(5)
OTHER.mut
(6)
PIWI.ip
(1)
PIWI.mut
(1)
TDRD1.ip
(34)
TESTES

Sense strand
CTTGGAAGAGAAGCCCTTCAAGACAAGCTGATGCCAGGCCCTGGCCAGAGGTGGGGACAGATGGCATTTCCTGCTCAGTGTGTGGGCCTGGGCCCCATTGCTTGGGGGAGTTCCATGAGTGTTAACAGGATTCAAAGGAAGAGGTAGGAACTTAGGGGCGATCCTGTTGGAAAGATATCATTTGGAGAAGTGAGGGGGAGCTTGAAGCAAAGGGGTCTGTGTCCTGAGGAAAGTCTGGTACCCTCTGATA
..............................................................................................................((((((((...(((((((((((.........((((....))))......))))))))))).......)))..)))))...............................................................
..............................................................................................................111...............................................................................193.......................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR248524(GSM733812)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes)
SRR034120(GSM466730)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate1. (mili testes)
SRR037903(GSM510439)
testes_rep4. (testes)
SRR248526(GSM733814)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR029040(GSM433292)
6w_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
...................................................................................................................TGAGTGTTAACAGGATTCAAAGGAAGA............................................................................................................ 27 1 4.00 4.00 1.00 - - - - - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - -
.................................................................................................................................................................TCCTGTTGGAAAGATATCATTTGGAGAA............................................................. 28 1 3.00 3.00 - - - 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................TAACAGGATTCAAAGGAAGAGGTAGGA..................................................................................................... 27 1 3.00 3.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................TGAGTGTTAACAGGATTCAAAGGAA.............................................................................................................. 25 1 3.00 3.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..TGGAAGAGAAGCCCTTCAAGACAAGCT............................................................................................................................................................................................................................. 27 1 2.00 2.00 - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................TCCTGTTGGAAAGATATCATTTGGAG............................................................... 26 1 2.00 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................TGAGTGTTAACAGGATTCAAAGGAAGt............................................................................................................ 27 t 2.00 1.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TTCAAGACAAGCTGATGCCAGGCCCT................................................................................................................................................................................................................ 26 1 2.00 2.00 - 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................TCCTGTTGGAAAGATATCATTTGGAGAAG............................................................ 29 1 2.00 2.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................TTCAAAGGAAGAGGTAGGAACTTAGGGGC........................................................................................... 29 1 2.00 2.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................TCCTGTTGGAAAGATATCATTTGGAGA.............................................................. 27 1 2.00 2.00 - - - - - - - - 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................TAACAGGATTCAAAGGAAGAGGT......................................................................................................... 23 1 2.00 2.00 - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................TGAAGCAAAGGGGTCTGTGTCCTGA....................... 25 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................................................TATCATTTGGAGAAGTGAGGGGGAGC................................................. 26 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................TTCAAGACAAGCTGATGCCAGG.................................................................................................................................................................................................................... 22 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................TGGAAAGATATCATTTGGAGAAGTGAGG....................................................... 28 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.TTGGAAGAGAAGCCCTTCAAGACAAGCTtt........................................................................................................................................................................................................................... 30 tt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - -
........................................................ACAGATGGCATTTCCTGCTCAG............................................................................................................................................................................ 22 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................TAACAGGATTCAAAGGAAGAGGTAGG...................................................................................................... 26 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................TGAGTGTTAACAGGATTCAAAGGA............................................................................................................... 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..TGGAAGAGAAGCCCTTCAAGACAAGC.............................................................................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - -
...............................................................................................................................................GTAGGAACTTAGGGGCG.......................................................................................... 17 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................................................................................................................................TCCTGTTGGAAAGATATCATTTGGAGAAGTt.......................................................... 31 t 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..............CCTTCAAGACAAGCTGATGCCAGGCCC................................................................................................................................................................................................................. 27 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................TGAAGCAAAGGGGTCTGTGTC........................... 21 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................TAACAGGATTCAAAGGAAGA............................................................................................................ 20 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - -
..............................................................................................................................AGGATTCAAAGGAAGAGGTAGGAAC................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 -
...................................................................................................................................TCAAAGGAAGAGGTAGGAACTTAGGGGC........................................................................................... 28 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.........................................................................................................................TTAACAGGATTCAAAGGAAGAGGTAGG...................................................................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................AAGAGGTAGGAACTTAGGGGCGA......................................................................................... 23 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..TGGAAGAGAAGCCCTTCAAGACAAGCTG............................................................................................................................................................................................................................ 28 1 1.00 1.00 - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................................................................................................................AGGTAGGAACTTAGGGGC........................................................................................... 18 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - -
................TTCAAGACAAGCTGATGCCAGGCCCTGGCC............................................................................................................................................................................................................ 30 1 1.00 1.00 - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................TGAAGCAAAGGGGTCTGTGTCCTG........................ 24 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - -
.....AAGAGAAGCCCTTCAAGACAAGCTGATGCtttt.................................................................................................................................................................................................................... 33 tttt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - -
......................................................................................................................................AAGGAAGAGGTAGGAACT.................................................................................................. 18 2 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................................................................................................AAGCAAAGGGGTCTGTGTCCTa........................ 22 a 1.00 0.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................TGGAAAGATATCATTTGGAGAAGTGAG........................................................ 27 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.............................................CAGAGGTGGGGACAGATGGCATTTCCTGCT............................................................................................................................................................................... 30 1 1.00 1.00 - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................ACAGGATTCAAAGGAAGAGGTAGGA..................................................................................................... 25 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................TGTTGGAAAGATATCATTTGGAGAAG............................................................ 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................TGGGGACAGATGGCATTTCCTGCTCA............................................................................................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................TGAAGCAAAGGGGTCTGTGTCCTGAa...................... 26 a 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........AAGCCCTTCAAGACAAGCTGATGCCAGGCC.................................................................................................................................................................................................................. 30 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................TGTTGGAAAGATATCATTTGGAGAAGT........................................................... 27 1 1.00 1.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.....AAGAGAAGCCCTTCAAGACAAGCTGATGt........................................................................................................................................................................................................................ 29 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..................................................................................................................................................................CCTGTTGGAAAGATATCATTTGGAGAAGTGt......................................................... 31 t 1.00 0.00 - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................TCAAGACAAGCTGATGCCAGGCCCTGGCC............................................................................................................................................................................................................ 29 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - -
............................................................................................................................ACAGGATTCAAAGGAAGAGGT......................................................................................................... 21 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
................................................................................................................................................TAGGAACTTAGGGGCGATCCTGTTGGAAtt............................................................................ 30 tt 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................TGAGTGTTAACAGGATTCAAAGGAAG............................................................................................................. 26 1 1.00 1.00 - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
...................................................................................................................TGAGTGTTAACAGGATTCAAAGGAAGAGG.......................................................................................................... 29 1 1.00 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................AAAGATATCATTTGGAGAAGTGAGGG...................................................... 26 1 1.00 1.00 - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
....................................................................................................................................................................TGTTGGAAAGATATCATTTGGAGAAGTGAGt....................................................... 31 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - -
..................................................................................................................................TTCAAAGGAAGAGGTAGGAACTTAGGGGt........................................................................................... 29 t 1.00 0.00 - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -
..........................................................................................................................................................................................................TGAAGCAAAGGGGTCTGTGTCCT......................... 23 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.................................................GGTGGGGACAGATGGC......................................................................................................................................................................................... 16 6 0.83 0.83 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 0.83

Antisense strand
CTTGGAAGAGAAGCCCTTCAAGACAAGCTGATGCCAGGCCCTGGCCAGAGGTGGGGACAGATGGCATTTCCTGCTCAGTGTGTGGGCCTGGGCCCCATTGCTTGGGGGAGTTCCATGAGTGTTAACAGGATTCAAAGGAAGAGGTAGGAACTTAGGGGCGATCCTGTTGGAAAGATATCATTTGGAGAAGTGAGGGGGAGCTTGAAGCAAAGGGGTCTGTGTCCTGAGGAAAGTCTGGTACCCTCTGATA
..............................................................................................................((((((((...(((((((((((.........((((....))))......))))))))))).......)))..)))))...............................................................
..............................................................................................................111...............................................................................193.......................................................
Size Perfect hit Total Norm Perfect Norm SRR029037(GSM433289)
18dpp_homo_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
GSM475280(GSM475280)
Mili-IP. (mili testes)
SRR248523(GSM733811)
cell type: Thy1+ spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR363959(GSM822761)
AdultSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR034121(GSM466731)
Mili IP_Tdrd9-/- replicate2. (mili testes)
GSM475281(GSM475281)
total RNA. (testes)
SRR248527(GSM733815)
cell type: spermatogonial stem cell enriched . (testes)
SRR014231(GSM319955)
16.5 dpc total. (testes)
SRR034119(GSM466729)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate2. (mili testes)
GSM475279(GSM475279)
Miwi-IP. (miwi testes)
SRR014236(GSM319960)
10 dpp total. (testes)
SRR034118(GSM466728)
Mili IP_Tdrd9+/- replicate1. (mili testes)
SRR029038(GSM433290)
25dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
SRR069809(GSM610965)
small RNA sequencing; sample 1. (testes)
SRR028730(GSM400967)
Tdrd1-associated. (tdrd1 testes)
SRR363956(GSM822758)
P14-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR037902(GSM510438)
testes_rep3. (testes)
mjTestesKO7()
Testes Data. (Zcchc11 testes)
SRR248524(GSM733812)
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SRR363960(GSM822762)
Adult Library#1Small RNA Miwi IPDuplexed run:. (testes)
SRR028732(GSM400969)
Mili-Tdrd1 KO associated. (mili testes)
SRR363958(GSM822760)
Adult-WTSmall RNA Miwi IP. (testes)
SRR034120(GSM466730)
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SRR037903(GSM510439)
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cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
SRR029040(GSM433292)
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SRR363957(GSM822759)
P20-WTSmall RNA Miwi IPread_length: 36. (testes)
SRR029036(GSM433288)
18dpp_hetero_tdrd6-KO. (tdrd6 testes)
mjTestesWT2()
Testes Data. (testes)
SRR248525(GSM733813)
cell type: Thy1- spermatogonial stem cellstra. (testes)
GSM509275(GSM509275)
MitoPLD+/+ E16.5 small RNA. (testes)
SRR069810(GSM610966)
small RNA sequencing; sample 2. (testes)
GSM509279(GSM509279)
MVH-/- E16.5 small RNA. (testes)
mjTestesWT1()
Testes Data. (testes)
.................................................................................................TTGCTTGGGGGAGTTCCATGAGTGTTAA............................................................................................................................. 28 1 1.00 1.00 - - - - 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -
.......................................................................................................................................................................................................GCTTGAAGCAAAGGGGTCTGTGTCCTGAGGA.................... 31 1 1.00 1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1.00 - - -