGACTCTAGACTCGGAAGGTAGTTT........................................................................................................................................................................................................................................ 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................TTGTCTAGGAGCGGGTCGTCGTGACACTC.............................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
.....AGTGAGAGACTTGCAGGA.......................................................................................................................................................................................................................................................................... 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................GGCCTTGTCTAGGAGCGGGTCG......................................................................................... 22 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................................................................TCTGTGACCGACCGGAATCTCAGTGGCT......... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................TTGTCTAGGAGCGGGTCGTCGTG.................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................................................................................................TTTCTCCATCTGTGACCGACCGGAAT................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................TAGTTTGCTGGGACTGGTGGG......................................................................................................................................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................ATCACCTGCGGTGCCACC................................................................................................................................................................................. 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................TATCACCTGCGGTGCCACCCCTAG............................................................................................................................................................................ 24 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................GGAACAGGTACAGCGTGCGAAGAAGACA................................................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................TGCCCGACTCTAGACTCGGAAGGagcg.......................................................................................................................................................................................................................................... 27 agcg 1.00 0.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................TGACCGACCGGAATCTCAGTGGCTGGCAAt... 30 t 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................TAGACTCGGAAGGTAGTTTGCTGGGc................................................................................................................................................................................................................................. 26 c 1.00 106.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
................................................................................................................................................................................................................................................................TGACCGACCGGAATCTCAGTGGCTG........ 25 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................CAATTTCTCCATCTGTGACCGACCGGAAT................... 29 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................TCCTACTGCTACCAGGGGCCTTGTCTA.................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................GGAAGGTAGTTTGCTGGGACTGGTGt.......................................................................................................................................................................................................................... 26 t 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................TGCCCGACTCTAGACTCGGAAGGTAGT.......................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................CCTGCGGTGCCACCCCTAGGAACAGGTAC.................................................................................................................................................................. 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
.............................................................................................TATCACCTGCGGTGCCACCCCTAGGt.......................................................................................................................................................................... 26 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................TCCATCTGTGACCGACCGGAATCTCAGT............. 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................TAGGAACAGGTACAGCGTGCGAAGAAGt................................................................................................................................................... 28 t 1.00 6.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........GAGACTTGCAGGACATCTTGCCCGACT............................................................................................................................................................................................................................................................ 27 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................TGTCTAGGAGCGGGTCGTCGTGAC.................................................................................. 24 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................TATCACCTGCGGTGCCACCCCTAGGA.......................................................................................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACCGACCGGAATCTCAGTGGCTGc....... 28 c 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................CGTGACACTCTCATTCCGACGATTGAGG............................................................ 28 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................TTCCGACGATTGAGGTCTCTTTCAGC................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................TAGTTTGCTGGGACTGGTGag......................................................................................................................................................................................................................... 21 ag 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................TTGTCTAGGAGCGGGTCGTCGTGAC.................................................................................. 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................TGCCCGACTCTAGACTCGGAAGGTAGTT......................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................CCGACTCTAGACTCGGAAGGTAGTTTGC...................................................................................................................................................................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................CGAAGAAGACACTTGGCTTTACCCCTC................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......TGAGAGACTTGCAGGACATCTTGCCCG............................................................................................................................................................................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
......................................................................................................................................................................................................................TTCCGACGATTGAGGTCT......................................................... 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
...............TTGCAGGACATCTTGCCCGACTCTAGACTC.................................................................................................................................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACCGACCGGAATCTCAGTGGCat........ 27 at 1.00 8.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......TGAGAGACTTGCAGGACATCTTGCCCa............................................................................................................................................................................................................................................................... 27 a 1.00 3.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................AGGTACAGCGTGCGAAGAAGACACTT.............................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

Antisense strand
ACCCAAGTGAGAGACTTGCAGGACATCTTGCCCGACTCTAGACTCGGAAGGTAGTTTGCTGGGACTGGTGGGCTGGTCCCTTCCCTGGGGGCGTATCACCTGCGGTGCCACCCCTAGGAACAGGTACAGCGTGCGAAGAAGACACTTGGCTTTACCCCTCTTTCCTACTGCTACCAGGGGCCTTGTCTAGGAGCGGGTCGTCGTGACACTCTCATTCCGACGATTGAGGTCTCTTTCAGCACAATTTCTCCATCTGTGACCGACCGGAATCTCAGTGGCTGGCAACCGA
................................................................................................................((((((...(((........((.(((......))).))....(((((................))))))))..))))))...((((.((....))))))..............................................................................
.............................................................................................................110.....................................................................................................214.........................................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesWT3()
Testes Data. (testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
SRR029042(GSM433294)
18.5dpc_hetero_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR014235(GSM319959)
2 dpp total. (testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
mjTestesKO8()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR029043(GSM433295)
18.5dpc_homo_tdrd1-KO. (tdrd1 testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
mjTestesKO6()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
GSM509278(GSM509278)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR014230(GSM319954)
10 dpp Dnmt3L-KO MILI. (mili testes)
mjTestesWT4()
Testes Data. (testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
SRR014234(GSM319958)
Ovary total. (ovary)
GSM509280(GSM509280)
small RNA cloning by length. (testes)
SRR014229(GSM319953)
10 dpp MILI. (mili testes)
mjTestesKO5()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
SRR014233(GSM319957)
16.5 dpc MIWI2. (miwi2 testes)
SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes)
GSM509277(GSM509277)
small RNA cloning by length. (piwi testes)
SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
GSM179088(GSM179088)
Developmentally regulated piRNA clusters implicate MILI in transposon control. (piwi testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
....................................................................................................................................................................................................GTCGTCGTGACACTCTCATTCCGACGATT................................................................ 29 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................GAGGTCTCTTTCAGCACAATTTCTCCA..................................... 27 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............................................................................................................................................................................................................................................GCACAATTTCTCCATCTGTGACCGACCG....................... 28 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................................................................................................................GACCGACCGGAATCTCAGTGGCTGGCA..... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................................................................................................................................................CCATCTGTGACCGACCGGAATCT................. 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
........................................................................................................................................................................................................................................................TCCATCTGTGACCGACCGGAATCTCA............... 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................ACCCCTAGGAACAGGTACAGCGTGCGAA........................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................................................................................AGGTCTCTTTCAGCACAATTTCTCCA..................................... 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....................................................................................................................................................................................................................................................TTCTCCATCTGTGACCGA.......................... 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -